吴炳新的努力得到了回报。来自三株的统计资料看，到１９９６年底，农村市场的销售额已经占到了三株总销售额的６０％，这是一个了不起的营销业绩。１９９４年，三株公司的销售额为1.25亿元；1995年达到了２０亿元；在农村市场获得巨大成功的１９９６年，三株销售额一跃而达到了巅峰的８０亿元。在资产增值方面，三株在１９９３年底的注册资本金为３０万元，到１９９７年底公司净资产为４８亿元，且据称资产负债率为零。
三株的成功可以用这样的一句话来概括：一个不安分的企业，在一个不规范的市场用一些不规范的做法，获得了不可思议的成功。
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以区区３０万元，在短短三五年之内，便开创了资产达４０多亿元的三株帝国基业，吴氏父子无疑有着超出一般企业家的抱负和理想，他们也是国内最早提出要把企业办成百年老店的企业家之一。
在企业战略的设定上，父子俩在认识上有一定的差异性。销售科长出身、经历了“文化大革命”洗礼的吴炳新是毛泽东战争理论的狂热崇拜者。而年轻的大学生吴思伟则滔滔不绝于彼得·德鲁克理论，他特意聘用了南京大学日本企业管理研究所的专家为三株设计了一种“矩阵式的管理结构”，然后又委托北京大学的美国企业管理研究所进行修正，最后得出了一个让他满意的糅合了日本和美国管理精华的三株管理模式。
正是在吴氏父子这种反差迥异的管理理念的支配下，三株的管理体系发生过多次的转型，其间也造成过一定的紊乱和冲突。在不同的时期，吴氏父子轮换出任总裁和董事长，在三株分别进行了各自的实验。而最终的事实是，吴思伟的管理思路更多地体现在对经理层的改造上，而三株整体的公司管理框架，特别是最重要的营销体系思路，仍是由吴炳新一手塑造的。
从一开始，吴炳新就为三株打造了一种区域管理式的模型，他把中国市场分割为4个大区——东北区、华北区、西北区和华东区，4个大区设战区经理，也叫做“专员”。4个大区没有财务权，它们的财务监督、市场范围及经费划拨均由总部统一协调。吴炳新把这种体系归结为“中央集权”，他称之为“六统一”，即思想统一、组织统一、政策统一、企划统一、行动统一和管理统一。为使集权体制具体化，他采纳吴思伟的提议，引进了日本“贩卖、人事、总部、制造”4个轮子框架结构，成立了制造中心、营销中心、财务中心、组织人事中心。
伴随着三株机构的日益庞大，喜欢创新的吴思伟又提出了“支薪经理阶层”理论，并在三株进行尝试。按照这种设计，三株形成了8级干部体制，一级是总裁，二级是副总裁，四大中心主任是二级半，三级是各个省的总经理，一些重要的沿海中心城市如杭州、苏州公司的经理则是四级，依此类推，总部先后与大约５０００名各级经理签订了“终身合同”。在某种意义上，这是日后盛行的经理入股权、期权制度的雏形。至少吴思伟已经意识到，稳定经理骨干层是保证三株事业长盛不衰的根本所在。
其后，三株公司的派生产品日益增多，组织结构也发生了新的调整，颇有研究价值的是，三株最终形成的组织形态是集西方事业部制与中国解放战争时期军队建制于一体的杂交物。一方面，根据新产品的推出，总部成立了不同的事业部，各部各自建制，独立运转，实行垂直领导。而在各大区及主要省份，为了保证三株产品的协调运转，又成立了“市场前线指挥部”，在总部则成立“市场前线总指挥委员会”。吴炳新描述道：“市场前线总指挥委员会相当于国家军委，各省机构变成市场前沿指挥部后，相当于前敌委。以军事化管理模式运筹商战，意味着军事化的行动，而军事化的最大特点就是绝对服从命令。”
且不论吴炳新的这些推理是否有真实的内在逻辑性，至少在市场推行的初期，这种军事化的体制是起到了一定的作用。据称，最鼎盛时，三株在全国所有大城市、省会城市和绝大部分地级市注册了６００家子公司，在县、乡、镇有２０００个办事处，各级行销人员总数超过了１５万，这恐怕是一个前无古人、估计也将后无来者的骇人纪录。吴炳新曾豪言，“除了邮政网以外，在国内我还不知道谁的网络比我大”。１９９６年，正是凭借着这样一支庞大的营销铁流，吴炳新发动了所谓的夏季、秋季、冬季三大战役。三株的传单、横幅、招贴和标语贴遍全中国，一举实现销售额８０亿元，这个数字如属实则超过了当年全国保健品销售总额的1/3。三株公司大有吞吐天地、冠盖宇内的气概。
“增长速度回落到４００％”
超常规的发展速度，诱发了企业家超常规的膨胀雄心。在１９９４年８月南北联合之时，三株提出的经营目标是，当年度销售１亿元，第二年保３争５，第三年保９争１６。可是，转眼到了１９９５年，三株的目标突然放大了上百倍。在《人民日报》上刊出的三株第一个“五年规划”中，吴炳新提出的目标是：“１９９５年达到１６亿元至２０亿元，发展速度为１６００％—２０００％；１９９６年增长速度回落到４００％，达到１００亿元；１９９７年速度回落到２００％，达到３００亿元；１９９８年速度回落到１００％，达到６００亿元；１９９９年以５０％的速度增长，争取９００亿元的销售额。”
这一连串的“增长”和“回落”，赫然以新闻和专题报道的方式刊登在中国最著名的新闻报纸上，带来了令人晕眩的惊诧。很多企业界人士小心翼翼地把这些数据剪下来，毕竟那都是一个个转眼就将到来的年份，他们都十分好奇地想求证三株神话到底是一个泡沫还是一个真实。也就是在这时，一些清醒的专业人士开始了对三株的认真关注。吴炳新可能没有想到，尽管这些豪情数据在某种程度上将激发市场的热情和员工的激情，可是，他也将承担公布这些数据所必须承担的企业家的预期信用。
或许正是为了实现这些惊人的目标，三株“向前切入销售，向后切入科研”，开始了多元化的经营。在接待巨人集团史玉柱时，吴炳新曾经说道，“你不该挣的钱别去挣，天底下黄金铺地，不可能统吃，这个世界诱惑太多，但能克制欲望的人却不多”。言犹在耳，可是真的到了自己的天地里，吴炳新似乎也很难分辨清楚哪些是属于他的“黄金”，而哪些不是。
在吴炳新的设想中，三株应该走的道路是，首先研制出一个成功的拳头产品，并为此设计出一套全新理论，以产品加理念铺开一个庞大的营销网络；在网络四处蔓延的同时就不断开发出一个又一个新产品，填装进这个网络之中；待每个新产品成熟后，又裂变出一个个子系统；最终形成“大医药大保健”的产业格局，把三株建设成一个不衰的“日不落生物制品王国”。
这个宏伟设想是无所谓对与错的，成功了便自然是对的，失败了则肯定是错的，就好像他在农村的牲口栏圈和茅厕墙上刷广告一样。在１９９６年这一年，三株先后推出了“赋新康”、“生态美”、“心脑康”、“保腾康”、“吴氏治疗仪”等产品。１９９７年上半年，三株一口气吞下２０多家制药厂，投资资金超过５亿元，之后又计划再上一个饮料厂。
吴炳新在一次研讨会上说：“就连世界名牌可口可乐也无法与我们相比……将来与可口可乐比高低，去占领国际市场。”很快，三株的产业触角延伸到了医疗、精细化工、生物工程、材料工程、物理电子及化妆品等6大行业。
与此同时，三株的组织队伍也出现了超常的膨胀，在短短的4年时间里，其母、子、孙公司管理层扩张了１００多倍。
著名财经记者方向明先生曾形象地描述道：
创业之初三株的体制是一种“长颈鹿结构”——细长的颈部支起高昂的头，使之中心能高瞻远瞩，而大区、省级指挥部是精干的身躯，地级子公司一插到底是其灵活的四肢。虽然整个体形略显修长，但由于结构紧凑依然健步如飞。
但是，这种体形随着躯干臃肿而演化为“恐龙结构”——省级与地级变成效率不高的中间管理阶层，而县至乡村的办事处和工作站变成行动迟缓的手足，由于陷入大量琐碎管理事务，高度集中的小脑袋也不再那么灵敏，随着市场环境的陡变，这个恐龙形结构的应变能力就显得十分的弱小了。
“长颈鹿”与“恐龙”的描述仅仅是对三株组织结构上的一种反思。就深层次上剖析，更为致命的似乎是，从一开始三株就被设计成了一个战斗型的团队，它的营销建制是战斗队化的，它的管理是全员军事化的，如同一台快速旋转中的机器，自然会惯性地产生强烈的向心力和凝聚力。然而，任何机器毕竟无法始终处于这样的状态，其机体肯定会因此而快速老化，除非这台机器是一台“永动机”。否则一旦因为某种原因而发生停顿，便不可避免地会轰然解体。就企业而言，除非它始终处在一种永动的创造热浪中，它不断有轰动性的、能够产生巨额利润的新产品出世，并且每一个新产品都拥有广阔的市场深度，而且还能够避开所有的人为或非人为的侵扰事件。否则，一个始终处于战斗状态的企业是无法维持长久的，它必然会产生疲态，必然会发生摩擦，必然陷入激情的过燃和早耗。
一个成长过快的企业，是一个十分危险的团队，如同一队为了利益而啸聚在一起的强人，他们从一个高地呼啸着冲向大江南北，迅速地抢取到了巨大的财富之后，然后便不可避免地会各奔前程，一哄而散。据三株审计部门发现，在１９９５年公司投放的３个亿广告费中，有１亿元因无效而浪费掉了。在不少基层机构中，宣传品的投放到位率不足２０％，甚至一些执行经理干脆把宣传品当废纸卖掉了。在三株的4年鼎盛期，至少有数以万计的经理、经销商、批发商、零售商因为销售三株产品发了大财、中财、小财，可是作为三株企业，却缺少真正的维护者，始终没有来得及培养起自己的传统、文化和精神。
最终，它之所以能够运转支撑下去，依赖的仅仅是企业家本人的毅力、商业智慧和人格感召，仅此而已。
“有病治病，没病防病”
令人望而生畏的形象塑造、铺天盖地的广告轰炸、充满狂热的人海战术，在某种程度上造就了三株神话，在所有的对手都还没有来得及反应过来的时候，三株已跃然而上，在华山之巅傲视群雄了。
然而很快，这些造就了三株神话的奇功异技，其内含的种种毒素也在渐渐地散发出来。
早在１９９４年，国内一些城市的工商行政管理部门就开始注意到了三株广告的不规范性。在三株的广告中经常出现一些擅自引用专家言语、夸大功效及诋毁同行的词汇。这年５月，中国科学院上海生物工程研究中心的一位叫尹光琳的研究员在《新民晚报》刊登声明，指称三株在《三株广场》宣传册子中刊发的以其署名的《三株——人类微生态平衡的飞跃革命》一文属冒名作品。
１９９５年５月，广东省卫生厅专门发出了《关于吊销三株口服液药品广告批准文号的通知》，该通知称，“济南三株保健品厂在《珠江经济信息报》上刊登的药品广告，超越了《药品广告审批表》审批的内容，出现获奖内容，擅自增加‘防治肿瘤’、‘有效预防和辅助治疗肝炎、肝硬化’……从即日起吊销三株口服液的药品广告批准文号，暂停在我省做任何形式的广告宣传”（根据粤卫药政〔19９５〕３０号）。
应该说，这是一份十分严厉、在某种程度上等于宣判了三株口服液在广东省“死刑”的通知。尽管事后经过三株各方面的活动，三株口服液仍然得以在广东销售，此事也没有被媒体曝光放大，可是，危机的导火线无疑已露出了狰狞的端倪。当时，三株口服液已经取得了相当好的市场业绩，而其营销队伍也开始庞大起来，一些地方的营销人员为了扩大产品的消费面，便擅自夸大三株口服液的功效，凡是常见病、急性病等等，都拿来跟三株口服液挂上钩，终而把本来对肠道清洁有一定功效的产品夸大成包治百病的灵丹妙药。在一则广告宣传单中，甚至宣称三株口服液可以治疗“老年糖尿病、胃癌、直肠癌、食道癌、胰腺癌、白血病、风湿性心脏病、高血压”等４０多种疾病，并出现了“有病治病，没病防病，无病保健”等充满江湖气息的字眼。
到了这年的９月，《杭州日报》记者潘宪发表《济南三株公司屡屡发布虚假广告 三株杭州撞克星》一文，国内先后有近10家报纸进行了转载，引发出一起全国性的新闻事件。据这篇新闻稿报道，当年８月１５日，三株在杭州地区的《富阳报》刊登广告，宣称三株口服液可以治疗霍乱病，而当时该城市正受到急性肠道传染病的困扰。三株的广告一出，马上引起杭州市的高度紧张，工商行政管理部门、卫生部门当即进行了查处。潘宪还在这篇新闻中披露三株公司曾经有过盗用《开发时报》刊名、在广东及河南等省份遭到查处的事实。
此文在国内各媒体发表后，山东三株公司当即以诋毁罪名把潘宪告到了法庭。有意思的是，其状告的理由不是因为新闻稿严重失实，而是因为潘宪在新闻中一再提及“山东三株”，而三株公司认为在杭州发布广告的是具有独立法人资格的“杭州三株公司”。这是吴炳新考虑得比较“超前”的一个策略：三株在各地设立分公司时均将其注册为具有独立法人资格的有限责任公司，这样各家分公司在各地的所作所为便在法律意义上与“济南三株”没有任何关系，而传媒则很难预想到这一点，因此往往会陷入被告的境地。
这样的辩驳，在法律上可能有一定的依据，然而在情理层面上毕竟十分脆弱。最终，潘宪与济南三株的官司拖了将近1年，以淡化和解了事。
绝密的“利益共同体”理论
在这里我们必须专门来研讨一下三株与政府的关系。这是一个非常微妙的话题，在体制转型期的中国，一家企业如果没有与政府部门取得并保持一种协调性的关系，那将是非常难壮大的。反之，如果过于亲密，也可能发生一些意料之外的灾难。
在处理政府与企业的关系上，三株有一套秘不示人的理论。这一理论在当年的三株公司内部被列入“绝密”级。
从三株创业那日起，三株在公共关系的处理上就从不吝啬。为了扩大三株的影响面，结交天下名流，三株经常召开各种主题和规格的专题研讨会，聘请政府、传媒的主要官员出任三株的顾问等等，在短短一两年时间内便编织了一张十分庞大的关系网络。很显然，三株的最初动机是单纯的，由于国内消费市场，特别是保健品市场的竞争十分惨烈，三株通过这张关系网自然可以为自己避开不少的陷阱和障碍。
在尝到了甜头之后，三株突然发现这其实是一个非常巨大的资源。
于是，从１９９５年下半年开始，在三株的一些内部文本中便出现了很多与此相关的言论。
吴思伟在１９９５年６月的三株地区经理扩大会议上便谈到：“……我们对下半年的第二项重点工作现在做一个部署。要求各指挥部，在所有的省与卫生厅、工商行政管理局、医药管理局建立经济共同体关系。时间定在７月３０日以前。怎么建设，各有千秋，情况不同。但原则上讲，大家先去接触，根据实际情况，可以提出……对竞争激烈的地区一定要设立信息科，有专门的组织机构，配备两名专职干部，从事这方面的专职工作。”（摘自《三株实业》第１８期，三株集团１９９５年６月地区经理扩大会议专刊）