海南是我国南方一个很出名的旅游胜地，美丽的海滩和岛屿吸引了无数深居大陆的有钱人去度假，或是安家。随之，房地产行业也在海南率先兴起了。潘石屹在1987年追随牟其中来到海南省，后来又和冯仑、王功权、张民耕等在海南省合伙成立了海南农业高科技联合开发总公司(简称“农高投”)——万通的前身。
1991年8月公司更名为万通公司，他们高息借贷1 000多万元炒房地产，在海南省第二波经济热潮中半年多赚取1千多万元。那时潘石屹通过炒房、炒地已经挣到了他自己的第一个100万元。潘石屹看到房地产为他带来的巨大利润后并没有钻到钱眼中去，他还始终保持着冷静的头脑和锐利的洞察力。仅一年后，一个偶然的发现，让他放弃了在海南继续靠房地产“淘”金的计划，因为总人数不过655.8万人的海岛上竟然出现了2万多家房地产公司，短短三年时间房价增长超过了4倍，海南的房地产市场已经出现了巨大的泡沫，他意识到“海南的房地产要出事了”。而且他发现海口市在建人均住房面积已达50多平方米，而同期北京人均住房面积才7平方米，北京的房地产业存在很大的开拓空间。
回到北京之后，他和其他人合作共同创建了北京万通实业股份有限公司，在北京开发出一系列房地产项目，包括北京万通新世纪广场、中国国际航空公司大厦、北京万通理想世界(现改名为新城国际)等。万通新世纪广场的项目为他在北京的长久发展，打响了最响亮的一炮。当初万通新世纪在阜城门开盘时，在香港利达行主席邓智仁成功的广告和定价政策销售下，万通新世界广场卖到当时市价的三倍，潘石屹因此获得了大量的资产。
不管他在万通怎样成功，终究是“为他人做嫁衣裳”，1995年他和他的妻子张欣女士共同创立了SOHO中国有限公司，这是属于他自己的公司。在他自己的公司里他的聪明才智以及经商理念和对建筑艺术性的直觉得到了更大限度的发挥，他终于成就了属于他自己的事业。他负责开发的房地产项目，包括在北京CBD的第一个大型综合项目、50万平米的SOHO现代城；位于海南省，拥有115栋别墅的博鳌蓝色海岸；由12位亚洲建筑师设计的长城脚下的公社（该项目成为中国首个在威尼斯双年展上荣获大奖的建筑项目）；位于北京CBD核心区域，70万平米的建外SOHO（该项目销售额突破90亿元人民币）。