在江西会师的太平军为数众多，一拨接一拨逃出江浙血腥的战场。大群大群的太平军掠过这个不幸的省份，绝望，粗暴，充满仇恨。有的走到了湖南边界，但湖南人是太平军的克星，他们不敢贸然进入该省，终于回掠，朝福建奔去。
左宗棠在江西当过3年主要的守护神，但近年来他一心一意驱赶企图返回江浙的太平军。现在他们正在永远告别这个战场，人数远远超过了他曾奉命抗击的敌军。如果他独力肩负着这个使命，他会去拦截那些敌军，但他现在是一位总督，他要集中全力肃清浙江。或许他还感到自己已跟曾国藩分道扬镳，更愿意独自照顾自己的总督辖地。何况他已另建了供给基地，对他而言，江西的重要性已不如从前打仗的日子那么生死攸关。
鲍超的任务是阻止太平军从皖南逃走，但他无法完成这个任务。他是一名出色的战士，但他的水平局限于率部冲锋陷阵。传说鲍超先前在他的家乡四川是个流浪汉，生活绝望。有一天他走进一家饭店，叫了一顿大餐，打算在吃完之后服毒自尽。饭店伙计察觉他的企图，把盛有毒药的杯子从他手中敲落。鲍超只得作罢，痛哭失声。饭店老板可怜他，见他孔武有力，问他为何不去从军。他给了鲍超一笔小钱，送他上路。鲍超接受了建议，入伍从戎，靠着勇气和拼搏当上了将军，但他连自己的名字都写不全。
左宗棠做了兵力部署，阻止逃跑的太平军进入浙西，同时加紧攻打湖州。他把敌军赶出了安吉，在整个夏季逐步完成了对湖州的包围。威廉斯说，湖州的太平军兵力接近10万人，拼死抵抗湘军和淮军的攻击。湖州的城墙之外有一圈坚固的防御工事，攻击部队必须攻克一道又一道壁垒。直到7月底，官军才彻底合围。8月8日、9日和14日，左宗棠对湖州城南的防御发起猛烈的进攻，都被守军击退，损失惨重。《年谱》作者说，14日的进攻失利以后，攻击部队没“气”了，也就是失去了呼吸。任何熟悉这一地区8月份天气状况的人，都能想象到左军的痛苦经历。但是左宗棠毫无呼吸不畅的颓相，命令部队继续进攻。
8月17日，新一轮进攻开始，持续10天之久。法中联合军的大炮起了极大的作用，对攻击部队的帮助无可估量。富阳、杭州和湖州的战斗使左宗棠对大炮刮目相看。27日，湖州城内多处起火。1864年8月28日，左宗棠以雷霆之力夺占湖州。威廉斯说，大约有一半守军逃走了。［21］他们逃到广德，然后南下江西。天王的儿子和继位者洪福瑱，或者说二世天王，跟随他们同行。不出左宗棠所料，广德起了帮助太平军逃走的作用，当最后一批太平军离开江浙时，它才被敌军放弃。
7月19日，也就是在湖州易手6周以前，对南京的长期围攻有了一个血腥的结尾。据说湘军攻克该城时屠杀了10万太平军。天王终于意识到他的事业已经无望，于6月1日召见几名亲信，询问他们中国历史上是否有过皇帝被生擒的先例。没人回答他这个问题。于是他服毒自杀，几小时后咽气。波尔格说，他服下的毒药是金叶。他被秘葬在宫殿地下，他的儿子，一名16岁的少年，被拥戴为天王。这个消息没有公布，因为担心天王的死讯会引起恐慌。
南京陷落时，忠王李秀成坚守王宫，直至最后一刻。他设法将小皇帝带出险境，杀开一条血路，逃到城外。他们在乡间流浪了一阵，相互离失，忠王被捕。他被押到曾国藩的大营关了几天，在此期间他写了那篇著名的《太平天国始末》，俗称《忠王自述》。8月7日，曾国藩下令将他处死。传说是曾国藩让他自杀的，然后砍下他的头颅，做一做表面文章。
小天王逃往广德，然后到了湖州。［22］他跟湖州的太平军残部一起逃出，南下江西。9月24日，他险些在玉山被捕，最后于1864年10月25日在江西边界石城附近的柳溪村被席宝田的部队抓到。按照古代的习惯，犯有僭越罪的囚犯都要押解北京处死，但天王二世是在南昌被处决的，据说是因为朝廷为了照顾曾国藩的感受而做出的安排。
天王二世洪福瑱从南京逃脱的事件，标志着曾国藩与左宗棠的最终决裂。
在攻克南京的大屠杀发生以后，曾国藩接到报告，说小天王已被杀死。曾国藩信以为真，于是具折向皇帝报告了小天王的死讯。几天以后，左宗棠接到谍报，说小天王已经逃进湖州。左宗棠认为可信，向朝廷报告了这一消息。左宗棠的奏折否认了曾国藩的报告。曾国藩读了左宗棠的奏稿，怒不可遏，认为左宗棠意在破坏他的声誉，以便向皇帝邀宠。他写奏章痛斥左宗棠，坚持说小天王洪福瑱已经丧命。曾国藩的回复是对左宗棠的反击。
左宗棠读了曾国藩的反驳奏折，怒火中烧，写了一篇长长的奏疏加以反驳，从湖南到南京一路指责，把他对曾总督积累的怨愤统统倾泻出来。这是一份措辞过火的文件。天子无疑很高兴看到帝国之内两位最优秀、最强有力的汉人失和，尤其因为两人都是湖湘子弟。左宗棠的奏章表明了他对曾国藩的态度，而皇帝觉得这两个男人绝对不可能联起手来惹麻烦，于是圆滑地劝他们忘掉这件事情。然而双方一直没能忘怀，这件事中止了两人之间的交往。
可是，现在小天王已被抓到，充分证明曾国藩宣布他的死亡是过于急切了。［23］为了不再增添他的尴尬，天王二世被处死在南昌。
像李鸿章那样随和的人绝对不会用这种方式来跟曾国藩作对。他会听任历史记载洪福瑱死于南京，也可能私下里小心翼翼地向曾国藩指出他的失误，这样就能赢得永久的感激。但是左宗棠的天性中没有圆滑的一面。他直言无隐，决不害怕跟任何人辩论是非曲直，不论对方的地位多高。何况曾国藩向他的自尊射来的无数利箭已令他痛苦不已。对于正在崛起的湖南帮而言，这是一个非常不幸的事态，他们的两位最伟大的领袖之间形成了永久的隔阂。这对李鸿章没有任何伤害，他已经靠着在围攻南京末期的圆通处事赢得了曾国藩的感激，于是他迅速蹿升。他成为安徽帮的领袖，他的这个集团在19世纪最后的20年中占有主导地位。
大批的太平军在江西集结。尽管南京已经易手，江苏、浙江和安徽的太平军已经肃清，但这场农民运动远未寿终正寝。左宗棠帮助杨岳斌出任了皖赣军队的总司令，刘典成为他的副手。杨岳斌在曾国藩最初组建的基本队伍中只是一名编外军官。他在操控战船方面表现出出类拔萃的本领，以水师统帅而闻名。他不是学者，但他胆识超群，也有指挥才干。他在江西屡屡战胜太平军，收复了赣北的大片区域，被拔擢为陕甘总督。从编外军官到总督，这在大清帝国是空前的纪录。
蒋益澧从湖州追逐太平军南下，与来自浙江的几支劲旅协同作战，于1864年9月18日在徽州包围了3万敌军，促使他们投降。在从敌军整编过来的部队里，有7000枝外国制造的来复枪。在整个秋季，太平军逐渐被赶出江西，涌入福建。刘典带领他的8000名湖南兵和大批江西部队推进到赣闽边界，配合左宗棠平定福建。左宗棠很快意识到，福建有很多麻烦在等着他。在攻占湖州之后，他立刻开始从陆地和海上向福建调兵遣将。陆军奉命在延平集结，走海路的部队奉命开往福州和泉州。
左宗棠请求朝廷解除他兼任的浙江巡抚一职，因为他要全力对付福建的太平军。他推荐蒋益澧出任巡抚，杨昌浚升任布政使——任命很快就下达了。他着手打理该省的财政事务，整顿厘金。厘金是官员们现在最欢迎的税种之一，货物只要交付了关税，在该省任何地方都可免除再次征税。他免除了所欠的赋税和捐输，确定了一定期限免除人头土地税的标准，以鼓励那些在荒废的土地上恢复耕种的人们，并且重新调整了该省的盐税。
为该省恢复元气采取的措施正在着手制订，为指导官员而制订的纲领也在准备之中。攻占杭州城后的几天内，他就开始医治城内的战争创伤，修复街道、桥梁、沟渠和公共建筑。在经历了多年空前的破坏之后，恢复该省是一个艰巨的任务，左宗棠要给他们树立一个榜样。他坚信，大力促进遭破坏地区的恢复工作，会给百姓一种安全感，政府必须采取措施赢得百姓的信任，使他们感觉到付出的努力不会白费。他在浙江巡抚任上起草的最后几份奏折，其中一份写道：他认为政府的开源比节流更为重要，在行政运作中人比法律更为重要。［24］
攻占杭州以后，皇帝老板奖赏左宗棠一件令人羡慕的“黄马褂”，也可以说“黄夹克”。在浙江征战结束时，他被封了“伯”，这个称号大致相当于西方的伯爵。攻占南京之后，曾国藩被封了“侯”，或称侯爵。他弟弟曾国荃和李鸿章也封了“伯”，并赏戴双眼花翎。这后一项荣誉没有给予左宗棠，直到1年多以后，他已在福建和广东肃清太平军，他才获此殊荣。
注释：
［1］《太平天国野史》，第3 卷，第63页。
［2］《年谱》，第2卷，第44页。
［3］《年谱》，第2卷，第46页。
［4］《年谱》，第2卷，第45页。
［5］《年谱》，第3卷，第1（a）页。
［6］《年谱》，第3卷，第3－4页。
［7］黑尔：《曾国藩与太平天国》，第259页。
［8］《年谱》，第3卷，第8（a）页。
［9］《年谱》，第3卷，第8（a）页。
［10］《年谱》，第3卷，第9（b）页。
［11］《年谱》，第3卷，第14（a）页。
［12］《年谱》，第3卷，第11（b）页。
［13］《年谱》，第3卷，第13－14页。
［14］《年谱》，第3卷，第15（b）页。
［15］黑尔：《曾国藩与太平天国》，第260－261页。
［16］《年谱》，第3卷，第288－289页。
［17］《年谱》，第3卷，第18－19页。
［18］《清朝野史大观》，第8卷，第74页。（应为第7卷，原注有误。——译者）
［19］《年谱》，第3卷，第22（a）页。
［20］波尔格：《简明中国史》，第303页。
［21］《中央王国》，第2卷，第621页。
［22］《年谱》，第3卷，第25（a）页。
［23］《清朝野史大观》，第7卷，第74页。
［24］《年谱》，第3卷，第29（a）页。