吴敬琏的生命只与两个字有关——“救国”。
80年间，他的“救国”主题有过3次转折：20岁前他是一个不可救药的“科学技术迷”，信仰的是“科学救国”和“产业救国”；35岁前，他相信“革命救国”，认定社会主义计划经济将让自己的国家摆脱贫困，变得无比强大，“苏联的今天就是我们的明天”；60岁前，他信奉“经济体制救国”，坚信市场经济将是中国变革的终极目标；而此后的他发现，唯有建立民主法治的社会体制才可能完成现代化的目标，他成了“法治救国”的倡导者。
即便在晚年的忧虑与不安之中，吴敬琏也没有失去他本质上的那种满腔希望。
从顾准、孙冶方到吴敬琏一代，他们深受唯物主义和革命理想主义的熏陶。“受难者”顾准在读书笔记中写道：“我相信，人可以自己解决真善美的全部问题，哪一个问题的解决，也不需乞灵于上帝。”他因此进而说，“历史没有什么可以反对的”。既然如此，那么，人们就必须拒绝任何形式的先验论，必须承认任何一种社会或经济模式的演进，是多种因素——包括必然和偶然——综合作用的产物。顾准的这种思想也同样影响了吴敬琏，使他在认识论上确信人类具有认识和改造世界的能力，相信民众以及一个国家能够摆脱迷茫，最终选择理性和趋优化的道路。
吴敬琏的人格特征，似乎可以如此描述：他是一个批评性精神与建构性人格的混合体。
在50多年的经济学家生涯中，他一直努力保持思想的独立和精神的自由，这在他看来似乎是最最重要的。在一次接受采访时，记者问：“你对自己成为决策层智囊是否感到骄傲？”他当即回答说：“智囊不智囊的，一点不重要，作为经济学家首要的职责是研究科学，发现真理，做一个有独立立场的观察者。”他的女儿吴晓莲也这样评论他的父亲：“公众可能认为我的父亲距离决策层很近，但我不觉得他自己是这么认为的，他只是将自己定位为一个学者，向决策者提出尽可能正确的建议，至于被不被采纳，那是另外一回事。”从本性而言，吴敬琏不是一个好斗的人，他同“计划派”人士对阵作战，与一些学者激烈辩驳——有时候还包括多年的老朋友，在晚年，他与某些激进的网民“势不两立”，在这些过程中，他并没有感到什么乐趣，甚至还因自己的反对态度而付出了代价。然而，他认为这一切都是必需的。
同时，他又总是以建构性的角度来思考所有的问题，即便在最困难的局面中，他仍然希望找到一条可能的出路。自20世纪初期以来，中国的知识阶层就形成一种善于颠覆、乐于破坏的“悲情情结”，非“极左”即“极右”，视改良主义为“犬儒”，对中庸和妥协的精神抱持道德上的鄙视，这实际上造成了中国现代化的多次反复与徘徊。吴敬琏的学术人生无疑与这两种极端主义格格不入。在公众舆论及学界，吴敬琏常常遭到“误读”。有人因“吴市场”之名，认定他是一个市场原教旨主义者，主张把一切都扔给市场来解决；也有人因他的国务院发展研究中心及政策设计人的身份，认定他是中央行政集权的最大拥护者。而两种观点似乎都有偏颇。
吴敬琏的经济理论要复杂得多，与放纵任何一方相比，他似乎更相信“有限”——有限的政府、有限的市场、有限的利益与有限的正义。即使对于他所情有独钟的自由市场经济制度，那也是一种在别无选择情况下无奈的“次有选项”。所以，他总是向人重复在1988年维也纳“改革经济学国际讨论会”上从东欧同行那里学来的一句仿丘吉尔论民主制度的话：“市场经济是一种不好的体制，但它在人类可能实行的制度中是最不坏的一个。”在过去的30多年里，中国的社会变革正是呈现出一种渐进、改良的特征，尽管一直到今日，它仍然没有到达真正的终点，然而它确乎在质疑和摇摆中走出了一条曲线前行的道路。而这正可谓是吴敬琏式的胜利。
晚年的吴敬琏因种种言论而遭到指责，不过，他越来越清晰地看到了改良主义对中国的重要性。在一篇题为《“左”的和“右”的极端主义都会带来灾难》的读书笔记中，他对此进行了系统的思考，同时将之与整整40年前，顾准与他在牛棚里一再苦思的那个问题——“娜拉出走以后怎么办”——联系在了一起。
他用饱含历史感的文字写道，中国几千年的历史好像一直在反复提出“娜拉出走以后怎么样”的问题，暴政——起义——新王朝——新的暴政——再起义，一次又一次地轮回。在1949年中华人民共和国成立时，我们许多人都认为，问题已经得到彻底的解决，历史的“周期律”将不再重复。但是事与愿违，当“也曾相信过”革命将会给中国带来“地上天堂”的顾准在中国革命取得胜利18年后的1967年，亲眼目睹“人们以烈士的名义，把革命的理想主义转变为保守的反动的专制主义”的时候，重新提出了“娜拉出走以后怎么办”的问题。顾准的回答是：“我坚决走上彻底经验主义、多元主义的立场，要为反对这种专制主义而奋斗到底！”
“为什么激进的革命道路没能带来人民的福利和社会的进步，相反还转化成了新的专制主义？”吴敬琏的思考答案是 —— 不论是“左”的极端主义还是“右”的极端主义，都会给社会带来灾难。在重大的社会变革中，理想的模式是政治观点分歧双方温和派的结合。如果不是这样，只要一方出现极端派，另一方也必定分裂出自己的极端派，如果两边的温和派不能掌控局面而逐渐被边缘化，社会就会被撕裂而趋向极端，而在两个极端之间震荡，“不走到绝路绝不回头”。
吴敬琏由这个结论，进而推演到对中国现代化的思考——
对于当代中国人来说，值得庆幸的是，在“文化大革命”结束之后，中国政界、学界、企业界有识之士痛定思痛，在建设富裕、民主、文明国家这一基本共识的基础之上，开始了市场取向的改革。改革推动了中国经济的迅速增长。但是，中国离建成富裕、民主、文明国家的目标还有很长的路要走。特别是近年来由于一些重要经济和政治领域的改革迟滞，一些社会矛盾变得尖锐起来。人们由于社会背景和价值观的差异，往往对于这些矛盾的由来作出了不同的解读，提出了不同的解救之策。在这种社会矛盾突显、不同政治诉求之间争辩趋于激化的时刻，如何防止各种极端派的思潮撕裂社会，造成两端对立，避免“不走到绝路绝不回头”的历史陷阱，就成为关系民族命运的大问题。防止这种悲剧的关键，在于具有不同政治倾向的人们采取一种实事求是的态度，来讨论中国面临的种种问题。
吴敬琏继续说，有些人认为，在暴君与暴民之间二者择一、一治一乱，是中国历史的宿命，只能听之任之而无法逃避。我认为这个结论是不能成立的，因为中国历史上的轮回，是旧的社会结构的产物，而不是不可改变的。近代经济社会结构的变化，使中间力量主导社会发展趋向成为可能。在现代经济发展阶段，技术专业人员和经营专业人员的作用变得不可或缺，而且人数也越来越多。新中等阶层成为追求自由、平等与社会和谐的中坚力量。目前中国也进入了这个过程。主要由专业人员组成的新中等阶层，包括各类科研人员和学校教师、工程技术人员和技工、中高层经理人员和一般公司职员、医护人员以及公务员的队伍正在迅速壮大。虽然我国新中等阶层的利益自觉和公民意识都还有待提高，但他们是工薪阶层中更多地具有现代文化技术知识的部分，追求的是经济生活和政治环境的稳定改善，他们和社会弱势群体有着共同的利益，因而是建设富裕、民主、文明、和谐的中国完全可以依靠，也必须依靠的力量。