他说：“刘豫州虽然兵败长坂，但还有关羽、刘琦率领的水陆精锐之师两万多人。曹军远道而来，人困马乏，几战之后，已是强弩之末，而且北方人不习水战，舍鞍马，乘舟船，实是弃长就短，作为曹军主力的骑兵不能发挥作用；中原士兵不服南方水土，必生疾病，荆州水军新降，不过是被逼无奈，并不会真心替曹操卖命；且马腾、韩遂尚在关西，实为曹操后患。因此，如果将军派猛将领兵数万，和刘豫州同心协力作战，必定能攻破曹操，一旦曹操兵败，必然北还，到那时，荆吴势力增强，三分天下，鼎足而立的局面就形成了。”
诸葛亮这番透辟的分析，掺杂有大量自己的远见卓识。说得孙权心悦诚服，欣然应允了诸葛亮的结盟要求。于是，“孙刘联盟”便正式建立起来了。同时，也三分天下埋下了最大的伏笔。
后世举目关注的赤壁大战开始了。公元208年10月，孙权命令大将周瑜为都督，统率精兵三万，溯江西上协同，刘备的军队，在赤壁与曹军相遇，曹军打了一个小败仗后，就撤向江北的乌林，双方隔江对峙，拉开了赤壁大战的序幕。
诸葛亮所料不错，江南气候阴霾，长江两岸潮湿，曹军多是北方人，初到南方，水土不服，到赤壁不久，就疫病流行，又不习水性，受不住江上风浪颠簸。为了解决这个问题，曹操采纳了联结战船的策略，用长长的铁索，把排列整齐的巨大战船拴在一起，减少船身晃动，认为这样军士不习水战的问题便迎刃而解。可是，曹操万万没有料到，这却给他的军队带来了灭顶之灾。为天下三分作了人为的最好的注脚。
诸葛亮出使东吴并不是一帆风顺的。在诸葛亮出使东吴，舌战群儒，说服孙权结盟的同时，张昭、周瑜等从东吴的利益出发，建议孙权把诸葛亮留下来。孙权遂使其兄诸葛瑾前去游说，岂知诸葛亮不但不肯留，反而劝诸葛瑾同他一道去辅佐刘备。孙权对此深感惋惜，而周瑜对智谋超群的诸葛亮却不能容，认为日后必定是江东祸患，于是屡屡设计害之。于是出现了历史有名的三气周瑜。
周瑜兵屯赤壁后，即请诸葛亮领兵千人星夜往聚铁山截断曹军粮道，欲借曹操之手来杀诸葛亮，诸葛亮用激将法，通过鲁肃传言，笑周瑜只会水战，而不能陆战。周瑜果然被激怒，打算亲率一万马军往聚铁山断曹军粮道。后被诸葛亮说开，劝其以破曹大事为重。周瑜得知后，摇头顿足说：“此人见识胜过我十倍，不除日后必为我国之祸！”
但周瑜接纳了鲁肃的待破曹之后图之的意见。此见识也说明周瑜也是一时之人才。
刘备屯军樊口后，即差人前往东吴以慰劳为名，探听诸葛亮的消息。周瑜乘便邀刘备前来，意图加害，幸得关羽在旁保护得免。
刘备离岸过江时，诸葛亮告知此事，刘备方才恍然大悟，吃惊不小，便请诸葛亮同回樊口，诸葛亮却说：“我虽居虎口，却安如泰山。主公可令子龙驾一小船，以十一月甲子日后为期，来南岸等候，切莫误了。但见东南风起，我就回来了。”
而周瑜见曹操水军营寨布局深得其妙，极是严整有方，非常的忌惮，遂想了一计谋，这就是三国史书上的蒋干盗书中计。
蒋干盗书，使曹操误杀了水军都督蔡瑁、张允二将，而用不熟悉水战的毛蚧、于禁代之。而使周瑜万分得意的计谋却不能骗过诸葛亮。
当周瑜被诸葛亮揭穿后便对鲁肃说：“此人决不可留！我决意公道斩之！”
随即又出一计，令请诸葛亮十日内赶造十万枝箭，诸葛亮说：“军情紧急，只用三日.就可以了。”并立下军令状。此举令东吴将士大吃一惊。他们都急切地想看诸葛亮是怎么死的。
第一日不见诸葛亮动静；第二日亦只不动；到第三日四更时分，诸葛亮密请鲁肃到早预备好的船中，用长索将20只船相连接，每船30外士兵，船上都用青布为幔，各束草千余个，分布两边，径望北岸进发。这时夜黑雾大，面对面看不见人，船近曹寨，一字排开，在船上擂鼓呐喊。鲁肃惊问：“如果曹兵齐出怎么办？”诸葛亮笑着说：“我料曹操在大雾中必不敢出战。我们只管喝酒取乐就是了。”
果不其然曹操疑有埋伏，令水陆军弓弩手乱箭射之，箭如雨发，等到日高雾散，诸葛亮令收船急回。20只船两边束草上，排满箭枝，每船约五六千枝，十万余箭已得。周瑜大吃一惊，慨然叹道：“孔明神机妙算，我不如也！”
不久，周瑜请诸葛亮来商讨破曹之时，两人各在掌中写一“火”字，然后互相观看，会意大笑，真是英雄所见略同。周瑜高兴地说：“我两人所见相同，就更加确定无疑了。”于是，两人共同谋划用“火攻计”破曹之事。
此时的曹军铁索连船的致命弱点已不是秘密，黄盖也发现了，他在夜间潜入中军来见周瑜，献计说：“现在敌众我寡，难以持久，今观曹操将战船首尾连接，真是天赐良机，正好施用火攻之法取胜他们。”
于是，两人密谋商议，一条千古苦肉计就此形成了。周瑜以黄盖畏曹乱军之名重打50杖，这就是后世的“周瑜打黄盖，打者愿打，挨者愿挨”的出处。周瑜令黄盖派人送信给曹操诈降，并把这些情况通过曹营来诈降的将领传给曹操，使曹操对黄盖来讲深信不疑。
一天，周瑜立在山顶观察了很长时间，忽然向后倒下，口吐鲜血，不省人事。
他的部下赶紧救回帐中，求医调治，诸将都来探问，很是忧虑。鲁肃对诸葛亮言及此事，诸葛亮笑着说：“周瑜的病，我也能医治。”即请同去看病，问及病情，周瑜说：“‘人有旦夕祸福’岂能自保？”诸葛亮笑道：“‘天有不测风云’，人又怎么能料到呢”周瑜听后大为惊讶，故意呻吟不已，乃以言挑之：“愿先生赐教。”
诸葛亮要来纸笔，屏退左右，密写了十六字：“欲破曹公，宜用火攻；万事俱备，只欠东风。”周瑜见了大惊，暗暗称奇：“孔明真神人也！早已知我心事。”于是请教医治之法，诸葛亮说：“我虽不才，但曾经遇见过高人，传授过奇门遁甲天书，可以呼风唤雨，都督若要东南风时，可在南屏山建一座高九尺的七星坛，我在上作法，借三日三夜东南大风，助都督用兵，怎么样？”
周瑜听了大喜过望，猛然而起，全无病意，即传令派五百精壮军士，前去南屏山筑坛。
周瑜骇然自语道：“孔明有夺天地造化之法，鬼神不测之术！若留下，是东吴的祸根，应及早杀掉，免生后忧。”
忙唤帐前护军校尉丁奉、徐盛二将，各带一百人，分水陆两路前往南出七星坛，拿住诸葛亮便行斩首。二将来到七星坛时，却不见孔明，问知刚下坛去了，即追到江边，诸葛亮早与预先等候在那里的赵云乘船远去了。
周瑜分兵派将，兵分六路，出击曹军。这时，辽阔的江面上，东南风一阵紧似一阵。周瑜一声令下，黄盖指挥着船队，大船在前，小船在后，列队向江北进发。大队掩其后，前队行至江心，风更大了，二十艘大船扬起风帆，加速向北岸驶去，北岸曹军都以为吴军来降，纷纷出寨观看。当船队距离曹军水寨不远时，志得意满的曹操为谋士程昱提醒，但为时已晚，二十艘大船刹那间同时发火，一时火烈风猛，满载柴草的大船喷吐着熊熊大火，顷刻间，用铁索联结的船只都燃烧起火，曹军水寨立刻淹没在一片火海之中，烈火延烧到岸上，江岸大营也燃烧起来了。浓烟遮蔽天幕，曹军陷入一片慌乱。孙、刘联军乘势从四面掩杀过来，曹军大败，人马死伤不计其数。
曹操冒死突围，急忙率领败残人马，纵马加鞭，向江陵败退，行至乌林，见树木丛杂，山川险峻，曹操在马上仰面大笑：“可笑周瑜无谋，孔明少智。若在此伏下一军，怎么样？”突然两边鼓声震天，旁边一彪军马杀出，为首将大叫：“赵云奉军师令，在此等候多时了！”曹操令徐晃敌住赵云，自己赶忙率众西奔。
天色拂晓，忽然大雨倾盆，曹操率众来到葫芦口暂歇。曹操坐在稀疏的树林下，忽又大笑不止，众问之，曹操说：“我笑诸葛亮、周瑜毕竟智谋不足。若在此也埋伏一彪人马，我等不死即伤。”正说间，前军后军一齐发喊，却见山口一军摆开，张飞横矛立马，大叫：“曹贼哪里走！”诸军众将，尽皆心颤，许褚骑无鞍马来战张飞，张辽、徐晃也来纵马夹攻，两边军马混战成做一团。
曹操即拨马西去，诸将也各启脱身相随。正行间，有小校禀告：“前面有两条路，大路稍平，却远五十余里；小路投华容道，只是地窄路险，坑坎难行，却近五十余里。请问丞相走哪条路？”曹操命人上山观望，见小路山边有几处烟起，大路寂静，于是令前军走华容小道。诸将疑之，曹操解释说：“兵书云：‘虚则实之，实则虚之’。孔明多谋，故派人在小路处烧烟，他却伏兵在大路等着，我偏不中他的计！”众人钦佩道：“丞相妙算，人不可及。”过华容道，曹军三停人马，一停落后，一停填了沟壑，一停跟随曹操，只有三百余骑。这时人困马乏，曹操在马上扬鞭大笑说：“都说周瑜、诸葛亮足智多谋，我看到底还是无能之辈，若在这里伏一旅之师，我等只有束手就擒了。”
话还没有说完，一声炮响，两边五百朴刀手摆开，为首大将关云长，提青龙偃月刀，跨着赤兔马，拦住去路。曹军吓得魂亡胆丧，面面相觑。曹操说：“既到此处，只得决一死战！”众将感叹道：“纵然我等不会怯战，但马已困乏无力，怎么还能再打？”谋士程昱急忙上前，告知曹操，劝关羽放他一马。
而关羽恰是一个重情之人，感曹操昔时许多恩义，网开一面，放曹操及众人离去，真是：“只为当初恩义重，放开金锁走蛟龙。”
曹操一行到了南郡，所随只有二十七骑，留大将曹仁守南郡，令张辽往守合肥，自回许昌去了。
赤壁之战的胜利，是诸葛亮联吴抗曹正确策略的胜利，也充分显示了他“运筹帷幄之中，决策千里之外”的非凡智慧，赤壁之战以后，曹操回过头积极经营北方，一时无力南下；刘备占据荆州，并向益州发展；孙权占据江东，并向岭南地区进军。三足鼎立的局面大体上形成了。
诸葛亮远见治蜀
诸葛亮治蜀期间，重视修明政治，任人唯贤，唯才是举，严明法度，发展生产，严练治军，以确保蜀汉政权的稳固和前线的军需和兵源。初治巴蜀，诸葛亮很留心解决主、客籍集团的关系。在以自己原来的荆州集团作为政权的骨干外，特别注意吸收“东州”（刘璋）集团和益州地方集团的人士参加政权。对原有官员，只要他们拥护新政权，都加以信任和重用。如董和、黄权、李严、吴懿、费观等人，“皆处之显任，尽其器能”。有影响的懦生，如杜微、来敏等，在不让参与军政大事的基础上，给他们一定的官职，载是诸如谏议大夫等的名誉职务，这样，大大缓和了各集团之间的矛盾，进一步使刘备集团在益州站住了脚跟。
选贤任能是诸葛亮治国的首要措施。他特别强调“治实而不治名”的原则，认为“为人择官者乱，为官择人者治”，坚决摒除用人唯亲的做法。为了招纳贤士，他在成都筑起了招贤台，又称读书台，做到“筑台以集诸儒，兼以待四方贤士”。他“用人不限其方”，文揽人才，使蜀汉政府的官员来自四方八面，既有刘备原来的部属，又有刘表的部属，还有刘璋的旧臣，还有外部投奔而来者。诸葛亮任有唯贤，不拘出身门第，不论资历；很注意在下层普通人员中发现举荐人才。
诸葛亮不仅自己留意选拔贤才，而且十分注意教育下属官员不要嫉贤妒能，注意向上推荐有德才之士。
公元291年7月，刘备门下大臣文武120多人联名上表汉献帝，尊刘备为汉中王。这篇借古喻今言天下“安危定倾”的表文，经过诸葛亮审议，领衔的却是平西将军马超；其次是刘璋旧臣，然后才是诸葛亮和关张赵等人。这表明了诸葛亮等腹心旧臣的谦逊之德和宽大气度，表示不论新故都同心拥戴，甚至新人比旧故更迫切，从表文排名也能看到诸葛亮的良苦用心。
荆州守将关羽，骄傲轻敌，盲目自尊，是诸葛亮深为担忧的。当刘备兵定益州拜马超为平西将军时，关羽即要入川与马超比武，刘备很是担忧，诸葛亮深知关羽为人，于是写信称：“孟起（马超字）兼资文武，雄烈过人，一世之杰，黥、彭（刘邦手下勇将）之徒，当与翼德同心争先，犹未及髯（关羽称美髯翁）之绝伦逸群也。”关羽看了很高兴，还把信拿给左右宾客看，志得意满。后来刘备占领汉中称王，封关羽为前将军，黄忠为后将军，不出诸葛亮所料，关羽一听黄忠为后将军，不禁大怒说：“大丈夫誓不与老兵同列！”后经刘备和诸葛亮暗授机宜而去的益州前部司马费诗晓以利害，关羽才大为感悟，拜受了印绶。
关羽对诸葛亮联吴以守荆州这个重大策略很轻视。不但常和鲁肃在边境上制造摩擦，挑起事端，而且连孙权也不放在眼里。当孙权派使者为儿子求娶关羽之女时，他不但不许婚，还辱骂孙权说：“虎女安肯嫁犬子乎！”使孙权深恨关羽。眼看刘备势力日益强盛，孙权深感不安，孙、刘集团之间的矛盾也越来越激化，孙权遂开始谋划夺取荆州。诸葛亮最担心的事终于不可避免地发生了。
公元219年7月，关羽按照刘备的安排，发动了襄樊之战。关羽一举夺下襄阳，把曹仁围困在樊城。曹操派大将于禁、庞德率七路精锐军队去援助，关羽用计水淹七军，于禁被捉投降，庞德被生擒斩首，关羽一时“威震华夏”。这是关羽一生功业最为得意时刻，但是实在太短暂了。
荆州之失和郡亭之败，不仅使蜀汉大伤元气，损失惨重，而且使诸葛亮两路北伐的实际计划也无法实行了。它标志着蜀汉不断强大的终止和三国鼎立之势的最终形成。
刘备死后，蜀汉政权面临着深刻的危机：强曹在北，仇吴在东，国力大大削弱，内部也很不稳定，南中叛乱不断，诸葛亮正是在这样一种情况下，受命开始总理蜀汉的军政事务。
魏主曹丕闻知刘备死去，认为良机已到，听从司马懿之计，派遣五路大军，围攻西川：第一路，曹真取阳平关；第二路，反将孟达从上庸进犯汉中；第三路，东吴取峡口入川；第四路，南蛮王孟获进犯益州四郡；第五路，西羌番王轲化直奔西平关；消息传到成都，蜀汉朝廷为之震动。诸葛亮因病不能视事，后主刘禅亲往相府探病问候，诸葛亮笑着对后主说：“四路敌兵，臣已退去了。马超守西平拒羌兵，魏延以疑兵阻南蛮孟获，李严写信给孟达使其称病在军，关兴、张苞在重要的地方屯兵三万作为各路策应。东吴孙权自不会轻举妄动，我们只须派一能言善辩的人去东吴，陈说利害，东吴自然先退了。”果如诸葛亮所料，四路进犯之兵都纷纷败退。同时，为了执行联吴抗曹的战略，诸葛亮任用很有外交才能的邓芝出使东吴，经过邓芝艰辛而卓绝的努力，终于使吴蜀这相互仇视的两大政治集团重新携起手来。吴蜀重新缔结盟好条约，是诸葛亮外交政策的重大成功。它不但把一个强大的仇敌化为盟友，而且牵制了曹魏的军事威胁。这样，诸葛亮就能专心搞好蜀汉内部事务，同时，积极准备解决当时已成为蜀汉政权威胁的南中内乱问题。