蒋介石于9月20日南昌溃败后，至高安亲自指挥，企图反攻。此时李宗仁开赴九江的第七军改道南下，击溃孙军谢鸿勋部，为北伐军入赣后的首次大胜，随即于10月3日攻占南浔铁路重镇德安。同时朱培德的第三军占领南昌附近的万寿宫一带。于是蒋介石更急欲以嫡系第一军，会同第二军与第三军，反攻南昌，并亲自督师清江。10月10日第四军攻克武昌，士气大振，蒋介石更亲至南昌城外，不听参谋长白崇禧的劝告，急图强攻，不顾敌军深沟高垒之坚以及己军背临赣江之危，显然是求胜心切，无奈敌方敢死队趁月黑风高，从城下水闸破关而出，令想攻城的第一军第二师第六团首当其冲，秩序大乱。蒋介石几次握住参谋长白崇禧的手问怎么办，幸而小诸葛事先已在赣江上游搭了浮桥，残军始得撤至西岸。
蒋介石亲自指挥攻打南昌，又遭此大败，自谓“终夜奔走，未遑宁息”（蒋氏1926年10月11日日记），于13日撤团时更于日记中写道：“因余之疏忽鲁莽，致兹失败，罪莫大焉，当自杀以谢党国，且观后效如何！”1922年蒋介石著《孙大总统广州蒙难记》，说孙中山一开始是准备“一死殉国，以谢国民”的，可是紧要关头，他的同志“乃以数人臂力，强挽总统出府”，要他逃亡，不要他殉国。此次在南昌城下大败，他自己也想殉国，当然也会有人阻止他。他最后一次想殉国是1948年，徐蚌战役失败之后，自谓一开始是准备“以身殉国”“上报总理，下对国民”的，可是紧要关头，他的同志“一定要我去职下野”。结果呢，蒋介石虽然“决定以身殉职，死在南京，以尽我个人的责任”，但是他毕竟没死在南京，“自感‘今后我无死所了’”！（1950年蒋介石《军人魂》讲词）表面上看来，国民党总有那种不争气同志，在紧要关头，总是剥夺了他们伟大领袖万古流芳的机会，总是不让他们伟大领袖去做文天祥。结果呢，他们伟大领袖一个个都“寿终正寝”而死，而不是“一死殉国”“以身殉国”而死，落得只能“言教”而不能“身教”。其实骨子里，伟大领袖根本在演戏，将“殉国”形之于笔墨、托之于言辞，就是要人剥夺他殉国的机会。真要死，谁能阻挡得了呢这个把戏是从曾国藩那里学来的。湘军被太平军长毛打败后，曾国藩就在众目睽睽之下要投水自杀，哪里死得了呢其目的除自塑文天祥的虚假形象外，无非想借此激励士气耳。
蒋介石在南昌城下假殉国外，还有一则阵亡的假消息。孙传芳在九江的联军总部参谋处，根据传闻便于10月15日发出通电：
据俘虏及百姓均称：蒋中正在南昌附近受伤甚重，闻系子弹中其腹部，因而致亡。俄人鲍罗廷、加伦等亦受伤，均抱头鼠窜而去云云。（《晨报》1926年10月17日载《孙军总部捷报》）
其实，蒋介石麾下将士虽死伤惨重，其本人却毫发无损，只是受到惊吓，颜面上更不好看，被第八军军长唐生智瞧不起。俄国军事顾问塔罗夫（Tairov）于1926年10月30日写给鲍罗廷的密报中有这样一段话：
据我所知，唐生智自与蒋介石在长沙见过面之后，即藐视蒋在军事与政治上的重要性。当蒋目击两个师被击溃后，确实显得不知所措，张皇失措。（Wilbur and How，Missionaries of Revolution，Vol 69，p.773，另参阅第324页）
唐生智虽没有低估蒋介石的军事能力，但显然小看了他的政治手腕。俄国顾问证实唐确有取总司令一职的野心，但认为唐之“革命性”不够，尚不能称为一革命将军，哪知蒋之“革命”乃虚有其表，一旦反革命起来，俄国顾问只好吃不完兜着走了。蒋介石尚未被揭穿的“假革命”，无疑是俄国人至此仍然支持他的主要原因。
由于江西战场失败的后果，可以威胁湘粤，甚至会导致整个北伐的垮台，所以各方注目。俄国军事顾问加伦亲往武汉求援，中共也调动组织，集中力量拆孙传芳的后台。终于张发奎率第四军十二师自武昌东下，李宗仁则率其第七军自赣北南下，连战皆捷。蒋介石虽于10月15日制订了“肃清江西计划”，但肃清的兵力还要靠诸侯，左路由李宗仁与张发奎协同作战，右路由朱培德的第三军负责，中路则由程潜指挥，而蒋介石嫡系的第一军第一、二师仅为预备队。俄国军事顾问还调派飞机来助战。
这次反攻显与蒋介石的硬攻战术有异，不急于夺取南昌，而把主力用于歼灭敌军主力，并切断九江至南昌的南浔铁路，以绝后援。11月1日拂晓发动总攻击，次日左路李、张军击败赣北孙军，于3日占领德安。中路程潜部肃清南昌西面敌军，右路朱军兵临南昌外围。11月4日，孙传芳遣师自乐化来援，朱军左翼阵地动摇，蒋介石急命增援，但加伦将军认无必要，镇定自若，使他“甚惭自信力薄弱”。（见《蒋介石日记类抄·军务》1926年11月5日）阿基莫娃在《中国大革命见闻》一书中，对蒋介石当时的失态有生动的描述：
蒋介石焦躁不安，知道对他来说成败在此一举，一旦失利，他的整个前程就将成为泡影。蒋介石三番五次地当着总军事顾问的面，真正地大发歇斯底里，搓手、哭泣，喊着“一切都完了”，说要开枪自杀。布留赫尔（Biücher，即加伦将军）每次都是好不容易才让这位神经脆弱的总司令平静下来。（第204—205页）
在加伦将军的镇定下，阵地不但未乱反而稳定下来。11月5日贺耀祖率部攻克九江，孙传芳知败局已定，返回南京。8日进攻南昌孤城，寻即投降，孙军退出城外。9日蒋介石进驻南昌。江西战役获得全胜，虽多赖第七军与第四军的骁勇善战，然而总司令的威信不仅得以挽救，而且加重了他的政治筹码。
江西初胜，蒋介石才命驻守汕头由何应钦指挥的第一军进兵福建，孙传芳的主力既在江西被歼，闽浙实甚空虚，但第一军行军仍然迟滞，至1926年年底不战而入福州。至此国民革命北伐军已占有粤、桂、湘、鄂、赣、黔、闽七省，革命根据地亦由珠江之滨，延伸到长江流域，颇似当年太平军北伐的声势。然而不免也像太平天国一样，拥有半壁江山以后，发生剧烈的内斗，而导致国民革命阵营内斗的主角便是蒋介石！
蒋介石借中山舰事件搞政变，削弱了国民党左派的权力，但第三国际方面当时不愿相信蒋之反共反苏，只认为是人事纠纷，依然把他视为“革命将军”，并予以支持。不过包括中共在内的国民党左派，对蒋已有戒心，彭泽民早于1926年5月25日在中常会上议请汪精卫同志早日销假视事（见《中国国民党第一、二次全国代表大会会议史料》上册，第549页），各省党部纷纷响应，于右任等更电请中央催促，以主持北伐大计。（见同书，第575—600页）7月7日蒋就总司令职，左派迎汪更切，显然欲以汪制蒋。蒋表面上欢迎汪回国主持党务，但私底下认为“迎汪”的目的就是“倒蒋”，并在日记中写道：“从中必有人操纵，绝非大多数之真意，自吾有生以来，郁结愁闷，未有甚于今日也。”（《蒋介石日记类抄·军务》1926年8月25日）并怪罪共产党从中捣乱，恨得“切齿”。（见同书1926年8月30日）蒋在内心中不容汪，绝无可疑。蒋虽于10月3日发出迎汪电报，实因俄国军事顾问加伦相劝以及形势所逼所致，并非心甘情愿。以蒋而言，权力斗争正来日方长。
国民党中央又于1926年9月，决定召开中央及各省区联席会议，开会六次，意在统一党的领导权，选出十三人政治委员会，涵括左、中、右三派，借此罢免蒋介石的中央常务委员会主席以及张静江的代理国府主席，但遭张全力抵制，卒以前方战事紧张要挟鲍罗廷而未果。然而山雨欲来之势，已在眉睫。
广州既又成左派重镇，蒋介石乃提出“中央党部移鄂”之议，且于10月22日驰电张静江、谭延闿，力陈“武昌既克，局势大变，本党应速谋发展”。（《民国十五年以前之蒋介石先生》第十八册，第105页）最后国民党中央于11月26日决议迁都汉口，主要还是由于张作霖与日本起冲突，迁都已无奉张之虑。中央委员与国府委员遂分批北上。12月2日，宋庆龄、徐谦、陈友仁、吴玉章、鲍罗廷等一行十余人，途经南昌，蒋介石设宴款待，报告北伐情况，对革命前途充满信心。并于6日晚开始庐山会谈，讨论政治、外交、财政、军事各问题。蒋于取消主席制以及迎汪回国，均表附议，更积极主张迁鄂，且谓待军事稍定，即赴武汉。（见蒋介石复武汉各界团体电，载《广州民国日报》1926年12月20日）但是当鲍罗廷等一行抵达武昌后，有鉴于广州之党部与政府既已停止办公，遂于12月13日决定先组织临时联席会议，以徐谦为主席，暂时执行最高职权。蒋于事后始知，虽于12月20日复电赞成，但心中已大为不快。他原以为可以赴鄂出掌大权，孰知鲍罗廷与那批中央委员并未对自己如此重视，甚至连联席会都插不上脚，乃蓄意有所行动。
中常委代主席张静江与国府代主席谭延闿等一行北上，于12月31日途经南昌，被蒋介石留下，蒋并于1927年1月3日召开中央政治会议第六次临时会议，会后通告中央党部和国民政府暂驻南昌，以利政治与军事的配合。同时决议将于3月1日在南昌召开二届三中全会，再定迁移问题，又拟成立政治会议武汉分会等。至此蒋介石已公然以南昌的中央政治会议向武汉的临时联席会议挑战，以争夺“执行最高职权”。武汉方面此时正因占领英租界进行外交交涉，恐影响大局，乃由宋庆龄等致电蒋介石，告以武汉情势，嘱蒋“苟非有军事之急变，不宜变更（迁都）决议，坐失时机”（《中华民国史档案资料汇编》第四辑，第375页），并电请南昌同志莅鄂。
蒋介石不得已于1月12日偕加伦将军、彭泽民、顾孟余、何香凝等抵达武汉，受到盛大欢迎，催促迁鄂，然而蒋仍执意迁赣。鲍罗廷刻意讽劝，蒋竟视为侮辱，已存决裂之心，未遑多留，即于1月18日返回南昌。两三天之后，即与张静江、谭延闿联名，以中央名义命令取消联席会议，立即成立政治会议武汉分会，已成公开对抗之局。鄂方发动舆论压力，但更主要的是宋子文控制军费，诚如蒋之军需处长徐桴于1月31日电文中所说：“我军命脉，操在宋手，请总座迅电慰勉之，先救目前之急，再图良法，万不可操之过急，致生重大影响。”所以当宋于2月4日亲赴南昌斡旋，不到几天南昌方面就决定中央党部与国民政府迁至武昌，至于中央全会则俟东南底定后再开。鄂赣虽未真正分裂，然不过是推迟了决裂的时日，终不免后来的宁汉分裂。
宋子文“说服”蒋介石之后，于2月9日自赣电鄂，谓谭延闿等数日内可莅鄂，但迟迟未见驾临。此时更要求撤销鲍罗廷的顾问职务，鄂方终于领教了“瑞元无赖”的专制与跋扈，遂由徐谦等五人组成行动委员会，拟“从事党权集中”，即想把枪杆子控制在党权之下，形成一种恢复党权运动。此一运动针对蒋不言而喻，如孙科所说：“蒋介石这样把持着党，终有一天要做皇帝了。”（陈公博《苦笑录》，第73页）但是恢复党权运动虽轰轰烈烈，如2月24日武汉有一万五千人集会，却一直没有公开指名抨击蒋介石，一方面有所顾忌，另一方面则是盼望“浪子回头”！虽如此，蒋介石在南昌已公然反唇相讥，声言：“我只知道我是革命的，倘使有人要妨碍我的革命，那我就要革他的命。”（蒋之演讲载上海《民国日报》1927年4月16日）他已把“革命”作为“权力”的代名词了。但是此时他的财政问题尚未解决，只能动口，还不敢动手，表面上仍表拥护武汉中央，呼吁团结，只要求国民党二届三中全会延至3月7日召开，当然获得中央的同意。
然而当南昌方面谭延闿、李烈钧、何香凝、丁惟汾、陈果夫于3月7日前到达武汉开会，蒋介石却未来，借故与朱培德去阅兵，须至3月12日才能来开会，并扬言他们如“能等我”，“就相信他们有诚意，假使提前举行，其虚伪可知”。（《陈果夫的一生》第107页）他把准时举行竟说成提前举行，何况3月7日原是他要求的日子。他的蛮横，原想测验一下自己一身举足轻重的分量，但到会人数既足，自无再延的必要，还有不少人讨厌蒋之独裁作风，更不愿为他延期，与会的吴玉章明言：“革命是共同工作的革命，不能由一两人的意思来指挥，不可使蒋同志因此而生错误，若一展再展，诚属非计。”（《中国国民党第一、二次全国代表大会会议史料》下册）话虽如此，会中当然有帮蒋说话之人，造成紧张气氛，遂以3月7日为预备会。二届三中全会到3月10日正式开幕，17日结束，仍不见蒋介石出席。全会肯定临时联席会议，决议恢复并提高党权、坚持革命路线与政策、否定非法选举、改选中央常务委员以及各部会委员。蒋介石仍被选为常务委员、军委主席团委员、国民政府委员，但绝非他所期望的独霸地位。新的国民政府虽于3月20日在武昌宣誓成立，似乎是功德圆满，但蒋介石已恨之入骨，必欲去之而后快。