1989年春夏之际，中国发生了一场大动荡。在1989年6月24日结束的中共十三届四中全会上，62岁的江泽民从上海市委书记的岗位上被选拔出来，当选为新的总书记。
在1989年整个年度里，经济发展的速度降到了1978年以来的最低点，银根紧缩，消费降温，工厂开工不足，企业大面积倒闭，失业人员增加，资金流通不畅，呈现一派萧条气象。
经济局势的动荡，使意识形态的争论变得非常敏感，一些人士担心私营企业的膨胀发展最终将造成社会主义中国的“变色”，那些针对改革政策的质疑从四面八方射来。《人民日报》记者马立诚和凌志军在《交锋》一书中记录说，“那些密集的连珠炮似的批评文章满天飞。这是‘文化大革命’结束之后十分罕见的现象。”
就是在这样的大环境中，几年前已经尘埃落定的“商品经济”与“计划经济”之争再次被摆上台面。
舟至中流，突遇漩涡，去从徘徊，凶险无穷。
在这场充满了火药味、决定中国经济方向的大论战中，性情温和的吴敬琏扮演了一个孤胆战士的角色。
从一开始，吴敬琏就使自己成为一个招致攻击的“靶子”，他不但捍卫“商品经济”，甚至还进而提出，应该使用“市场经济”这个新名词。
早在1988年年初，广东省和广州市经济研究中心举办了一个研讨会，提出用“社会主义初级阶段的市场经济”为“社会主义有计划的商品经济”正名。中央领导看到有关报告后，让马洪组织国务院发展研究中心的人员对此进行一个讨论，任务落到吴敬琏身上。3月份，吴敬琏和他的同事胡季写出专题报告《关于“商品经济”和“市场经济”的几点意见》，对这两个概念进行了多方面的引证分析。他们认为，“商品经济”是同自然经济相对立的一种经济形式，而“市场经济”则是与“命令经济”或“统制经济”相对立的概念，“市场经济”通过市场机制配置资源，“命令经济”通过行政命令配置资源，而中国经济改革的实质正是用前者替代后者，因此，可以叫“社会主义的市场经济”。领导人对这个意见的批示说，“这是一个可以和应该深入讨论的理论问题”，党中央在1987年成立的走中国特色社会主义研究组（由郑必坚、龚育之牵头），对此进行更深入的探讨。7月15日，《人民日报》以《社会主义商品经济也是一种市场经济》为题，发表了吴敬琏和胡季的那篇报告，这也是中央党报上第一次正式出现“市场经济”这个名词。
然而，随着物价“闯关”的失利，对市场经济的研讨不但全面停滞，甚至出现了完全相反的理论思潮。
1989年10月28日，《光明日报》刊发《中国不能完全实行市场经济》一文，内称，“如果我们……让市场成为资源的主要配置者，不重视乃至削弱和否定计划经济的重要作用，必然会导致社会主义公有制经济的瓦解。”其观点与一年多前的吴敬琏和胡季一文观点截然相反。
10天后的11月7日，吴敬琏接到发展研究中心副总干事孙尚清通知，要吴随他去中南海中区西楼参加一个会议，总结1989年“70天”的经验与教训。就是在这次会议上，计划派与市场派展开了第一次针锋相对的论战。
据吴敬琏在口述史中回忆，他一进会场，邓力群看到他就说，“吴敬琏，我们好久不见了。”吴答，“是有一个五年计划了吧。”邓说，“不对，有两个五年计划了。”也就是说，两人有10年没有谋面了。会议一开始，第一个发言的是财政部科研所的原所长许毅，他原是华东税务管理局副局长，调任北京后，与吴敬琏一度很熟悉。他洋洋洒洒地讲了一个半小时，中心意思是，通货膨胀和社会动荡的根本原因是经济改革出了毛病，本来应该计划取向的，却搞了市场取向，导致重复建设、通货膨胀、贪污和诸侯经济等这么多的问题。
接着就是吴敬琏发言，他也洋洋洒洒地讲了一个半小时。他说，自己对许多现象的看法和许毅的观点很相似，但是对这些现象的原因分析，和他的距离很大。对于中国改革中出现的一些问题，确实需要冷静的思考，人们在十年改革中得到了许多利益，为什么还有不满？接着，他分析了通货膨胀、分配不公和腐败横行三大社会问题的根源。他认为主要的根源是发展战略和改革进程出了问题。发展战略上的问题是急于求成，用各种手段支撑高速度，改革的问题则是不明确到底要把原来体制下的哪些东西改掉，要改成什么样的体制，改革的具体道路不清楚。改革初期走放权让利的路，用承包制等方法“调动积极性”，这些做法早在50年代就搞过。应当用新办法，扩大市场的作用，而如果按放权让利的思路搞下去，会出现很严重的恶果。
对于那种认为腐败等现象都是由市场取向改革造成的看法，吴敬琏表示不能同意。他说，按照马克思的说法，商品是天生的平等主义者。因此市场经济国家的公平竞争立法上就规定不能有任何价格和其他歧视，不能像在价格双轨制下那样，有批文的和没批文的、有权的和没权的价格不一样，那不是市场经济原则。双重体制下的经济既是货币经济，又有行政管制，权力有价，于是产生大量的寻租行为，这才是目前腐败蔓延的原因。最后，吴敬琏还推荐香港汇丰银行一位经济专家的文章，此文论证说，股份公司只是一种管理形式，它可以在公有制基础上建立，也可以在私有制基础上建立。他的发言至此，许毅打断他说，这一点我和你绝对对立。
那天，一个上午的会就只有他们两人发言，旁边的人大多没有参与争论。
吴敬琏的观点在很多人看来无疑是非常“危险”的，他把自己孤立在了“主流”之外。就在他与许毅展开论战的同时，全国范围内正在展开一场针对民营经济的整顿运动。据《中华人民共和国经济史》记载，1989年下半年，全国个体户注册数减少300万户，私营企业从20万家下降到9.06万家，减少一半多。中共中央还专门下发文件，明确规定，“私营企业主不能加入中国共产党”，原来是党员的，可以暂不考虑劝其退党。这个政策所透露出来的政治信息，是不言而喻的。
在公开的报刊上，种种反对市场化改革的声音喧嚣尘上。1990年1月，北京《当代思潮》发表《用四项基本原则指导和规范改革开放》，文章说，“私营经济和个体经济……如果任其自由发展，就会冲击社会主义经济”。2月22日，北京的权威杂志和报纸发表一位政治家、理论家的长文《关于反对资产阶级自由化》，作者提出一个质问：搞资产阶级自由化的人有没有经济上的根源？有没有一种经济上的力量支持他们？回答是，有的，私营企业和个体户就是资产阶级自由化的经济根源。文章说，资产阶级自由化的改革“说到底，一个是取消公有制为主体，实现私有化，一个是取消计划经济，实现市场化”。
吴敬琏以及改革派人士此时的危险和被动，并不仅仅来自于国内的思潮压力，同时还受到国际动荡局势的挑战。就是在这段时期，苏联和东欧的社会主义国家阵营发生了令人吃惊的“剧变”。
1989年10月匈牙利政局发生剧变，执政的社会主义工人党改建为社会党，匈开始实行多党制。11 月9日，民主德国与联邦德国宣布合并，存在了28年零3个月的柏林墙被推倒。同年的12月22日，罗马尼亚出现新政党“救国阵线”。3天后，执政长达24年的罗共总书记齐奥塞斯库被捕，在经军事审讯后被枪决。1990年12月，波兰共产党在竞选中失去领导权，团结工会领袖瓦文萨当选为波兰总统。
就在东欧各国相继“变色”的同时，世界上最大的社会主义国家苏联也开始迅速瓦解。1990年2月，苏共召开中央全会，将总书记戈尔巴乔夫的“人道的、民主的社会主义”新思想正式变成苏共的行动纲领和基本方针。3月，立陶宛率先宣告独立；7月，莫斯科市长叶利钦宣布退出苏联共产党。1991年12月25日，戈尔巴乔夫发表全国电视讲话，宣布辞去苏联总统职务，镰刀锤子红旗从克里姆林宫上空降下，苏联最高苏维埃举行最后一次会议，正式宣布苏联停止存在。