针对吴敬琏提出的“早期增长模式是一条被证明走不通的老路”，厉以宁反驳说，中国在新中国成立初期确实经历过一轮重化工业的集中发展，但是那一轮“重型化”并非建立在真实消费需求基础之上，在结构上存在很大缺陷。自20世纪90年代中期以来，在经历了轻工业的高速发展之后，中国的“二次重工化”开始显露端倪。这里面既有“由轻到重”的客观规律起作用，又体现了产业发展本身对设备更新改造的真实需求。
厉以宁的演讲一经刊出，当即被媒体定义为新一场“吴厉之争”。新浪网特地做了一个专题，还贴了一个小调查，让网民投票“吴厉之争你赞同谁”。不过，吴敬琏并没有对厉以宁的批评做正面回应。在一两个月后全国政协经济委员会讨论吴敬琏《“十一五”时期（2006~2010年）必须认真解决工业化道路和增长模式的问题》的发言稿时（厉以宁也是这个委员会的副主任），他们之间也没有发生交锋。
如果说，吴敬琏与厉以宁之间的分歧还属于隔空交火的话，那么在2005年7月的“中国发展高层论坛”上，樊纲则对吴敬琏进行了面对面的反驳。
吴敬琏首先在演讲中重申了他对传统工业化道路的批评，提出了转变增长模式的必要性，提出了7个方面的问题：不能扬长避短，有效率地配置资源；放松技术创新和提高效率的努力；挤占用于发展服务业的资源；造成水、土、煤、电、油及其他资源的高度紧张；破坏生态环境；增加解决就业问题的难度；隐含着银行坏账增加的金融风险。他认为，粗放的经济增长方式不彻底改观，资源约束的问题不解决，宏观经济过热的问题很难解决，“这就是为什么每当我们GDP增长率达到年增长9%以上，很快就需要停下来调整的原因。与此同时，服务业在GDP当中的比重却并没有提高。于是我们就出现这样的情况：在这个很长的价值链里面，我们主要从事的就是附加价值最低、利润率最低的加工部分。所以就有一句话：我们消耗了大量不可再生资源，承受着环境污染，背负着‘倾销’的恶名，利润的大头却不在我们自己手里”。
樊纲的观点与吴敬琏不尽相同，他在演讲中说：“我们需要向高新产业发展，这毫无疑问。但是在发展高新产业的同时，在相当长的一个时期——二三十年，甚至是三四十年里，为了中国几亿农民的就业，我们还不能放弃传统产业，不能放弃劳动密集型，甚至不能放弃资源密集型的行业。”
樊纲立论的基点是中国的就业问题。他认为，从长期看，中国首要的问题是如何实现发展的均衡，如何保持社会的稳定，如何解决“三农”问题，否则中国经济社会就会崩溃，经济增长也不会持续。而所有这些问题说到底就是中国从农业社会向工业社会转型的问题。他说：“最大的挑战就是2.5亿至3亿农民的转移和就业问题。怎么能创造这些就业呢？我想有一条，就是中国人什么都得做。传统产业里的重化工业也得做。重化工业不做，这一块的就业如果到别的地方去了，对我们不利。”
在会后接受媒体采访时，樊纲更加直言不讳：“在我看来，如果有什么新型工业化的话，对于中国来说，应该首先就是所有产业都要搞！中国人太多了，不搞不行。但要采取更好的制度，尽可能利用较新的技术来搞，比如现在可以用新信息技术来改造传统产业，而不是这也不搞那也不搞。你只有可以论证不搞这不搞那也能解决中国几亿农民的就业与收入平等的问题，你的理论才是可信的。”
在当时理论界不尽同意吴敬琏观点的除了厉以宁和樊纲之外，还有著名的发展经济学专家林毅夫和外贸专家龙永图。2005年1月25日，北京大学中国经济研究中心召开“新世纪中国经济发展战略圆桌讨论会”，林毅夫邀请吴敬琏作主题发言，龙永图为主要评论人。龙永图在评论吴敬琏的发言时指出：“我国只能老老实实再走10年年加工贸易路，再为外国公司打工打上20年。”林毅夫则从“比较优势学说”立论。在他看来，中国劳动力过剩，应当更关注劳动密集型而不是资本密集型产业的发展。“在中国这样一个劳动力相对丰富的发展中国家，推行比较优势战略还能通过发展劳动密集型产业使劳动者得到充分就业，工资水平随着劳动力由相当丰富变为相对稀缺而不断提高，广大的劳动者因而可以从经济的增长中不断受益。因此，与发展重化工业的赶超战略相比，比较优势战略更能实现公平与效率的统一。”
这次圆桌会议，是学者之间的一次平和而深入的学术探讨。吴敬琏在回答时说，他并不是要求取消我国劳动密集型的出口加工企业，但是也不能永远停留在目前这种外资拿走90%的价值，中国人只拿到5%~10%甚至更低的状态。现代比较优势学说看重的是动态的比较优势。经过改革开放以来的发展，中国的技术力量已经有了很大增强，一些加工企业完全有可能延伸自己的产业链，从研发、设计、品牌营销、供应链管理、售后服务等方面提高产品的附加值。
在一年多的时间里，吴敬琏不放过任何一个宣传自己观点的机会，如此“布道”使他看起来更像是一个传道士。然而这位银发长者一边说，一边却发现，越来越多的地方政府把快速实现当地GDP和财政收入高增长的法宝押在了产值大、利税高的“重型化”上。他的警告似乎并没有得到足够的重视，反对的力量以及因此而产生的利益实在太过强大，它以不容分说的囊括之势，把他的声音全然冲淡。
2005年9月28日，清华大学公共管理学院召开了一个产业发展国际研讨会上，吴敬琏是第一个演讲者，题目是《中国重工业及化工产业的发展》。细心的《南方周末》记者邓瑾记录了现场的一个细节：“离研讨会开始还有一刻钟。75岁的吴敬琏走到会场一侧的投影仪前，不断校正，希望有一个最好的展示效果。尽管当天的研讨会规模不大，而且与会的近20名专家中有一半来自日本和美国，吴敬琏仍然非常重视。”
在半小时的演讲里，吴敬琏再一次论证了中国的工业化道路应该转向技术和效率导向的内生型增长（新型工业化道路／新增长模式），而不是继续依赖过去靠资金和资源高投入的粗放型增长。这就需要建立一个有利于技术进步和效率提高的体制，而这个体制建立的关键又在于政府自身的改革，即政府能否从为自己带来权力和利益的资源配置中退出，让位于市场。
在这次研讨会的间隙，吴敬琏对上前采访的邓瑾说：“现在关于中国重化工业以及经济增长模式的讨论并没有达到应该有的深度和高度。”他显得有点急切，甚至建议《南方周末》就此展开深入的讨论。邓瑾在题为《一个人的“传教”》的报道中写道：“吴积极参与辩论，当他的观点遭到许多学者的质疑后，他一一回应。然而令他无奈的是，之后就鲜有人接他的招了。所以他希望有辩论，更热烈的辩论。”
也是在清华演讲的两个月后，吴敬琏出版了他的新著《中国增长模式抉择》。在开卷导论的第一段，他就明白写道：“现在呈献给读者的这本书，并非在书斋中披阅前贤论著、静心进行学术探索的产物，而纯然是为了回答我国现实经济生活中提出的实际问题作理论和政策研讨得出的结果。”
尽管此书是为现实所做，吴敬琏还是秉持了严谨的研究风格，完成了一部学术性很强的论著。在书中，他将早期经济增长与现代经济增长进行了理论上的比较，提出了新中国工业化建设的成就与问题，进而论证了走新型工业化道路的必要性与可能性。
让吴敬琏稍感欣慰的是，在这场旷日长久的论战中，他尽管不无“孤独”，却也不是“一个人在战斗”。一些学者，其中包括参加起草“十一五建议”的中央财经领导小组办公室副主任刘鹤和“十一五规划”的主要起草人、国家发改委副秘书长杨伟民以及社科院经济研究所的发展问题专家张平等，都对《中国增长模式抉择》一书给予了很高的评价，认为该书对“十一五”规划的制定起了重要的“导向作用”。这一著作同时也获得了“首届全国信息化研究成果·特别贡献奖”、发展经济学大师张培刚的“张培刚发展经济学优秀成果奖”等多个奖项。
学者专家以及规划官员之间的认真讨论最终还是结出了成果。到2005年年底，众说纷纭的增长方式之争尘埃落定。
10月18日，新华社受权播发《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十一个五年规划的建议》。《建议》指出，我国正处于改革的攻坚阶段，在“十一五”时期，应当“以转变政府职能和深化企业、财税、金融等改革为重点，加快完善社会主义市场经济体制，形成有利于转变增长方式、促进全面协调可持续发展的机制”。2006年3月，全国人民代表大会通过了《中华人民共和国国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》。这个《规划纲要》指出，“必须加快转变经济增长方式”，“加快建设资源节约型、环境友好型社会，促进经济发展与人口、资源、环境相协调。推动国民经济和社会信息化，切实走新型工业化道路”。为此，“十一五规划”提出了六个“立足”：
——立足扩大国内需求推动发展，把扩大国内需求特别是消费需求作为基本立足点，促使经济增长由主要依靠投资和出口拉动向消费与投资、内需与外需协调拉动转变。
——立足优化产业结构推动发展，把调整经济结构作为主线，促使经济增长由主要依靠工业带动和数量扩张带动向三次产业协同带动和结构优化升级带动转变。
——立足节约资源保护环境推动发展，把促进经济增长方式根本转变作为着力点，促使经济增长由主要依靠增加资源投入带动向主要依靠提高资源利用效率带动转变。
——立足增强自主创新能力推动发展，把增强自主创新能力作为国家战略，促使经济增长由主要依靠资金和物质要素投入带动向主要依靠科技进步和人力资本带动转变。
——立足深化改革开放推动发展，把改革开放作为动力，促使经济增长由某些领域相当程度上依靠行政干预推动向在国家宏观调控下更大程度发挥市场配置资源基础性作用转变。
——立足以人为本推动发展，把提高人民生活水平作为根本出发点和落脚点，促使发展由偏重于增加物质财富向更加注重促进人的全面发展和经济社会的协调发展转变。
虽然“转变经济增长方式”（2007年10月举行的“十七大”将“转变增长方式”的提法改为“转变经济发展方式”）、“优化产业结构”、“走新型工业化道路”等口号都写入了党和政府的文件，但是吴敬琏对此并不盲目乐观。正像他在2003~2005年的讨论中多次说过的，从第九个五年计划起，中国领导就要求“转变经济增长方式”，但是一直收效甚微。其原因盖在于现行体制：一方面，增长方式的转变存在着“体制性障碍”另一方面，能够支持和鼓励创新创业活动的政经体制和经营环境还没有建起来。
因此，中共中央所提出的“以转变政府职能和深化企业、财税、金融等改革为重点，加快完善社会主义市场经济体制”的任务，就成为能否顺利转变经济发展方式的关键点。
在《中国增长模式抉择》一书的最后一节，他一如多年所坚持的那样认为：“转变经济增长模式最终取决于政府自身改革的成效……关键中的关键，乃是转变政府职能，建设法治下的有限政府和有效政府。”他写道：“由于政府改革的实质是政府的自我革命，而自我革命往往是比较困难的，对于在旧体制中有种种权力和利益的人来说就更困难。但是，我们只能坚定不移地推进政府自身的改革，因为这一任务能否完成，将最终决定市场化改革和经济增长方式转变的关键。”
接着我们将会看到，事态的发展仍然曲折坎坷。