高等动植物的遗传物质DNA主要是隐藏在细胞核中的染色体上。一般的生物细胞、染色体总是成双成对存在的，每一对染色体长度一样，看起来像双胞胎，这些“双胞胎”叫同源染色体，这样的生物叫做二倍体。三倍体细胞在减数分裂形成生殖细胞时，染色体的等量分配就成问题了，总是不均匀，不是多了就是少了。这样的生殖细胞，虽能刺激卵细胞发育，长出果实，但不能发育成种子。既然三倍体植物发育不出正常种子，能不能将三倍体的西瓜变成三倍体无籽西瓜呢？答案是肯定的，因为这早已成为事实。三倍体西瓜是怎样变成三倍体无籽西瓜的呢普通西瓜染色体有11对，细胞分裂形成生殖细胞时，正常情况下，每条染色体被复制成两条，以备“分家”时，公平地分到两个子细胞中。可是当它遇到一种叫做秋水仙素的神奇化学药物时，细胞分裂往往出现“差错”，为细胞分裂准备好的双套染色体，无法分开，从而使染色体数目多了一倍，即由二倍体变成了四倍体。
有了四倍体，就好办了，科学家们用正常的二倍体西瓜给它授粉，使四倍体西瓜和二倍体西瓜杂交，于是后代的瓜籽便是含有三套染色体的三倍体了。三倍体瓜籽种下去以后，也能开花结果，但基本上没有成熟的种子。有一些种子虽有发育，但往往发育到一半就败育了，这就是我们在无籽西瓜中时常看到的白色的软瓜籽。
无籽西瓜好是好，但由于没有种子，不能繁殖后代，所以必须采用年年制种的方法。即每年用四倍体西瓜同二倍体西瓜杂交，以获得三倍体种子，供次年大田栽培用。因此无籽西瓜价格上稍微高一些是很自然的。