对于中国本轮现代化变革，吴敬琏有自己的时间表。
在他看来，1994年之前，中国的改革主战场在国有体制之外，是所谓的“增量改革”。之后随着整体改革方案的实施，改革的主要对象转变为体制内的诸多领域。东亚金融风暴之后，特别是2001年中国正式加入世界贸易组织，市场化经济改革的主轴似乎已不可逆转。但是，经济改革的“大关”还没有过，要过“大关”，主要涉及国有经济和法治等政治层面的改革，所以，改革战场就应该进一步拓展。20多年前，当中国改革开放刚刚起步之际，那个被邀请来京“传经”的波兰经济学家布鲁斯所告诫过的那段话在此时“应验”了——“经济体制改革要以社会体制改革为条件，必须从制度上采取措施，才能保证不再回到旧轨道上去。归根结底，改革是政治和社会问题。”
在晚年的口述史中，吴敬琏说，进入21世纪之后，他主要关注两个命题：一是如何建立一个公正、法治的现代社会，一是中国经济增长模式的抉择。也是从此之后，他继“吴市场”之后又有了一个新的称号——“吴法治”。
2002年入秋，吴敬琏和江平在上海创建上海经济与法律研究所。
江平出生于1930年，与吴敬琏同龄，他曾任中国政法大学校长、七届全国人大法律委员会副主任委员，与谢怀和梅仲协两先生一起被誉为“中国民法三杰”，是新中国刑法学和民法学的奠基人之一。吴敬琏自述，他与江平原本并不相熟。2001年盛夏，中央领导邀请数十位有杰出贡献的学者去北戴河度假，江泽民在期间接见了大家。吴敬琏和江平均在此列。“就是在这次休养的时候，我与周南，江平及他的夫人都在一起，我们就讨论了经济学与法学的话题。以前，我跟他几乎没有来往，只知道他是法学界非常出名的人物。没有想到，我们的观点竟非常一致，都认为应当在经济学和法学之间架一座桥梁，使经济性方面的改革和法律方面的改革能够肩并肩地向前推进。于是，就着手筹办了一个经济学与法学的研究所。”
在吴敬琏的思想史上，这是继20世纪70年代初期与顾准在劳改队里推研希腊文明之后，又一次把自己的视野拓展到了经济学专业之外的范畴。
经济学家离政治应该有多远？在中国，这是一个问题。亚里士多德称人为“政治动物”，因为在他看来，“政治”一词与“城邦”（polis）同源，每个人都是城邦的产物，势必关心并参与城邦的公共事务，正是人的社会属性决定了他“政治动物”的本质。曾经与顾准深入钻研过希腊城邦制度的吴敬琏当然对这一论述非常熟悉。不过，在相当长的时间里，吴敬琏——尽管他一度在“政治心脏”中南海工作——试图把政治与经济分开来思考。在90年代末期之前，吴敬琏的经济学见解是学术而温和的。
正是由于对人性善恶交织共生的复杂性有深刻的体认，吴敬琏从没有在自己的理论和方案中，对秩序和变动、理想和现实等形成对照的选项作出简单的选择，有时，他的态度甚至比较暧昧。而这种犹豫也正是转型期经济学家们的特征与魅力所在。他信奉有限度的、逐步实现的平等原则和市场化取向，为此，他愿意在两难之间寻找一条更为稳妥的道路。所以，在无数份政策建议中，他一般不会拘泥于门户之见，而愿意采取一种更加务实的态度，博采各家之长。例如在80年代初期的政策争论中，他一方面坚决支持改革派提出的商品经济（市场经济）改革目标，另一方面认为在改革问题上比较保守的人们抑制需求、降低速度、改善产业结构的主张是有道理的。而这也正是一些自诩为坚定的改革派的人们不满他的地方。在他们看来，吴敬琏是一个“改革派中的保守派，新人中的旧人”。
然而，随着中国经济改革的整体框架既定，然后权力却顽强地不肯退出微观经济领域，一些国有企业也不愿放弃垄断地位，这样，旧体制的种种固疾也被固化甚至放大。吴敬琏日益意识到，既得利益和机会主义的固化，特权和垄断，官僚依赖型的管制，对社会成本和环境的透支，使得中国的经济繁荣往往脱离不了畸形的影子。人们渴望繁荣，但不是非理性、寡头化、权贵依赖型的繁荣。正是在这样的时代背景下，要真正建成现代市场经济制度，如何重建公正与法治成为中国社会面临的最大挑战。
这里涉及到两大命题，一是政府的职能与角色，二是市场经济体系的完善。而要予以解答和建设，必须从法律和经济两个层面同时推进。
2000年6月17日，吴敬琏在西安参加“中国经济50人论坛”的一个研讨会，做了题为《新形势下政府体制改革的总体目标》的主题报告。这是一份深思熟虑后提出的改革策略书。②
他在开场白中就说：“改革搞了20多年，我们对经济改革的目标和途径的认识已经比较清楚了。但是，对于政府改革的基本思路，研究得并不是那么透彻……迄今为止，政府体制改革还停留在一些比较表面的、极其有限的目标之上。这就好像我们在20世纪80年代初期对待经济改革那样，仅仅是感觉到了存在的问题。”
吴敬琏进而分析政府体制问题的根源，他认为，“我们的政府体制需要改革，根本的问题在于，目前仍然在起作用的列宁的社会主义政治体制模式遇到了我们在经济改革中建立起来的市场经济体制的挑战”。经过20多年的改革，中国社会的经济基础已经发生了根本性的改变。列宁的“国家辛迪加”已经为多种所有制经济共同发展所代替，社会主义市场经济体制正在形成，然而政治体制仍然大体保持列宁、斯大林时的模式，而这一套以行政命令为主，直接对社会经济活动进行全面干预的体制是与利益主体多元化的市场经济不相衔接的。这就导致社会上层建筑与它的经济基础之间的矛盾冲突。他引用邓小平在1986年9月的话说：“不搞政治体制改革，经济体制改革难于贯彻。”
在论文中，吴敬琏说，未来政府体制或政治体制的基本框架已经明确，政治上层建筑方面的目标是实现社会主义民主，文化上层建筑方面的目标是实现高度文明，但是应当更加具体：什么是社会主义民主制度的基本架构？需要对它作出正面的界定。现有的一种界定是，它集中表现为人民代表大会制度。如果是这样，对于什么是人民代表大会制度、如何改善人民代表大会制度，保证人民群众通过一整套机制行使当家做主的权利，使国家意志反映多数人的意志，同时确保少数人的合法权益不受侵犯，也需要有具体的设计。
吴敬琏的声音不是孤独的，10多年前与他一起设计经济体制方案的学者们也在做同样的思考。
在2000年第3期的《经济社会体制比较》上，时任美国马里兰大学经济学教授的钱颖一发表《市场与法治》一文，提出市场经济有“现代与传统”、“好与坏”之分。钱分析认为，在当前世界上，宣称实行市场经济的国家占了绝大多数，但是建立起规范、现代的市场的国家并不多，原来实行计划经济的国家进行市场化转轨，弄得不好，也往往掉进坏的市场经济的陷阱。钱颖一还总结了传统的或者说坏的市场经济的若干特点，其中之一就是“对经济人和其产权而言，政府（或国家）不受制度的约束。比如，政府可以随意增加税种，提高税率；又比如政府可以任意干预经济活动，限制交易。这就导致经济实体的产权得不到制度保障，从而易受政府的侵犯”。关于好的市场经济，钱颖一的定义是“建立在公正、透明的游戏规则之上的，即法治的市场经济”。
吴敬琏对钱颖一的观点非常欣赏，他在一篇文章中说：“一部分人，包括我自己，曾经天真地认为，只要建立市场经济就好了，不管是什么样的市场经济都能保证经济的昌盛和人民的幸福。但实际情况并不是这样，市场经济是有好坏之分的。”
他尤其认同钱颖一将“法治”（rule of law）”与“法制”（rule by law）区别开来的做法。在他看来，“立刀之制”与“有水之治”实在有天壤之别，前者指的是“用法律作为工具去统治老百姓”，后者则是“法律高于一切，所有人都要受法律的制约”。在1957年之后，反对“人治”、主张“法治”被说成是“右派言论”，所以在中国只能讲“法制”，而不能讲“法治”。此后的很多年里，在发表演讲或接受采访时，讲到“法治的市场经济”，他必特意强调是“有水之治”，而非“立刀之制”。
在口述史中，他还讲了两则轶事。在“十五大”报告提出“建设社会主义法治国家”的口号后，钱颖一从美国给他打电话说，新华社播发的新闻稿中，把“法治”（rule of law）错翻成了“rule by law”，造成了不好的影响，请他向领导反映，要求改正。另外有一次，吴敬琏在中央电视台做了一套节目，其中谈及“法治”，可是电视台在配字幕的时候，把“法治”打成“法制”了。他当即给编辑去电，要求改正。第二天第二辑节目播出，法治又打成了“立刀之制”。他只好再去电询问，编辑答复说，本台规矩很严，字典上没有的词组一律不得使用，他查了新华字典，上面只有“法制”一词，而没有“法治”。吴敬琏听罢，只好徒呼奈何。
2001年11月15日，为了准备“十六大”，吴敬琏参加由总书记江泽民主持召开的一次理论座谈会，递交了一篇书面发言稿《全面建设社会主义市场经济体系》，继续从建设市场经济的角度，陈述他对政府体制改革的观点。他建议：“当前特别需要强调以下三个理论观点：一，社会主义经济是建立在多种所有制共同发展基础上的市场经济；二，它是追求社会公正和共同富裕的市场经济；三，它是法治的市场经济。”
接着，他提出为“建立社会主义法治国家”，需要抓紧做好几项基础性工作：
（1）在干部和群众，特别是各级领导干部中树立法治观念。法治观念是当代先进文化的一个重要组成部分。它意味着体现基本正义的法律体系，首先是宪法，高于所有人的意志，政府和政府官员的权力也要由它界定，受它的约束。