佛教自汉代传入我国。东汉时代，我国盛行黄老之学，佛教也被视为学道成仙的方术之一。如汉光武帝刘秀的儿子楚王刘英“诵黄老之微言，尚浮屠（即佛）之仁祠”（《后汉书·楚王英传》），就是把黄老之学和佛教等量齐观。佛教在与道术方士思想相结合的过程中逐渐流行起来。
魏晋时代玄学流行，此时佛教依附于玄学而得到发展。和当时社会历史进程相适应，在这个阶段佛教主要是盛行般若学思潮，其哲学主题是“有无（空）”之辨。至南北朝时代，佛教主要是盛行涅槃学思潮，其哲学主题是佛性之辨。纵观魏晋南北朝时代的佛教哲学，最典型的是慧远的因果报应论和神不灭论、僧肇的不真空论和物不迁论，以及道生的涅槃佛性论和顿悟成佛论。
一、慧远的因果报应论和形尽神不灭论
慧远是东晋后期的佛教领袖，他继承印度佛教业报轮回的思想，结合中国原有的有关迷信，系统、完整地发挥了佛教的因果报应说。他说：“三业体殊，自同有定报。”（《三报论》）“三业”，指人的行为、说话和思想活动。“业”有三种性质：善、恶和无记。“无记”是指不善不恶，无所谓善恶的活动。所以三业主要是善恶两种。慧远强调不同的业有不同的报应，“业有三报：一曰现报，二曰生报，三曰后报”（同上）。所谓现报就是今生作业，今生便受报应；生报是今生作业，下一世受报应；后报是今生作业，经百生乃至千生，然后受报应。人们生前的善恶行为是“因”，死后都将受到不同的果报。也就是依据生时所作的善恶行为而转生为高于或低于今生的东西。这样，人的生命就不只是限于现在这一生，还有所谓前生和后生，后生不只是一次而是无数次，所以就有“三生”（“三世”）。人有三业，业有三报，生有三世，就是所谓因果报应说和轮回转生说。慧远宣扬因果报应、轮回转生是人生的最大痛苦，他教人们要信奉佛教，诚心修持，以超脱报应和轮回，获得永恒的解脱。
应当指出，因果联系是客观世界普遍联系和互相制约的表现形式之一，具有客观的普遍的性质，自然界和社会中的任何一种现象，都会引起另一种现象的产生，或者说，任何现象的产生都是由其他现象所引起的。而且“人类历史上存在着某种类似报应的东西，按照历史上报应的规律，制造报应的工具的，并不是被压迫者，而是压迫者本身”（《马克思恩格斯全集》，中文1版，第12卷，308页，北京，人民出版社，1962。）。慧远袭用因果范畴，扭曲报应规律，强调自作自受，直接从人主体自身的活动中建立因果报应说。这种学说的错误在于：一是它所说的前生、后生的果报轮回纯属虚构的迷信观念；二是它把劳动人民的痛苦命运归结为个人前世作恶的报应，掩盖和抹杀了压迫者的压迫、剥削是造成劳动人民痛苦的根本原因。
慧远宣扬人在今世作恶业，就要在死后轮回转生，甚至进地狱受惩罚；而出家信奉佛教，经过长期修行，就可以超出三世轮回，进入佛国天堂。这种理论逻辑地要求阐明一个果报的承受者的问题。佛教不承认道教宣扬的人可以长生不死，经过修炼可以形体飞升，即所谓“羽化”登仙的虚构，认为人有衰老病死，形体是会消灭的。这样，就只能由一个精神实体来承受报应。为此，慧远通过阐发神不灭论，说明了人，尤其是人死后，什么在轮回，什么在成佛，也就是什么是轮回转世和超脱果报的主体问题。
慧远对于“神”的属性和含义作了明确的论述，他说：“夫神者何邪？精极而为灵者也。精极则非卦象之所图，故圣人以妙物而为言。……神也者，园应无生，妙尽无名，感物而动，假数而行。感物而非物，故物化而不灭；假数而非数，故数尽而不穷。……化以情感，神以化传；情为化之母，神为情之根；情有会物之道，神有冥移之功。”（《沙门不敬王者论》）“精极”，精明到极点。“妙物”，神妙万物。“园应无生”，“无生”应作“无主”。“园应无主”，谓感应变化没有主体。“数”，指“名数”、“法数”，以数量表示的名目、法门。这段话包含有五层意思：一神为精明到极点，非常精灵的东西，即精神。神没有任何形象，又是神妙万物以至生化万物的东西。二神是无主、无名的。三神是非物、非数。四神是****的根子，是生命流转的最终根源。五神在冥冥之中有传化迁移功能、作用，是不灭不穷的。慧远还引用薪火之喻来论证神不灭，他说：“火之传于薪，犹神之传于形。火之传异薪，犹神之传异形。前薪非后薪，则知指穷之术妙；前形非后形，则悟情数之感深。”（同上）火从前薪传到后薪，犹如神由前形传到后形。众生情数相感，变化无端。形有尽而神不灭。这是中国佛教学者对于神不灭论的典型论述。应当说，慧远强调精神的非物质性，这一点是正确的，超过了形神二元论的理论水平。但是形尽神不灭理论，抹杀人的精神活动不能离开形体而独立存在的事实，其整个论证是唯心主义的。
二、僧肇的不真空论和物不迁论
和慧远同时代的著名译经大师鸠摩罗什，在长安（今西安）翻译佛教大乘空宗的经典，宣扬中观学派的思想。他的弟子中有两个著名的学者，即僧肇和道生，都是重要的佛教哲学家。僧肇在当时被称为“解空第一”。他针对当时种种不符合中观学派原理的说法，撰《不真空论》，提出了“不真空”的命题。
何谓“不真空”？“不真空”者，“不真”故“空”、“不真”即“空”之谓也。一切事物和现象都是不真的，无自性的，因而也就是性空的“不真空”，中心内容是讲空，而关键是“不真”二字。那么，为什么说是“不真”呢？不真的含义，可以从三方面来说明。第一，“不异”为“不真”。僧肇说：“万象虽殊，而不能自异。不能自异，故知象非真象”（《肇论·不真空论》）。一切事物和现象表面上看虽然千差万别，实际上都没有独立的本性，无所谓差别。既然万物自身不具有差别，那就是不真实的。第二，“自虚”为“不真”。僧肇说：“万物之自虚，岂待宰割以求通哉？”（同上）所谓“宰割以求通”是指经过分析而明空，不懂得万物原本就是空（“自虚”）的道理。第三，“假号”为“不真”。所谓“假号”是说一切事物只是虚假的称号，不是真实的存在。为什么说万物只是虚假的称号呢？僧肇说：“欲言其有，有非真生；欲言其无，事象既形。象形不即无，非真非实有。然则不真空义，显于兹矣。”（同上）事物从其本质来说，“非真生”，“非实有”；然而既已形成现象，又不是“无”（“空”）。也就是一切现象都是幻象，幻象是有的，但是不真的“非有非无”的幻象就是不真的假号，假号就是不真。僧肇的“不真空”论，抹杀事物的客观的独立的真实性，是一种佛教唯心主义观点。
《不真空论》主旨是讲万物的“有”“无”问题，与此相应，僧肇还撰有着重论述事物的“动”“静”问题的《物不迁论》。《物不迁论》是在《不真空论》的基础上对物质的存在形式和基本属性问题所作的具有诡辩特征的阐述。
《物不迁论》题名突出“不迁”，似乎反对“迁”，其实并非如此。僧肇说：“寻夫不动之作，岂释动以求静？必求静于诸动。必求静于诸动，故虽动而常静；不释动以求静，故虽静而不离动。然则动静未始异，而惑者不同。”（《肇论·物不迁论》）静不离动、动不离静，“动静未始异”，因此，要“即动以求静”，这也就是《物不迁论》的主旨。
僧肇主张动静不离，即动即静，非动非静。同时，又说“谈真有不迁之称，导俗有流动之说”（《肇论·物不迁论》）。虽然谈真与导俗、不迁与流动，相连相通，但是，毕竟“不迁”是佛教真理，“流动”是世俗观念。《物不迁论》的重心是要论证“不迁”。那么，僧肇是怎样“即动以求静”，进而得出“物不迁”的结论呢？其理论错误何在呢？
其一，夸大事物发展变化的阶段性，并加以凝固化，否定事物发展变化的延续性，从而否定事物的运动。僧肇说：“求向（过去）物于向，于向未尝无；责（求）向物于今，于今未尝有。于今未尝有，以明物不来；于向未尝无，故知物不去。覆而求今，今亦不往。是谓昔物自在昔，不从今以至昔；今物自在今，不从昔以至今。……如此，则物不相往来，明矣。既无往返之微朕（细小朕兆），有何物而可动乎？”（同上）这是说，过去的事物就是停留在从前的事物，现在的事物就是出现在当前的事物，它们之间是不相往来的，事物没有一个从过去发展到现在的过程，所以说是“物不迁”。他还举例说：“旋岚偃岳而常静，江河竞注而不流，野马飘鼓而不动，日月历天而不周。”（同上）吹倒山岳的风暴非常安静，奔腾的江河不在湍流，飘荡着的游气并非浮动，经天运行的日月未尝巡回。这里，虽然揭示了运动中的静止，但是把运动归结为静止，是一种诡辩。
其二，夸大时间的间断性，并加以绝对化，否认时间的间断性，进而抹杀事物的变化的连续性，取消事物的运动。僧肇说：“既曰古今，而欲迁之者，何也？是以言往不必往，古今常存，以其不动；称去不必去，谓不从今至古，以其不来。不来，故不驰骋于古今；不动，故各性住于一世”（同上）。意思是说，既然叫做过去和现在，那么事物就没有变化。过去不会延续到现在，现在不从过去延续而来，事物只分别停留在它所停留的某一时间阶段里。僧肇看到时间的间断性的一面，这是合理的，但是取消时间的连续性的一面，则是形而上学思想。
其三，夸大因果关系的先后性，加以凝固化，以论证因果关系不能成立，从而抹杀事物的运动。僧肇说：“果不俱因，因因而果。因因而果，因不昔灭。果不俱因，因不来今；不灭不来，则不迁之致明矣。”（《肇论·物不迁论》）这是说，因果关系只是前后相随，前因在前，后果在后，各住各位，无所谓因果联系，因此事物是没有变化的。僧肇有见于因果既分前后，又是相对而言，这是正确的，但是否定因果的相互联系和相互转化，是错误的。
三、道生的涅槃佛性论和顿悟成佛论
在东晋南朝社会矛盾尖锐化和佛教般若学讲“空”不能适应统治者需要的历史条件下，道生把作为精致哲学形态的般若学和粗俗的成佛说教结合起来，主张“人人皆有佛性”，提出“顿悟成佛”说，开创了佛教的一代新风。
道生认为一切众生都有“佛性我”，他说：“理既不从我为空，岂有我能制之哉？则无我矣。无我本无生死中我，非不有佛性我也。”（《注维摩诘经》）佛教所讲的“我”，不是相对于人来说的物质性的自我或精神性的自我，而是指实在自体。意思是说，“理”，即真理，不因为“我”而空，“我”是不存在的，是“无我”。“无我”是没有轮回生死中的“我”，而不是说没有“佛性我”，佛性这种实在自体是有的。什么是佛性？道生认为，佛性是众生的最善的本性、最高的智慧，是最终的真理，因此也就是众生得以成佛的根据。道生由此进一步得出“一切众生，莫不是佛，亦皆泥洹”（《妙法莲华经疏》）的观点。“泥洹”，即涅槃，是佛教追求的最高境界。众生都有佛性，众生都能成佛，涅槃与生死相即不二，众生即是佛，这是道生的佛学基本思想。
道生涅槃佛性说的一个突出之点，就是首倡一阐提人也有佛性，也能成佛。当时译出的《大般泥洹经》说一阐提迦是极恶的断了善根的人，是永远不能成佛的。道生根据一切众生皆有佛性的思想，认为一阐提人也属于众生，也应有佛性，也能成佛。由于这个观点与佛教经典相违背，而受到当时其他佛教徒的猛烈抨击。后来译出的《大般涅槃经》，果然有明文说一阐提人也能成佛，于是道生的观点也获得了承认。道生的观点与中国传统的儒家学说中孟子说的“人皆可以为尧舜”相一致，抽象地承认人在佛性面前是平等的，这就使佛教能为更多的人所接受，从而更加适应了中国古代统治阶级的需要。
道生在涅槃佛性说的基础上，又提出了独创性的顿悟成佛说，这种创见是道生佛学思想中最著名的论点，曾经引起时人的强烈反响。涅槃佛性说是阐发所谓成佛原因、根据的问题，而顿悟成佛说则是论述所谓成佛步骤、方法的问题。佛教通常主张累世修行，逐渐积累功德，最后成为佛，即渐悟成佛说。道生反对这种主张，提出“顿悟成佛”的命题。据慧达《肇论疏》云：“竺道生法师大顿悟云：夫称顿者，明理不可分，悟语极照。以不二之悟，符不分之理。理智恚（此字不明）释，谓之顿悟”。这是说，真理是不可分割的，要认识真理就要把握它的整体，这谓之“悟”。“悟”就是与真理的全体合一。既然真理的整体不可分，那么把握真理的整体只能是一下子把握，顿然把握，而不能分阶段把握，不能逐渐把握，这就叫做“顿悟”。
道生还阐明了见解顿悟和信解渐悟的联系和区别。慧达在《肇论疏》中转述了道生的观点：“见解名悟，闻解名信。信解非真，悟发信谢。理数自然，如果就（疑为熟字）自零。悟不自生，必藉信渐。”对佛理深有所得的见解是“悟”，学习和听闻所得的佛教知识是“信”。“信”是必要的，但不能获得真知灼见，只能作为达到最后的“悟”的一种手段。经过渐修，一旦贯通，把握了真理的全体，大彻大悟，信解也就不起作用了。从一定意义上说，道生猜测到了人的认识过程包含了渐变和突变，要把握整体必须经过突变，这是合理的因素。但是顿悟成佛说宣扬贬低、取消信解所得的知识，鼓吹对佛教真理和人的自我本性的神秘主义直观，从而为其虚构的成佛理论作论证，是一种僧侣主义的认识论、方法论。