后来因为种种原因，雅虎在2003年、2004年1月，先后收购了3721和香港3721公司，到了2004年3月，周鸿祎则出任雅虎中国区总裁，全面负责雅虎中国公司发展战略的制定及具体执行计划的管理。期间，他发布了集合先进YST雅虎搜索技术的独立搜索门户“一搜”，率先在中国市场将免费邮箱扩容1G，在搜索、电邮等领域动作频频，打出了漂亮的组合拳。到年底时，雅虎电邮跻身国内三甲，雅虎系在华流量全面超越Google中文。
很多人对他的这段由3721到雅虎的经历琢磨不透，何以一个成功创业者要卖掉自己的心血，而投身他人门下，对此他说：“我把3721卖给雅虎也可以选择离开，但是对于我来讲，如果利用雅虎给我提供的平台，我能够有一个更大的平台在上面做一到两年，对我来说应该能学到很多东西。我当时把雅虎看作一个挑战，虚荣心角度我不是没有。雅虎换了几任总经理都做不起来，我如果用一到两年的时间给大家一个震撼，这的确是我个人的成功。雅虎就像‘兄弟连’里面的伞兵，我的使命就是突围；把雅虎的业务做起来，对于我来讲我就更自信我的能力。反过来我也可以对业内证明，我不是一个天生只会做小公司的人。我给雅虎、给亚马逊、给Google、给微软、给Ebay，给所有的跨国公司上一课，要告诉他们跨国企业不要觉得自己很牛。Google研究了很多在中国本地化不成功或者成功的例子，所以才雇佣了李开复。”这种理想、雄心、抱负、信心令人敬佩，他十分清楚他可以做什么，要做什么，正在做什么，将来的奋斗目标是什么。
清代大画家、文学家郑板桥有句著名的话：“装糊涂，我装不来。你可知道，聪明难，糊涂难，由聪明变糊涂更难，难得糊涂。”人要对世界、对自身有清醒的认识，心机多的人可能有清醒的认识，但却假装糊涂，睁只眼闭只眼，天下太平；而率真的人就像郑板桥一样，“我装不来”，难得糊涂。周鸿祎就是难得糊涂的一个人。2005年8月任职期满后他又离开雅虎中国，一个月后，以投资合伙人的身份正式加盟IDG VC（国际数据集团风险投资基金），帮助国内众多中小企业获得快速发展的机会，推动整个行业的发展。