肾属于至阴之脏，至阴属水，所以肾是主水的脏器。肺属于太阴。肾肺属于少阴，是旺于冬令的经脉。
本篇要点
一、叙述了风水病的原因、症状及其病理变化，并指出了治疗水病的五十七个腧穴的部位及其与脏气的关系。
二、指出了治疗热病的五十九个腧穴的部位及其适应范围。
三、说明了针刺的深浅为什么必须结合四时的道理。
黄帝问道：少阴为什么主肾？肾又为什么主水？岐伯回答说：肾属于至阴之脏，至阴属水，所以肾是主水的脏器。肺属于太阴。肾脉属于少阴，是旺于冬令的经脉。所以水之根本在肾，水之标末在肺，肺肾两脏都能积聚水液而为病。黄帝又问道：肾为什么能积聚水液而生病？岐伯说：肾是胃的关门，关门不通畅，水液就要停留相聚而生病了。其水液在人体上下泛溢于皮肤，所以形成浮肿。浮肿的成困，就是水液积聚而生的病。黄帝又问道：各种水病都是由于肾而生成的吗？岐伯说：肾脏在下属阴。凡是由下而上蒸腾的地气都属于肾，因气化而生成的水液，所以叫做“至阴”。呈勇力而劳动（或房劳）太过，则汗出于肾；出汗时遇到风邪，风邪从开泄之腠理侵入，汗孔骤闭，汗出不尽，向内不能入于脏腑，向外也不得排泄于皮肤，于是逗留在玄府之中，皮肤之内，最后形成浮肿病。此病之本在于肾，病名叫“风水”。所谓玄府，就是汗孔。
黄帝问道：治疗水病的腧穴有五十七个，它们属哪脏所主？
岐伯说：肾腧五十七个穴位，是阴气所积聚的地方，也是水液从此出入的地方。尻骨之上有五行，每行五个穴位，这些是肾的腧穴。所以水病表现在下部则为浮肿、腹部胀大，表现在上部则为呼吸喘急、不能平卧，这是肺与肾标本同病。所以肺病表现为呼吸喘急，肾病表现为水肿，肺病还表现为气逆，不得平卧；肺病与肾病的表现各不相同，但二者之间相互输应、相互影响着。之所以肺肾都发生了病变，是由于水气停留于两脏的缘故。伏兔上方各有两行，每行五个穴位，这里是肾气循行的重要道路和肝、脾经交结在脚上。足内踝上方各有一行，每行六个穴位，这是肾的经脉下行于脚的部分，名叫太冲。以上共五十七个穴位，都隐藏在人体下部或较深部的络脉之中，也是水液容易停聚的地方。
黄帝问道：春天针刺，取络脉分肉之间，是什么道理？岐伯说：春天木气开始当令，在人体，肝气开始发生；肝气的特性是急躁，如变动的风一样很迅疾，但是肝的经脉往往藏于深部，而风气刚发生，尚不太剧烈，不能深入经脉，所以只要浅刺络脉分肉之间就行了。
黄帝问道：夏天针刺，取盛经分腠之间，是什么道理？岐伯说：夏天火气开始当令，心气开始生长壮大；如果脉形瘦小而搏动气势较弱，是阳气充裕流溢于体表，热气熏蒸于分肉腠理，向内影响于经脉，所以针刺应当取盛经分腠。针刺不要过深只要透过皮肤而病就可痊愈，是因为邪气居于浅表部位的缘故。所谓盛经，是指丰满充足的阳脉。
黄帝问道：秋天针刺，要取经穴和输穴，是什么道理？岐伯说：秋天金气开始当令，肺气开始收敛肃杀，金气渐旺逐步胜过衰退着的火气，阳气在经脉的合穴，阴气初生，遇湿邪侵犯人体，但由于阴气未至太盛，不能助湿邪深入，所以针刺取阴经的“输”穴以泻阴湿之邪，取阳经的“合”穴以泻阳热之邪。由于阳气开始衰退而阴气未至太盛，所以不取“经”穴而取“合”穴。
黄帝说：冬天针刺，要取“井”穴和“荥”穴，是什么道理？岐伯说：冬天水气开始当令，肾气开始闭藏，阳气已经衰少，阴气更加坚盛，太阳之气伏沉于下，阳脉也相随沉伏，所以针刺要取阳经的“井”穴以抑降其阴逆之气，取阴经的“荥”穴以充实不足之阳气。因此说“冬取井荥，春不鼽衄”，就是这个道理。
黄帝道：先生说过治疗热病的五十九个俞穴，我已经知道其大概，但还不知道这些俞穴的部位，请告诉我它们的部位，并说明这些俞穴在治疗上的作用。岐伯说：头上有五行，每行五个穴位，能泄越诸阳经上逆的热邪。大杼、膺俞、缺盆、背俞这八个穴位，可以泻除胸中的热邪。气街、三里、上巨虚和下巨虚这八个穴位，可以泻除胃中的热邪。云门、肩骨禺、委中、贿空这八个穴位，可以泻除四肢的热邪。五脏的俞穴两旁各有五穴，这十个穴位，可以泻除五脏的热邪。以上共五十九个穴位，都是治疗热病的俞穴。黄帝说：人感受了寒邪反而会传变为热病，这是什么原因？岐伯说：寒气盛极，就会郁而发热。
专家点评
本篇主要论述水病、热病的发病机理，治疗水病的五十七穴、热病五十九穴的部位和作用，故篇名“水热穴论”，正如马莳云：“内论治水治热之穴，故名篇。”
其中论述了水肿病的病机与治法，强调了肺肾二脏与水肿病的关系。肾居下焦，而水为阴亦趋于下，故水液只有靠肾之气化才能蒸腾而化为津液，肺居上焦，主气，有宣降之功，而水为阴，靠气则能敷布全身，正所谓气行则水行，故称“其末在肺”。文中所提水俞五十七穴，均与肾脉有关，说明肾脏对水肿病的重要性，这正是因为肾脏主水、总司人体气化之故。至于对五十七穴的认识，各家看法不甚一致，有待进一步研究。