干尸，过去称作“木乃伊”。其实，干尸与木乃伊有所不同。木乃伊是人工制作，干尸是自然形成。在尼雅遗址的古墓中，经常发现干尸，成为尼雅的一绝。
在科学不发达的古代，人们认为人的灵魂附在人的躯体中，灵魂要是离开了躯体，那就意味着死亡的来临。过去的帝王，生前常吃灵丹妙药（灵丹妙药：灵验有效的奇药。），幻想长生不死；无法长生则千方百计地保存尸体，他们认为，只要尸体不烂，灵魂即可永存，继续统治阴间的鬼卒。在辽代墓葬发掘中，有时可以发现水银（汞）和朱砂，可能即与保存尸体有关。
然而尼雅遗址发现的干尸，则与此不同，尸体没有经过任何防腐的处理，完全是靠自然条件而形成。
1959年新疆博物馆发掘的一号墓，是东汉时代的夫妻合葬墓，男女都变成了干尸。男女二尸均已干瘪，骨瘦如柴，但是，头发、胡须都完好地存在，没有脱落，身上穿的衣服，仍完好如新。
1993年尼雅考察中，在佛塔营地以北的墓地，发现了三具“独木棺”，棺中的尸体都程度不同地变成了干尸。在弓形的“独木棺”中，躺着一个妙龄的少女，她屈肢侧卧，穿的衣服清楚可见，内穿丝绢衬衣，外罩红色羊毛短裙，尸体大部分完好，被考察队称之为“红衣少女”。
在佛塔以东的另一个墓地，也发现了干尸。其中以一具女尸保存较好，她黑发披肩，眉目清秀，细长的柳叶眉，仿佛刚刚描过，是一个20多岁的女青年。面部的肌肉变化不大，似有弹性。另一具男尸，胸腔以下已经烂掉，但是头颅保存尚好，长得浓眉大眼，胡须尚在，一头黑发依然如故（依然如故：依然和活着的时候一样。如故，没有改变。），是一个中年人。
在尼雅地区，经常发现干尸，当地人习以为常，然而外地来的专家学者却极为重视。尼雅为什么有这么多干尸？干尸的保存为什么有好有坏？都是科学研究的重要课题。
尸体的腐烂，也同食物的腐烂一样，是细菌微生物作用的结果。细菌微生物的存在和活动，必须具备一定的温度、湿度和空气。在常温下，细菌微生物都能够生存，但是，特别干燥的地方和没有空气的地方，细菌微生物也难以生存。湖南长沙马王堆西汉墓中的女尸，是一具湿尸，它之所以经历了2100多年不腐烂，是因为墓室深，封闭严，断绝了空气的结果。尼雅地区古代干尸的存在，是塔克拉玛干沙漠中干燥的气候所造成的。
由于塔克拉玛干沙漠异常干燥，尸体在烈风、强光、高温的作用下，迅速脱水。于是尸体都呈现干瘪的状态，体瘦如柴，皮层收缩，紧贴骨架，就是尸体脱水的结果。在细菌微生物没有产生以前，尸体即完全脱水，便使细菌微生物失去了生存的条件，于是，尸体变成干尸保存了下来。除尸体以外，尼雅地区其他的文物能够完整地保存到今天，都是与极端干燥的气候有关。
尼雅墓葬中的干尸，是尸体中的一部分，还有一部分尸体完全腐烂掉，只剩下白骨和黑发。同在尼雅地区，为什么会有此不同呢？这其中还有许多的原因。塔克拉玛干沙漠，总的来说是气候非常干燥，降雨量很少。但是，每年的降雨量并不完全相同，有的年份降雨量多一些，有的年份降雨量却非常少。据现代气象学家的考察研究，塔克拉玛干沙漠中的年平均降雨量，只有25～50毫米，然而有的年份一天之中的降雨量却达25.2毫米，最多时竟达到73.5毫米。在降雨量少的年份，埋葬的尸体就容易变成干尸；降雨量多的年份，埋葬的尸体就容易烂掉。在一年之中，是干季埋葬还是湿季埋葬，对于尸体的保存，也有不同的影响。
就每具尸体的具体情况而言，也不完全相同。有的人肥胖，体内含水量就比较高；有的人干瘦，体内的含水量就比较低。在相同的气候条件下，含水量多的尸体就容易腐烂，含水量少的尸体就不容易腐烂，便于保存。在墓地现场观察的结果表明，同一具尸体的不同部位，保存的结果也有很大的不同。有的尸体胸腔、腹腔完全烂掉，而头颅（颅：lú。）和四肢却保存较好。这是因为胸腔和腹腔中的含水量比头颅、四肢要多的缘故。古代埃及在制作“木乃伊”时，都要除掉内脏，即是由于这个缘故。即使在科学高度发达的现代，为了长久地保存伟人的尸体，也需要摘除内脏。
由于上述种种原因，使古代尼雅墓葬中的尸体，也就出现了千差万别。有一部分尸体变成了干尸，有的尸体完全烂掉，有的尸体是半具干尸，并不是所有的尸体都变成了干尸。