由于熟悉了解中国学术界的状况，不仅聚集于北京和江南等人文渊薮的学者受到日本学人的注视，一些相对较偏远地方的耆宿也有前来问学者。闲居闽南故里的陈衍，先后接待过台北大学教授久保得二、饭沼龙远和助教授神田喜一郎。（参见《侯官陈石遗年谱》，349、356～357页。）其门人叶长青先后任教于厦门大学、金陵大学，曾与铃木虎雄书信论学。（参见《铃木虎雄博士与叶长青社长书》，载《国学专刊》，第1卷第3期（1926年9月）。）隐居青岛的劳乃宣，则见过林泰辅。（参见《韧叟自订年谱》，见《中国历代名人年谱汇编》，第1辑，53页。）湖南的叶德辉先后接待过来访的宇野哲人、高濑武次郎、铃木虎雄、诸桥辙次、后藤朝太郎等人。（参见［日］盐谷温：《先师叶郋园先生追悼记》，载《斯文》，第9编第8号（1927年8月）。）就连曾将日本汉学贬得一钱不值的章炳麟，也几度与桥川时雄及一些专程来华调查学术状况的日本人士会晤。
20世纪20年代，日本借退还庚款之名举办东方文化事业，引起中国各地各界人士的极大关注，长期交涉竞争，纷纷加强对日本的注视和交流。以此为契机，在政治与学术关怀的交相作用下，中日两国学者积极发展合作组织，如东方学会、中日学术协会、东方考古学协会等。东方学会成立于1923年，发起者为王秉恩、柯劭忞、陈三立、辜鸿铭、叶尔恺、郑孝胥、朱祖谋、陶葆廉、李孺、章钰、宝熙、王季烈、张美翊、徐乃昌、陈曾矩、陈毅、金梁、刘承幹、王国维、罗振玉等。筹议之际，曾公宴中外名人，如铎尔孟、钢和泰、尉礼贤、福开森等，徐森玉、沈兼士也出席。（参见金梁：《瓜圃述异·辜博士》，见沈云龙主编：《近代中国史料丛刊》续编，第24辑，34页。席间辜鸿铭“既自占首座，左右顾，滔滔不绝，众不得参一语，皆相视而笑”。）该会声称发起动机之一，是鉴于近来学术团体“或偏于学，或偏于艺，或重纯粹的研究，或重实际的运动，不是标准太高，就是限制过严”，欲救此弊，应当“一面注重纯粹的探讨，一面又努力实际的进行，不但要砥砺彼此的人格，而且要改造四周的环境”。而其目的，是要改变“中国兴学以来，数十年的光阴，大半花掉在‘保存国粹’和‘贩卖洋货’两种工作上面”的状况，“努力脱离过渡的时期，赶上创造的领域去”（《东方学会缘起及草章》，载上海《民国日报·觉悟》，1923年6月26日。）。
关于东方学会，或认为发端于尉礼贤，原想联合中德双方共同创办，宗旨为沟通东西方，特别注重将中国传统文化和西方现代科学联系起来，因此计划设伦理宗教部和科学部，尉氏是参与其事的唯一一位外国人，也是负责具体工作的联络人。（参见SalomeWilhem，RichardWilhem-DergeistigeMittlerzwischenChinaundEuropa，EugenDiederichsVerlag，DuesseldorfKoeln，1956，转自《德国的汉学研究》，41～42页。该书称这一组织为“东方学社”。）但该会与日本不无渊源关系。是年6月，日本中东协会会长宫川一贯来华，与郑孝胥等讨论中国排日甚烈，势必发生战争，希望“与中国学者、商人暗中联络，使战后易于修好”，并劝郑赴日一游。郑为其谋划平息排日风潮的办法，其亲信大七随即访日。不久，日本对支文化事业部的冈部长景又来晤谈中日文化联合事，郑主张“先设报馆，集中日学者，揭孔孟之道，因以阐扬旧学，始热”。所以郑孝胥接到东方学会简章，即推测“必西京之狩野、内藤以大七游日事告知罗叔蕴，故有此响应之举”（《郑孝胥日记》，第4册，1951～1959页。）。
中日学术协会的发起与日本东方文化事业的关系更为直接，简直就是后者的派生物。该会成立于1923年10月14日，起因为北京大学校方召集任教于北大文科的留日出身的教授，如陈百年、张凤举、马裕藻、周作人、沈兼士、朱希祖以及在京都大学进修过的沈尹默等，商议日本对华文化事业。是年3月13日，周作人、张凤举前往日本公使馆找吉田参事官晤谈。刚好这时日本国学院大学教授田边尚雄、京都大学教授今西龙、东京帝国大学教授泽村专太郎等人相继来北大讲学或研究，与北大教授常有交流应酬，显示了北大在中日学术交流中作为国立首席大学的重要地位。
9月，北大诸人与担任北洋政府军事顾问的著名“支那通”坂西利八郎中将及土肥原少佐相识，商议组织中日学术协会。中方以张凤举为干事，日方以坂西利八郎为干事，规定每月开常会一次。其实日方成员均非学者，其目的也不在于学术，而是鉴于北洋政府无望，想争取与国民党有渊源者搭桥过渡，以便与新政权接洽，将来谈判时保留日俄战争所取得的权利。所以坂西利八郎在成立会上说：“我们怎么配说学术二字，但是招牌却不得不这样挂。”（《苦茶——周作人回想录》，333～336页，兰州，敦煌文艺出版社，1995。）在此名义下，北京大学与日本教育视察团团长汤原、服部宇之吉及对支文化部的朝冈健等人多次会谈文化事业。可惜日方醉翁之意不在酒，后来因形势发生变化，对北大失去兴趣，该会活动维持了约一年时间，无形停顿，硕果仅存的只有由日方出资、北大出人合办的天津中日学院。（参见《周作人日记》中册，300～406页。）
20世纪20年代起，中国学术研究机构随教育发展而增多，与日本学术界的交往由原来以学者个人名义进行，逐渐变为有组织进行，如互赠书刊，邀请讲学。与北京大学国学门交换刊物的有东亚协会、日本考古协会、京都文学会、日本东洋协会学术调查部等。（参见《北京大学日刊》，第1504（1924年6月25日）、1517号（1924年8月30日）。）1922年底，京都大学文学部史学科教授今西龙由文部省派来中国研究史学一年，北京大学趁机请其担任朝鲜史特别讲演，并聘为北大国学门考古学通信员。（参见《蔡元培全集》，第4卷，287～288、309页。）在华期间，除讲授朝鲜史外，还分别为北大研究所国学门和史学会演讲“关于中国考古学之我见”及“中国历史里边的古文书学”。（参见《研究所国学门通告》，载《北京大学日刊》，第1165号（1923年1月26日）；《史学会通告》，载《北京大学日刊》，第1208号（1923年4月9日）。）
1923年，东京帝国大学教授泽村专太郎、国学院大学教授田边尚雄来华，在北京大学等处讲演“东洋美术的精神”及“中国古代音乐之世界的价值”，北大国学门也聘请泽村专太郎为通信员。（参见《国立北京大学研究所国学门重要纪事（十二年七月一日至十二月三十一日）》，载《国学季刊》，第1卷第4号（1923年12月）；《周作人日记》中册，304、307～338页；《鲁迅全集》，第14卷，454、455页。）今西龙和泽村专太郎还参加过国学门的活动。（参见《研究所国学门恳亲会纪事》，载《国学季刊》，第1卷第4号；《北大研究所国学门之恳亲会》，载《晨报》，1923年10月1日。）而东洋音乐史权威田边尚雄据说是“在中国学术讲演中，与人铭感最深的日本学者”（［日］长濑诚：《日本之现代中国学界展望（下）》，载《华文大阪每日》，第2卷第8期。）之一。他一面演讲，一面播放自己携带的中国古乐唱片，其中有《兰陵王破阵曲》、《武德太平乐》、《春莺啭》、《边城乐》、《越殿乐》、《胡饮酒》等古曲，很受听众欢迎。（参见《国文系教授会启事》，载《北京大学日刊》，第1238号（1923年5月14日）。）1925年1月，来华考察的东京美术学校教授大村西崖应邀在北大国学门讲演“风俗品的研究与古美术品的关系”。（参见《研究所国学门通告》，载《北京大学日刊》，第1610号（1925年1月9日）。）此后，市村瓒次郎、滨田耕作、原田淑人相继到北大、清华等校以及广东的大学讲演，颇受欢迎。原田淑人是另一位给中国学人留下深刻印象的讲演者，1930年他在北大、清华举行系列讲演“从考古学上看古代中日文化关系”时，因前来听讲的学生人数太多，不得不换到大教室。（参见《学问の思い出——原田淑人博士を围んで》，载《东方学》，第25辑（1963年3月）。）
五四新文化运动和20世纪20年代高等教育的加速发展，为归国留学生提供了任教的机会，而留日出身者在其中占有重要位置。这一方面强化了中国学术界对日本相关学科的关注了解，另一方面有助于日本学人的来华考察求学活动。北京大学文史学科中留日出身者人多势众，与日本学术界联系的繁密程度也十分突出。早在1916年铃木虎雄留学北京时，北大文科学长夏锡祺就是京都文科大学毕业生，他留学时京都大学的文科学长刚好是中国学派创始人之一的狩野直喜。在夏的关照下，铃木虎雄的活动得到很大的便利。（参见［日］铃木虎雄：《北京より》，载《艺文》，第7年第6号（1916年6月）。）清华大学的杨树达留学京都第三高等学校，而北师大的王桐龄在东京帝国大学留学十余年，与该校的中国研究者十分熟悉。这种渊源关系在中日学术交往中发生作用，来访者辗转相托，接待者则涌泉相报。20世纪20年代与30年代之交，中国甚至出现了日本研究热，大学图书馆内的日文图书杂志极多。（参见《北支旅行记（四）》，载《斯文》，第13编第6号。）正是在这样的背景下，1925年北京大学筹备成立东方文学系。
清末赴日本与汉学家交往的中国士人，多是借游历考察之便的业余爱好，间有专程访书者，而问学则几无其人。入于民国，日本的东亚研究国际声誉日隆，风气逐渐改变。1908年和1917年，陈垣两度赴日本访求中国医学及中外宗教关系史书籍，遍游东西两京及大阪、奈良。其间与日本学者有所交往，并开始关注日本的中国研究。第一次访日时，在医史学家富士川游博士家见到多纪元胤（号柳沜，卒于1823年）所著《医籍考》，认为“精审无比。道光以前中国医籍搜罗殆遍，为医史学一巨著，中国人未之先也”。推许其人为“日本医史学界之钱竹汀”。对于富士川游所撰《日本医学史》巨著，也赞为“考据精详，条理缜密，为东方医史界空前杰作”。第二次访日，则得知所著《元也里可温考》颇为日本学者欢迎。（参见《陈垣来往书信集》，3、9～10、144～145页。）
从20世纪20年代起，中国前往日本访书、考察和交流的学者不绝于途，一些人还多次东渡，如董康至少先后8次到日本。北京大学的沈尹默、高一涵、陈源，北平图书馆的孙楷第，清华的刘文典以及傅增湘、伦明等相继赴日本访书、游历或进修，与东西两京学者交往。1925年，太虚率团参加在日本召开的东亚佛教大会，先后访问东京、立正、大谷、龙谷、临济等大学，与研究佛教的知名教授南条文雄、井上圆了、村上专精、大内青峦、高楠顺次郎、铃木大拙、渡边海旭、常盘大定、木村泰贤、金山穆韶等晤谈。（参见《太虚法师年谱》，112～114页。）1928年郑孝胥访日，主要目的虽不在学术，但也与东西两京学者如内藤虎次郎、狩野直喜、长尾甲、高濑武次郎、安井小太郎、古城贞吉、盐谷温、小柳司气太、今关天彭等交往。（参见《郑孝胥日记》，第4册，2198～2206页。）
日本东方文化事业总会北平人文研究所成立后，决定向日本派遣研究员，1929年定额为7名（参见《东方文化事业总分委员会近闻》，载《图书馆学季刊》，第2卷第2期（1928年3月）。），同时还补助中国学者前往日本旅行。1930年6月，杨树达等一行5人即以此名义赴日，参观了八幡、别府、大阪、奈良、京都、名古屋、东京的名胜古迹，与京都大学、同志社大学、大冢文理科大学、东京帝国大学、东京文理科大学、二松学舍大学、学习院大学、庆应大学、女高师、第一高等学校、陆军学校、东洋文库、内阁文库以及斯文会的学者如狩野直喜、长泽规矩也、石田干之助、盐谷温、诸桥辙次、古城贞吉、服部宇之吉、宇野哲人、中山久四郎、小柳司气太、阪岛忠夫、山田准庆、前川三郎、高田真治、平野彦次郎、寺田范三、细田谦藏、佐久节、竹田复、山本邦彦等交往。（参见《积微翁回忆录》，46～52页。）同年伦明应斯文会邀请，到东京帮助鉴定古籍。1934年7月，周作人、徐耀辰访日，主要与东京文化研究所的日本学者交往。
中国的学术机构或团体也组织和鼓励学者赴日游历。如中华学艺社到1930年已组织7次学术视察团赴日考察，其中社会人文科学3次。1928年10月，张元济等人作为中华学艺社第5次学术视察团代表，东渡出席日本学术协会第4届大会，与东西两京学者如内藤虎次郎、狩野直喜、长泽规矩也、诸桥辙次、服部宇之吉、宇野哲人、盐谷温等往还。（参见《张元济年谱》，311～313页。）1930年6月，陈中凡等一行5人作为该社第7次视察团赴日考察教育，其间曾与狩野直喜、盐谷温等晤面。（参见姚柯夫编著：《陈中凡年谱》，28页，北京，书目文献出版社，1989。）
辛亥以后，中国政局动荡，一些学者以日本为流亡之地。民初罗振玉、王国维、董康等人侨寓京都，结识京都学派的长老新进。1927年董康因政坛失足，再度避祸东瀛，与内藤虎次郎、狩野直喜、神田喜次郎、铃木虎雄、吉川幸次郎、仓石武四郎、石田干之助、盐谷温、稻叶岩吉以及书商田中庆太郎交游。（参见《书舶庸谈》。）郭沫若在大革命失败后流亡日本，用唯物史观以甲骨金石研究上古史，得到田中庆太郎、石田干之助、梅原末治、原田淑人、市村瓒次郎、古城贞吉、诸桥辙次、国分青崖、小室翠云、藤原楚水、河井荃庐、涩泽青花、土屋久泰、内藤虎次郎、林泰辅、中村不折、仁贺保香城、平井四郎等人的帮助。（参见龚继民、方仁念：《郭沫若年谱》（增订版），258～276页，天津，天津人民出版社，1992；黄淳浩编：《郭沫若书信集》上册，352～371页，北京，中国社会科学出版社，1992；《学问の思い出——藤原楚水先生を围んで》，载《东方学》，第68辑（1984年7月）。）
以京都研究所为例，20世纪30年代在中日关系已经进一步恶化的情况下，相继接待的中国来访学者有1931年北平东方文化事业总会北平人文研究所研究员江瀚、胡玉缙，1934年同会研究员杨锺羲，由东京中国法制研究会招聘于1933年秋到日本的董康，1935年北平图书馆金石研究室刘节，1937年中央研究院经济研究所梁方仲等。访问东京的中国学者为数更多。日方成立的日华学会作用之一，便是招待来往的中国学人。所以吉川幸次郎称此为两国学术界联系最密切的时期。
§§§第三节 朝鲜与蒙古