《瓦格纳在拜律特》是这部书中最富激情的部分。尼采分析现代文化的危机，指出人类的语言因为“远离那种它本来在完全的质朴性中能够加以满足的强烈感情冲动”，而变得成为一种“自为的暴力”，没有人能朴素地说话，人们成了词语的奴隶，尤其在现代教育体制下，很少有人能保持住自己的个性。音乐与人生的关系不但是一种语言与另一种语言的关系，而且是以完美的听觉世界对全部视觉世界的关系，现代人的生活贫乏而枯竭，外表却五光十色。
尼采的身体每况愈下，他曾在1870年作为瑞士公民参加了救护工作，结果染上赤痢，很久才恢复过来，失眠症、眼疾、头痛和胃病，几乎从来没有离开过他。造成疾病的一个重要原因是过度劳累，他在巴塞尔大学的课业很繁重，每周要在大学和附属高中共代课13个小时，还要忙于准备新的讲座，以及从事著述。另一个原因或许是孤独，他有一些朋友，可与切磋思想，讨论问题。可是他没有爱情的阳光，他的目光太深邃了，似乎没有女子可以照亮它。他没有财产，没有健康，没有经验，更没有勇气去承受一个女人。他爱过，可是失败了，对方像是森林中受惊的小鹿一样逃离了这个其实更纤细的心灵。
1876年，尼采在病中口述完成了关于瓦格纳的论文，之后就去拜律特去会见瓦格纳，参加了《尼伯龙根的指环》的彩排。由于眼疾，他只能闭目欣赏，结果极为失望，整个剧都充满了基督教的气息，一部初创时具有革命精神的剧作成了作者费尽心机制造戏剧性效果的成功典型。彩排还没有完，他就退出了，独自徘徊在幽静的森林中，承受着偶像破灭的打击，构思着批判瓦格纳的纲要，几天后，他又回到了拜律特，这里已经成了瓦格纳新崇拜者的圣地，皇家贵族和悠闲的富人是拜律特主人的座上宾，在尼采看来，这些人有着同样的逻辑：“谁让我们躺倒，谁就是强大的；谁把我们举起来，谁就是神圣的；谁让我们忐忑不安，谁就是深刻的。”四年前，拜律特奠基礼时，尼采参加了，一些真正理解和喜爱瓦格纳的人参加了，那时的参加者是不合时宜者，四年后，拜律特光彩焕发，向全欧洲的有产阶级敞开大门，而尼采重又做了一回不合时宜者，他从拜律特逃走了，一个字也没有留给瓦格纳。
尼采随后获准到意大利去休病假。在索伦托，他又碰到了瓦格纳，后者已经是德国乐坛的大师了，津津乐道于他正在创作的新剧《帕西法耳》，还表现出对宗教活动的积极热情。作曲家已经衰老了，叛逆的齐格飞换成了圣徒帕西法耳，正如年轻时的革命精神一变而成为基督徒的救赎情怀，一系列激烈反犹的言论表明他的思想已经中毒很深，而尼采方才在彻骨的心痛中清除了一厢情愿的幻想，向着属于自己的巅峰进发。
在意大利期间，尼采完成了《人性的，太人性的》，尼采称这部书是“危机的里程碑”，也是“无情自我驯化的纪念碑”，开始摆脱叔本华哲学的影响，从而迈出了走向自我的重要一步。这书正好在伏尔泰逝世百年的纪念日发行，尼采认为这不仅仅是个巧合——伏尔泰是一个精神贵族，而他本人也是。从此之后，这种精神贵族的语言态度就成了尼采作品的一大特色。
正是从《人性的，太人人性的》开始，尼采达到他的思想的完全成熟期。他让自己最终从叔本华的形而上学、瓦格纳的美学、基督教的信条中解放出来，获得精神上的充分自由和完全独立。
此后，他几乎在每部重要著作里都要批判瓦格纳，在精神崩溃前夕还发表了两本专门与瓦格纳为敌的小册子《瓦格纳事件》和《尼采反对瓦格纳》。他称瓦格纳是解剖现代病的“难得案例”，瓦格纳的艺术是颓废的、病态的，而尼采自认为是这个时代的颓废产儿，因此对瓦格纳的批判也是他的“自我克服”。尼采后来写道：“在我一生中最大的事是恢复健康，瓦格纳是我唯一的病痛。”
当尼采寄给拜律特两册《人性的，太人性的》时，他也收到了瓦格纳的一本精美的《帕西法耳》，两本书交相互赠，像是两柄剑在空中交锋，发出不祥的响声。尼采与瓦格纳自此绝交，在瓦格纳，这不过是一个忠实门徒的消失，在尼采，却不仅与瓦格纳一刀两断，而且由此看穿了名利，看到了自己的天赋绝不止是在巴塞尔做一个兢兢业业、皓首穷经的学究。属于聪明人的路，永远坎坷而寂寞，但是尼采已经走出偶像的阴影，他的王国在风光无限的峰顶。
1888年11月，已经遭到精神病侵袭的尼采在自传中还这样写道：“因为在这里忆及我生活中的某些安慰，我应该对那件给我带来最深刻、最可爱的欢乐的事情——即我和瓦格纳的亲密关系说句感激的话。我与其他人之间的关系可以姑且不论，但我根本无法把在托里普森的那段日子，那些充满信任、欢乐，闪耀着崇高的思想异彩的时光——那些最深沉的幸福的时光从我的生活中抹去。我不知道在别人眼里瓦格纳是谁，但我们的天空中可从来没有过一丝阴云。”
这一时期，病毒无止无休。尼采不得不一再请假停止授课。由于结婚终成泡影，余下只有他曾提出过的第一条路了，即请辞巴塞尔的教职。另外，1878年夏，尼采的生活变得更加艰难。6月底，设在巴塞尔的家解体了，其妹去了瑙姆堡母亲那里，长期不能回来。1879年年初，尼采健康状况更加恶化。剧烈的头痛、眼痛和呕吐经常发作。这样，尼采在5月2日不得不向巴塞尔行政当局提出辞呈。六周之后宣布去职，大学以真诚的婉惜之情免去了他的职务。尽管困难很多，但人们仍对尼采取得的成就予以很高的评价，并每年发给他3000法郎的退休金。他在1878～1879年冬季学期做了最后两次授课，内容是《希腊的抒情诗人》和《柏拉图研究导论》。尼采先是携其妹到伯尔尼附近的布雷加滕宫旅行。不久，伊丽莎白又不得不回到母亲那里，由奥弗贝克住在苏黎世的岳母照顾他。
在生命中最暗淡的日子里，尼采完成了《漫游者及其影子》，第二个冬天，他的身体未有好转，但伴随着极度虚弱而来的愉快和灵性促成了《朝霞》的问世。在******的海滩上，像安详而愉快的海兽在岩石间享受着温暖的阳光，尼采沐浴着海风，与海洋秘密地交谈。孤独是可怕的，而“我仍要重归于孤独，独与清朗的天空，孤临开阔的海洋，周身绕经午后的阳光”。
南方明快亲切的阳光使《快乐的科学》同样语调温和，流露出生命之喜悦，在第三部分中，尼采以寓言的方式，借狂人之口宣告“上帝死了”。原来上帝早已毁灭，只是人们还不知道罢了。于是，狂人大清早提个灯笼跑进街市里，不住地嚷着：“我要找上帝，我要找上帝！”他的话引起了一片哄笑，不信神的人们喧笑着：他迷路了吧，还是他怕我们，藏起来了？狂人于是跳到人们中间，叫喊着：“上帝死了！上帝死了！我们杀死了他！”可是这件可怕的事尚在途中，还没有到达人们的耳中，人们沉静着，望着他，于是狂人说，“我来得过早，我的时间还没有到。”
但是尼采的新人即将诞生，当尼采穿过瑞士西尔瓦波拉纳湖边宁静的林带，注视着兀立不语的高山岩石，在一张纸上写下“距离人与时间的彼岸6000尺”时，查拉图斯特拉的影子忽然像飞鸟一样掠过。不久之后，尼采爱上一位年轻美貌的女士莎乐美，却不幸陷入了一场三角恋爱，最后莎乐美与他的朋友一起离开了罗马。为了追求莎乐美，尼采还与妹妹伊丽莎白发生了冲突，伊丽莎白不喜欢看到尼采的思想染上了莎乐美的影响，而尼采对她的骄傲自大同样不能容忍，两人一度中断通信联系。
清风了无痕
1882年冬，尼采独自一人来到******附近的拉帕罗海湾。这年冬天，南方的阳光几乎不见踪影，霪雨霏霏，天气寒冷，他在海边的小饭店里居住，在大海的怒潮中夜不能寐，总之一切状况都与愿望相反，然而就在这“逆境”中产生了最伟大的作品。每天上午和下午，尼采都沿着两条不同的路线漫步到可以看得见海的高山松林，漫步到静谧的海湾岬角，在孤独而悠长的路程中，他不时掏出笔记本，记录下来一闪即逝的灵感。
“孤独者的岁月悠悠过去，他的智慧与时俱增，终于因着过多的智慧而感到痛苦。”
“我这殷切的爱泛滥如洪流，下注于朝阳与落日：自寂静的高山与痛苦的风雷中，我的灵魂冲向溪谷。”
“从高崖倾注之流的激响，我将以我的言辞投向深谷。”
1883年2月14日，尼采在极大的快慰中完成并誊好寄出《查拉图斯特拉如是说》第一卷，得知瓦格纳已于前一日去世。
他离开意大利，到瑞士风光秀丽的西尔斯玛丽亚完成了第二卷书。秋天回到瑙姆堡，却发现妹妹伊丽莎白追随著名的反犹分子佛斯特，帮助他收集25********的反犹请愿书，两人还准备结婚，并将去南美巴拉圭建设殖民地。在极为反感的情绪中他只呆了四周，就去尼斯过冬，最终在1884年冬天完成了《查拉图斯特拉如是说》全部四卷书的写作。这是一部杰作，尼采认为在自己的所有著作中它真正散发着高山冰雪之气，这是书中至尊，从无限光辉之源和幸福之源缓缓流溢出来。
然而，书的第一部分被推迟印刷，出版商正忙于交付大量的《圣歌集》，接着又要印许多反犹太人的小册子，至于第四卷，尼采只好自费印刷了40本，七本送了人，没有一个人肯称赞。像尼采说的，这真的是一本“写给所有人的书，也是无人能读的书”，这世上没有什么人对他是至关重要的了，他下定决心保持独立到生命的最后一刻，而他的身体状况使他相信那一刻就在不远的前方。于是他继续在瑞士和意大利之间游荡，在经历了查拉图斯特拉的袭击之后，他的使命就是要重估一切价值。他在尼斯安顿下来，构思写作《善与恶的彼岸》，这是对当时科学、艺术乃至政治的批判，指责基督教理想是奴性种族的产物，尼采自己提出了一套颇为奇异的道德体系。
这本书一印出就遭到了学者们的攻击，甚至他的朋友们也不能容忍他反对一切的狂热劲头。在空前的孤独和病痛中，他自知死期将至，反而在生命力极衰弱的一年间连续写成了《偶像的黄昏》、《反基督》和讽刺性自传《瞧！这人》。在他的文稿中还留下大量散乱的格言，都是为尚在计划中的《强力意志》和《重估一切价值》做准备。
可是，偏偏是这些著述和有争议的《权力意志——重估一切价值的尝试》，对醉心尼采的信徒们，一直具有神奇的吸引力。因此，尼采如同荷尔德林，受到不少误解。如荷尔德林的崇拜者，就曾把他最后的诗作看作是一种特殊的启示。纯臆测的诠释在哲学上可能是合法的，但在描绘一幅生活图景时，则是要求严谨的。
他死于1900年8月25日，葬于洛肯镇墓地，埋在他父亲身边。