1858年，林肯和道格拉斯分别由伊利诺斯州共和党和民主党提名为国会参议员候选人。双方在竞选期间就奴隶制问题进行了七次公开论战，这是当时全国性大辩论的一个重要组成部分。道格拉斯是民主党的著名活动家、白种人优越论者。他一方面高唱平民主权原则，主张在新地区内可由居民自行决定是否允许存在奴隶制；另方面又表示同意最高法院可行使联邦的权力，宣布在新地区实行奴隶制的法律。这就是道格拉斯在奴隶制问题上的两面派态度。林肯则认为奴隶制最终是应消灭的，主张修改逃奴追缉法，并支持先在首都华盛顿对奴隶主进行赔偿的办法消灭奴隶制。林肯在论战中发表了强调“一个分裂的家庭不能长久”的著名演说，指出必须维护联邦的统一。这次演说引起了民众的重视和注意。但道格拉斯使用诡计并花了巨额竞选费用，夺取了参议员席位。暂时的失败锻炼了林肯，他坚信自己是正义的。此后两年林肯走遍全国，坚持不懈地宣传国家统一和反对奴隶制的主张，受到群众的热情支持。
美国内战
1860平5月，伊利诺斯州的共和党州代表会议提名林肯为总统候选人。一个星期后，在芝加哥举行了共和党全国代表大会，林肯击败对手西华德成为共和党总统候选人。缅因州的参议员共和党人哈姆林当选为副总统候选人。
11月6日举行了大选。林肯击败民主党的道格拉斯、布雷金里季和立宪联邦党人贝尔，当选为美国第十六任总统。由于奴隶制争端，这次总统选举的地方色彩是美国开国以来最浓厚的一次，林肯只在北部17个自由州获得多数票，有15个州的选举人没投林肯的票，在南部10个州中，林肯没有得到一张选民票。所以，对于林肯的当选，北方人民欢呼雀跃，南方的奴隶主们则恨之入骨。
“一幢裂开的房子是站不住的”，林肯的话真的应验了。他的当选像一根导火索，联邦开始分裂了。各种要脱离联邦的鼓噪叫嚣直上。南部的喉舌《同盟报》叫嚣说：“要么血染波托马克河，让血肉模糊的尸体在宾夕法尼亚大道上堆到几十英尺高，要么把最后一丝自由从北美大陆上一扫而光，南部决不会在阿伯拉罕·林肯就职这种侮辱和可耻的事情面前屈服。”在阿拉巴马州的一次群众集合上，有人喊出了“反抗林肯就是服从上帝”的口号，有人发誓说，他们的军队将踏着几十英尺厚的血肉模糊的尸体，一直开往国会大厦。那些以繁殖、贩卖奴隶的奴隶主也不甘落后，成为叫嚣脱离联邦的急先锋。
在各种鼓噪纷纷出笼的这段时间，很多人把矛头直接对准了林肯。林肯收到了大量的恐吓信和侮辱性的漫画。诅咒他是给国家带来了灾祸的魔鬼、野兽、小丑、白痴和畸形人，祈求上帝把他绞死、烧死、打死。一幅素描画上画着绞架和匕首。在一幅漫画上，林肯的脖子上套着绞索，脚上戴着镣铐，全身涂满柏油，还粘着羽毛。
南部开始招募军队，购置枪炮。南卡罗来纳州的罗伯特·巴恩韦尔·雷特一伙策划了惊心动魄的分离事件。雷特曾任六届国会众议员和一届国会参议员，他毕生梦想南部独立，建立一个以非洲奴隶制度为立国基础的同盟，并恢复从1808年起被美国宪法禁止的非洲奴隶贸易。1860年12月20日，在一次秘密会议上，南卡罗来纳州宣布脱离联邦。紧接着又有6个南部州陆续加入了分裂阵营。南部的国会参议员和众议员纷纷告别华盛顿返回家乡，地方官员也纷纷解职不干了。不少军官也辞职回到南部，参加了同盟军。联邦在南部的造币厂、邮局、海关等设施被该州接管。各州的州长都在调遣军队，已经占领了联邦的许多军事堡垒。1861年2月4日，南部6个脱离州的代表在阿拉巴马州的蒙哥马利城举行会议。成立了临时政府美利坚同盟，选举密西西比州的大种植园主杰弗逊·戴维斯为总统，公开宣称要坚决诉诸武力保护他们的利益。
面对如此严重的危机，林肯并没有被吓倒。他在给一些众议员和朋友的信中说，决不能容许奴隶制扩展一步。他郑重声明，他的总统权力是宪法授予的，他决不能坐视政府被毁灭，他宁死也决不作任何妥协让步。
1861年2月6日晚，林肯夫妇举行了家庭告别晚会，几百位政界名人和女士参加了晚会。之后便把住宅租了出去，把马、马车和牛都卖掉，林肯自己动手把装有衣服、家具、家庭用品和书籍的箱子捆绑好，系上写有“哥伦比亚特区华盛顿白宫，阿·林肯”的标签。
2月11日，是林肯一行15人离开斯普林菲尔德前往华盛顿的日子。
在林肯启程前往华盛顿之时，国家的命运正日见危机。林肯一直在思索一个使美国几百万个家庭感到头痛的问题：美国向何处去？尽管形势迷离不清，但人们知道，华盛顿的共和党新政权将致力于限制奴隶制扩展，并逐步使之“最终消亡”，这是毫无疑问的了。
林肯的足迹遍及沿途主要城市。他会晤了5个州的州长和一些州议员，邀请了许多金融、运输和供应的要人谈话，并作了20多次演讲，同成千上万的人握过手。林肯在谈话中，总是谦虚地说，自己只不过是一个伟大事业中的“一件纯粹的工具，一件被偶然选中的工具”，他强调说：“我是所有被推举到总统职位的人中出身最微贱的一个。可是我所要完成的任务却比他们之中任何一个都艰巨得多。”他一再表明他要依靠人民群众，因为人民群众是永远不可战胜的。
林肯到达辛辛那提市那天，正是他52岁生日。林肯面对当地的肯塔基人说道：“我愿尽可能地像华盛顿，杰弗逊和麦迪逊那样地对待你们。……忘掉一切党派，无视一切党派，我们又将成为同胞兄弟。”
2月14日当林肯的火车抵达匹兹堡时，受到市长和市民们的热烈欢迎。在弗里敦镇，一个挑煤工在人群中大声喊道：“亚伯！大家都说你是美国最高的人，但是我相信你一点儿也不比我高。”林肯回答道：“你过来，我们比比看。”这个浑身煤垢的工人立即走上前来，两个人背靠站在一起，两人正好一般高。周围的人群马上欢呼起来。两个高个子咧嘴笑着，热情握手。一些道貌岸然的人到处说，一个当选总统和一个挑煤工混在一起，以后能管理国家吗？
在“美国的前门”纽约市，林肯受到的接待是他在赴任途中所受到的最细致周到的。在这里，林肯讲了这样一句话：“除非联邦不中用了，除非为了保护旅客和货物而只得抛弃联邦这条航船，否则，决不能抛弃联邦。”
林肯冒着沿途可能遇刺的危险达华盛顿，于3月4日宣誓就职。4月14日“南部同盟”夺取了联邦的萨姆特炮台。这是南方不宣而战。林肯原来试图对南方进行安抚的做法已经无济于事，便于次日正式宣布镇压南方的叛乱。南北战争从此展开。
南北战争从1861年4月开始，到1865年4月“南部同盟”的李将军在阿波托克斯投降之后不久结束，持续了四年。战争之初北方内部的意见有分歧：马克思主义者和激进的废奴运动者主张彻底废除奴隶制。代表新兴工业资产阶级利益的共和党激进派虽然也主张消灭奴隶制，但在制定联邦政府重大政策方面不能起主导作用。以林肯为代表的共和党中的大多数人认为当时首先要维护联邦的完整统一，而解决奴隶制问题是次要的，因为他们担心边疆各州（这些州也存在奴隶制）倒向“南部同盟”。联邦政府内部还有一小批右翼分子，如纽约和其他城市的银行家和商人，他们在南部有巨额投资和贷款，因而和南部奴隶主相勾结，进行阴谋活动，一有机会就兴风作浪。此外，北部还有被称为“铜头蛇”（北美的一种毒蛇）的北方民主党主和派和南方串通一气，担心失去南方的棉花会影响北部的工业发展，因此也对政府施加各种压力。战争开始时林肯自任陆海军最高统帅，作战一年后，由于北方意见分歧以及林肯政府的政策动摇不定，北方在军事上处于劣势，节节败退。相反，南方奴隶主所发动的战争虽然是非正义的，但由于严格实行征兵法，强迫黑人从事生产劳动，动员白人参战，并在一开始就先发制人，对北部进行猛烈袭击，因此战争初期获得了局部的胜利。
在南北战争进程中，美国马克思主义者人数虽然很少，但起了极为重要的作用。北部的自由黑人、从南部逃亡到北部的黑人、广大的工人、小生产者、小资产阶级废奴主义者以及一小部分工业资产阶级都要求彻底粉碎奴隶制度。广大革命群众要求把代表南部奴隶主利益的民主党人从政府机构和军队中清洗出去，实行民主改革，用革命的方式进行战争，以保证战争的胜利。
随着战争的推进，林肯不断强调首要的任务是拯救联邦，要把维护联邦置于一切争端之上。但是由于从根本上说是奴隶制问题导致了这场战争，那么如何处理这一问题就必然关系到整个战争的进程。林肯政府本是反对奴隶制的，但在战争初期，林肯对这一问题是优柔寡断的。从战争开始到发布“解放奴隶宣言”，这个问题一直拖了将近一年半。
林肯本意是支持对黑奴实行有利的政策的，但他担心操之过急会把当时尚留在联邦的4个边界蓄奴州逼得加入南方联盟，从而削弱北方的力量。所以，当弗里特基将写于1861年8月30日在密苏里宣布没收叛乱奴隶主的财产并将其奴隶变为自由人时，林肯坚决反对，并撤销了弗里特基的职务。有人敦促林肯发表一个解放奴隶的宣言，他说：“一个人不能在前面走得太快而使全国跟不上，要慢慢加快。”林肯的态度是慎重的。
在战争初期，局势一直对北方不利。由于广大人民的坚决要求和战争的迫切需要，林肯政府逐渐采取了一些有力措施。1862年5月20日，林肯签署了《宅地法》，规定凡是美国公民（21岁即具有公民资格），只需交纳10美元登记费，便可在西部得到160英亩的土地，连续居住满5年，即可拥有该地的地权证明书。法令还允许私人以每英亩1美元25美分的廉价优先购买土地。《宅地法》的颁布实施，使西部的移民日渐增多，从客观上阻止了奴隶制向西部的扩展。
战争中的奴隶制问题仍然是困扰林肯的重大问题。保守派主张把被捕的黑人按逃亡奴隶法送还他原来所属的奴隶主，激进派则主张让这些黑人参加到军队中来，甚至主张把枪支发给每一个南部的黑人，去打击他们的天然的敌人奴隶主。而林肯一直是赞成有偿地废除奴隶制度，即通过政府向奴隶主进行赔偿的办法，把奴隶赎出来，使之获得自由。他认为首先在边界诸州推行这个办法，然后就会逐渐渗透到南部，从而使南部叛乱州看到，即使再继续进行长期的战争也是徒劳的。总之，在解放黑奴问题上，林肯一直希望采取和平说服的办法，而不主张使用武力。
1862年5月9日，林肯的一位好友、南方军区的司令戴维·亨特少将发布了一道命令。他以军法和奴隶制水火不相容为理由，宣布属南方军区管辖内的三个蓄奴州佐治亚州、佛罗里达州和南卡罗来纳州的所有奴隶“永远自由”，而且武装黑人，建立了第一个黑人团。这个措施受到广大人民的热烈欢迎，同时引起了边界蓄奴州奴隶主的恐慌。蔡斯极力主张实施这一命令，因为全国百分之九十的人都会赞成这个措施。林肯根据自己的主张，对这一做法持反对态度。林肯在给蔡斯的信中说：“任何指挥官都不应该不同我商量就干出这种纯属我的职权范围内的事情来。”他又一次极力主张联邦政府应当与任何一个赞成逐步有偿解放奴隶的蓄奴州合作。林肯担心边界州的人们不理解事态发展的趋势，因而告诫他们说：“对于时代的潮流，你们想置之不顾，那是办不到的。我请你们放开眼界、沉着冷静地考虑这种时代潮流，如果可能的话，把它置于个人和党派政见之上。”这件事促使林肯认真考虑无法回避的解放奴隶和武装黑人问题。
1862年7月边界州的国会众议员应邀来到白宫，林肯再次呼吁逐步有偿地废除奴隶制。林肯仍然表示相信，如按照他在当年3月初致国会的咨文中提出的逐步有偿解放奴隶政策，战争将会迅速结束。在边界州通过购买的办法使奴隶获得自由，这样，更南面的那些州就会看到他们不可能再继续进行长期的战争。这些国会议员们回去后进行了思考和讨论，但是林肯的这个计划和愿望最终成了泡影。
从战争开始以来，北方反奴隶制的人们就迫切要求采取行动。一些激进的参议员三天两头跑到白宫去，不断地给林肯施加压力，催促他发表一个解放奴隶的宣言。
1862年3月24日，林肯在给霍勒斯·格里利的亲笔信中，表明了当时他在反奴隶制政策上的微妙的犹豫态度。林肯希望，采取“说服”而不是“威胁”的办法去解放南方的黑人。格里利因林肯的拖延不行动而感到气愤。
1862年4月16日林肯签署了一项法案，结束了哥伦比亚特区的黑人奴隶制度。法案还包括一项规定：为任何一个获得自由的、想去利比里亚或海地等黑人共和国的奴隶提供免费船票。包括这个法案在内的一系列法律和法案打击、削弱、侵蚀、蚕食着奴隶制度，把奴隶制的法律屏障轰开了一道道豁口，逐渐消除着奴隶制存在的基础。