细菌广泛存在于自然界中，土壤、空气、水、有机物都带有大量的细菌，条件适宜时从污染到形成菌落仅需几小时。细菌主要靠空气或食用菌原材料传播，培养基灭菌不彻底、接种时操作不当、菌种本身带菌、培养料含水太高等都会导致污染的发生。
细菌的防治措施：
1培养基、培养皿灭菌要彻底，灭菌时温度、压力、时间、高压锅内的冷气排放程度都要达到要求。
2堆养基做好后，放在30℃的培养箱内培养一天后再用，以确保无细菌污染。若有污染，可重新灭菌。
3接种时严格按无菌操作规程进行，母种和原种必须保证无细菌污染。
4培养基内可加入抗生素抑制细菌生长，一般以每毫升含100～200个单位为宜。
5培养料要选用无霉变的原料，做到温度均衡、含水率适宜。