庞贝古城被发现后，意大利各地的学者和普通人怀着各种心态，前往庞贝观光和挖掘。1808年，拿破仑的妹婿和妹妹成为那不勒斯的国王和王后，竟自己出资，不惜代价，对古城进行清理和挖掘，挖出了执政官街旁的城墙，并开始挖掘竞技场和大会堂。然而那不勒斯旧王朝复辟后，挖掘速度却放慢了。
对庞贝古城进行较大规模的发掘工作是在1860年，当时意大利已完成统一，首位新王维克托一伊曼纽尔二世认为，如果能有组织地对庞贝古城进行挖掘，可以提升新国王的声望。当年年底，国王把挖掘工作交给了年轻的古币学家菲奥勒利。古币学家对国王交待的任务极为负责。他建立了一种可验证的科学考古方法，制定了务实的计划，有500多名工人接受他的指挥。1863年，他运用石膏翻模的方式，把庞贝市民在死亡的最后时刻所呈现的神态保存了下来。后来他开始负责博物馆的工作，挖掘工作交给了他的学生鲁杰罗。
鲁杰罗是位出色的建筑师，曾与菲奥勒利有过合作。他发掘了中心地区的公共浴室。在第九区挖出了一幢屋子，为了纪念火山喷发18个世纪，就命名为“百岁邸”。此外，鲁杰罗还在通向诺卡拉的大道旁发现几座坟墓，并修复墓窟里的600多幅壁画。
鲁杰罗的继任者是碑铭学者德·彼特拉。德·彼特拉曾于1893年到1901年以及1906年到1910年，两度负责挖掘工作。他在工作最繁忙的时期，挖出了后来成为庞贝最有名的维蒂家族府邸吕卡莱提乌斯·弗隆多邸以及神秘别墅。
他在挖掘城市北面的第五区和第六区时，发现了第十和第十八号城墙塔楼；在长方形大会堂后面，又发现了供奉城市守护女神--庞贝城的维纳斯的神庙。
1901～1905年之间，历史学家帕斯继续挖掘北面的第五区和第六区，完成了斯塔比街和诺尔街一带的清理工作。在诺尔街上挖出的房子中，最大的是费尔穆斯府邸。帕斯也发现了维苏威门，以及供应全城用水的水塔遗迹。随着考古学家接踵而至，挖掘计划日益完善。
德国学者冯·杜恩和雅各比曾经在探索多利亚式神庙时，使用过一些探测器，这些工具也用于探勘庞贝的剧院，首先使用的是德普菲尔德和莫索利阿诺主持发掘期间(1905～1910年)。除了在维苏威门和诺尔门外挖出几座坟墓以外，没有大的发现。他致力于重建已挖掘出来的建筑，比如银婚邸内的科林斯柱式会客室，金色爱神邸的列柱廊，还有吕帕纳尔妓院的阳台。对他来说，重要的是如何把庞贝保存下来，他运用了各种技术与方法，有些到今天还管用。
1910～1924年间，负责发掘工作的是斯皮纳佐拉。他是一个主观意识很强的考古专家。他建议，完全不挖城市北面的地区，而重挖掘市区。他计划串连起市中心和竞技场，并沿着丰收街，直抵叫做萨尔诺的东门。他之所以提出这个计划，因为他关切的是实际的城市规划，而不是虚幻的重大发现。他一心要清理出当年庞贝主要街道的外貌，再现这个城市当年的商业活动，而不是多挖出几幢私人宅第。
可是他的计划遇到了很大的困难。由于挖掘范围限于长600米街道两侧的建筑物门面，因此不仅要放弃深入挖掘很有价值的宅第，而且也弄不清楚每一座建筑的真正性质，只能从外表的壁画、选举招贴，以及涂鸦来猜测，难免出现被动局面。因此他没能坚持他原先的计划。
在梅于里管理的期间，庞贝的挖掘工作又有了新的方向。他拓展挖掘范围，工作进行得更合理，也使庞贝城的历史更清晰。靠着他不懈的工作，我们进入了科学考古学的纪元，只有这种考古学才能保护庞贝的奇迹。梅于里的功迹着实值得记下。他的接班人德·弗朗西斯等人仍延续了他的工作方法。
在庞贝城的发掘现场，人们看到了许多古城覆灭时的悲惨场面。
大约有两千多具尸体及大量牲畜的骨架被挖出。尸体周围被火山灰浆包得严严实实，形成硬壳。后来遗骸腐朽，化为乌有，尸体原形的空壳仍旧保留下来。考古学家就地灌注石膏，让死难看保持原状。
游客可以看到人临死时的百态：或两手抱头，蜷缩成团坐看；或搂抱1863年，庞贝古城的挖掘活动十分频繁，进来的考古学家也越来越多。图中的工人们把清理出来的垃圾放在筐里背走，而泥水工正在修屋顶，架横梁，以此来协助考古专家的发掘。古城的挖掘工作步入正常的轨道。
婴儿，母女同难；或急忙逃跑，走投无路。也有拼命攥住零钱袋，一命呜呼的乞儿；也有挣不脱枷锁，死在铁链上的奴隶角斗士。看家犬给链条拴住，惊恐得前腿跃起，直立而毙。在一座富豪宅邸，房子正在修缮，主人全家和工匠们在灾难时都躲入一条过道里，全部死在一块，互相拉着、靠着、抱着，惨不忍睹。近郊一座华丽别墅里，主人和奴隶共18口人都躲进地窖，也同葬一窟，妇女的臂骨上还带着金镯。
别墅另一头留下家主的骷髅，他手拿一串银钥匙，正要打开一个房门抢救财宝；他的成绩颇佳，身边倒着一个亲信家奴的骨骼，正抱着提着大把钱币和珠宝。正在演戏的剧场，正在烧火的染坊锅炉，烤炉中整齐放着的81个面包卷……似乎都是发生在昨天的事情。庞贝城好像睡了1900年的长觉，刚刚醒了过来！
拿破仑像。1808年，拿破仑的妹婿与妹妹成为那不勒斯的国王和王后，他们俩自掏腰包，加速了对庞贝古城遗址的挖掘。
1808年拿破仑在葡萄牙和西班牙战争中失败。
曾经作过新闻记者的美国作家马克·吐温曾在游览了埃及后，来到庞贝，他记述了亲身所见：“在庞贝一个长方形大厅中，发现了一具男人的骷髅，一只手握着10枚金币、另一只手抓着一把大钥匙。
这个人拿了钱夺门而出，但恰好就在门口遭烈火吞噬，倒地而死。只要再有半分钟，这个人应该就能逃过一劫。我还看到一个男人、一个女人和两个小女孩的骨骼。女人两手张开，宛如被死亡的恐惧攫住了。我仍然可以从她已经没有皮肉的脸上，想像多年前大火白天而降时，她那因极度绝望而扭曲的表情。两个小女孩和那个男人的头都伏在手臂上，仿佛想避开劈头盖下的火山灰。在另一间屋子内，发现有18具尸骨，全是坐着的，墙上还有一些黑色的痕迹，影子般地录下这些人的外形和姿势。其中一个女人颈骨上戴着项链，上面还刻着她的名字。在庞贝遗留下来的遗迹中，最令人动容的，要算是一个罗马士兵的形象了。这个战士身披甲胄，尽忠职守，无愧于罗马战士的声誉。他坚守在城门旁的岗位上，无畏地挺立，直到四周恐怖的火海，把他的生命和不屈不挠的精神，一起吞没。”
德国诗人歌德看见庞贝后说：“在世界上发生的诸多灾难中，还从未有过任何灾难像庞贝一样，它带给后人的是如此巨大的愉悦。”
而法国历史学家泰纳从庞贝归来后感叹道：“那时候的人，是用整个身体活着。”
公元79年，提图斯皇帝即位，恰巧遇上庞贝城的毁灭，也算是提图斯的不幸。因为8年前罗马人摧毁了邪路撒冷的神殿，所以犹太人认为，提图斯登上帝位的第一年，堆苏威火山便爆发了，那是神对罗马的惩罚。
庞贝覆灭后，维苏威常有程度不一的喷发。公元79～1631年，喷发周期是每百年一次。从那以后，平均12年喷发一次，但规模都比79年那次小多了。最近一次喷发是在1944年。火山休眠时，火山口也烟雾袅袅，泄出蒸气。
1841年，意大利政府在山上设立火山观测所，这是世界上最早设立的火山观测机构。观测报告说，最近100多年来的暂时平静，可能是火道让凝固的熔岩塞住了。这个兆头并不妙。欲发之物必有所泄，预计最近200年内，维苏威将重演2000年前的故伎，庞贝遗址有再次覆没的危险。