一、蔡元培的赏识
林语堂到上海时，当年北京大学老校长蔡元培正在筹办大学院及其下属机构中央研究院。蔡元培离开北大后，曾赴欧洲考察，历经三年。南京国民政府成立，他被任命为国民政府教育行政委员会委员。南京政府借鉴法国的教育制度，决定设立大学院，履行教育部的部分职能，同时设立中央研究院，具体从事自然科学和社会科学研究。1927年6月17日，蔡元培被任命为大学院院长，进行筹备。10月1日，大学院正式成立。11月20日中央研究院成立于南京，1928年3月迁往上海。蔡元培兼任代理司法部长。4月，又被正式任命为中央研究院院长。
中央研究院是蔡元培全力以赴、苦心经营的一个文化机构，先设立理化实业研究所、社会科学研究所，在两年的时间里，先后建立起九个研究所，共聘任、兼任、名誉、特约研究员91人，国内所有最著名的人才和科学家都被邀请其中。林语堂来上海，恰好是蔡元培的用人之时，对林语堂，蔡元培是很了解的，所以林语堂得到了蔡元培的器重和赏识，他被任命为中央研究院的英文主编，兼该院国际出版品交换处处长。所谓英文主编是其名，实际是蔡元培的英文秘书。这是一个没有具体任务的职务，虽然清闲，但待遇不菲，月薪300元。在林语堂来中央研究院任职期间，鲁迅和江绍原也被任命为大学院的特约撰述员，月薪也是300元。一年后，大学院取消，恢复教育部，中央研究院独立出来，成为科研机构。大学院撤销后，鲁迅仍为特约撰述员，归中央研究院，直到1931年。
林语堂对蔡元培一向敬重，他在后来写自传时曾说："蔡元培，他是北京大学校长，把北京大学变成了全国的改造中心。我们大家都向他敬称'蔡先生'。在国民党元老当中，他是唯一真正了解西方的。他中了进士，又是翰林院的翰林，这是人所争羡的，他也是国民党党员，在成立兴中会时，他和中山先生很密切。在康有为、梁启超保皇党瓦解之时，他到法国、德国去求学。他归国做北京大学校长之时，他把学术自由奉为第一要事，在北京大学里，教授的新旧派是兼容并包。他聘请旧派名儒刘师培、黄侃、大名鼎鼎的辜鸿铭。......著名的英国小说翻译家林纾，他仍然称白话文为'引车卖浆者之言'。他曾写过洋洋万言的长文为文言辩护。另一方面，蔡元培也为胡适、陈独秀、沈兼士和新青年那一派敞开了大门。蔡元培平易近人，不仅仅于细节。蔡夫人曾经说：'米饭煮的好他也吃，煮焦了他也吃。'但是对重要的问题则严格认真，绝不妥协。我记得反对凡尔赛和约割让山东半岛给日本时，蔡元培站起来说话，他的声音很柔和，他说：'抗议有什么用？我是要辞职的。'第二天，他神不知鬼不觉的，搭上蓝色的京沪快车离开了北京。"
林语堂和蔡元培都住在上海愚园路，每天上班同坐一辆车，一路说着话，不知不觉就到了设在法租界亚尔培路三百三十一号(今陕西南路一百四十七号)的中央研究院。林语堂的办公室在二楼，虽然房间不大，但由于专放元明善本书，所以给了林语堂一个研习中国古代文化的好机会。他的工作也不是很忙，上午办公，下午就可以专心读书了。
由于《语丝》搬到了上海出版，且鲁迅答应了李小峰的要求而进行编辑，所以，林语堂写的一些文章就在《语丝》上不断发表。《语丝》第四卷共出52期，林语堂就发表了11篇，主要有《萨天师语录》(之二、三、四、五)、《哈第论死生与上帝》、《论静思与空谈》、《论创作与批评》、《给孔祥熙部长的一封公开信》、《〈翦拂集〉序》等和一些语言学论文。林语堂喜欢对语言学的研究，也喜欢对中文打字机的设计制造研究。他还应上海东吴大学法律学院院长吴经熊的邀请，在东吴大学担任英文教授一学年，这是他在上海十年中唯一的执教经历，他利用业余时间编写英语教材，也为后来编辑教科书打下了基础。又由于林语堂和鲁迅同在蔡元培主持下的研究院工作的机会，所以两人的关系也会密切许多，为以后在"中国民权保障同盟"共事创造了客观条件，这与蔡元培的慧眼识人才分不开的。
二、《子见南子》风波
林语堂一生写了唯一的一个剧本《子见南子》，引起了一场轩然大波。《子见南子》是林语堂的独幕悲喜剧，这个剧本发表在鲁迅和郁达夫合编的杂志《奔流》第一卷第六期上，时间是1928年11月30日。《子见南子》的故事取材于《论语》和《史记》，应该说是一出新编历史剧。
孔子的学说已成为儒家的经典，孔子作为儒学的祖师爷，在中国已经有了几千年的历史。尤其是他后来被称为"大成至圣文宣王"，已经变成了一个偶像。在五四运动中，孔子作为新文化运动攻击的对象，在全国已经被赶下了历史的舞台。《子见南子》的诞生，正是社会上尊孔复古的潮流又要开始抬头的时候。但林语堂一直站在新文化的立场，非常痛恨借孔子的旗号进行复古。林语堂既反对复古，又有自己的孔子观，即孔子是一个近乎人情的幽默家，是一个有着七情六欲的人！所以林语堂从人学的角度，对孔子进行研究，他一生写过许多有关孔子的专题文章，并且第一个把《史记》中的《孔子世家》翻译成英文。《子见南子》只是林语堂"孔子观"的形象说明和艺术外化的结果。林语堂讽刺和揶揄的不是几千年前的孔子，而是20世纪20年代中国社会的封建遗老，借以讥刺当时的尊孔读经的复古思潮。实际上，林语堂对孔子颇有好感，他从孔子身上发现了幽默在中国古代文化中的根源。《子见南子》通过艺术形象告诉大家：林语堂的孔子观的核心是反对被宋儒歪曲了的孔子，恢复孔子本来的面目。
《子见南子》说的是孔子在卫国时拜见了卫灵公的爱妃南子，遭到了孔子的学生子路的反对。因为南子的名声很不好，不仅参与政治阴谋，而且行为放荡。子路认为老师孔子不应该去见这样的人。孔子以为南子的行为是她自己的事，自己去见她，只不过按礼办事而已。再则，圣人道大德全，无可无不可。为什么不能去见她呢？再则，卫国一向被看成奢靡情乱之国，不合儒家的礼仪规矩，孔子携弟子去见南子，就是希望帮助卫国恢复礼仪。令人遗憾的是，孔子不仅没有说服南子，反而被南子征服了。通过与南子的接触，孔子改变了对她的看法，也对自己的思想观念产生了怀疑。孔子意识到，南子不仅不是淫乱的荡妇，而是充满了活力和生命气息的富有个性解放的美丽女子，南子的观点极具有现代意识，又合乎人情事理。请看剧中的情节：
南子希望孔子参加她的"文艺研究社"，孔子说："有夫人主其事，我自当遵命。但是恐怕士女之间时或有越礼之事，要请夫人防范才是。"南子说："你又来了，我想饮食男女，就是人生的真义，就是生命之河水的活源。得着这河源滚滚不绝的灌溉，然后人生能畅茂向荣。男女关系是人生之至情，至情动，然后发为诗歌，有诗歌然后有文学。先生听见过我们卫国的诗歌吗？"南子的一番言说，使孔子无言以对，只能唯唯诺诺而已。
在林语堂的笔下，剧本还描写了卫国的歌舞。南子的音乐舞蹈不仅不伤风败俗，而且美妙动人，令人怦然心动，即使孔子和他的弟子也不能不受其感染。孔子和子路"都目不暇顾，心神向往，但有呈一种悒郁不安之状"。子路情不自禁地脱口而出："夫人曲舞都这样的好，真是天才，佩服之至。"孔子也禁不住道："想不到乐舞有这样的好！"孔子为南子的声容所动，竟然发出这样的感叹："行年五十六，到今日才明白艺术与认识人生。是的，这才是真正的诗，真正的礼，真正的乐。别种的雅颂及别种的揖攘都是无谓的，虚饰的。"
林语堂对孔子的认识与众不同：林语堂是喜欢孔子的，尤其喜欢他的幽默可爱的性情中人。所以在剧本中写出了一个充满生活气息的活脱脱的孔子。剧中的孔子，已不是一个高高在上的神人，而是有血有肉、有爱有恨的普通人。这就是林语堂心目中的孔子。
按今天的看法，南子不仅是一个在政治上能干，而且是个性解放的女子，她是秀外慧中的一个古代美女，她还具有艺术天赋，对音乐、舞蹈、文学、人生都有深刻的见地。可是在两千年以前的孔子及学生的认识不可能是这样的，他们当时会认为南子是一个放荡不羁、水性杨花的祸水女人，所以，儒家门徒对此事讳莫如深，从不提及。现在，林语堂偏偏要把这件事揭发出来，且有大肆渲染的意味，当然要让圣人的后代在面子上过不去了。
《子见南子》一发表，孔氏家族大为不满，但各地学校纷纷排演，受到了观众们的欢迎。1929年6月8日，山东省立第二师范学校在游艺会上联合演出了《子见南子》，结果，引起了一场不小的麻烦。
此剧是在孔氏的聚居地曲阜上演的。孔子的扮演者也是孔子的后裔。按一般的来说，此剧并没有侮辱孔子的意思，根本用不着兴师动众。可是，孔祥藻是当地的大青皮，再加上一个道貌岸然、品行恶劣的孔教会会长孔繁朴，两人串通一气，在背后怂恿、操纵，搞了一个60户族人上书教育部，控告山东省立第二师范学校校长宋还吾，指责他指使学生上演《子见南子》一剧，"侮辱祖先宗"，请求查办。后面署名了21人的名字：
孔传堉、孔继选、孔广璃、孔宪桐、孔继伦、孔继珍、孔传均、孔广珣、孔昭蓉、孔传诗、孔昭清、孔昭坤、孔庆霖、孔繁蓉、孔广梅、孔昭昶、孔宪钊、孔广成、孔昭栋、孔昭鍠、孔宪兰
工商部部长孔祥熙闻得此信，立即支持他们的控告，力主严办，并亲自打电话到教育部过问此事。教育部部长蒋梦麟接了孔祥熙部长的电话后，对此置之不理也不好，因此，他派参事朱葆勤会同山东省教育厅督学张郁光，到曲阜了解调查此事。山东省省立第二师范校长宋还吾也写了答辩书，据理力争，向教育部说明此事："《子见南子》一剧，事诚有之。查'子见南子'，见于《论语》......总观原呈：满纸谎言，毫无实据。谓'侮辱孔子'，欲加之罪，何患无辞，纵使所控属实，亦不出言论思想之范围。尽可公开讨论，无须小题大做......"第二师范学生会也发出通电，否定孔传堉、孔繁朴等人的控告。教育部部长蒋梦麟、监察院院长蔡元培8月去青岛时路过济南，也表示二师师生排演《子见南子》新剧，并无侮辱孔子的意思。朱葆勤和张郁光调查的结果是，孔传堉等人的呈文与事实不符。
鲁迅很喜欢《子见南子》，他也很关注《子见南子》一剧引起的这场风波。他曾将有关材料加以汇编，冠于《关于〈子见南子〉》的题目，刊载于《语丝》第5卷第24期。鲁迅在《结语》中说："'另有任用'，其实就是'撤差也'。这即所谓'息事宁人'之举，也还是'强宗大姓'的完全胜利也。"这场风波最后还是以宋还吾"调厅另有任用"而结束。
林语堂也曾写了《关于〈子见南子〉的话》，对于《子见南子》引起的这样一场风波，表示实在"滑稽"得很，并驳斥了赵普船对《子见南子》的指责，认为自己创作此剧对于孔子的描写是无可厚非的。剧中的孔子毕竟是一个艺术形象，如果把他与生活中的孔子完全等同，是完全没有必要的。况且，仁者见仁，智者见智，对孔子的理解也可以从多个角度去认识。
三、与鲁迅的"疏离"
鲁迅与林语堂的关系，按林语堂本人的说法是："鲁迅与我相得者二次，疏离者二次，其即其离，皆出自然，非吾于鲁迅有轾轩于其间也。吾始终敬鲁迅。鲁迅顾我，我喜其相知，鲁迅弃我，我亦无悔。大凡以所见相左相同，而为离合之迹，绝无私人意气存焉。""然吾私心终以长辈事之。"在鲁迅去世后，林语堂在美国讲演中国文学时，还高度评价鲁迅，认为鲁迅的短篇小说在现代中国还是最好的。然而，在中国现代文学史上的很长一段时间里，一般人并不知道。因为鲁迅与林语堂争吵过，批评过，所以，人们对林语堂的看法都是站在鲁迅的立场上。