公元1402年6月12日，燕王朱棣率军攻进南京城。当时，建文帝朱允炆的皇宫燃起一片大火。火光之中，皇后马氏带7岁太子投火自尽，而建文帝却不知去向。大火退尽，在一片灰烬之中，有一烧得焦烂不堪的尸体，有人告之燕王，这就是建文帝。
但在此后几十年乃至数百年里，建文帝是否焚烧而死，一直存在诸多疑问。
清代王鸿绪在其《明史稿·史例议》一书中，以大量笔墨论述建文帝死于燕王逼宫时的那场大火。王氏称建文帝的下场为“虐杀宗藩，自遭众弃，势穷力竭，而后一死了之”。
清代学者钱大昕也在《万斯同传》书中认定，建文帝最后是纵火****而死。
但是，有不少人认为，建文帝并未投火****，而是趁乱逃亡了。
据《明史·恭闵帝本纪》载：“都城陷。宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。”
这“不知所终”分明是对那焚烧后的尸体表示怀疑。
另外，据《明史》中记述，朱棣对建文帝的死始终将信将疑，于是他“颁御制诸书，并访仙人张邋遢，遍行天下州郡乡邑，隐察建文帝安在。”遗憾的是，尽管下了很大的力气，遍查州郡乡邑，也未查出个究竟。
有说建文帝逃匿后削发为僧，但也拿不出真凭实据。无奈，建文帝之死也成了一桩悬案。