马洪等人敢于在此时“探险”，也与当时的宏观氛围分不开。从1984年开始，中国经济从整顿中走向复苏。在元旦过后不久，近年来除了出国一直坐镇北京的邓小平突然决定到南方看看，这是他一生中两次著名的南方视察的第一次。当时，中国就对外开放方面的问题展开大论战，深圳和珠海特区正饱受争议之苦，被一些保守派认为是“除了五星红旗还在，社会主义已经看不见了”的地方。邓小平马不停蹄遍走特区，2月1日，写下“深圳的发展和经验证明，我们建立经济特区的政策是正确的”，对特区模式进行了公开的肯定，这一消息以新闻的方式传播全国，关于特区的争论至此告一段落。在他离开广东后的第二个月，中共中央作出重大决定，宣布“向外国投资者开放14个沿海城市和海南岛”。此后，中国的对外开放逐步由点及面，最终形成了沿海全境开放的格局。
3月23日，福建省的55位厂长经理们以《请给我们“松绑”》为题联名向省委书记项南、省长胡平写了一封信。厂长们在信中写道：“我们认为放权不能只限于上层部门之间的权力转移，更重要的是要把权力落实到基层企业。为此，我们怀揣冒昧，大胆地向你们伸手要权。我们知道目前体制要大改还不可能，但给我们松绑，给点必要的权力是可以做到的。”此信被《人民日报》在二版头条显著位置刊登，一时轰动全国，这一呼声很快成为一种共识。5月10日，国务院顺势颁发《关于进一步扩大国营工业企业自主权的暂行规定》。
正是在这样的大好形势之下，国务院主要负责人授意马洪，给一言九鼎的“老革命家”们送上一篇试探性的文章，看一看是否可能在10月份召开的十二届三中全会上重提“商品经济”。
马洪立即组织周叔莲、张卓元完成了初稿，这回赶上吴敬琏正好归国，马洪怎么肯放过他。于是，他们几个人在沈阳、长春白天参加战略讨论会，休息时间和晚上就抓紧逐字推敲，修改文稿。据后来学者的揣测，马洪之所以倚重吴敬琏，一是信任他的学术素养；二是希望他能够把耶鲁带回来的现代经济理论融汇进文稿之中。
马洪和吴敬琏从沈阳写到长春，再从长春写到大连，一路数日就把文稿基本改定了。马洪当机立断说：“下面几站我不走了，要马上回北京。”吴敬琏与他道别，代表马洪继续前往哈尔滨开会。
一回到北京，吴敬琏就急忙去马洪家里探听情况，了解反应。他知道兹事体大，关乎中国经济改革的路径走向。马洪非常高兴，告诉他，文章已分送给几位老同志，没有什么反对意见。最让马洪高兴的是，王震还专门给他写了一封亲笔信，说这篇文章写得好，我们不能只说老祖宗说过的话，应该有创造性。只有一位理论家给马洪打电话，说基本观点是赞同的，但是不要从全民所有制内部找商品经济存在的原因，还是从两种所有制的关系、两种公有制的存在来说社会主义存在商品经济的原因，言下之意，还是要回到斯大林在《苏联社会主义经济问题》一书中设定的框架下。马洪拒绝了他的意见，并拿出王震的信给他看，王是这位理论家的老上级，他便不再吭声。
当获知有影响的“老同志”对这篇《关于社会主义有计划商品经济的再思考》没有人提出反对意见之后，9月9日，国务院主要负责人给中共中央政治局常委写了题为《关于经济体制改革中三个问题的意见》的报告，正式提出“社会主义经济是以公有制为基础的有计划的商品经济。计划要通过价值规律来实现，要运用价值规律为计划服务”。9月11日和12日，邓小平、陈云先后批示同意。紧接着，在中共中央总书记和国务院领导的坚持下，经过人员调整的“十二大”政治报告起草小组对所有的表述作重新的拟定。
吴敬琏还回忆了一个细节。9月中旬，他随马洪在上海作调查研究，一天晚上，他发现马洪又在伏案写东西，便问他在写什么，马洪说，现在看到的十二届三中全会报告的最新一稿上还是没有“商品经济”的提法。他透露说，在9月9日，国务院主要负责人用我们那篇文章的意思给中央领导人写了一封信，现在，我再用那封信中被肯定的提法给党中央领导人和国务院主要负责人写信，要求把它写进去。
1984年10月20日，中国共产党第十二届中央委员会第三次全体会议在北京召开，全会一致通过了《中共中央关于经济体制改革的决定》（下称《决定》），明确指出：“要突破把计划经济同商品经济对立起来的传统观念，明确认识社会主义计划经济必须自觉依据和运用价值规律，是在公有制基础上的有计划的商品经济。商品经济的充分发展，是社会经济发展的不可逾越的阶段，是实现我国经济现代化的必要条件。”
十二届三中全会被认为是1978年十一届三中全会之后，对改革开放影响最大的会议之一。邓小平在全会上说，《决定》是“马克思主义的基本原理和中国社会主义实践相结合的新政治经济学”。他在10月22日的中顾委会议上又说，“这次经济改革的文件好，就是解释了什么是社会主义，有些是我们老祖宗没有说过的话，有些新话”，“过去我们不可能写出这样的文件，没有前几年的实践不可能写出这样的文件。写出来，也很不容易通过。”（见《十二大以来重要文献选编》，人民出版社，1986年版）
那几天里，最开心的人是薛暮桥。《决定》实际上为他两年前的检讨“平了反”，而10月25日正是他80岁的寿辰，更让他开怀的是这天的中午，他的小女儿为他生下了一个小外孙。中科院、国务院研究中心及国家计委等联合在人民大会堂举办了一场祝贺他“从事经济理论和实践工作五十年茶话会”，多位主管经济的国家领导人到会，算是替他暖寿。四喜临门，他自然是笑逐颜开。
至此，在历经几年的大争辩中，“商品经济”第一次在中央文件中被确定为改革的目标。我们即将看到的景象是，日后还将有新的大反复，而最终，新的争论的尘埃落定是在1992年。吴敬琏在1984年的这次争论中发挥了一定的作用，而在数年之后的大论战中，他更将孤身出战，并因此而声名大噪。
在结束了东北之行之后，9月份，马洪又安排吴敬琏去参加了上海的调研。当时的上海正处于历史上最困难的时刻，全市工业经济低迷，发展没有空间，财政枯竭，出生于上海郊区青浦的陈云曾心疼地说，如果在上海拍30年代的电影，都不用搭景了。中央因此组成了一个振兴改造上海调研组，各部委至少派出一个部级干部参加，由宋平和马洪带队，为上海设计一个新的发展战略。
这个高级调研组共30多人，住在兴国宾馆，与上海的各级干部开会，开了数十次座谈会，渐渐理出了一些思路，提出了“四个中心”的发展战略，就是把上海建成中国的商业中心、金融中心、贸易中心和信息中心，这个方案很快得到国务院批准，上海的复兴正是从这时候开始的。
在调研中，经济研究中心的薛暮桥、徐雪寒等学者提出了许多重要建议，其中之一是，组建一个全国性的股份制银行，最好就是从解放初被关掉的老银行中恢复一个牌子，后来被确定下来的就是恢复交通银行。经过几年筹备，1987年3月，交通银行在上海成立。后来10周年庆典的时候，交行的人从档案中查出，最早的建议就是1984年由调研组提出的，还专门请吴敬琏写纪念文章。
调研组在和上海市委合写了振兴改造上海战略之外，还单独给党中央、国务院写了一份报告，提出两点建议：一是设立上海特别市，把对外开放的优惠政策全部都给上海；二是增加上海的财政收入能力，当时上海每年的财政自留比例只有13%，专家们建议提高到23%，增加10%。后一个建议被中央采纳了。上海的干部对那次调研非常感念。
吴敬琏自己也对那段时间的工作十分满意。他在晚年的口述中说，原本以为，当一个经济学家就是坐而论道，清谈议政，离实际政策制定很远，为商品经济“翻案”和上海的调研让他发现原来理论研究还可以为国家的重大决策起重要作用，一个政策建议居然能够如此显著地改变一个地区或一个行业的成长。
从上海回来以后，马洪向吴敬琏提出了一个动议：调进国务院技术经济研究中心，出任常务干事。
吴敬琏对此非常意外，他回去想了几天后回复说，可以。
对于自己为什么要离开心爱的理论研究工作，进入政府部门工作，吴敬琏在《我在改革的岁月里》一文中坦率地道出了自己的想法：“有人说，你为什么要当政府经济学家呀？我说这有什么，也不是因为当了政府经济学家你就道德低下了。那么清高干什么呢？你不是要改变这个社会吗？不是要为人民造福吗？你在政府机构里面，完全有条件做得更好。”
国务院技术经济研究中心的办公地点当时在中央决策的心脏地点——中南海。那是座工字形的小楼。吴敬琏到上班几天以后，就被在同楼办公的国务院经济研究中心总干事薛暮桥发现，便和马洪商议把吴敬琏转调到经济研究中心，担任常务干事。1985年，国务院决定把国务院的三个咨询机构：经济研究中心、技术经济研究中心、价格研究中心合并成为国务院经济技术社会发展研究中心——后改名为国务院发展研究中心，马洪任总干事，薛暮桥任名誉总干事，吴敬琏也随之进入了发展研究中心，继续担任常务干事一职。
就这样，在社科院经济研究所工作了整整30年之后，吴敬琏“意外”地扮演起了另外一个角色——由纯粹的书斋学者，一转身成了“政策咨询专家”，在他的面前突然展开了一条从未料想到的道路。