有了明确的定位后，战略部署也随之明确。有一段时间，罗泽南回援湖北，武汉久攻不下，江西形势没有好转，他主张罗泽南撤销对武汉的进攻，返回江西，重点进攻江西腹地，以求缓急之别。他说：
武汉两岸三万馀人，既无罗泽南一军，亦尚足敷防剿。江省西南与湖南、广东接壤，若不迅速殄除，实为三省无穷之患。
这一思想，我认为是很正确的。一是武汉久攻不下，势必挫伤锐气，造成很大的人员伤亡，事实上，罗泽南就是因为进攻武汉而受重伤致死；二是倘若扼住了江西腹地，等于拦腰斩断太平军东西联系，使得太平军首尾难顾，势必回师救援江西。三是当时湘军形单势薄，力量不强。特别是1855年，湘军力量分散，战斗力锐减，需要集中起来作战。但是朝廷没有采纳他的建议，曾国藩只好在江西带着李元度等苦撑。
合理配置进攻兵力，是曾国藩攻的领导艺术的重要手段。曾国藩一贯注重兵力的整体、同步推进。他分析太平军的优势时，非常客观地指出：
自逆贼狂窜以来，糜烂数省，濒水郡县，生灵受其荼毒。掳胁日众，凶焰日张。所以纵横恣肆，未能遏其冲突者，贼掠取江湖舟舰以：数万计，长江数千里，昆船为至，沿江险要，均为贼踞。一旦顺风扬帆，伺便狎至，官军有陆路而无水师，来莫拒而去莫追，以致坐受其困。自奉田迢筹盗舟师，菇鬲诵頑、岳州诸大捷。
水师是基本的物质基础。这个基础准备好后，曾国藩才开始“东南不归之计”。1859年，根据咸丰的要求，曾国藩“统筹全局”，提出自己的看法，他认为当时湘军进攻的重中之重应该是安徽。他认为：“就近处数省而论，则安徽军务最为吃重，江西次之，福建又次之。”又说：
自安庆至宿、亳千余里，人民失业，田庐荡然。火热水深，迫切待救。胜保、翁同书两军，相隔既远，兵饷并绌，东北各路，亦无协剿之师。诚如圣谕：非由楚省派兵驰援，不能牵制贼势。官文、胡林翼拟将援湘马步各军调回，分路进发。皖、鄂接壤，途径纷歧。上年李续宾锐意深入，连克四城。因兵数太少，有战兵，无守兵；有正兵，无援兵；是以中道挫衄。今惩前之失，须合全力图之。多添一兵，得一兵之力；早办一日，救一日之难。中原腹地，莫要于皖。生民苦厄，莫甚于皖。
这段文字充分说明了曾国藩在阶段性用兵上，注重整体协调、统筹配合的特点。他指出胜保、翁同书两军东北各路，没有协调配合的军队，所以湘军出师皖中，就起到了一个遥为声势与呼应的作用；认为李续宾失败的原因，在于单支军队深入敌人腹地，没有整体配备后续、两翼军队一同推进。因此在安徽战场上，必须“合全力图之”。在这个基础上，他提出了四路进兵的思路：
南则顺江而下，一由宿松、石碑，以规安庆；一由太湖、潜山，以取桐城。北则循山而进，一由英山、霍山以取舒城；一由商城、六安以规庐州。南军驻石碑，则可与杨载福、黄石矶之师联为一气；北军至六安州，则可与翁同书寿州之师联为一气。臣所部不及万人，仅足自当一路。若将援湘之萧启江调回，则臣处可分为两支。若并将张运兰调回，则臣处可分为三支。一支之力，仅能会剿皖北。三支之力，则可专任皖南。
后来在具体实施中，这个设想演变为四个主战场、七路重兵。四个主战场，即以金陵为核心的金陵战场、以上海为核心的东部战场、以杭州为目标的浙江战场、以庐州为中心的皖东战场。七路重兵：李续宜军进取淮北寿州等地；多隆阿进取庐州；曾国荃以及水师进取巢湖、芜湖，进逼金陵；鲍超等进取宁国、广德；唐义训、朱品隆等在祁门、徽州，进取广德；左宗棠一军进入浙西；李鸿章淮军进扎上海。三军整体配合，协同跟进，互相呼应，是曾国藩进攻的一大特征，也是他制胜的基本原因。
武汉攻坚战
1854年农历8月21日至23日深夜，湘军仅仅用了不到3天的时间攻下武汉。这次战役，消灭太平军数千人，烧毁其战船1000多艄，湘军伤亡不到200人，以最小的代价获得了最大的胜利。
武汉雄踞长江中游，是东西咽喉，南北要冲。太平天国建都南京，必争武汉；湘军要消灭太平天国，必争武汉。1852年太平军第一次占领武昌，随即东下，武昌被官军夺回；次年太平天国西征军再次夺回武昌、汉口，并派三四万重兵深沟高垒坚守。据曾国藩记载：
从来此贼守城之法，不守陴而守险，其精悍者，不聚于城内而堵于城外，往往扼险筑垒，坚不可拔。花园外濒大江，内枕青林湖，该逆立大营三座，掘深沟宽二天；长约三里，引江水以达于湖；垮均周立木城，实以土沙，中开炮眼；沟外植二尺许木桩，交互连钉；桩外密布竹签，环以荆冻；木城之内，又有砖城内壕，层层抗拒，其坚固几与金川之石碉相等。安炮百馀尊，向江者阻我水师，向南者阻我陆军。西岸虾蟆矶贼营，其坚固亦与花园相等。贼船泊于两营之下，水陆依护。
从这段话，我们可看出，太平军守城有一个突出的特点：不守城池，而守城池外围险要地方。因此，他们在花园、虾蟆矶修建了数座坚固的堡垒，堡垒前修了深沟，沟里注满长江之水，又钉植了木桩，安置了大炮。大炮用来轰击水路进攻的官兵。东西堡垒之间，部署了大量的战船。这样的防守措施可以说是“坚不可拔”。进攻这样的城市守军，可以说是一场硬仗、狠仗，一场艰苦的攻坚战。然而这样坚固的城市，却禁不起湘军三下五除二的进攻，仅仅三天的时间，就土崩瓦解，实出人意料。要是太平军能够以坚守九江、安庆的精神来守武汉，最后究竟鹿死谁手，只怕难以预料。武汉的迅速攻克，恰好说明了曾国藩的善于进攻，善于用兵。其特点主要有4个：
一是善于取势，直捣黄龙。他认为：“武昌为省会重地，拔其根本，则枝叶自萎，势不能兼顾小股，只得飞速进兵，直捣武汉，以图迅复鄂垣。”这和他后来先剪枝叶、再拔根本的思想完全相反。这也是由当时湘军的实际情况决定的。第一，湘军出湖南后，需要一个提供军饷、粮草的根据地，攻下武汉，这个目标即可达到；第二，武汉是湘军东征的拦路虎，必须首先解决；第三，以湘军当时拥有的力量，必须速战速决，只能集中力量进攻武汉，摧毁太平军的根本之地，自己才可以站稳脚跟。进攻武汉之前，曾国藩即派兵攻克武汉周边靠近湖南的有关地方，包括交通要道通城、崇阳、咸宁。这些地方的肃清，解决了进攻武汉的后顾之忧，切断了武汉的外援。
二是善于集中优势兵力。战前，他召开了金口会议，专门研究进攻武汉的策略。参加会议的有罗泽南、塔齐布、杨载福等人。会上，罗泽南等提出了进攻花园等地的建议，被曾国藩一一采纳，制定了集中优势兵力、水陆俱进的方略。进攻号角吹响后，罗泽南、杨载福等率军同时分别进攻武昌、汉口与长江水道；分别从古驿路、油坊岭进兵洪山，从新驿路经湖堤达到板桥，由沿江道路经金口以达花园；由沿江之路经沌口以达鹦鹉洲，由里河经蔡店以达西门，由襄河建瓴而下。水师从中锲入，隔断太平军东西守军的联系。塔齐布把守东北的油纸坊，拦住太平军撤退之路。
三是善于开展骚扰战。白天激战后，晚上本想好好休息，可是曾国藩不。他派出小股部队夜间骚扰守军，使得太平军整夜不能休息，耗费了弹药，也严重影响了战斗意志。
四是善于激发战斗意志。制订了奖励措施，“夺五采篷者，赏钱百千”。湘军作战勇猛，在太平军的枪林弹雨中猛攻猛打，“各哨官争先逞长，以低头避子为耻，又以火球不中贼舱为耻”， 遇敌敢打敢冲，取得胜利后马不停蹄继续进攻，不给太平军喘息机会，展现了良好的战斗意志。
奇袭田家镇
武汉攻克后，咸丰认为湖北大局已定，于9月12日下令曾国藩进剿九江，直捣金陵。“是楚省大局已定，亟应分路进剿，由九江、安庆直抵金陵，扫清江面。”并且命令江西巡抚陈启迈派兵船、炮船由九江进剿。曾国藩认为湘军有骄傲、自满之气，后勤给养难以保证，太平军兵力雄厚，百姓依附，攻打田家镇有难度，但是他认为当时的形势是有利于湘军顺江东下的，关键是田家镇之战。
田家镇位于湖北、江西、安徽交界处，是通往武汉的咽喉，具有十分重要的战略意义。它的对面是孤峰挺拔的半壁山。太平军在这里做了极其精密的设防。总计投入兵力4万多人，秦日纲、石祥祯率2万人马驻田家镇，韦俊、罗大纲、周国虞等带2万人守半壁山，同时在长江上浇筑了一条坚实的铁链，横锁着长江。半壁山下，共扎6座营盘：大营1座，小营5座。营盘四周挖一条深一丈多、宽三四丈的沟，将离半壁山五里远的湖水引来灌满。沟内竖立炮台10座，再用木栅围住。沟外密钉五丈宽的一排排竹签、木桩。林绍璋在富池镇扎了4座营盘，其布置大致和半壁山营寨相仿。半壁山顶，架起一座瞭望台，一天到晚有兵士在上面瞭望。对岸田家镇和下游富池镇，都可以清楚地看到山上打出的信号旗。江面上，周国虞指挥的战船聚集了300多艄，天天在南北两岸穿梭巡逻，严阵以待。北岸也是营寨相连，炮台相接。田家镇摆开了一个大战场，杀气腾腾地准备一场恶战。
田家镇战役，曾国藩采取了三步走的策略：
第一步，扫除外围，剪去枝叶。9月17日至21日，罗泽南收复兴国州城；塔齐布20日至21日收复大冶。19日水师在蕲州打败天平军水师，烧毁敌船90多艄，虽然蕲州仍在太平军手上，但是力量大减。
第二步，先攻半璧山，夺取南面要隘。一个战役、一次战斗，常常有一个生死攸关的点，抓住了这个点，就能置敌于死地；抓不住这个点，就可能被敌置于死地。半璧山就是整个田家镇战役的生死点。10月1日拉开战幕，太平军与湘军反复争夺半璧山。双方兵力悬殊，守半璧山的太平军加上江北支援的共计1万人，负责进攻半璧山的罗泽南部，仅仅2700人。其中，他自带湘勇900人，彭山元、普承尧带900宝勇，李续宾带湘勇900人。自10月1日到5日，战斗非常激烈。最后，湘军占领了半璧山，同时塔齐布占领距离半璧山十多里的富池口。
第三步，水师绕过蕲州的太平军直奔下游，进攻田家镇。越敌攻敌，这是富有创造性与想象性的决策艺术。位于长江北岸的蕲州、广济与位于南岸的兴国、大冶是田家镇的外围重镇，有重兵把守。特别是蕲州，太平军驻扎了水师重兵，成为遏制湘军东进的重要力量。十月初四、初五两天半壁山大战，湘军水师无法增援配合，只有陆军孤军奋战。这正是太平军的计谋。如何破解这一问题？曾国藩采取的正是越敌攻敌的办法。“我留水师之半与蕲州贼船相持，而以强半直冲下游，与半壁山陆军相合，则不堕贼计之中。”这一策略具有冒险性，但也具有可行性，关键是遏制蕲州城中陈玉成水师的追击。9月29日上午八九点的时候，湘军派遣十多艘战船到下游巡哨，被蕲州水师追击十多里，达到湘军老营。
湘军水师倾巢而出，左营彭玉麟、右营杨载福亲自救应，中营秦国禄、清江营愈晟、向导营孙昌国，各率快蟹、长龙等大船尽出；哨官任星元、李升元、鲍超等从南岸直冲蕲州以下的钓鱼台，对进攻的太平军实施前后包抄。这一战，烧毁太平军战船近80艘，夺取战船大小46艘，大炮63尊，以及武器若干。10月1日夜，太平军袭击湘军水师，湘军坚守不出，仅仅损毁战船1艄，可以说太平军是无功而返。之后几天，湘军不断派船炮击蕲州水师，太平军坚壁不出。10月8日，湘军水师利用移营的机会，佯攻太平军蕲州水师，太平军坚守不出，仅仅利用岸上营垒与战船上的大炮与湘军对轰——这正是湘军要的效果。鏖战之际，下游钓鱼台太平军20多艘战船上来增援，被击毁10多艘。湘军趁机进扎下游的骨牌矾。对蕲州实施水上包围，成功实现了越敌攻敌之计。次日再出师诱战蕲州太平军水师，太平军继续高挂免战牌，初十夜乘风逃走。湘军成功控制了江面主动权，田家镇战役外围基本肃清，决战条件成熟。
10月12日，杨载福、彭玉麟、塔齐布、罗泽南等召开秘密会议，研究破敌大计。会议决定将水师分为四队，分别负责斩断铁锁、轰击敌船、赴下游烧敌船、保护老营。塔齐布、罗泽南陆军在南岸助威。第二天上午战役打响，湘军按照分工各行其事，砍断铁索后，太平军水师慌了手脚往下游逃跑，杨载福率领水师追击到下游的武穴，由下往上纵火烧船，当时东南风大作，火随风势，烈焰弥天，太平军大败。这次战役，烧毁太平军战船4000多艄，俘获500多艄，秦日纲逃亡宿松、黄梅。听到田家镇被攻破的消息后，驻守蕲州的曾凤传、陈玉成于14日夜弃城逃跑。至此，湘军取得全胜。