10月10日，拉纳元帅的第五军团逼近萨尔弗尔德城，与守卫该城的路德威格亲王的1万五千人敌军展开激战，亲王寡不敌众在肉搏中死于法军的刺刀下，其部下逃往布伦瑞克公爵守护的魏玛或霍恩洛厄亲王守护的耶拿。法军的神速使普军指挥官大为吃惊。他们没想到法军的进攻会这么快，快得使他们来不及完成战略部署。
法军继续前进，拿破伦断定敌军主力会集结在吉拉，结果扑了个空，那里除了不到一千人的地方部队以外，连一个普鲁士的正规军也看不到。拿破伦命令缪拉的骑兵军团在前探路，达武的近卫军团也被抽调了来进军瑙姆堡，两翼由拉纳和赖伊率领。同时萧杰也得到命令将第88军团集合，准备随时支援前线的战斗。
普军统帅弗里德里希和布伦瑞克此时仍然在向魏玛进发的途中，他们得知法军已经占领了在他们前方的瑙姆堡和莱比锡后，立刻停止了前进。
10月13日清晨，普军召开军事会议决定不与耶拿附近的法军交战，而是转进北方，可是这完全与他们之前的作战计划相违背，他们本来是打算在瑙姆堡和莱比锡附近和法军决战的，现在临时更改作战计划，这对军队产生了很大的不利影响。特别是转进北方，此决定无异于怯阵逃跑，使得普军士气极为低落，如果法军能抓住这个计划对普军进行猛攻的话，那么也许在对普鲁士的战争中就可以分出胜负了。然而拿破伦对此却毫无觉察，仍期望在16日前与普军决战。拿破伦作战的一大弱点就是缺乏可靠的军事情报，特别是在这场战役中，照说他的德意志同盟以及他在柏林和普鲁士军中的直接内应应该能够为他提供及时准确的情报。但实际上却完全不是如此，此时法军作战的情报大量是靠侦察兵带回的，以前安插的那些内应好像是完全消失了一样。
接到达武、赖伊和缪拉送来的大量报告之后，在13日上午9点，拿破伦终于意识到整个普军已经向北转移。他立即向达武、拉纳、赖伊、吕内和贝纳多特发布一连串的命令，做好在耶拿决战的准备或是追击逃跑的普军。下午3点，正在向耶拿城前进的拿破伦接到拉纳的报告，说法军已经占领耶拿城。拿破伦进行了最后的战略部署，决定将仍然处于魏玛附近和耶拿之间的普军主力一网打尽。
实际上，拉纳的第五军团在当天的早上就一举攻下了耶拿，普军慌忙逃窜，拿破伦在下午赶到耶拿城北和拉纳会合。拿破伦传令吕内和赖伊率部迅速赶到耶拿，并命令其他各部占领耶拿北面的高地，在该高地上拿破仑配备了42门重炮。拿破伦认为布伦瑞克的军队已全部陷入包抄，便命令在瑙姆堡西部的达武和贝纳多特(以及缪拉的骑兵军团)长途急行军赶到阿波尔达以断绝普军后路。10月14日拂晓6点，大雾弥漫，拉纳开始进攻。拿破伦万没有想到，此时他们面对的只是担任后卫的霍恩洛厄军团，普军主力早已悄悄北撤了。法军凭借先进的武器一开始就占了上风，霍恩洛厄的几个师遭到沉重的打击，部队伤亡一万多人。拉纳军继续攻击前进。11点，赖伊军团赶到参战。霍恩洛厄没有抓住机会突围，而是等待瑞歇尔将军的援军到来；可是瑞歇尔的援军却姗姗来迟，在法军发动进攻的两小时期间，其损失十分惨重。
到12点30分时，拿破伦在前线的兵力已经达到8万多人，而且还有6万多人的后备力量，包括缪拉的骑兵军团与吕内的第四军团。下午一点整法军正式发起进攻，拿破伦将第四军团和骑兵团全部投入战斗。在进攻之前，法军集中超过500门大炮对普军阵地进行了长达半个小时的炮击，普军死伤惨重。在法军的猛烈炮击下不少普军都丧失了斗志。
看着大量的炮弹狠狠的砸向普军阵地，炸起一条条残肢断臂，萧杰脸色有些苍白的说道：“要是战争能一直这么顺利的进行下去就好了。一通猛烈的炮击过后，普军阵地上大概没几个活着的人了吧。这哪还像是打仗啊，简直就裳是收自己家地里的玉米一样容易。”
听了他的话，拿破伦和法军总参谋长贝尔蒂埃都笑了。拿破伦说道：“我也想这样啊，大炮是很厉害，可这样大规模的炮击是很费炮弹的，这会对我们的后勤运输线带类很沉重的压力，以现在的情况来看，我们的运输系统还根本就承受不起。”
从他的话中，萧杰第一次听出了一丝无奈。看到自己的士兵不断的在战场上丧命，即使拿破伦这种经历惯了大风大浪的人还是很不忍心的，但这也许就是称霸必须付出的代价吧。
“陛下，我想问一下我的军团什么时候可以投入战斗。”萧杰问道。
“这个？具体安排我也不知道，你还问一下总参谋长阁下吧。”拿破伦把球踢给了贝尔蒂埃。
看萧杰的目光盯着他，贝尔蒂埃只得硬着头皮解释到：“暂时殿下的军团只能当作预备队了。现在我们的进攻很顺利，所以暂时还不需要第88军团参加战斗。要知道最精锐的部队总是留在最后的，就像皇帝陛下的帝国卫队一样。”贝尔蒂埃还拍了萧杰一个小小的马屁。
萧杰很无奈的叹了一口气，别的军团正达的舒服，自己却只能当看客，确实是有些郁闷。
下午两点霍恩洛厄意识到法军的力量远远超过了自己，于是命令向北撤退，朝魏玛方向逃跑。到下午3点，耶拿战役法军已经稳操胜券。一小时后，缪拉在通往魏玛的路上追击普军，赖伊的军团紧随其后。他们不抓俘虏、不听求饶，见普军就杀，溃逃的普军大多成了法军的刀下之鬼。吕内也将普军的其余残部全部歼灭。
拿破伦命令清理耶拿战役的战果：法军死伤5，000人，普军死伤4万人。直到那天晚些时候，拿破伦返回耶拿城时才得知他的14万多人所击败的根本就不是普军主力。而达武元帅率领的4万人的近卫军团在奥尔斯塔特却遇到了比他人数多出一半以上的、由布伦瑞克指挥的普军主力。