2002年3月13日，石嘴山市环保局下发了《关于第三、第五排水沟流域治理的通知》。为确保黄河水厂水质质量，防止流域水质恶化，要求各县区严格执行有关制度，淘汰落后生产设备，下达流域污染企业限期治理任务，公示治理结果，加快污染企业的治理步伐。2003年，加强了对黄河流域的综合治理。一是以河滨工业园区、平罗太沙、惠农红果子工业区为重点，强化流域污染防治工作，市政府下达限期治理项目16个，共投入污染治理资金3300万元。二是市人民政府召开了全市环境污染治理现场观摩会及座谈会，对平罗沙湖纸业公司废水处理工程等项目进行了现场观摩，要求各级政府及有关单位加大防治力度，切实改善重点区域的环境质量。三是开展了清理整顿不法排污企业专项行动，对宁夏日盛实业有限公司等6家企业和1个工业园区进行了严肃处理，实施了对22家落后生产能力的企业的淘汰取缔现场执法行动。
2004年4月22日，石嘴山市环保局就“宁夏日盛实业公司废水治理情况”向自治区环保局进行了汇报。日盛公司工业废水严重超标，并直排黄河，被石嘴山市人民政府列入2002年限期治理项目，但逾期没有完成治理任务被罚款5万元继续列入2003年限期治理项目。2003年年底，该公司废水处理工程完工但在第二年3月23日的调试中，1号沉淀池壁倒塌，造成部分废水直排黄河。市环保局责令该公司尽快修复废水处理设施，并罚款3万元。2004年10月28日，市环保局下发《黄河石嘴山段水污染防治工作安排》。提出的工作目标主要是清查及关闭所有规模在5000吨/年以下的造纸污染严重企业，对重点污染企业进行执法检查，有效削减农业面污染源。《安排》对污染防治工作进行了责任分工，并提出了相应的保障措施。同年12月18日根据国家环保总局《确保引黄济津应急调水期间水质安全通知》的要求，对宁夏东方钽业有限公司等单位超标排放的情况进行了监察通报，要求有关单位立即加强管理，确保废水处理设施的正常运转，做到稳定达标排放。被环保局监察通报的单位还有宁夏英力特化工股份有限公司氯碱分公司、宁夏伊斯兰地质造纸厂、平罗沙湖纸业公司、平罗丰硕化肥厂、宁夏博宇焦铁公司、石嘴山市润丰化工公司、宁夏日盛实业公司。
2005年，加大了对黄河流域污染治理的力度。年初，对大武口发电厂等10家重点工业企业的18个项目下达了限期治理任务，在治理期限内，有10家企业的14个项目完成治理任务，其中宁夏大荣化工冶金有限公司工业废水综合治理实现废水零排放。8月，又下达了第二批限期治理任务，涉及20家33个项目，到年底已完成治理任务的有18家31个项目，到2005年年底，黄河过境段面为Ⅲ类水质，比前几年的水质提高1个类别（2001年～2004年为IV类水质），水污染状况明显好转。
“三排”和“五排”的污染治理
“三排”和“五排”的污染治理，是石嘴山市流域污染治理的最主要任务，是市民对环保方面最为关心的焦点，也是石嘴山市人民政府在水污染治理方面的工作重心。
2001年5月，对“五排”和“三排”流域的排污口进行了翔实调查。生产废水排入“五排”的工业企业有10家，主要有：平罗第二造纸厂（6月并入沙湖纸业公司），周城豫宁造纸厂，平罗洗毛厂（已停产），平罗亚麻厂，平罗糠醛厂，平罗惠北五星纸厂，惠农三富清真乳品厂，百乐开色拉油厂，惠农县造纸厂（2000年停产至今），惠农县宏宝纸业有限责任公司。污水排入“三排”的工业企业，主要有平罗县化肥厂、宁夏沙湖纸业公司、伊斯兰地质造纸厂、平兰焦化厂、石嘴山市力源煤化公司（原市焦化厂）、石嘴山区酿造厂等，共计10家。排入“三排”的生活污水，主要来自大武口区、石嘴山区、平罗县城、惠农县的西河桥和红果子镇。
市人民政府为加快污染治理，以石政发［2001］15号文件，对“三排”“五排”流域的22家重点工业企业，下达了限期治理任务，要求于当年12月15日前完成，并成立了督察服务指导小组进行督办。同年11月20日，市环保局向石嘴山市人民政府上报了《关于第三、第五排水沟流域环境污染情况的调查报告》。《报告》内容包括“三排”“五排”污染的基本状况、污染原因分析、防治对策等。
2002年3月13日，市环保局下发《关于“三排”、“五排”流域治理问题的通知》。《通知》要求平罗、惠农两地的环保部门做好四项工作：一是严格执行“三同时”等有关制度，从源头上控制新污染源的产生；二是淘汰落后生产设备，对污染严重的小企业果断采取关闭措施；三是按照分级管理的原则，两地的环保部门应根据实际情况，建议县人民政府下达限期治理任务，加快污染治理；四是落实环保目标责任制，对限期治理任务进行督察，并予以公示。
2003年4月，为贯彻落实自治区人民政府确定的“以沟补渠”农灌方案，市环保局召集平罗、惠农两县环保部门及相关人员对严控工业废水达标排放进行了部署，对“三排”、“五排”沿线工业企业的环保设施运转情况进行了检查。
2004年，组织有关人员，对市境内“三排”、“五排”流域的污染情况进行了调查，进一步摸清了流域内污染源分布和排污状况，并提出了相应的污染防治措施。4月，下发《关于加强企业环保设施运行管理有关问题的通知》，并与重点排污企业签订了《加强企业环保设施运行管理的协议》。
2005年，石嘴山市环保局组织人员，对全市102家污水排放企业进行了全面清查，绘制了全市污水排放企业防控电子图，建立了污水排放管理档案，进一步加强对“三排”、“五排”水污染的防治工作。石嘴山市人民政府分别于1月和8月，分两批下达了限期治理任务，共涉及30家企业的51个项目。到年底，这些被下达了限期治理任务的绝大多数部门都已完成治理工作。当年第三排水沟水质类别为劣V类，第五排水沟水质为IV类。
沙湖自然保护区、星海湖的污染治理
石嘴山市湖泊及湿地主要分布在冲积平原部分低洼地段，系引黄渠系及贺兰山沟谷流水补给类型，积水面积2.6万亩。
沙湖是市境最大的湖泊，位于平罗县境内前进农场区域，于1990年辟为风景旅游区。星海湖位于大武口东部，2000年以前为泄洪和废水排放积存湿地；2001年后，实施“蓝天碧水”工程，星海湖为重点整治项目，经整治后已成为秀美清洁的风景区。
2001年7月19日，市环保局下达《关于加强沙湖自然保护区环境管理工作的通知》。《通知》指出，沙湖自然保护区内共有污染点源58个，其中餐厅55个，锅炉及茶浴炉3个，年排生活污水6000立方米，污水未经任何处理直接排入，沙湖水质已呈现明显的富营养化趋势。《通知》提出了7点具体要求：1.按照上级有关规定，沙湖的环保工作将由石嘴山市环保局统一监管；2.沙湖自然保护区各单位要在8月18日前建立内部环保机构，并将污染整治方案上报；3.沙湖自然保护区原则上不再建设有污染的项目，现有污染项目要限期治理；4.所有新建项目必须按规定上报审批；5.有关企事业单位和个体经营者，要如实填报污染物排放申报表，接受市环境监理站的监理；6.市环境监测站要做好污染监测工作；7.全面加强环保宣传教育，增强居民及游客的环保意识。
2002年11月26日，市环保局下发《关于加强沙湖自然保护区污染防治工作的通知》，要求宁夏沙湖旅游公司做好四件工作：一是通过宣传教育，强化公众的环保意识；二是严格执行《中华人民共和国自然保护区条例》的有关规定，切实保护好沙湖的生态环境三是加强现有污染防治设施的运行和管理确保沙湖水质，加快游船更新进度，加快垃圾场和污水处理厂的建设和运营；四是做好自然保护区及周边的配套建设对严重影响沙湖水质的餐饮娱乐场所，要责令限期整改或搬迁。
2004年，市环保局根据市委和市政府实施“蓝天碧水”工程的要求把治理星海湖的周边环境，作为湿地整治的主要任务，先后下发《关于下达2004年星海湖周边企业污染整治意见》《星海湖周边大武口电厂灰渣场环境污染限期治理任务的通知》《星海湖周边煤矸石环境污染限期治理任务通知》等。经过治理，星海湖的水质及周边环境明显改善。
2005年，沙湖监测的15个项目中超过III类标准的项目有4项；按超标率大小依次为高锰酸盐指数、总磷、总氮、生化需氧量。与2000年相比，生化需氧量、挥分酚、高锰酸盐指数年平均浓度值有所上升，氨氮、溶解氧、总磷、铅年平均浓度值有所下降，总体评价，水质有所好转。
——大气污染防治
烟尘控制区建设
2002年3月13日，市环保局下发《关于加强城市烟控区环境管理的通知》。《通知》要求巩固大气污染治理成果，遏制污染反弹，具体做好三件事：一是按照国家《城市烟尘控制区管理办法》的规定，在烟尘控制区内，所有锅炉、茶浴炉、食堂大灶等烟气黑度必须小于或等于林格曼一级，70%大气污染源的浓度达标排放。二是市县两级环保部门要组成监督稽查组，加强对各烟尘控制区的监督管理，确保治理任务的完成。三是对先进单位予以表彰，对治理不力的单位予以曝光并依法处理。
加强农村禁烧秸秆和综合利用管理工作
2005年7月25日，市环保局、农牧局、财政局、交通局联合下发《关于进一步做好秸秆禁烧和综合利用工作的通知》。根据国家环保总局等部门《关于进一步做好秸秆禁烧和综合利用工作的通知》精神，要求做好以下工作。
积极引导，鼓励综合利用各县区、各乡镇要认真贯彻落实《大气污染防治法》和《秸秆禁烧和综合利用管理办法》。积极组织、研究、开发、推广综合利用技术，积极引导农民群众开展秸秆机械化还田技术，秸秆青贮、氧化、堆沤、快速腐熟、加工、保护性耕作、能源转化等综合利用技术。制定相应的优惠政策，建立激励机制，鼓励、支持农民及社会力量主动开发、利用秸秆资源。
严格执法，加强监督管理禁烧期间，各县区、各乡镇要积极宣传认真贯彻《关于进一步做好秸秆禁烧和综合利用工作的通知》精神，严格禁止焚烧秸秆；各县区要组织检查组进行秸秆禁烧现场执法检查，依法查处焚烧秸秆行为，确保重点交通干线的安全、高压输电线路的正常运行和大气环境质量由市环境监察支队进行督察，对秸秆禁烧和综合利用工作监管不力，未采取有效措施禁止焚烧秸秆的县区、乡镇予以通报批评，并通过新闻媒体曝光。
——固体废物污染治理
主要从三个方面加强治理力度。一是对固体废物进行工程处理做到“无害化”；二是通过技术改造，减少固体废物的排放量，做到“减量化”；三是通过对固体废物的综合利用，变废为宝，做到“资源化”。
工业固体废物治理
一是“无害化”处理，即将固体废物通过工程处理，达到不损害人体健康，不污染周围自然环境；二是“减量化”，即减少固体废物的数量，主要是通过技术改造，减少固体废物的产生；三是“资源化”，即通过工艺措施通过回收、加工等途径，对固体废物充分综合利用。全市工业固体废物的污染点源中，主要有两项：一是粉煤灰，主要由大武口发电厂和石嘴山发电厂的燃煤发电形成；二是矸石渣，主要是大武口洗煤厂等煤炭加工企业生产形成。对粉煤灰和煤矸石的治理，主要是采取覆土掩埋、植树绿化的方式，同时开始了粉煤灰和煤矸石在水泥、制砖、发电等方面的综合利用。
全市固体废物污染现状石嘴山市是以煤炭、电力、冶金、化工、建材为主导产业的工业城市，在生产过程中形成了许多废渣堆放场。全市年产生固体废物280万吨左右工业固体废物250万吨，生活和建筑垃圾30万吨，年均综合利用率仅为26%，多年累计堆贮量达5000万吨之多，其中，煤炭采掘、洗煤矸石4000万吨，粉煤灰860万吨，化工废渣70万吨，冶炼废渣20万吨，生活和建筑垃圾50万吨，占地总面积约620公顷。这些固体废物堆贮量大占地面积大多年来，未采取任何防渗漏、防流失、防自燃、防飞扬措施造成严重的二次污染。主要废污物为煤矸石、粉煤灰及化工行业的废渣。
固体废物污染环境的主要原因石嘴山市是一个以资源优势为依托、以原材料加工为主业的城市，因资源特点和历史原因，导致了产业结构不尽合理，大多数工业产品都属粗加工，固体废物排放量大，固体废物综合利用水平低，煤矸石年利用率为22%，粉煤灰为27%，双氰胺废渣为29%，其他工业废渣尚未利用。
危险废物治理
2001年9月11日，对宁夏有色金属冶炼厂“申请报废化学药品的报告”做了批复，同意宁夏有色金属冶炼厂报废剧毒药品但须做到：一、应成立临时机构，负责处理这批化学药品的报废事宜，在市环保局与公安部门的监督之下进行。二、药品报废应尽快拟定详尽的处置方案，报市环保局批准后实施。三、对于剧毒药品，须进行无害化处理后，达标排放。四、对于含有放射性元素药品，可直接放入渣库。
2002年5月9日，对石嘴山发电厂《关于申请报废化学药品的报告》作了批复，同意石嘴山发电厂对过期化学药品进行报废处理，并要求做到：一、成立临时机构，具体负责化学药品处理事宜；二、尽快制定报废化学药品的处理处置方案，报市环保局批准后实施；三、对剧毒药品需进行无害化处理，达标后排放；四、处理工作要在市环保局和市公安局的共同监督下进行。5月24日，向市政府督察室上报了《关于宁夏有色金属冶炼厂灰渣厂办理情况的报告》，原则同意宁夏有色金属冶炼厂的意见，即：一、氟石膏灰渣厂迁出北武当庙旅游景区，另选地址重建；二、不把有毒放射性渣库迁址纳入本此整治范围；三、氟石膏新渣场一经建好启用，市环保局将责令宁夏有色金属冶炼厂对旧渣场覆土掩埋，尽可能恢复原貌。
——噪声污染治理
噪声治理，主要从两个面加强治理力度。一是从噪声传播分布的区域性控制角度出发，创建安静居住小区和建立噪声达标区，并逐步实施工业区和居民区分离，减少对居民的噪声危害；二是从噪声总能量控制出发，对噪声污染源本身直接采取限制措施。