就在这篇论文发表的同时，吴敬琏与他的学生刘吉瑞合著的《论竞争性市场体制》一书由中国财政经济出版社出版了。此书的主旨与论文完全一致，汲取了新古典经济学资源配置理论和社会主义经济改革理论的精华，总结国内外尤其是我国前10年经济改革经验教训，更为系统地阐述了社会主义市场经济理论和体制转轨的策略原则，并提出了许多对当前和今后一个时期的改革发展的政策建议。在此书的序言中，吴敬琏以挑战者的姿态写道，“有些同志总是习惯于把计划经济等同于社会主义经济，把市场经济等同于资本主义，认为在市场调节背后必然隐藏着资本主义的幽灵。随着改革的进一步深化，越来越多的同志开始懂得：计划和市场只是资源配置的两种手段和形式，而不是划分社会主义与资本主义的标志。”
据吴敬琏回忆，此书初稿完成后，江西一家出版社曾表示愿意以最高规格出版，但在1989年的风波以后就放弃了。后来，工业经济出版社表达了接受意向，不过提出要删去“市场经济”等字眼，吴敬琏断然拒绝说，宁可不出版，也不能删。一直到了1991年3月，书稿转到了中国财政经济出版社，该社总编辑在终审意见中写道：“我通读了吴敬琏同志这部书稿，与初审姜志辉、复审袁中良同志有相同的看法，认为这是一部很有见地、很有参考价值的著作……应及时、公开出版。但考虑近来报刊关于姓‘社’姓‘资’的讨论，我有些寒噤。”最终，在再三斟酌之后，中国财政经济出版社由社长、总编辑、责任编辑三人一起签字——如果因此遇祸，则一同进退，决定“冒险”出版这部著作。
《论作为资源配置方式的计划与市场》和《论竞争性市场体制》的发表及出版，在政经两界引起极大震动。日后，它们被看成是中国学者在理论的高度上，对计划经济体制的一次总扬弃和总清算，《论竞争性市场体制》一书被评为“影响新中国经济建设的10本经济学著作”之一。
发生在1989年年底到1991年之间的这场“计划与市场大论战”——事实上，这也是中国改革史上，对计划经济思潮展开清算的最精彩的一役，是吴敬琏真正成长为一流经济学家的标志性事件。他以罕见的道德勇气和学术功底，捍卫了市场化改革的旗帜。这个个性温和、在生活中从未与人红过脸的江南人，在逆流横飞的时刻表现出了倔强和无所畏惧的一面。
就在吴敬琏的论文和书籍出版的同时，富有戏剧性的事情终于发生了，历史一把将他推到舞台的中心。
从1992年的1月18日到2月21日，87岁高龄的邓小平南下视察武昌、深圳、珠海、上海等地，其间断断续续地讲了不少话，他说，“判断各方面工作的是非标准，应该主要看是否有利于发展社会主义社会的生产力，是否有利于增强社会主义国家的综合国力，是否有利于提高人民的生活水平。”“社会主义的本质，是解放生产力，发展生产力，消灭剥削，消除两极分化，最终达到共同富裕。”“计划多一点还是市场多一点，不是社会主义与资本主义的本质区别。”“改革开放胆子要大一些，抓住时机，发展自己，关键是发展经济。发展才是硬道理。”“中国要警惕‘右’，但主要是防止‘左’。”
这就是中国改革史上具有里程碑意义的“南方讲话”。一时间，解放思想、加快改革步伐，成为舆论之共声。
在焕然一新的大转折的前夕，吴敬琏发表的论文《论作为资源配置方式的计划与市场》和出版的《论竞争性市场体制》，为这场思想解放运动提供了经济理论上的依据，“吴市场”之名迅速为公众所知晓，他成了全国知名度最高的经济学家。
3月14日，在邓小平南方视察的讲话还没有在国内报刊上得到正式报道的情况下，由吴敬琏任主编的《改革》杂志和中国企业改革与发展研究会联合举办了一场“加快改革开放步伐，建设有中国特色的社会主义”理论研讨会，杜润生、童大林、高尚全、徐雪寒、王梦奎、吴树青、厉以宁、周叔莲、周小川及樊纲等70多位经济学家与会，这是邓小平“南方讲话”后，国内最先作出反应的大型学术活动。会上，众多学者均一吐为快，表达了加快改革之意。老资格的经济学家、曾任国家体改委副主任的童大林一言以蔽之曰，“梦寐以求”。
4月16日，北京一些经济学家在香山饭店召开了一个加快上海改革开放的座谈会，吴敬琏在发言中再次强调市场体制的重要性，提出应当把“市场经济”作为国家战略真正确立下来。时任上海市经济体制改革办公室主任的刘吉和国务院发展研究中心副主任吴明瑜觉得他讲得十分清晰，便建议写出来，送给中央决策层。
吴敬琏在李剑阁的协助下写成一份建言书，于4月30日寄送中共中央总书记江泽民和时任国务院副总理的朱镕基，题为《关于计划与市场提法问题的建议》。在这封信中，吴敬琏回顾了10多年来关于计划与市场的多场争论，然后明确建议中央，应当确立“社会主义市场经济”的提法。
他从理论的高度上十分尖锐地指出，中国的改革已经走上一条市场化取向的道路，已经无退路可走，因而在理论上也到了非得作出一个决定性突破的时刻。他说，“其实，由于马克思主义经典作家马克思、恩格斯、列宁一直认为商品生产或货币经济同社会主义不能兼容，如果要固守教条主义的传统观念，即使采用‘商品经济’甚至‘商品生产’的提法，也无法走出由于陈腐的教条与现实生活脱节所造成的困境。所以，将‘市场经济’改变为‘商品经济’，并不能解决问题。如果沿着这条思路推演下去，就是勉强从斯大林的《苏联社会主义经济问题》找根据，恐怕也只好回到‘社会主义经济只能是存在商品生产和商品交换的计划经济’这种1982~1983年的老提法上去。而这种提法是大多数人所不同意，并为1984年至今的中央文件所弃而不用了的。”
多年之后的人们，细读这段文字，仍然会为吴敬琏的赤诚和勇敢所感动。由这一段论述看到，此刻的他已经超越了上一辈经济学家在旧框架里寻找改革出路的局限性，在理论家的意义上，他表现得非常勇敢和义无反顾，他是伸出手指头，真正触破了那层窗户纸的人。
就在吴敬琏上书的同时，中共中央正紧锣密鼓地筹备即将于年底召开的中共第十四次代表大会，关于是否采用“社会主义市场经济”的提法已成一个十分敏感而举国注目的话题。从种种迹象表明，争论如暗潮汹涌，一直没有停顿下来过。
6月9日，江泽民总书记在中央党校省级干部进修班上讲话，他提及，理论界对中国的经济体制有多种描述，其中有“社会主义商品经济体制”“社会主义有计划的市场经济体制”和“社会主义市场经济体制”等等，他表示自己倾向于使用“社会主义市场经济体制”这个提法。而耐人寻味的是，6月15日，新华社在播发江泽民讲话的新闻稿中，略去了这段有关经济体制提法的内容，表明领导层此时仍带有试探性。可是使人始料未及的是，“社会主义市场经济”这个提法在高级干部中并无反对意见。于是“十四大”这个基本调子就被定了下来。
8月，吴敬琏在美国加州大学圣克鲁斯分校做访问研究后归国，参加“十四大”编写组的刘国光告诉他，“十四大”报告的起草工作不太顺利，本来应该把“市场经济体制”的问题放在总论里讲的，后来却放到了次一级标题，当成方法，降到了操作层面，此外，还注入了“市场调节”的含义。吴敬琏当即意识到，如果这一次不能把体制争论从目标和纲领上进行澄清，那么，改革的进程仍然可能延误。
于是，在9月5日，他再次提笔给江泽民写第二封建言书，信中写道，“日前读到‘十四大’报告征求意见稿有关‘社会主义市场经济’部分，我有一些想法，现报告如下”。在信中，吴敬琏提出五点看法，恳切陈述说：“把我国经济改革的目标规定为建立社会主义市场经济，是对邓小平同志所倡导的建设具有中国特色的社会主义路线的进一步阐明，也是本世纪科学社会主义理论和马克思主义政治经济学的一项最重大的发展，其理论意义和实践意义都十分深远，应当用有分量的语言加以概括和评价。目前的文稿似乎体现不足。”
他还对意见稿中的一些提法进行了斟字酌句式的修正，例如，文稿上说“十三届四中全会以后，使用了计划经济和市场调节相结合的提法，这种认识上的深化，对推动我国经济发展和经济体制改革起了重要作用”，吴敬琏认为，“这是很不恰当的。对于近年来出现的认识上的曲折和从十一届三中全会路线的后退，只能在以下两种办法中选择一种来加以处理：或者回避，或者进行适当的批评。如果不是这样，而是对不恰当的提法曲意维护，甚至加以颂扬，则非但不利于在弄清认识的基础上加强团结，还会挑起争论，搞乱干部和群众的思想”。另外，文稿还写道，“要看到市场受局部利益的驱动，有其自身的弱点和消极方面”，因此要“在经济的运行上，把计划和市场的长处结合起来”，吴敬琏也认为大大不妥，他在建言书中说，“这里使用的，是与1989~1990年批判‘社会主义市场经济论’时完全相同的语言，对提法的历史作这样的说明，只会使它变得模糊，甚至留下隐患”。
在晚年的口述史中，他说，之所以要对意见稿中的文字如此挑剔，就是要尽可能地清晰表达，杜绝模糊地带，以堵住任何可能的反复。
10月5日，新华社记者对吴敬琏进行了专访，向全国播发新闻通稿《公有制与市场经济并非不相容——访经济学家吴敬琏》，在很多观察家看来，这似乎是在为即将召开的大会做理论思想上的预热。10月12日，中共第十四次代表大会召开，江泽民在题为《加快改革开放和现代化建设步伐，夺取有中国特色的社会主义事业的更大胜利》的报告中，明确提出“我国经济体制改革的目标是建立社会主义市场经济体制”。
至此，反复折中、辩驳了十多年之久的“市场”与“计划”的体制之争宣告终结，中国改革在委靡和混沌多时之后，再次一跃而起。