最令阿古柏头痛的是俄国人。不论为公为私，他都不喜欢俄国人。他从1853年起就反对俄国人，那时他在阿克麦吉特抵御佩罗夫斯基将军的进攻，被俄军击败。在与俄军的各次交战中，阿古柏都是失败者。现在他自己当上了统治者，他仍然跟俄国作对。从他在喀什噶尔开始冒险的时候起，他就划出了一条反俄的阵线，若非左宗棠在俄国人出手之前就已经出场，并结束了他的僭越，那么俄国人一定也会消灭他在喀什噶尔的政权。
俄国人绝对没有忽略新疆中部与南部在他们中亚计划中所占的优先地位，但他们对天山以北地区特别是伊犁河谷兴趣更大。曾于1873年访问过伊犁河谷的舒伊勒说过，它是俄国人近来在中亚占领的最富裕的地区，他的看法是，惟有这个地区总是能够回报对它的投入。［2］
俄国人于1853年从塞米巴拉金斯克进军，首先占领了直达维尔尼的外伊犁地区。由于18世纪中叶乾隆的征战，中国人对下伊犁河谷和巴尔喀什湖有不甚明晰的主权主张。根据1860年签署的条约，中国政府出于指望俄国人协助中国促使英法联军撤出北京的考虑，同意改订中俄边界。在远东，这次改订使黑龙江和乌苏里江成为疆界，这样就把沿海地区和直到黑龙江口中国主张的领土划给了俄国。在中亚，这次改订把后来成为塞米列奇省的大部分领土划给了俄国，科依宾（Koibyn）以西的伊犁河谷也变成了俄国领土。尽管俄国人没有参加第二次鸦片战争（1856－1860），但是作为这次战争的结果，他们却在领土上大为获益。
如前所述，由于乾隆的征战，中国人对准格尔和伊犁河谷的主权诉求增强了。据说在这次战争中，大约60万名土著居民被消灭，或者逃出了这个地区。这个地区进行了重新安置，从帝国其他地区迁来了各民族的成员。他们当中有大约6000户回民来自新疆中部与南部。在回民运动以前的那个世纪里，伊犁河谷的人口在增长，到1862年有了35万人。
在新疆的参赞大臣驻节地新固尔扎城，有一支5000人的满人驻军，另有1000人的满人部队和3000人的汉人部队驻屯在河谷的其他地点。在这样一个边境地区，9000人的兵力似乎少了一点，但要记住，这里的大部分人口都号称是军事移民，所以形成了某种民团性质的组织，随时可以应召作战。
北路回民的真正暴动发生在1864年夏季，他们占领了乌鲁木齐，屠杀了那个地区的13万名满人和汉人。清廷的军队在伊犁集结，派去镇压造反者，但在玛纳斯境内遭到重创。接着伊犁河谷就发生了暴动。即便在那时候，官员们只要积极行动起来，似乎也不难把造反者镇压下去。回民内部争吵，其中一些人没有参加动乱的迹象。但是汉人和满人官员的作为如同喀什噶尔的官员一样。他们待在军营里，等待造反军来攻击。新固尔扎集结了大约8000兵力，就跟在喀什一样，他们静观其变。
回民军对新固尔扎发起了攻击。他们的攻击被轻易击退了。此后不久，参赞大臣被解职了，他从前的属下，塔尔巴哈台的朱古察克参赞大臣被任命为他的继任者。新任参赞大臣对省会附近壕沟里的回民军发起仓促的攻击，结果遭到惨败。回民军在新固尔扎附近集结，对该城进行无组织的攻击，同时包围了该地区所有的小军营。外围军营一个接一个失陷，到1865年底，只有省会新固尔扎挺下来了。
这一年中，回民在朱古察克起事，杀光了驻军和该城的所有满人与汉人。伊犁河谷与中国内地的所有交流就这样被切断了，只有通过俄国投递的信件除外。参赞大臣陷入极度的困境，多次向俄国人求援，正如中国人在太平天国时期请外国人援助长江下游。但是俄国人严守中立。
该城的主城区遭到破坏，只有城墙坚厚的驻军区保留下来，居民们在这里寻求保护。粮食很快就吃完了，斑疹伤寒在拥挤的人群中爆发，人们在经历可怕的痛苦。大约在1866年1月中旬，正值左宗棠在广东嘉应准备对太平军给予最后的残酷打击，回民军攻破了新固尔扎军堡的城墙，清政府在西部的最后一个前哨退出了舞台。
时过不久，回民中的两派公开为敌。1867年4月，双方在老固尔扎附近展开决战，最后阿比尔·欧格拉获得了最高权力，此人又称阿拉罕。他自称为苏丹。但是伊犁河谷绝没有恢复和平。吉尔吉斯的强盗帮穿过边境，冲入俄国，骚扰俄国人。
考夫曼将军，老派的帝国建立者，于1867年当上了俄国土耳其斯坦的总督。他在撒马尔罕安顿下来以后，把注意力转向浩罕及东部地区。阿拉罕向俄国人提过几次建议，但他们没有理睬。
阿古柏开始对天山以北的土地打主意。当他于1871年把军队调到吐鲁番时，人们都认为他企图吞并乌鲁木齐和玛纳斯的回民区域，并夺取固尔扎新苏丹的领地。不管怎样，俄国人认为这是他的企图，而他们不想让他进入伊犁河谷。他们占领了穆扎特关北面的通道，以阻挠阿古柏从那条路线派兵进入河谷的企图。
固尔扎周边的动乱还在继续。老固尔扎已经成为塔兰奇苏丹国的首府，而边境仍然遭到盗帮的袭击。考夫曼将军决定终止这种事态，于1871年夏季在科依宾以东召集兵力，打算平定固尔扎。科尔帕可夫斯基将军出任司令，领兵出征，塔兰奇方面只进行了轻度抵抗，阿比尔·欧格拉便投降了，固尔扎于1871年7月4日被俄国人占领。据说占领伊犁河谷的行动是由考夫曼将军发起的，圣彼得堡的当局对此行动甚为不满。俄国外交部赶紧通知中国政府：这次占领是暂时的，只要中国派出足够的兵力接收并维持秩序，就能收回领土。［3］
可以肯定地说，俄国人占领伊犁的理由，是对阿古柏的野心及其反俄的态度略为担忧。他拒绝俄国人到他的领地从事贸易，当某些有强大官方背景的商人进入喀什噶尔时，他直接买下他们的全部货物，然后将他们送回俄国。看来阿古柏采取反俄态度完全是因为他急于得到俄国的承认，他企图用高压手段来令俄国人对他的权力刮目相看。但是他对考夫曼将军的判断犯了可悲的错误。
俄国人于1868年建立了纳伦要塞，巩固了他们在伊塞克与喀什噶尔之间山区中的地位。这令阿古柏十分不快，他针锋相对，大大加强了阿克苏的防卫。考夫曼将军试图与阿古柏直接接触，就跟他跟浩罕交往一样，可是阿古柏似乎不想直接跟圣彼得堡打交道。
考夫曼将军随后试图引导浩罕的统治者胡达牙尔汗向喀什噶尔行使他的宗主国权力，让他进军喀什噶尔，把阿古柏赶走。胡达牙尔汗虽然不喜欢阿古柏，他却拒绝了这个提议。于是考夫曼将军给阿古柏送去一封信，告诉他：除非他像浩罕与博卡拉一样跟俄国建立友好关系，他对俄国与俄国人的态度会受到严厉的惩罚。阿古柏对他的答复是：
把你的信函送到我手中的最后一个信使不是俄国人，不是因为你没有俄国人可派，而是因为你认为只有浩罕与博卡拉才值得你派俄国人。如果俄国人相信我的好意，他就会派自己当中的一员前来，这才能向我显示他们的诚心，才会被我当作他们对我的善意的证据。如果你说的话果然是表达对我的好意，那就派一个比商人更有资格的人过来。派个俄国人过来，哪怕是塔什干人也行，虽然他只是一个牧羊人，我还是把我自己的使者派到你那里去。［4］
在许多年后将指挥一支军队参加日俄战争的考尔巴斯男爵，被任命为使节，派往喀什，与阿古柏签订通商条约。与此同时，俄国人开始向纳伦要塞大规模调动军队和给养。通商条约于1872年6月10日签署，阿古柏非常高兴，因为这样一来，他就被俄国人承认为主权国家了。他请求派一名使者前往圣彼得堡，得到了允许。1873年夏季，沙皇接见了这名使者，给予他相当规格的接待。［5］
那个条约对贸易关系并无显著的效果，因为俄国商人仍然没有行动的自由。军事准备仍在继续，要是1873年没有佛西斯使节团在喀什，俄国人很可能就入侵喀什噶尔了。阿古柏从这个使节团得到了不小的安慰，这使他对俄国人说话调子空前强硬。但是考尔巴斯使节团已经打探到了阿古柏的底细，掌握了他所能调动的兵力数量。他们集结了2万人的军队，由了不起的斯科别列夫将军指挥，准备在1875年初消灭阿古柏。就在这个关键时刻，浩罕爆发了叛乱，有可能影响到俄国土耳其斯坦的更多区域。准备进攻喀什噶尔的军队必须撤回，用到其他战场上。阿古柏捡了一条命。
尽管阿古柏自命为中亚穆斯林的领袖，尽管1875年的暴动给了他一个机会来证明他在反对俄国人的大斗争中所处的领导地位，但他还是没能在同教中人抗击俄国人的战争中伸出援手。他应该知道，只要他打算跟俄国人斗争，他就会有机会。有一个假设或许能够解释他在这场危机中的表现：他已经风闻他的王国以东正在发生什么事情。在甘肃的肃州，左宗棠将军正在按部就班地准备重新征服新疆。俄国人还没有完全恢复俄国土耳其斯坦的局势，来不及把喀什噶尔抓在手里，左宗棠的部队就已经开到了喀什噶尔，于是阿古柏的统治完蛋了。
注释：
［1］注意：下面对阿古柏的叙述主要根据波尔格《中亚问题》中的《喀什的已故阿古柏》。
［2］舒伊勒：《土耳其斯坦》，第2卷，第198页。
［3］舒伊勒：《土耳其斯坦》，第185～188页。
［4］舒伊勒：《土耳其斯坦》，第321页。
［5］舒伊勒：《土耳其斯坦》，第322页。