在邓小平南方视察之后，中国经济再度进入高速成长的周期中，万马奔腾，尘埃四起，又忙又乱的景象让人喜忧参半。
喜则在于，经济呈现出强劲复苏的态势，根据国家统计局的数据，1991年全国在建工程约9 000亿元，到1992年扩大到2.2万亿元，而到1993年前5个月，全国固定资产投资又在上年基础上增长了69%，这是一个前所未有的数字。中央银行多发了500亿元的钞票，而各地仍然叫嚷缺钱。到年底，全国国内生产总值首次突破3万亿元。各省的民间企业增长非常喜人，广东、贵州和湖南是乡镇企业产值增长速度最快的3个省份，分别达到了55%、57%和89%。
忧则在于，投资的超速增长正在诱发一系列的相关效应。英国的《经济学人》在1992年年底的年终稿中便警告说，“1993年的某一个时候，蓬勃发展的中国经济将会出现危险的过热势头，上一次在1988年，中国几乎着了火”。上半年，全国生产资料价格总指数上涨44.7%。在供求失衡的情形下，金融秩序也变得有点纷乱，地下钱庄格外活跃，民间的资金拆借利率越来越高，官方利率形同虚设，那些有门道的人如果能以9%的利率从银行贷到钱，转手就可以20%，甚至30%的利率倒手出去。
吴敬琏回忆，“在1992年中期到1993年中期长达一年之久的时间中，各方面对宏观经济的这种态势的看法很不一致”。在经济界和经济学界，一场论战再次燃起。
大部分报刊把这场争论说成是“热”与“不热”的争论，似乎当时只存在两派：主张“不热”的改革派和主张“已经过热”的保守派。可是据吴敬琏的观察，实际情况要比报刊的说法复杂得多。在中国经济发展过程中，历来有一种为许多人接受的观念，即改革派必定主张GDP高速增长；相对于此的，主张保持经济稳定、哪怕“牺牲”一点儿速度的人必定是保守派。这一观点的背后则是一种流行的思考方式，就是把具体的经济判断及政策设计和某种政治观点“搅合”在一起，用意识形态的立场证明自己经济观点“政治上正确”。于是，使得“改革”和“保守”的区分变得有很大的随意性。其实在1992年的中国，一些貌似激进和支持经济增长的观点，却来自南方视察前的保守派人士，而一部分改革者在GDP增长的问题上却显得非常的“保守”。前者力图论证，1992年的“高速度”正是过去三年整顿的结果。相反，那些坚持市场化变革的人则在此时认为，速度应该慢下来，抓住时机，推进改革。
正是在这种错综复杂的大背景下，当时主要存在四种不同的观点。
第一种观点认为，过热的原因在于市场化改革推进太快，其潜台词是，应当放慢改革，加强计划控制。第二种，同意第一种意见关于已经出现过热的分析，但和第一种意见恰恰相反，认为出现过热的根本原因是关键部门的改革仍然进行得不够快。他们主张采取果断措施稳定经济和推进改革。第三种，认为经济发展状况良好，既保持了高速度，又没有出现过热，也不存在通货膨胀的危险，他们对前一段经济工作持充分肯定的态度，认为应当继续当时的做法。第四种，对于改革的推进状况不甚满意，但认为经济增长的形势喜人。他们认为，通货膨胀是各国高速成长中的必然伴生物，不应采取紧缩措施，妨碍高速增长势头的持续。
第四种意见的代表人物是厉以宁。事实上早在1985年，他在与刘国光等人的论战中就已经形成了自己关于通货膨胀的基本观点。根据他提出的“非均衡理论”，在经济转型时期，供不应求是常态，在中国这样一个发展中国家，经济的开放和搞活客观上要求增加货币供应量。货币供应速度超过经济增长是经济本身提出的要求，而且保持货币供应有限的超前对经济增长是一种推动。如果政府抑制需求和限制货币供应量，不但不利于经济的高速增长，并且会损害各方面的利益，招致人们对改革的支持减弱。因此，紧缩的宏观政策是不可取的。据此，他提出了“顺势疗法”和“逆势疗法”两套方案。前者就是容忍一定时期内适度通货膨胀的存在，增加经济活力，切不可采取单纯压缩需求的政策。后者则是采取一切措施先消除通货膨胀，然后再采取措施使经济复苏。他当然是支持实行第一套方案的。
为了支持自己的观点，厉以宁还在1993年年末朱镕基召开的征求意见会上，将抑制通货膨胀和减少失业联系在一起考虑。他说：通货膨胀几乎使绝大多数人受害，尽管大家都埋怨、都叫苦，但一般不会有人出来带头闹事，他们想，“大家都受害，我何苦出来带头呢？”失业则不同，失业只是一部分人受害，他们心理不平衡，矛盾容易激化。如果说通货膨胀与失业都会引起社会动荡的话，由失业引发社会动荡的可能性更大一些。因此，他认为应当“两害相权取其轻”，采取“就业优先，兼顾物价稳定”的政策。②
吴敬琏并不认同厉以宁关于通胀与失业的分析。他在同一个座谈会上指出，“两害相权取其轻”的说法，依据的是老凯恩斯主义失业与通膨负相关的“菲利普斯曲线”。这种简单化的说法，在70年代末80年代初关于“滞涨”的大争论以后，连新凯恩斯主义者也认为过时。此外，所谓由于通货膨胀对所有人的损害都是相同的，因而不会导致社会不稳定的说法也无根据，事实上，通货膨胀是一种具有再分配功能的“恶税”，它有利于富人而不利于“从手到口”的工薪阶层。因此，他的政策取向是，必须迅速采取果断措施，制止通货膨胀的蔓延之势。
从政策的选择来看，在这次论战中，专家们的分歧其实在于“边治边理”还是“先治后理”。这取决于双方对通货膨胀的性质判断不同。如果认为经济总量上的平衡对推进改革是重要的前提条件，那么政府就应该优先治理通货膨胀而后进行改革。而如果把通货膨胀理解为转型经济的“非均衡”常态的话，那么有一定的通货膨胀并非有害，反而有助于经济增长和改革的推进。根据这一逻辑，政府不应该采取紧缩政策来对待当前的通货膨胀。
总之，这是改革史上的又一次大论战，四种意见、几派人马交缠在一起，弄得人头昏脑涨。
在政府层面上，认为经济已经出现过热，必须进行宏观调控，特别是应当大刀阔斧地整顿金融系统的领导人，正是当年在马洪主持的社科院工业经济研究所工作过，时任中共中央常委、国务院副总理的朱镕基。
朱镕基于1991年从上海市委书记任上调入北京，出任主管经济的国务院副总理。在上海期间，他以亲民和对官员的严厉管理而闻名。在口述史中，吴敬琏这样评论他的这位老相识：“他有两点是不错的，一是能够与人讨论问题，也许别人不这么看，因为我跟他比较熟，可以辩论。很多官员怕他，见到他，本来说得清楚的事突然就忘了。其实，他跟你讨论，即使争论得很厉害，但是并不记仇。我和他在农产品收购政策上有很严重的分歧和激烈争论，但这都不妨碍我们一直保持比较好的关系。他曾说，争论归争论，对人的处理上面，不能够很随便。他对有些领导干部一言不合就整人，很有意见。另外一点，他有时难免主观，但认准了的事情，一定要干成，魄力很大。”吴敬琏还对朱镕基主政12年的“成绩单”给出了一个简短的评价：“我觉得他干得最漂亮的两件事，一件就是1993年，用改革的办法治理了通货膨胀，一件是在1998年，同样是用改革的方法应对了东亚金融危机。”
朱镕基一到北京，就批评有些地方该热的改革并没有热起来，不该热的——一个是基建投资，一个是股市，则太热了。可是在当时，举国上下憋了一股劲儿，曾经熄灭的发展热情刚刚被南方视察激发出来，在这种全民亢奋的时刻，要求让经济“急刹车”，无疑会背负“反对发展是硬道理”的汹汹骂名。
到1993年的四五月间，形势越来越失控，物价零售指数持续上扬，人民币兑美元的汇率在半年内贬值了45%，决策层必须对此作出明确的决断。这时候，又是邓小平出场，他找最高领导层谈话，促使采取措施实现宏观经济的稳定。
6月份，中国人民银行行长换人，由国务院常务副总理朱镕基亲自兼任行长，中共中央和国务院做出了“双管齐下”的重大决策：一是6月24日下达了中共中央和国务院1993年6号文件：《关于当前经济情况和加强宏观调控的意见》（通常称为“十六条”），整顿金融，紧急“降温”；二是制定全面改革的方案，执行“整体推进，重点突破”的新改革战略。
“十六条”带有强烈的应急色彩，其中包括，提高存款和贷款利率，严令专业银行必须在8月15日之前收回超过限额的贷款和非法拆借的资金，全面削减基本建设投资，重新审查地方批准的经济开发区，减少20%行政开支等等。国务院派出调研组分赴20个省市，督察金融活动的正当性。
6月，中央电视台《经济专家论坛》由国家体改委宏观司副司长李青原主持，邀请吴敬琏和国务院发展研究中心的马建堂录制专题节目，对夏季经济形势进行了一次电视讨论。马建堂对正在展开的“急刹车”政策进行了解释。吴敬琏的言论则显得更为独立，他一方面表达了对通货膨胀的担忧，支持进行宏观调控，认为“如果群众的心理状态稳，政府的措施又正确，两者配合起来，我估计在今年年底、明年年初能够把经济稳定下来”。另一方面，他也明确批评“十六条”的“行政措施力度偏大”。这在当时被不少人认为“过分大胆”。在晚年回顾此事时，他说：“据我理解，经济学家的正确角色，不应当是‘解释和论证政策’，而是对经济情况和政策作出独立的判断，并告诉政府和公众。”这个节目在7月份分两期播出，引起了很大的关注。
在朱镕基的严厉手段之下，“十六条”果然让过热的势头受到阻止，到10月份，固定资产投资的增长率已从6月份的34%降到了15.6%，生产资料物价指数也随之快速下降，外汇市场的美元对人民币兑换率从1∶11.5，回落到1∶8.7。
用行政性的霹雳手段固然能够使过快的速度慢下来，可是，如果因此让启动不久的“改革列车”也停下来，则将是另外一场灾难。此时，“双管齐下”中的另外一面就显出它的重要性。
在中央电视台的那次电视讨论会上，马建堂对“十六条”进行了一番解读，随后，主持人问吴敬琏：“吴教授，您经常给政府提供咨询，那么，除了马建堂讲的那几条措施，如果总理要求您还有什么其他措施要采取的，您有什么高见呢？”
吴答：“我想，这次治理整顿要采取三个层次的措施，第一个层次是行政措施；第二个层次是政策调整；第三，也是最深的一个层次是体制改革……当前通货膨胀最深刻的原因在于3个关键部门的体制改革落后，所以，要想釜底抽薪，从根本上解决问题，还是要在改革上下工夫。”
吴敬琏所谓的三个关键部门，分别是指财税体系、金融体系和国有企业。
他的基本思想仍然是——必须坚持以改革促进经济的持续稳定增长，而在方法上，则应当推动整体配套改革。也正是在那段时期，他和他的同事们呈交于决策层的方略，正是成胎于1986年，再研于1990年，已经磨砺良久的“中国经济体制改革总体设计方案”。