菌螨对菌丝香气嗅觉十分灵敏，封闭不严的培养块诱来的菌螨聚集在菌种块周围，嗜食幼嫩的菌丝。培养基中如有菌螨，播种后不见菌丝生长。长好的菌块若被菌螨侵入繁殖，能把菌丝咬断，引起菇蕾死亡。
菌螨主要来源于仓库、鸡猪饲料的米糠和麦麸中。因此，建造菇房要远离这些地方。用旧仓库做菇房，要清理好四周杂物、粪源。棚室内要修好墙壁、平整好地面，然后喷洒0BF.BFQ5％敌敌畏，再悬挂蘸有50％敌敌畏的棉球，每100平方米用敌敌畏1千克熏蒸两昼夜。挂好棉球后要立刻将菇房的门窗关闭。磷化铝片是防治食用菌害虫，特别是防治螨类的理想熏蒸剂，每立方米空间的使用剂量为10克，视菇房密度和虫害轻重可适当增减。磷化铝吸湿能分解出具有杀虫力和扩散渗透力很强的磷化铝气体，熏蒸24小时可杀死菇螨、菇蝇及跳虫等，熏蒸72～96小时对线虫亦有杀伤力。磷化铝对人体及热血动物有剧毒，因此必须遵守使用的有关规定，以确保人身安全。采用菊乐合脂1500倍液喷雾，防治效果也很好，每平方米用稀释后药液75毫升。