十一月，朱棣带兵回师至北平郊外，在郑村与李景隆军遭遇，朱能大败南军。又进攻南军大营，再获胜利。北平城中军队也乘机出击内外夹攻，南军不敌，李景隆乘夜率先逃跑，退至德州。
建文帝为大臣所蒙蔽，反而奖励了李景隆。建文二年（1400年）四月，李景隆会同郭英、吴杰等集合兵将60万众，号称百万。朱棣命令张玉、朱能等率军十余万迎战，首先占据白沟河（今河北雄县北），三日后南军才赶到。战斗打得十分激烈，燕军一度受挫。但南军政令不一，不能乘机扩大战果。燕军利用有利时机，力挫南军主将，朱能作为前锋，首先击败南军都指挥平安部。次日，朱能又率领左哨军，连续冲破南军营栅，并跟踪追至德州。五月，李景隆从德州逃到济南。朱棣率燕军尾追不舍。南军在平安的率领下于济南城外的铧山居高临下摆开阵势。朱能派奇兵绕道南军背后，突然袭击，取得胜利，收降万余人。济南在都督盛庸和山东布政使铁铉的死守下才得以保住。朱棣围攻济南三月未下，遂回撤北平。
建文二年（1400年）九月，建文帝改用盛庸率兵北伐。十月，至沧州，为燕军所败。十二月，燕军进至山东临清、馆陶、大名、汶上、济宁一带。盛庸率南军于东昌（今山东聊城），严阵以待。燕军屡胜轻敌，被南军打败，大将张玉死于战阵，朱棣自己也被包围，朱能率小股部队殊死迎战，保护朱棣冲出重围。东昌战役是双方交战以来，南军取得的第一次大胜利。由于建文皇帝不愿意承担杀死叔父的罪名，致使南军不敢致朱棣于死地，朱棣才得以逃跑，朱能也因此立下救主大功，晋升都指挥同知。
东昌大战后，朱能又于建文三年（1401年）跟随朱棣参加了夹河战役。此战中，燕军大将谭渊战死，先败了一阵，朱能领兵赶到，获胜，军威复振。朱能进而又在藁城三次击败南军，追杀到真定，进而攻占彰德、定州。又袭破西水寨，打败驻守衡水的南军。活捉指挥贾荣。建文四年（1402年）正月，燕军进入山东，朱能绕过守卫严密的济南，攻克东阿、东平，尽破汶上诸寨，进至淝河。朱能在淝河设伏兵，大败十余万南军。四月，燕军进抵宿州，与跟踪袭击的南军大战于齐眉山（今安徽灵璧县境），燕军大败。燕军夺得的城池虽多，但往往得而复失，不能巩固。此战失利后，燕军士气低落，很多将领建议撤军。朱能劝阻朱棣说：“兵家胜败是常事，怎能因为一时的小挫折就气馁呢？当年刘邦屡战屡败，项羽屡战屡胜，可最终的胜利者是刘邦。殿下您举兵以来获胜很多，此次失败不足多虑。还是应该以江山社稷为重。事情发展到这一步，只能整兵前进，怎么可能撤回继续作臣子呢？”朱棣同意，整兵进攻灵璧。在这次决战的关键时刻，建文帝受一些臣僚建议的影响，把徐辉祖所率领的军队调回南京，削弱了前线的军事力量，南军粮道又为燕军所阻截，燕军抓住时机，大败南军于灵璧。此战中，南军合兵60万依潼山而阵。朱能率李远等从四面展开合击，大败南将平安的银牌军。南军都督陈晖来援救，再遭败绩。南军投降者达十余万众，陈晖等南军将领30多人被俘。
此时，朱棣已经获悉南京城空虚的情报，于是决定不再和南军主力纠缠，而是从南军防守薄弱的泗州为突破口，渡过淮河，攻克盱眙，下扬州，自瓜洲强渡长江，直取南京。六月十三日进抵金川门，守卫金川门的李景隆开门迎降。燕王进入京城，文武百官纷纷跪迎道旁，在群臣的拥戴下即皇帝位，是为明成祖。
靖难诸将中，张玉和朱能最为重要。张玉在东昌战死，朱能成为第一功臣。论功封左军都督府左都督、成国公。永乐二年（1404年），兼太子太傅。
安南国黎苍在明初夺取了国王陈氏的王位，并于永乐元年（1403年）骗取了朱棣的册封。后来陈氏子孙到明朝鸣冤，朱棣派人前去核查并送陈氏后人回国继承王位，不料被黎苍伏兵所杀。朱棣大怒，决定出兵讨伐。
永乐四年（1406年）七月，朱能被任命为总兵，征夷大将军，率兵80万讨伐安南。大军进至广西龙州，朱能因病于十月初二日去世，年仅37岁。朱棣听说后非常痛苦，下令停止上朝五天，表示哀悼，并亲自撰写了祭文。下令葬于昌平州北泽山（今属怀柔）。后来又追封为东平郡王，谥武烈，并赠上三代均为王爵。仁宗继位，下令将朱能作为配祭人，立牌位于成祖的太庙中，享受后人的祭祀。
北泽山地处龙尾，朱能陵墓与成祖的长陵大约同时修建，暗含有在地下继续为朱家天下守卫的含义。
成国公的爵位可以世袭。在世袭的子孙当中，最出名的是朱勇。
朱勇（1391——1449年），字惟真，永乐五年（1407年）袭成国公。后掌都督府事，留守南京。永乐二十二年（1424年）跟随朱棣北征蒙古。宣德元年（1426年）汉王朱高煦叛乱，朱勇跟随宣宗出兵讨伐。大军出城后，朱勇建议兵贵神速，应全速前进。宣宗采纳，大军直抵叛军盘踞的青州城下。朱高煦慑于威势，出城投降。宣德三年（1428年），朱勇进封太子太保，主管明朝的中央军——京营。以后宣宗每次到边境巡视，朱勇都跟随前往。
1435年，英宗即位。次年正统元年，命朱勇主持经筵——皇帝定期学习古代治国方略的一种形式。正统九年（1444年），朱勇统兵出喜峰口北进，在富峪川、热水川两次击败蒙古军队，进封太保。
英宗时期，明朝的军事实力下降很多，军政腐败日渐严重。相反，北方的蒙古瓦剌部却日渐强大起来。明英宗正统十四年（1449年）农历七月，瓦剌部在大汗也先的率领下，兵分四路大举进犯。也先亲自率领瓦剌主力部队向大同一带进军，企图首先攻占大同，然后进逼北京。驻守大同的明朝军队拼死抵抗，但连战连败，消息传到北京后，明英宗朱祁镇在宦官王振的怂恿下决定效仿祖先，御驾亲征。
七月十六日，朱祁镇带领文武大臣，贸然起用50万大军亲征，从北京、宣府浩浩荡荡向大同挺进。八月，朱祁镇来到大同。王振本来以为只要显示一下兵威，瓦剌就会退走。等亲信郭敬把吃败仗的经过一说，王振吓得丧魂落魄，赶紧劝说英宗率师回京。结果，朱祁镇和50万明军只在大同停留了3天，没与瓦剌军队交火一次就离开了大同。
王振是蔚州人，想让大军绕经蔚州，从紫荆关回北京，顺便邀请皇帝光临他的家乡，抖抖自己的威风。明军大队人马进入蔚州境内后，王振又一考虑，这么多兵马来到他的家乡，必然会糟踏他的家园，破费他一大笔财产。于是，他又改变了主意，让朱祁镇从来时的宣府旧路撤退。朱祁镇听任他的摆布，绕道再返回旧路，结果，白白浪费了许多时间，给瓦剌军队造成追击的好机会。朱祁镇带领明军回到宣府旧路后，果然被瓦剌军队赶上。明军慌忙应战，结果一触即溃。朱勇和永顺伯薛绶提兵四万前去救援。与瓦剌军队相遇于鹞儿岭（今河北涿鹿西北）。监军刘僧不了解地形，在大军阵势没有摆开之前就贸然率部突入隘口。朱勇担心刘僧出事，挥兵跟进，结果中了瓦剌军事先设下的埋伏，大败，朱勇战死。
八月十三日，朱祁镇带领明军败退到土木堡（今河北怀来县西）。瓦剌骑兵突然从四面冲击过来，明军溃不成军，互相拥挤践踏，死伤数十万人，尸体横堆，惨不忍睹。随军大臣、武将英国公张辅、驸马都尉井源等五十多人战死身亡。作恶多端的宦官王振也死于乱军之中，昏愚荒淫的朱祁镇被瓦剌军俘虏，这就是历史上着名的“土木堡之变”。
土木之变后，于谦等人认为朱勇损兵折将，有罪于国，建议削夺爵位。直到1457年，朱祁镇复辟，这才追封朱勇为平阴王。
朱勇以后，朱仪、朱辅、朱希忠等先后袭爵并主持中央军务，至明末朱纯臣，一共传袭了13代，均葬于北泽山下。朱氏陵园建国初期保存尚好，“文革”中石人石马等建筑被炸毁殆尽，只剩下一些残余扔在田间地头。当地的阮氏家族据称世代为朱家守墓，或许是朱能当年讨伐安南时的俘虏，可惜没有充足史料可资证明。