尽管拿破伦得到了大量的王冠，但形势并不像他在《箴言报》上说的那么乐观。因为早在5月2日，也就是斐迪南继位前，马德里就发生了反抗缪拉元帅和马德里守军司令格鲁希的大规模武装起义。蒙塞的援军赶到才给他们解了围。结果有1，000多法国人和西班牙人被杀，有人估计有25，000人被杀。西班牙人民反对法国入侵的武装起义从此在伊比利亚半岛上风起云涌。此时，拿破伦还和约瑟芬在巴荣纳海边度假，他没有将西班牙起义当一回事，他认为这不过是小事一桩。后来进一步的消息传来，说西班牙人将法国人自特拉法加海战后就一直停泊在加的兹港的几艘法国商船炸毁并占领了该海港，拿破伦仍然不以为意。
在法国的版图上增加了两个新的王国之后，拿破伦和约瑟芬回到了巴黎的圣克鲁宫，经严格审查的新闻界对法国人在西班牙遭到的挫败只字未提。尽管众官员在首都纷纷弹冠相庆，但外交部长康佩尼和陆军大臣克拉克却几乎每天都收到来自西班牙的坏消息。5月里的一个星期之内，西班牙3个地方的法国军事长官被刺杀，许多省份开始公开叛乱。在7月的第一个星期，几乎整个西班牙王国开始了反对法国占领的起义，西班牙人甚至直接向英国人请求军事援助。
事实上，拿破伦在从巴荣纳返回巴黎的途中就从他所不喜欢的军官萨瓦里(新任洛维戈公爵，陆军上将，第11军团（新建）军团长)那里得知了西班牙抵抗运动的消息。
西班牙抵抗运动是在法军大规模入侵西班牙后成立的,其成员主要是西班牙军队将领和贵族,以及天主教宗教人士.他们得到来西班牙人民广泛的支持,到处袭击法国军队,刺杀高级官员,使得法国在西班牙的统治几乎崩溃。其领导人物就是西班牙前陆军副部长卡斯塔尼奥司上将，在他的号召下，西班牙20万陆军中的12万人开始了反抗法军的统治，还有大量的人脱下军服，投靠法国的只有仅仅不到4万人，以马德里守军司令格鲁希中将为首。
但论军事实力，在西班牙的法军拥有第2军团、第4军团和骑兵军团，整整10万人，还有格鲁希的4万人，和卡斯塔尼奥司领导的军队相比，人数并不处于劣势，尽管此时卡斯塔尼奥司的军队已经发展到了16万人。武器装备也要比卡斯塔尼奥司的军队好得多，但卡斯塔尼奥司却得到了西班牙贵族阶层的全力支持，他们有着大量的财富，可以为卡斯塔尼奥司提供精良的武器和各种补给。而法军的各种补给物资则需要从法国运来，其间还得穿过西班牙人抵抗比较激烈的伊比利山脉，这样使得法军不得不派出大量的军队守卫运输线，造成了前线兵力的严重不足。
西班牙抵抗运动如火如荼，法军陷入了困境。7月22日，法军将领杜邦率领的23，000人在拜兰遭到卡斯塔尼奥司将军的猛袭；法军伤亡惨重，杜邦只得率军投降。拿破伦对杜邦的惨败特别关切，圣克鲁宫和陆军部笼罩着不祥的阴云。杜邦的军队在攻占科尔多瓦之后对西班牙人进行了野蛮的**抢掠，那情景酷似1797年拿破伦意大利战役的情况。成千上万的骡马拉着500辆满载掠夺物资的四轮马车使他的军队如牛负重，终于没能逃脱愤怒的西班牙平民(法国人称之为“流氓”)和紧随其后的西班牙军队的包围和阻截。
“如果征服西班牙需要付出80，000人的代价，我认为不值得，但在我看来12，000人足矣。”拿破伦4月18日在巴荣纳的口气十分轻松，仿佛12，000人的生命是毫不足惜的。但现在，法军的损失已经远远超过了12，000人。
7月30日，为了解决目前的西班牙的困境局面，拿破伦在圣克鲁宫召开专门会议讨论这一问题。萧杰也参加了这次会议。“先生们，我们现在在西班牙的处境非常糟糕，每时每刻都有勇敢的法国士兵在卑鄙的西班牙人的偷袭下丧生，我们必须找到办法解救他们。”拿破伦激动的挥舞着手臂说道。
办法到是有，很简单，只要法军全部撤出西班牙就不会有人在死亡了。但没人敢这样说，因为西班牙对法国的重要性和拿破伦占领西班牙的决心，在这个时候，撤出西班牙那不是承认法军在西班牙失败了吗，这是拿破伦决定不能忍受的。所以也没有人敢提出来触拿破伦的眉头。
“康佩尼，你向大家解释一下现在西班牙的局势。”拿破伦说道。
“好的，陛下。各位，现在西班牙的局势非常糟糕，迄今为止，我们在那里已经损失了近4万人。原本占领的地方现在都已经被乱军夺回，现在还在我们的控制之下的只有马德里、赫塔费、萨拉戈萨和多拉达海岸以及壮观海岸的城市，其他的地方都已经被乱军占领。马德里一度有被围的危险。另外，卡斯塔尼奥司已经派人向英国求援，请他们直接加入战争，英国很可能答应卡斯塔尼奥司的请求，那样的话，我们在西班牙的处境将会更加的糟糕。”康佩尼向大家介绍了西班牙那糟糕的形势。
听了康佩尼的介绍，参加会议的人都皱着眉头。萧杰也是那样，但心里却乐开了花，在他的计划中，西班牙越乱越好，这样在他出兵西班牙的时候才能向拿破伦要更多的好处。另外，在这种情况下，西班牙的所有反对份子基本上也露出了水面，到时候只要他能把这些人全部消灭，那他今后在西班牙的统治就会简单很多。
“克拉克，陆军部有什么解决的方法没有？”拿破伦皱着眉头问道。
“我们政治拟定向西班牙增兵的方案，按计划，我们至少还得向西班牙增派2个军团才能控制控制住局面，要想消灭西班牙人的抵抗至少得派3-4个军团。”克拉克说道。
增兵那是肯定的，但法军现在的兵力也并不充分，虽然现在法军已经有12个军团了，并且还有4个在建设当中，但法国现在庞大的领土也需要大量的法国军队驻守，其中第1军团在荷兰，第3军团驻守加莱，第5军团波兰，第6军团和第7军团在巴伐利亚防备蠢蠢欲动的奥地利，第8军团在德意志，第9军团在诺曼底，第10军团在莱茵同盟，近卫军团和帝国卫队在巴黎，萧杰的第88军团还在训练，欧仁的意大利方面军也在防备奥地利，而可怜的第2军团和第4军还有骑兵军团则陷入了西班牙的战争泥潭中，过着担惊受怕的日子，所以现在拿破伦能调动的军团也并不多了。
“可是我们的各个军团都有自己的使命，并没有多余的军队用于西班牙。”拿破伦说道。原本他以为10法军就能完全占领西班牙了，但他现在才知道他错了，他错误的估计了西班牙人保卫祖国，抵抗侵略的决心。
“我们准备先让皇储殿下率领第88军团进入西班牙，帮助缪拉元帅稳定住局势，等3个月之后，我们新的军团就可以投入战斗，到时候我们就可以很好的解决西班牙战事了。”克拉克说道。听了他的话，大家都看向了萧杰，知道他的第88军团经过这次扩编以后已经有了8万余人，足足是其他军团的两倍，况且由于他就是安德雷西兵工厂的老板，所以第88军团的装备也是最好的，火炮和重机枪的配备也是其他军团的两倍以上。
拿破伦也看向了萧杰，因为现在能调往西班牙的也就只有萧杰的第88军团了，但他却没有向萧杰下达命令，因为众所周知，第88军团是萧杰用自己的钱建立起来的，这个军团的所有开支都由他自己承担，所以虽然这个军团名义上隶属于法国陆军部，但他们都没有向这个军团发布命令的权力，包括拿破伦。
看大家都看着自己，萧杰有些郁闷了，他还不想这么早的把自己的军队投入到西班牙去，同时也在心里暗骂克拉克那个老家伙，没事干嘛把主意打到自己身上。“各位，我的军团的训练还没有结束，目前我还无法派遣军队参加这次行动。”萧杰说道。其实第88军团的训练已经基本上完成了，只剩下最后一些收尾的工作还没做。经过这次扩编以后，第88军团虽然是以前的两倍多，但战斗力却不是以前的两倍，因为有很多人都是没有经历过战争的新兵，在战斗力上自然要大打折扣。不过让萧杰十分高兴的是对士兵们的洗脑却非常的成功，在第88军团的士兵们心中，安德雷西的地位绝对要高于拿破伦，这都是每天不断的洗脑带来的。
“都快一年了，还没训练完，谁信啊，怕死就明说嘛。”萧杰刚说完，就有人不阴不阳的说道。
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