作为具有资产阶级法律观的法学家，沈家本还较重视“人格”，多少具有资产阶级“人权”的观念。这种思想主要体现于他关于禁止买卖人口和废除奴婢律的主张之中。沈氏谴责周秦以来将“奴婢与财物同论，不以人类视之”的思想和行为，同时还指出清朝律例，“仍准立契买卖，贫家子女，一经卖入人手，虐使等于犬马，苛待甚于罪囚，呼吁无门，束手待毙，惨酷有不忍言者。”徐世虹主编：《沈家本全集》，中国政法大学出版社，2010年版，第四卷，第620页。因此，他主张仿效西方，因为那里“均无买卖人口之事，系用尊重人格之主义，其法实可采取”徐世虹主编：《沈家本全集》，中国政法大学出版社，2010年1月版，第四卷，第622页。至于具体办法，沈家本则主张：“改买卖为价雇，此风庶可杀乎。”在上述言论中，有两点值得注意：一是要求改变主奴关系为资本主义性质雇佣关系；二是立法上采取欧美的“尊重人格主义”。这些表明沈家本已初具资产阶级人权论的观点，而且体现于他的法制改革的主张之中。
此外，沈家本也接受了资产阶级三权分立的学说。这也是实行资产阶级法制的一个重要前提。这位法学家对三权分立之制曾给予这样的赞誉：“近今泰西政事，纯以法治，三权分立，互相维持。其学说之嬗衍，推明法理，专而能精，流风余韵，东渐三岛，何其盛也。”沈家本：《法学名著序》。不过在这个问题上，沈家本同以前的维新派有所不同。戊戌变法前后的维新派讲得较多的是立法和行政的分立，而沈家本着重思索的则是“司法独立”。他很欣赏西方国家的审判，不受行政机关，包括不受君主的干预。为说明司法和行政分立的合理性，他还借《周官》一书来颂扬政刑分离。沈家本提出，周代官制，政和刑分立，“其职守不相侵，故能各尽所长，政平治理，风俗休美”，而“近日欧洲制度，政刑分离，颇与周官相合”。沈家本：《历代刑法考上册·刑官考》，商务印书馆，2011年11月第1版，第486页。沈氏之所以重视司法独立，除了从保证审判公正考虑之外，还在于他将“司法独立”看作实行宪政的一个前提。他曾指出：“东西各国宪政萌芽，俱体于司法之独立”，“司法独立，为异日宪政之始基”，见《清末筹备立宪档案史料》下册。由此可知，强调“司法独立”，主张立法、行政和司法三权制衡的沈家本，较之戊戌变法前维新派的法制思想又前进了一步。
凡此种种，表明沈家本已基本接受了近代资产阶级法学的基本思想，从而倾向于近代的“法治主义”，这是他要求的近代资产阶级法制取代中国固有的封建法制的思想理论基础。
（二）沈家本刑事立法的指导思想
沈家本在主持修律工作时，对编纂刑律很重视。他说：“各法之中，尤以刑法为切要，要先从事编辑。”徐世虹主编：《沈家本全集》，中国政法大学出版社，2010年1月版，第二卷，第451页。之所以如此，除了受中国古代重刑轻民的传统观念影响外，和当时舆论对旧刑律的苛重落后讥议较多也有关系。为了革除旧刑律中存在的弊端，沈家本在编制《新刑律》及修订《大清现行刑律》时，不同程度地采纳了资产阶级刑事立法的原则，提出进行刑事立法的指导思想。主要有如下几点：
第一，改重为轻、更定刑名。沈氏这一主张实际上是资产阶级人道主义和中国“仁政”观念的结合物。他指出：“窃维治国之道以仁政为先，自来议刑法者，亦莫不谓裁之以义而推以仁，然则刑法之当改重为轻，固今日仁政之要务。”徐世虹主编：《沈家本全集》，中国政法大学出版社，2010年1月版，第四卷，第612页。从这一观点出发，沈家本反对先秦法家严刑峻法的主张，认为这种主张的做法“非帝王之道，未闻用商鞅之法或致尧舜之治”。按照沈家本的看法，“用法而行之以仁恕之心”，不一定有什么弊病，反之，如采用重刑，倒可能带来许多问题，甚至使法不能施行。沈氏的这一思想，具有一定的合理性和进步性。
为说明应改重从轻是正确的，沈家本还进行了中西比较。他认为无论是罪名还是刑罚，都是“中重而西轻者多”，因而西人每訾中国的重法为“不仁”。侨居中国的外国人，更以此为借口而不受中国法律的约束。所以从适应国际法律潮流来考虑，也应改重为轻。
基于这种认识，沈家本建议废除历代遗留下来的酷刑。首先他强调应革除凌迟、枭首、戮尸三种“不仁、不正、不德”的刑名。其次他还要求废除缘坐、刺字等刑罚，并将戏杀、误杀、擅杀三种罪的虚拟死罪改为流徙。在此基础上，沈家本进而主张更定刑名，将原来各种刑罚简化为死刑，无期徒刑，有期徒刑，拘留及罚金五种。至于死刑，他主张一般只用绞刑。他希望通过刑名的改革，使中国刑法大体上能同世界各国刑法划一。此外，还想通过新的规定，从律文上把改重为轻肯定下来，真正做到革除各种酷刑及体罚。沈家本的废除封建重刑和更定刑名的主张，显然是一个历史的进步，使中国的刑法制度和刑法思想，从封建主义向近代资本主义迈进了重要的一步。
第二，适用法律平等。前面在评价沈家本的平等观时，曾谈到士庶同等科刑，已涉及这个问题。此外，他还从民族关系方面谈到旗人与汉民在法律面前平等的问题。在《旗人遣军流徙各罪，照民人实行发配折》中，沈家本写道：“默规世远，概念时艰。欲筹挽救之方，不得不变通办理。现行律例折枷各条，概行删除，以昭统一而化畛域。”这里，他不仅指出要消除满汉畛域，须满汉“一体同科”，即适用法律平等原则，而且还指出适用法律平等也是涉及法令统一的问题。不过由于沈家本还有纲常礼教思想，因此，他关于适用法律平等的主张是不彻底的。
第三，罪行法定，消除比附。罪刑法定主义，是近代资产阶级刑事立法的基本原则之一。沈家本在西方法学影响下，也持有这种主张。他不赞成法律关于“断罪无正条，用比附加减之律”的规定，指出“近来东西各国刑法皆不用此主”。在他看来，律无正文而用比附断案定罪，既不符合立宪的精神，而且容易发生流弊。这是因为：其一，“司法之审判官得以己意，于律无正文之行为，比附类似之条文，致人于罚，是非司法官直立法官矣。司法、立法混而为一，非立宪国之所宜有也”。沈家本：《历代刑法考（四）·明律目笺一》，中华书局，1985年版，第1820页。其二，“法者与民共信之物，律有明文，乃知应为与不应为，若刑律之外，参与官吏之意见，民将无所适从。以律无明文之事，忽援类似之罚，是何异以机井杀人也”。他认为这种做法是“不信于民”。其三，“人心不同，亦如其面，若许审判官得据类似之例，即可恣意出入人罪，刑事裁判难期统一也”。
沈家本的这些分析，从反对封建主义刑狱的主观擅断，任意定罪科刑来说，已经属于资产阶级进步的审判思想，吸取和接受了近代资产阶级古典刑法学派贝卡里亚、弗尔巴哈等人罪刑法定主义思想的学说。
第四，刑罚与教育互为消长。沈家本认为治国之中，不能没有刑法。他赞成《管子》一书中所说的法有“兴功惧暴”的作用，指出“刑法乃国家惩戒之具”，即使唐虞盛世，也“未能废刑而不用”。这就是说，沈家本是主张对犯罪施以刑罚，以起到惩肃的作用的。但是，沈家本又反对纯任刑罚，而主张教养和刑罚相辅而行。在他看来，只有刑罚而没有教育，是起不到减少和防止犯罪的作用。这是因为“犯罪之人歉于教化者为多，严刑历法可惩肃于既往，难望湔祓于将来”徐世虹主编：《沈家本全集·论诬指》，中国政法大学出版社，2010年版，第四卷，第656页。因此，沈家本不仅注意一般的教育问题，而且把感化教育注入刑罚论之中，把惩治教育作为刑事立法的一条原则。这一主张，首先体现于如何对待少年犯问题上，沈家本认为未达到刑事责任年龄（刑律草案定为满16岁）的少年犯，“乃教育之主体”，而“非刑罚之主体”。所以对这些人主要的不是处刑而是关至“感化院、惩治场”，施以惩治教育，使之受感化而迁善。其次是主张对犯罪施行监禁，目的不在于使其受苦辱，而仍以受感化教育为依归。出于这一考虑，他又力言要改良监狱。这些思想，较之封建法律思想，显然都前进了一大步。
第五，改革诸法合体。中国原来的封建法系，从体例上说是诸法合体，这是与封建自然经济条件下，商品经济不发达的情况相适应的。但是，鸦片战争后，随着商品经济与资本主义的发展，社会经济状况已发生变化。因而沈家本认为原来诸法合体的旧法系概不合当今各国法律体制，也不能和新形势相适应，应予改变。他说：“窃维法律之损益，随乎时运之递迁，往昔律书体裁虽专属刑事，而军事、民事、商事以及诉讼等项错综其间。现在兵制既改，则军律已属陆军部之专责，民商及诉讼等律钦遵明谕特别编纂，则刑律之大凡自应专注于刑事之一部。推诸穷通久变之理，实今昔之不宜相袭也。”沈家本：《奏刑律分则草案告成缮具清单摺》，载《沈家本全集》第二卷（徐世虹主编），中国政法大学出版社，2010年版，第457页。
根据这种认识，他在修律时，基本上采用近代资产阶级法律体系将民事与刑事分开，而且将实体法和程序法分开，分别编纂了刑律、民律、刑事诉讼律及民事诉讼律等法典草案，使之在一定程度上更能适应发展资本主义商品经济的需要。
以上是沈家本关于修订刑律的几条基本思想，从这些思想可以看到，他基本上接受了资产阶级国家前期的刑法思想和刑事立法的三个基本原则，即：罪刑法定主义、罪刑相适应和刑罚的人道主义。而沈家本所主张的“删除比附”，“律无正条不处罚”，就是罪刑法定主义的体现。又如他主张革除酷刑，更定刑名，则包含有刑罚人道主义的内容。至于他所主张的适用法律平等，又和罪刑相适应的原则有关系。总而言之，在中国刑法学史上，沈家本较系统地阐述了近代资产阶级的刑法思想和刑事立法的基本原则，并且第一次将其运用于修订刑律和编纂刑法典之中。对研究中国刑法史从古代向近代的演变来说，沈家本的法律思想和法制理论，具有重要的历史意义和学术价值。
当然，我们也应看到沈家本是奉旨修律，因此，在修刑律过程中，又不免有迎合清廷旨意之处。新刑律中保留一些封建性内容和其他消极因素，同沈家本的这种态度也有一定的关系。
在上述法律思想指导下，沈家本开始组织修订新刑法典的工作，而且为了“模范列强”，还组织了翻译各国法典的工作，这对于使中国人更系统地了解和研究外国法律制度，对于改变中国旧的封建法系，都起了重要作用。尽管他的修律存在一些问题，但沈家本在中国近代法制史和法律思想史上，仍然有较大的贡献。
三、修刑律中“法理”派和“礼教”派的论争
沈家本在1907年以后，陆续编纂出刑事诉讼律草案及新刑律草案，清廷将其交付大臣审议，由此引起一场论争，即“法理”派和“礼教”派的论争。“法理”派是以沈家本、杨度等为代表；“礼教”派是以洋务派张之洞为代表和顽固派劳乃宣、陈宝琛等为代表的联盟，争论的核心，实质上是如何对待封建纲常的问题。