十六世纪后期，西藏的喇嘛教传到蒙古，西藏与新疆、青海、蒙古等地的政治经济和文化联系有了进一步的加强。明朝末年，蒙古顾实汗的力量进入西藏，清朝通过蒙古与西藏发生联系。1637年(崇德二年)，西藏派人到盛京(沈阳)会见皇太极。随后，皇太极向达赖五世宣布了清朝崇敬佛教的政策。1652年(顺治九年)，达赖亲自到北京朝见顺治帝，受到清朝的隆重款待，专门修建了一座规模宏大的黄寺，作为达赖在京期间的住所。第二年，清朝封达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛达赖喇嘛”，颁赐金册金印。1713年(康熙五十二年)，清朝又封驻在日喀则的五世班禅为“班禅额尔德尼”。这就是“达赖喇嘛”和“班禅额尔德尼”称号的由来。
1632年(康熙二十一年)，五世达赖喇嘛去世，第巴(行政官)桑结匿丧不报，并盗用达赖的名义胡作非为。他一面支持噶尔丹与清朝作战，一面请求清朝封他为土伯特国王。
1705年(康熙四十四年)，桑结企图毒死顾实汗的孙子拉藏汗，驱逐蒙古在西藏的势力，结果被拉藏汗打败处死。康熙封拉藏汗为“翊法恭顺汗”。
1717年(康熙五十六年)，桑结的部属勾结准噶尔策妄阿拉布坦引兵进藏，杀死拉藏汗，西藏陷入混乱。为了安定西藏局势，清朝调拨大军入藏。1720年(康熙五十九年)，清军驱逐了侵藏的准噶尔兵，护送六世达赖喇嘛从青海进藏“坐床”，封拉藏汗的部属康济鼐为贝勒，管理前藏，颇罗鼐为台吉，管理后藏。恢复了西藏的社会秩序，巩固了西南边疆。
1727年(雍正五年)，西藏封建主杀死康济鼐，发动叛乱，清朝再次发兵平叛。在清朝大军到达前，颇罗鼐已调集后藏兵和阿里兵歼灭叛乱集团。清朝封颇罗鼐为郡王，管理全藏政务。清朝还在西藏设立驻藏大臣办事衙门，派遣两名大臣长期驻藏，协助地方政府处理藏务。颇罗鼐执政二十年，完全接受清政府管辖，努力维护祖国统一。
颇罗鼐死后，次子珠尔默特那木札勒袭封郡王爵位，进行割据西藏的叛乱活动。驻藏大臣傅清等设计杀死珠尔默特那木札勒，但自己也被叛兵杀害。在清朝第三次派兵进藏前，达赖和西藏地方政府已将叛乱平定。
平叛之后，为了防止贵族擅权，清朝决定改革西藏行政体制，废除郡王、贝勒掌权的制度，规定凡是西藏事务，都由驻藏大臣和达赖裁决。下设“噶厦”作为地方政府，由四个地位平等的噶布伦在驻藏大臣和达赖领导下管理西藏事务，提高了达赖的政治地位，确定了驻藏大臣的职权，并派兵长期驻藏，加强清朝对西藏的统治。
六世班禅死后，财产被他的哥哥仲巴胡图克图吞没，弟弟舍玛尔巴一无所得，便勾结廓尔喀(尼泊尔的一个民族)贵族入侵西藏。1791年(乾隆五十六年)廓尔喀侵略军一直攻到日喀则，把历代班禅住地扎什仑布寺的金银财宝抢劫一空。清政府又一次派福康安率兵进藏，在藏族人民的支持下，驱逐了廓尔喀军，巩固了祖国的西南边疆。
清朝击退廓尔喀的入侵之后，进一步改革了西藏的政治机构。1793年(乾隆五十八年)，颁布了((钦定西藏章程》，1795年(乾隆六十年)，又批准了十项抚恤节目等一系列规定，对西藏地方的管理制度进行重要的改革。
其内容主要包括：在政治上驻藏大臣督办西藏事务，地位与达赖、班禅平等。噶布伦以下的僧俗官员都是属员，大小事务都要报告驻藏大臣后办理。
达赖、班禅和各地呼图克图的转世，一定要由驻藏大臣监督履行“金瓶掣签”的手续。噶布伦以下僧俗文武官员的人选，由驻藏大臣和达赖决定，其升黜赏罚，由驻藏大臣全权主持。达赖和班禅的亲属不得干预政治事务。
达赖喇嘛管辖的大小庙宇的名目数字，管家、贵族、寺院所属范围内的村落户籍，一律造花名清册，在驻藏大臣衙门和达赖喇嘛处各存一份，以备稽查。
藏内喇嘛外出，外地人进藏，都由驻藏大臣发给执照，限定往返日期。过期逗留和潜行私逃者，查究治罪。
一切对外交涉事宜，都归驻藏大臣负责处理。邻国给达赖、班禅的书信，要由驻藏大臣查验，并代为酌定回信。噶布伦等地方官员，不能私自与外国联系。
军事方面，整饬藏兵组织，规定西藏常备兵三千人，各关卡要隘和国境线上驻兵守卫巡逻。驻藏大臣每年五六月巡视边界，检阅在国境线上驻防的官兵，处理沿边事务。
财政经济大权，也归驻藏大臣掌管。规定一切赋税和地方政府的收支，都由驻藏大臣总核。所有差役、租税及储备粮饷的数目，也由驻藏大臣核定增减，统一安排。
根据这些规定，减免了一些农牧民在应纳正项钱粮外的什税差徭，取消农奴主免役的特权，使穷苦百姓的徭役负担有所减免，限制农奴主兼并土地、强占水源，安辑流亡，把部分无偿劳役改为佣雇等等。这些措施有利于生产和人民生活的提高，具有进步意义。
上述事实充分表明了西藏地方对清朝政府的隶属关系，西藏是统一的清皇朝不可分割的一部分。同时也清楚地说明，只有在统一的中央政权管理下，西藏人民才能有效地反击外国入侵势力，并改善人民的生活，发展社会生产。
清朝的内阁和军机处
内阁是清朝中央政权的办事机关，它是继承明代体制，而又加入了满族特点而形成的。
清朝皇帝想集中全部权力，乾隆帝弘历曾说；“我朝列圣相承，乾纲独揽。”内阁的职权就是这种体制的反映。它代替皇帝起草诏谕，批答奏章，成为皇帝的办公厅或秘书厅。大学士中虽然也出现过像和坤一类的专擅官僚，但这是由于个人受到皇帝的过分宠信，而不是由于内阁具有过大的权力所致。这是和明代内阁相同的地方。清代内阁由于在皇帝以外还有议政王大臣会议或军机处，凡军国重务不经内阁票拟的都交与议政大臣会议或军机处议决，所以实际权力掌握在这些部门的某些人手中。内阁只能在拟定谕旨和批答文件、回答皇帝所谘询的问题时发挥一定的影响。
清朝在未入关以前，没有内阁，只有文馆，以为辅助皇帝佐理政务的机关。太宗时，改设内三院(内国史院、内秘书院、内宏文院)。三院各设大学士一人。内三院的职掌全是文书事务，它既不是最高政治决策机关，也不是中央执行机关。清朝定都北京以后，统治的地区扩大了，各衙门掌管的事务也繁多了，为了适应这种变化，更有效地统治全国人民，仿照明朝内阁制度，将内三院置于皇帝与六部之间。各部奏事以后，将本章带回拟旨，如有错误，由皇帝交与内三院修正。至1658年(顺治十五年)取消内三院名称，正式改称内阁。另设翰林院掌管原内三院所掌握的一部分职权。这样，内阁制度才确立起来。
内阁的最高官员是大学士，其次是协办大学士。大学士加三殿(保和、文华、武英)、三阁(体仁、文渊、东阁)名称。大学士的职掌是“赞理机务，表率群寮”。即辅佐皇帝管理政务，统辖百官，从而统治全国人民。大学士，满汉各二人，协办大学士，满汉各一人。下设学士、侍读学士、中书等官。
内阁的主要职能概括起来说就是，向下颁发诏谕和向上递进奏章。两项任务中比较繁重的是后一项。凡是各部院和直省的公文奏章，都送到内阁，由大学士代皇帝起草批示，经皇帝审阅后，作为谕旨发给六科(都察院所属吏、户、礼、兵、刑、工六科给事中)，再抄发各部院和直省执行。
康熙初年，辅政大臣专权，内阁大学士毫无权力，内阁形同虚设。康熙帝亲政后，为了集中权力，1677年(康熙十六年)，命侍讲学士张英等入值南书房，皇帝的命令文告改由在南书房办事的翰林起草，内阁只办例行事务。内阁的权力，又为南书房分去了一部分。但南书房的翰林们是从学习儒家经典，科举考试成绩优异的词臣中挑选出来的。他们没有作战和地方行政的经验，对于军国大事的处理，往往感到棘手。因此，雍正帝胤禛在1729年(雍正七年)西北用兵时，为了商议军务，防止泄密，另外设立了军机处。从此军机处掌握了军政大权。
军机处，又叫军需房、军机房，后来定名为军机处。选用皇帝亲信的大学士、尚书、侍郎等官在军机处办事。官员称为军机大臣、军机大臣上行走、军机大臣上学习行走、军机章京等。军机大臣的职权，最初原为应付军事而设，只限于议论军事，后来职权日益扩大，“掌军国大政，以赞机务”。它包括：商议大政，备皇帝顾问，拟写谕旨，推荐官员，纪录国家大事等。由于军机大臣与皇帝经常接触，掌握实权，成为凌驾于内阁之上的“太上内阁”了。
军机处只有值庐，并无衙署。他们办公的地方叫军机堂，在皇宫隆宗门外。原来只有几间板屋，后来改为瓦房。在这简陋的处所，却成为中央政权的枢纽。军机处官员不是专官，都是“内廷差使”。皇帝每天早上召见军机大臣，商议军政大事，或把臣下的奏章交下来让军机处审议。从中央机关到六部，各院、寺、监、府、九门提督，到地方十八行省。边疆将军、办事大臣及与属国的外交事务，无不管理。凡是有关皇帝巡行各地、谒陵、减免赋役、赈济百姓，以及中央机关侍郎以上，外地道、府、武官总兵以上官员的升降调补，也都由军机处管理。所拟谕旨，分为“明发上谕”和“廷寄”(或“字寄”)两种。由内阁向中外发布的命令文告称为“明发”，由军机处密封，经驿马递送与外省官员的事“廷寄”。有时军机大臣还被派往各地调查，处理各种重大事件，权力很大。
军机处，实际上是把议政王大臣会议和内阁的职权合而为一了。精简了行政办事手续，提高了工作效率，便于皇帝集中事权。从此以后，议政王大臣成为虚衔(1791年取消)。内阁只办例行公事，成为事务机关了。
与明代和清初的内阁比较，军机处设立后，确有“勤”、“速”、“密”三个特点。除了皇帝生日和年终几天假日以外，皇帝和军机大臣每天要处理几十件文件，或明发，或廷寄，用极为迅速的方法送交内外官员执行。皇帝召见军机大臣时，太监不能在旁，部院大臣也不能擅入军机处，军机大臣不得私自交接外住官员。就一般情况来说，机密是不易泄漏的。军机处在加强封建中央集权方面，在它成立的初期是起过一定作用的。因此得以保持到清末，最后为内阁总理大臣所代替。
乾隆朝是清朝盛衰的转折点
乾隆帝弘历(1711~1799年)，1735年(雍正十三年)二十五岁时继承皇位，在位六十年后，把皇位让给儿子颙琰(嘉庆帝)，自称太上皇，但仍旧主持朝政，直到1799年(嘉庆四年)去世，统治中国六十三年又四个月。
乾隆帝在祖父康熙和父亲雍正两朝文治武功的基础上，在他统治的前期励精图治，使清朝的统治达到强盛的顶点。清王朝经过康熙、雍正两朝的恢复和发展，社会经济出现了繁荣的景象。全国耕地的面积，到乾隆中期，已经超过明末耕地的最高数字，即六百余万顷，比顺治末年增加了三分之一左右。人口也空前的增长，到乾隆末期，大约已达三亿人左右。商品经济也不断发展，城市随之繁荣，这些都恢复到明代的盛况。乾隆即位后，在政治方面吸取了康熙、雍正两朝的统治经验，采取刚柔并济，一张一弛的治术。康熙时，针对当时全国统一不久的政治形势，注意休养生息，政策比较宽和。雍正统治时期，国内统治基本稳固，他对康熙的一些措施有所更改，政策比较严厉，在整顿纪纲，清除统治阶级内部异己力量，以加强封建专制统治方面，尤为着力。乾隆继位后，一方面多次下令蠲免正赋杂税，革除苛政、弊政，减赦罪犯，以示宽大，并且开博学鸿儒科，招揽知识分子，编纂书籍，标榜文治。另一方面打击朝廷朋党，严惩官吏，大兴文字狱，禁毁书籍，控制思想。刚柔并济，一张一弛的治术，使得乾隆初期的政治出现了奋发振作的局面。
在武功方面，乾隆统治时期也极盛。乾隆先后两次平定准噶尔叛乱，一次回部叛乱，两次大小金川叛乱，镇压了一次林爽文领导的台湾人民起义，与廓尔喀作战两次，缅甸、安南各一次，结果也都以邻国上表纳贡而结束。乾隆因此志骄意满，夸耀“十全武功”，自称“十全老人”。
盛极必衰，封建王朝强盛的顶点，往往也正是衰败的起点。因为强盛只是相对的、暂时的，封建统治阶级不可能从根本上克服使它衰亡的经济原因和政治原因。清代已是封建社会的末期，封建的经济基础和上层建筑，都面临着新的危机。
乾隆帝即位初期，国库丰盈，当时每年国家收入约三千万两左右，而国库贮存银两，常达七、八千万两。但好景不常，乾隆帝好大喜功，连年用兵，耗费甚巨。修河工程每年浮开虚报，官吏层层中饱，浪费惊人。再加上乾隆帝南巡北狩，铺张奢靡，致使国家财力日绌，到了嘉庆帝即位时，已经是国库空虚，民穷财尽了。当时人口问题，也是一个严重的社会问题。乾隆末期，我国人口已达三亿左右，比康熙末年的二千五百万左右，骤增了十多倍，而生产的增长远远赶不上人口的猛增，这更造成了人民生活的贫困和进一步促使了社会阶级矛盾的激化。
政治方面，乾隆中叶以后，吏治废弛腐败，日益明显，情况愈来愈严重。乾隆即位初，左都御史孙嘉淦就提醒他要防止“三习一弊”。三习是：耳朵习惯于听歌颂的话，眼睛习惯于看谄媚的举动，内心习惯于别人讨好逢迎。一弊是由“三习”而来的喜欢小人而讨厌“君子”。乾隆帝没有接受，当他在边疆上取得一些成就后，就陶醉在自己的功业之中。大学士和坤是个善于揣摩乾隆帝意旨的人，处处迎合他的喜好，立刻照办，而且办得叫他高兴。和坤越是谄媚有术，他就越发倚任不疑，甚至在被和坤一伙蒙蔽、利用的情况下，他还自以为能洞隐察微，乾纲独断，高明得很。
和坤利用乾隆好大喜功、自以为是的特点，为非作歹，官职愈来愈高。从一个侍卫爬到大学士、军机大臣。和坤为了巩固自己的地位，把朝臣中反对他的人都借故清除，走和坤门路的人则飞黄腾达。另一些人虽不附和，也不敢反对。乾隆帝也满足于臣下们唯唯诺诺，不愿听，也听不到不同意见。到了乾隆后期，上行下效，各级官员迎合乾隆虚骄的心理，粉饰太平，对朝廷报喜不报忧，隐瞒真实情况，官吏们玩忽国法官纪，把自己的利益放在第一位，遇到有关国计民生的事情模棱两可，不负责任，办事因循苟且，得过且过。有长远打算的人被认为是杞人忧天，讲求兴利除弊的人被认为是无端生事。各级官吏都不把国计民生放在心里，终日谋求个人私利，他们上下勾结，共同作弊，集体贪污的大案屡屡发生。即使被人告发，也是搪塞敷衍，不了了之。对于来自下面的诉讼案件，主管官吏准而不审，拖延卸责，生怕得罪别人，有害于己。1818年(嘉庆二十三年)山东巡抚积压案件一千三百七十四起，按察使司积压案件六千零八十起。其他各省也同样是不审判案件，不解决问题，表明统治机能废弛到了极点。