在国有经济整体上陷入困境的1994年，新任主管工业工作的副总理吴邦国提出了一个新思考：不可能把几十万国有企业都搞好，而只能通过抓好1?000个国有大中企业，把整个国有经济搞好。于是，确立了国有企业改革“抓大放小”的新思路。对此，经济学界有更深入的解读经济学家冯兰瑞、何伟、晓亮等提出，要点不在“抓大”，而在“放小”——“要点不在1?000个，而在1?001个”。吴敬琏很赞成这种观点。他在1995年12月的《改革》杂志上发表了《放开放活国有小企业》一文，论证“放小”很有可能成为深化国有企业改革的一条新路。
但是，“放小”的道路也很不平坦。
早在1993年十四届三中全会的《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》中就已经指出，“一般小型国有企业，有的可以实行承包经营、租赁经营，有的可以改组成股份合作制，也可以出售给集体和个人”。但是，在“放小”问题上敢于“第一个吃螃蟹”的地方，例如广东顺德、山东诸城等地，无一不遭到来自传统意识形态的严厉批判。
1996年3月中旬，吴敬琏接到通知，随同朱镕基到诸城调研，随行的有国家体改委副主任洪虎、国家经贸委副主任陈清泰等数十位中央部委的领导，还有两位经济学家：吴敬琏和张卓元。正是这次出行，肯定了诸城的做法，同时也引爆了一场激烈的大争论。
据吴敬琏回忆，朱镕基去诸城，是听了张卓元的建议。这一年的开春，朱镕基要接见中科院的经济学家左大培，同时邀集社科院副院长王洛林、吴敬琏和社科院经济研究所所长张卓元三人作陪。左大培坚决反对通货膨胀，同时大力宣传新近获得诺贝尔经济学奖的罗伯特·卢卡斯的“理性预期”学说，因此引起了朱副总理的关注。不料，开会当日，左大培阴差阳错受阻于中南海门外，几个与会者就聊开了。其间，张卓元给朱镕基提意见说，朱镕基副总理走到哪里都说，小企业一卖就好了，我就不相信。张建议朱亲自去看一看，然后再作结论。朱说，这个意见好。张进而说，最近吴敬琏编的《改革》杂志登了对山东诸城的“放小”支持和反对的几篇文章，可以供你参考。朱当即吩咐秘书，把《改革》送到他那里，他马上要出国，在路上看。他要洪虎带一批人先去诸城调查，自己等回国后就亲自去。
诸城是山东省菏泽市辖内的一个县级市，它的“放小”试验是从1992年就悄悄开始了的。该市全部150家独立核算的国有企业，有103家明亏或暗亏，企业负债率平均高达85%。当时担任市长的是36岁的陈光，他决定把这些企业统统卖给职工。在一次企业改制会上，陈光说，“10年改革，改来改去企业还是躺在政府的怀抱里。从今天开始，咱两家的关系变了，变成你注册我登记，你赚钱我收税，你发财我高兴，你违法我查处，你破产我同情。”在之后的两年多里，陈光通过无偿转让产权、破产等7种形式，将全市272家乡镇办以上国营或集体企业统统都出售给了职工个人，陈光因此得了一个绰号——“陈卖光”。在20世纪90年代初期，各地出售亏损中小国有企业的现象并不罕见，不过陈光做得实在有点绝，因此引起了媒体和理论界的争议。
朱镕基回国后，果然带了国务院各部委的一批人，连同吴敬琏、张卓元等去了诸城。他们一行是3月20日出发的，整整调研了两天，朱镕基自始至终一言未发，但是显然被诸城所取得的成绩打动了。3月23日原本要离开去日照，然后回北京，朱镕基突然决定再看一天，同时下令把山东的省、地、市、局四级干部叫到诸城来和国务院调查组的人开会。
就在那几天，国务院直属的权威经济报纸，一直在追踪产权改革动向的《经济日报》正刊登一组调查报告，有人对一些地方的股份制试验提出了批评，认为会造成国有资产的流失，如果这是中央的态度，那么诸城无疑是一个最大的反面典型了。吴敬琏回忆说，由于诸城“放小”引起了很大的争议，当时支持诸城试验的山东的党政领导非常紧张，不知道朱镕基的想法到底是什么。
为了准备第二天的会议，从北京来的调查组成员在朱的主持下，连夜开了个内部会，讨论对诸城做法的基本评价。会上的意见仍然有分歧，但是大多数人认为诸城的做法基本是成功的，如果全面都能做到这样，就解决了我们国家的一个大问题。内部会议结束时，朱镕基指定让赞同诸城做法的陈清泰和吴敬琏在明天的四级干部会上作主要发言，其他人可以补充。
3月24日，山东的四级干部到齐了。陈讲了五点意见，吴也讲了五点意见，对诸城的做法表示支持，也提了一点具体的改进意见。陈、吴讲完后，朱镕基问国家体改委副主任洪虎的意见。洪虎笑着说，他们两个人每人讲了五点，已经“十全十美”，我完全同意，没有补充。会议开到这里，台下的山东干部们才大大地喘出一口气。果然，朱镕基在接下来的讲话中表示，采用多种方式搞活小企业，他完全同意。他说，看到诸城的这些成绩感到特别高兴。他还具体指出股权出售中出现的一些问题，比如，有些企业的管理层持股与职工持股数相差20倍，这还算不算是“集体经济”？此外，收回来的国有资产款该如何处理和使用等等。不过，朱镕基在讲话中也指出，他不赞同搞什么“模式”，所以也不要叫“诸城模式”。
朱镕基的诸城考察很快在中国政界和经济界不胫而走，从而大大推进了各地的“放小”运动。然而在北京，反对的声音仍然非常汹涌。大量中小国有企业被出售给私人，当然就有了国有资产流失的嫌疑，而且各地又没有统一的政策，可以说是各自为战，乱马飞奔。
对国情十分了解的吴敬琏对此颇有预感。回到北京，他发现，《经济日报》开始在头版连载宣传“诸城模式”的专题报道，对诸城“放小”的评价非常高。他当即给相熟的高级编辑打电话，希望报道口径谨慎一点，否则可能帮倒忙。可是，报道已经发表了好几篇，只是到最后一篇时，才加上了一段，说诸城的做法并不是“十全十美”，不要搞一个模式，各地可以创造云云。
诸城考察和《经济日报》的这组报道，激起了反对者的抗议。一些人士以“万言书”的方式上告中央，认定这是一次瓜分国有资产、搞私有化的大行动。朱镕基因此受到空前的压力。1996年12月，朱镕基在北京观看话剧《商鞅》，商鞅以惊人的勇气掀起秦国的改革，终为顽固派羁绊，车裂而死。据报纸描写，朱为剧情所动，黯然泪下。
1997年元旦一过，中共中央宣布将在今年秋冬之际召开中共第十五次代表大会。国务院发展研究中心当即组织班子进行课题研究，确定的重点题目就是“国有经济的战略性重组”，吴敬琏领衔出任课题组组长，成员包括张军扩、刘世锦等十人。吴敬琏确定了课题的两个方向，一是冲破“国有经济是公有制的高级形式，是社会主义所必须追求的目标”这类从苏联搬来的意识形态教条，实现多种所有制经济的共同发展，二是大胆利用一切反映社会化生产规模的经营方式和组织形式，对国有经济进行战略性改组。
就当吴敬琏等人埋头于课题报告的同时，政经界的理论交锋已到了白热化的地步。他回忆说——
早在1996年年末，就有人以中国社科院的一个正部级研究所——当代中国研究所的机关杂志《当代思潮》的名义刊发了一篇文章，就是提出了“国有经济是公有制的高级形式，是社会主义必须追求的目标”这样的论点，说是“当前主张国有经济应退出竞争性行业的观点颇为流行”，如果这种做法得逞，就“将从根本上改变我们国家经济制度的社会主义性质”。作者认为这些年的改革非但没有增强国有制，而且它的比重不断下降，所以这是一种渐进式的私有化，搞这种改革的人是搞资本主义改革，搞这种改革的党是戈尔巴乔夫式的修正主义党。这篇文章出笼后，即大量散发，在1997年3月的全国“两会”上，原本规定不准散发材料的，他们也在那里发。