邵子知先天，而不专立先天之状，止于动静之间叹之曰：“天下之至妙者也。”阴阳之几毕此，而可知不落阴阳、动静者即此矣。（《东西均·三征》）
邵雍的不落阴阳、不落动静即先天。而先天的作用是通过“几”来发生的，几是“天下之至妙者”。知几就是知先天，把握几就是把握了先天之体。方以智这里实际上是道出了他的思想方法：把握事物之几。把握了几就是把握了事物变化的关键，把握了几就是把握了事物发展的根据，知几方可“时乘其中，应节如环”。“知几其神”这句话，在方以智这里得到了充分的发挥和运用。
但方以智晚年受佛教影响，不住一法，不执一法，随说随扫，最后的见解即决破一切。凡有所说随即遮遣，凡成对待者即破对待，此之谓“决几”。决者，冲决、决破之意，决几即决破一切可执可说可思议的名物。能达此深微的道理，能知“决几”，方是最后的大自在。方以智说：
又有决几焉，动心以知不动，忍性以知不忍，无我以知大我。……是必格破虚实之交，而后能合虚实交之几；迸裂前后之际，而后能续前后之几。……由泯知统，乃许大随。（《东西均·三征》）
知虚实交而不泥虚实交，知前后际而不执前后际，这才能真得虚实前后之真几。由负面之泯而达之统，才准许执持正面之随。否则凡有所说所见，皆成执滞。在方以智这里，最后的境界是一法不立。他先说许多俗谛的话，用以显出真谛，然后真谛俗谛一起决破，一切全扫，最后得一无差别、不可思议、一切亦此亦彼、一切非此非彼的境界。到此境界，对待无，圆∴三点无，中五四破无，随泯统无，交轮几无，一切皆不立。方以智说：“吾一不立，一切不立，视不立目，听不立耳，持不立手，行不立足，思亦不立心。游于山川，不立山川；居于城郭，不立城郭；先天地生，不立天地。岂特不立文字云耳。”（《东西均·不立文字》）这就是方以智之“钧”，这个钧可名“全钧”，可名“无钧”，可名“真钧”，惟其即全即无，所以名真。
五三教统合与打翻三谛
方以智虽以一切皆不立言本体，言究竟，但人不能离现象世界，现象世界中的一切，皆有名象，有是非。现实的人必须与世俗处。即使超脱如庄子，也得一方面“独与天地精神相往来”，一方面“不谴是非，以与世俗处”。方以智思想中也有这两个方面。作为一个对天地万物的根本道理有深刻的认识而又经历了明清之际的乱离生活，既有深厚的儒家思想又吸收各家学说，既有坚定的思想信念又有满腹酸楚、一身无可奈何的思想家，面对纷然淆乱的世界，他主张“住而无住”。住而无住的第一步，就是破除差别。这表现在对待不同的思想学说上，就是统合三教。他的这一主张，既有儒家的思想因素，也有道家、佛家的思想因素。儒家因素首先是孟子所谓知言，他说：
言起于诐，甚于淫，成于邪而极于遁，由其心之始于蔽，深于陷，叛于离而终于穷。知所以之焉廋，则知知遁之要矣。其要在以本无是非之体，平气以定是非之权，此谓公衡。莫公于天地，天地无是非而圣人立之。惟能容之，乃能立之；惟能立之，乃能忘之。圣人之心即天地也。后世各护其所畏难而自遁于所便，以故是其非、非其是而是非乱。但曰学道者当以无是非为极则，而不明公是非以为衡，则生心害事，各无忌惮，而天地与人皆有之心尽丧矣，辩岂得己哉？（《东西均·容遁》）
诐、淫、邪、遁本于《孟子》“诐辞知其所蔽，淫辞知其所陷，邪辞知其所离，遁辞知其所穷”（《孟子·公孙丑上》）。方以智认为，言论有“诐、淫、邪、遁”是因为心有蔽陷。要免除此病，关键在以本无是非之体，求公是非之权衡。本无是非而公是非，这是效法天地。处在现实社会中的人效法天地的具体做法是以本无是非之心而立是非，立是非而容忍是非，容忍是非而忘是非，这样才能本无是非而公是非。只无是非而忘记公是非，必“生心害事”。百家各以其技逞于世，故是其所是而非其所非，于是是非淆乱。
自处于一偏一曲而诋毁公是非，这是最大的祸害，故方以智要求合百家众技而为公，他说：
全者不可得矣，百家众技，天地皆容而养之，未尝不可以一偏一曲自遂也。自欲以一偏一曲诋大公而求胜，此吾所谓冤。安得合并为公之大人一雪此乎？（《东西均·容遁》）
世界上并没有一个无所不包的学说，各种学说总是具体的，合百家众技就是无所不包之全。方以智所处的明末清初是儒家占统治地位而释道各求与儒家融合以求生存的时代。方以智的学养中儒释道三教皆有，对他影响最大的几位学者，他的父亲方孔炤以易名家，他的家庭则世守“以儒为业，诗书传家”之训。方以智从小就秉承“善世，尽心，知命”的家教。他的老师王宣深于道家之学，他的外祖父吴应宾精于易，又邃于佛学。方以智受这样的学术环境熏染，后半生又身入空门，他有三教统合的主张是很自然的。他出家后于闭关高座寺期间写的《象环寤记》，以梦中所见，明确地表达了他以儒家为主统合三教的主张。其中以祖父方大镇代表儒家，以王宣代表道家，以吴应宾代表佛家，他们在对方以智的训诲中表明了各自的立场。方以智借方大镇之口说：
吾故望有知其全者以疗教，则必集大成以为主，非可平分也。溯其原同，则归于易耳。万世者，明体适用，原无无用之体。孔子下学而上达，详于用而不尽用。其最上者，俟人自得。……老子则专主不用为曲全，不得已而后应耳。平怀论之，善世之心一也。门庭设施，当以好学为正大中和，各安生理，本末内外，一致随时。而以二氏之迅方资后儒之痛痒，悬远峰之青，以为城郭江河中之必不可少者。尽心，知命，不二生死，有何殊耶？吾所谓神，神不离迹，迹以神化，其迹亦神。既有全神，何惜补不全之迹乎？留轮回之因以助神道之教，以纵横之逼激补正告之拘牵，以懦弱制独尊之矜悍，而以棒喝迫曳尾之退避。洛下、考亭不妨树拂拈椎，象山、慈湖当证心于象数；注我自得矣，独不念六经贱而私心横耶？修武、庐陵宜过牢关，临济、赵州何嫌上学。两而参之，博约并用，时益时损，时艮时震。无妄蓄识，足继见心；修词立诚，岂非乾三人道之极，德业之知终哉！自强不息，无住生心；精义入神，开物成务。无可无不可，无为而无不为也。嗟乎全矣！然未敢望也。（《象环寤记》，《东西均》附录）
这一长段话，是他关于三教关系的集中表达，也是他散见于各篇对儒释道的批评的一个总汇。他的意思是，三教各有所偏，必集中了三教优点的人才可望纠补，而所谓集中三教优点的人，必以儒为主。而儒又以易为最全者，因为易可以明体达用。孔子之学下学而上达，以日用事为为学，由此上达天命。其向上一着，俟人自得。老子以懦弱谦下，守柔贵雌，不用世为教，这也有其不得已之苦衷，与儒家善世之心同。但其门庭设施当改为好学，方为正大中和，并保持其随时俯仰的优点。儒家须得释道补助之、疗治之，作为它不可少的资养。说到底，儒家之尽心、道家之知命与佛家之不二生死是同一的。佛家的生死轮回说可以补助儒家之神道设教，禅宗的机锋公案之纵横激逼可以补助儒家教法正面训导的拘牵，道家的懦弱谦下可以纠正佛家的惟我独尊，禅宗的当头棒喝可以纠正道家的避让退守。理学中程颐、朱熹的传注不妨吸收禅宗的当机省悟，陆九渊、杨简的心学不妨植入象数以纠正其师心自用，鄙弃经典。辟佛者宜闭关以体会佛家修行之法的好处，禅宗宜多读经典，以明了禅教本来一致的道理。总之，各家各派互相补足，博约并用，损益兼举，动静互济，自强不息与无住生心融通，精义入神不遗开物成务。这就是方以智对百家众艺的主张。他的主张中明显含有儒释道三教统会、禅教统会、理学心学统会的意思。
方以智关于三教的看法，受他对“神”“迹”关系的见解的制约。他认为，儒释道皆道体一个方面的表现，所以皆迹，拘守迹而不知神，则不知最上乘义。三教皆迹，亦三教皆神。以其皆迹，故不妨以迹救迹；以其皆神，本不须救，听之任之。在方以智看来，儒释道三教皆可以迹救迹，故皆药也。佛教以解脱对治人的缠缚嗜欲，道教以懦弱谦下对治人的争强好胜，儒家以救世对治释道的出世。然药亦因药致病，故虽可互相疗救，亦不可执定。方以智对于三教的态度是：“今而后儒之，释之，老之，皆不任受也，皆不阂受也。……何不曰天地大矣，或亦当有此无用之用。”（《东西均·神迹》）不住一法，亦不离一法。非释非老非儒，亦释亦老亦儒，不偏于迹，亦不偏于神。
但方以智又认为，从事事无碍的角度着眼，儒释道三教的教义是相通的，所以三教本一，不必言合，他借王宣之口说：
无待贯待，待即无待，明方之本圆，则知方之即圆矣。……佛生西，孔生东，老生东而游西，而三姓为一人。人犹有疑者，谓东异于西，西异于东，人岂信乎？是谓大同。（《象环寤记》）
如果说，三教各有其教义，但三教之教义可以互相补充修正，那么，三教教义本来相通，不必合一而无不合一是反，反则“山自山，海自海，补毋乃迂！”（《东西均·神迹》）从三教教义本通这一面说，三教皆可丢弃其本性，成一亦此亦彼非此非彼之不可思议物。而从三教各有其义，各执其义而不肯化这一面说，三教又坚硬不通。综合此二义，可以说，三教皆“棘栗蓬”。“棘栗蓬”者，随风而转，不知何底，遍身设防，难以把握，盘错纠结，不可理喻。方以智说：
转八十辘轳中者，“玆燚黈”也。凿而破之，破而补之，破则悟，悟则补。象数以表不可言之理而至于无象数，声音以通不可象数之微而至于无声音。言语道断而未尝不言，色即是空，贞悔之反对也。（《东西均·玆燚黈》）
“玆”者，玄之又玄，黑也，缁也。燚者，四“火”二“炎”之合，火为红色，表红也。“黈”者，黄也。黑代表佛家，红代表儒家，黄代表道家。《象环寤记》中所托为儒释道三教之代表者，即赤老人、缁老人和黄老人。遍中国之域中，莫非三教。互相吸收，互相缠结，融而为一，总为一棘栗蓬。故须凿破，凿破而后能补足之。凿破方悟自己，悟则思补足之。但须知补足是在“权法”层面，在此层面犹有象数、声音、言语。究竟层面则无象数、无声音，言语道断，故色即是空。如物之不可说之域为一棘栗蓬，对此可以“交轮几”等人为的工具凿破之，但凿破后仍是一“棘栗蓬”。所以，对于儒释道三教，补足亦各自如如，不补亦各自如如，各自如如则不见补而自然补。最后的境界乃“本无一法”，“打翻三谛”，“白茫茫大地真干净”。《象环寤记》在赤老人、黄老人、缁老人辩诘之后设为一仙女之言，代表方以智对此境界的描述：
公救迷，何太迷耶！古今家具系之指也。守为圣解，圣必诉屈，救之云者，无奈何尔矣。……天地间生生而蠹蠹也，奈何不救？救亦奈何？权且奈何，是谓方便。有此弊法，相反相胜，足以奈何之而终奈之何。奈何不得而遂有奈何之道。独不见所以贯代明、错行者乎？日奈月何，月奈日何，春奈秋何，秋奈春何，容之斯疗之矣，转之斯贯之矣。（《象环寤记》）
意思是，儒释道三教皆思以其道补救对方之迷，而补救本身亦是一迷。古今人皆不免一偏，以此一偏自谓得圣人之真意，圣必认为屈。以此一偏互相补救，不过是“心心相迷，以迷救迷”，亦无可奈何之法。天地生生不已，亦坏灭不已，怎能不救？但救又对被救者发生多大作用？知不可救而权且救之，这是没有办法的办法。这就是方以智说的“世无非病，病亦是药，以药治药，岂能无病，犯病合治药之药，诚非得已”（《东西均·开章》）。三教救世，足以对世发生作用，但发生作用了又有新的现象待发生作用，如此无穷，故终救不得。救不得而有救的办法，这就是以救为不救。君不见天地乎！天地之日月代明，四时错行，天地间万物互不干涉，各行其是而天之整体运行和谐。让天地万物各自按其本性的必然性运行就是救天地万物。这就是方以智最后的见解。这个见解不是从世俗的立场出发，而是从天、从道的立场出发，从破一切法、开天地眼的角度出发。这个思想从儒家说是“万物并育而不相害，道并行而不相悖”，从道家说是“夫物芸芸，吾以观复”、“不以人灭天，不以故灭命”，从佛家说是“好丑现前，心安如海”。儒释道三教的根本精神在方以智看来是一致的，从天、从道的立场所做的一切，对儒释道都是适用的：“开顶门背面之目，破不落有无之镜，而覆存泯同时之帱。一謦咳，三教毕矣。”（《东西均·三征》）方以智的思维方法、论证方法充满了吊诡，而最后落入佛教不住一法又不舍一法，表遮双遣，随说随扫。方以智不是一个道学家，而是一个哲学家，他的思想突破了理学泛道德论的影响，直接从天地万物的根本原理着手。他的思想充满了哲学智慧的瑰丽，但也充满了经亡国惨祸而不得已堕入空门的悲凉。他的语言最似庄子，他也以庄子的同调自命，他的思想中有着和庄子同样的性格：刚健中带着苦痛，博大中带着忧伤，深刻中带着无可奈何。他不能忘情于世，甚至从他晚年的著作中仍能看到青年时的贵公子生活带给他的风流豪纵，但他又不得不逃避现实。他深受佛家道家的熏染，晚年又不得已而出家。三教学养和他的特殊时代成就了他的博大，但也成就了他的幻灭和吊诡。他在《东西均·开章中的一段自白，道出了他的这种品格：
我以十二折半为炉，七十二为鞴，三百六十五为课簿，环万八百为公案，金刚智为昆吾斧，劈众均以为薪，以毋自欺为空中之火，逢场烹饪，煮材适用，应供而化出，东西互济，反因对治，而坐收无为之治。无我，无无我，圆三化四，不居一名，可以陶五色之素器，烧节乐之大埙，可以应无商之圆钟，变无徵之四旦，造象无定，声饮归元。知文殊中无中边之中，又不碍常用子华、庭皇之中。是名全均，是名无均，是名真均。（《东西均·开章》）
这是典型的庄子式语言。这就是，以天地为炉冶，以万物为材料，以智慧为利斧，劈一切成说为薪火而烧煮。烧煮出的东西可供一切时地一切目的之需要，而自己本无一定之性质。一切是一，一是一切，无中无边，是为最真。这就是晚年的方以智，与他早年的实证方法何啻天渊！一方面说，从具体的智、确定的智变为抽象的智、捉摸不定的智是一种退化，这种退化是一种无可奈何。而从另一方面说，从一隅的智变为无所不包的智，从有形迹的智变为无形迹的智，从世俗的智变为超越的智，这就是一种升华。方以智就是明清之际这个复杂的时代生长出来的一个怪杰。与同时代的大思想家王夫之、顾炎武比，其思辨似王船山而吊诡过之，实证似顾炎武而阔大不逮。他的思想是明清之际有着强烈的文化担负意识的思想家既壮烈又苦闷的心态的反映。