1265年，忽必烈又派遣八思巴喇嘛去吐蕃，帮助他说服当地人民接受蒙古人的统治。八思巴喇嘛的弟弟恰那多吉喇嘛，也是在蒙古宫廷中被抚养大的，此时也戴着蒙古人封的“全吐蕃之首领”的头衔到达了吐蕃。两兄弟之间的职权划分不是很清楚，或许忽必烈想让掌天下释教的八思巴喇嘛呆在自己身边，而让他的弟弟作为他的代理人驻守在吐蕃。忽必烈这样做，似乎授予了两兄弟相互重叠的吐蕃司法管辖权。不管当时忽必烈是基于什么考虑而做出这种安排的，这个计划因恰那多吉喇嘛于1267年突然死亡而很快发生了偏差。萨迦派的主要对手止贡派趁机发动叛乱，反对他们的对立佛教派别和蒙古统治。忽必烈立即派兵征讨，并于1268年在那里重新恢复了蒙古人的统治。也是在同一年，忽必烈才真正开始对吐蕃行使主权。他命令在吐蕃进行人口普查，并建立站赤系统。虽然现有资料没有详细说明吐蕃人是否还承担了其他义务，但是看起来忽必烈曾经为他们设计了一个税收体系和兵役体系。忽必烈在1268年建立的行政结构是这样的，他设想由萨迦派的一个成员担任国师（当时是八思巴喇嘛），此人将住在汉地，监督全帝国包括吐蕃的佛教徒；另外，蒙古人将选择一位吐蕃官员，藏语叫本钦，在吐蕃居住并治理吐蕃。
此后不久，上师八思巴经过藏北前往朝廷，一路上广利无量众生。当他抵达京城附近时，忽必烈的长子真金太子、察必皇后、大臣等众人，带着飘扬珍贵锦缎缨穗的伞盖、经幡、旌旗以及盛大鼓乐前来迎接，八思巴在盛大的仪仗队的引导下进入都城。八思巴在朝见薛禅汗忽必烈时，献上他新创制的蒙古文字的字样和音韵著作，使忽必烈非常欢喜。在他三十六岁的公元1270年，即藏历第五饶迥阳铁马年，忽必烈再次向他请求传授灌顶，并将西夏甲郭王的印改制为六棱玉印，封为“皇天之下、大地之上、西天佛子、创制文字、化身佛陀、辅治国政、诗章之源、五明班智达八思巴帝师”，并赐给专门的诏书以及众多供养物品。
忽必烈希望八思巴喇嘛和他的佛教徒投桃报李，也向自己提供他所需要的宗教权力。这位吐蕃僧侣的确履行了他们的协定。八思巴设计了一个世俗统治者和宗教领袖之间的适当关系，以便区分宗教和国家各自的权限。八思巴喇嘛把他们的角色区分如下：“世俗拯救和精神拯救是……所有人都想设法赢得的东西。精神拯救包括从痛苦中完全解放出来，而尘世间的福利便是世俗拯救。二者都取决于双重秩序，宗教秩序和国家秩序……宗教秩序由喇嘛维护，国家秩序则由皇帝维护。喇嘛必须以教导宗教为业，而皇帝则须保证统治有方，以使大家都能和平相处……宗教首领和国家首领的地位是相等的，然其作用是不同的。”
八思巴喇嘛回报他的恩人忽必烈的方法之一，是把他和佛教万神殿中的人物联系在一起。忽必烈成了文殊师利菩萨，即智慧菩萨，并被看做是“觉者”的化身。蒙古史料在谈到同一问题时，则称忽必烈为“薛禅汗”（智慧的汗）。八思巴喇嘛和其他吐蕃僧侣神化忽必烈，把他描写成一个佛教传统中的转轮王。在当时写成的一本书中（作者可能就是八思巴喇嘛，后被翻译成蒙古文，叫《白史》），忽必烈被描绘成了佛和伟大的君王。
为了进一步加强他的宗教派别和皇帝之间的联系，八思巴喇嘛提议把元朝宫廷仪式与佛教联系起来。每年在2月15日组织驱魔护国游行活动，每年的1月和6月还举行礼乐、仪式和游行等活动。对八思巴喇嘛来说，举行这些仪式的目的在于同儒家宫廷仪式竞争，或提供另一种选择；但是对忽必烈来说，这些仪式可以作为儒家仪式的补充，但不能代替儒家仪式。忽必烈可能显示出偏向佛教的倾向，因为在后来一个颇能反映当时人们态度的史料中，有这样一首献给他的赞歌：
于是他（忽必烈）使宗教之光照耀在蒙古黑暗的土地上，
他从印度请来四王所尊奉之佛像，菩萨遗物、佩塔碗和檀香木苴，
他以十大英明原则管理政府，稳定世界，
他安定寰宇，使人们幸福生活在其中，
他以其睿智享誉天下，
成为转动千只金轮……睿智的转轮王。
八思巴在忽必烈身边又居住了约八年后，再次请求准许他返回西藏，忽必烈在要求他允诺尽快再次来京城的条件下同意了他的请求。八思巴启程时，忽必烈心中恋恋不舍，亲自送行。结果送行的时间从几天增加到几个月，一直送到青海玛沁蚌拉（亦称阿尼玛卿山，在今青海省果洛藏族自治州境内）山下的黄河河曲，并从那里又派皇子真金率领随从一直把八思巴护送回萨迦寺。经过长途跋涉，1276年，即藏历第五饶迥火鼠年，八思巴抵达萨迦寺。
次年（1277年），由皇子真金担任施主，在后藏的曲弥仁摩（在今日喀则市境内）地方的曲德钦波（大寺院），八思巴举行了大法会。藏区上下各地的七万名僧人、精通数部经典能担任讲经的善知识大德数千人，加上普通众生总共十万人以上参加了法会。在半个月的法会期间，八思巴赐给了大众难以思量的教法和物品供养，这就是西藏历史上著名的曲弥大法会。
由于这些活动，忽必烈的“薛禅法王”的声名，传遍了西藏的各个地方。
八思巴后半生主要从事讲经、辩论和著述等宗教方面的活动，他的著作有很多种；另一方面，由于他对蒙古、西藏的贵贱人等以及不同的教派，都能不偏不倚地协和护持，赐给对众人有利的政治和宗教方面的教导，所以他对国家安定、民族团结作出了卓越的贡献。
八思巴在他四十六岁的铁龙年（1280年）的11月22日，伴随着诸种奇异的景象，在萨迦寺的拉康拉章圆寂，不过关于他的去世存在有重大的疑问。由于八思巴的大侍从和本钦贡噶桑波争权不和，侍从一再在八思巴耳边进挑拨，制造八思巴与本钦之间的矛盾，还假冒上师的名义向皇帝奏报本钦的罪过，于是皇帝立即派遣一名法官率领大批军队前来查办。当法官和军队快要到达乌思藏地区时，侍从害怕自己的谎言会被揭穿，于是在上师的饭食中下了毒药，害死了八思巴，后来这名侍从也因悔惧而服毒自杀。
八思巴在萨迦寺圆寂后，忽必烈又赐封号为“皇天之下一人之上开教宣文辅治大圣至德普觉真智佑国如意大宝法王西天佛子大元帝师”。
蟋蟀宰相
家族内部的纠纷结束之后，忽必烈从容地恢复了他征讨南宋的计划。蒙古在1260年（景定元年）5月，已经派出郝经为使，在向南宋通知忽必烈即位消息的同时，索要贾似道私许的岁币。南宋方面，贾似道还朝后立刻派手下枪手们撰写《福华编》大册子，极力吹嘘他守鄂退敌的“丰功伟绩”，谎称忽必烈是他运筹帷幄打败的。南宋举国上下皆不知与蒙古有“议和”之说，都认为是贾少师手摇羽扇指挥有方赶走了蒙军。而贾似道与忽必烈签订丧权辱国议和，是背着朝廷私自干的，他撒了个弥天大谎，把自己吹嘘成抗敌英雄，从而加官晋爵。郝经一来，他的谎言就会被戳穿，救国功臣将变为卖国罪人。
宋理宗听说有蒙古使节来朝，便对宰执大臣们道：“北朝使来，事体当议。”贾似道一面派人到真州秘密扣押了蒙古使团郝经一行，一面上奏理宗道：“既然蒙古人派使，肯定是来讲和，怎能这么容易就让他们的使臣入朝面圣！”此时理宗皇帝正陶醉于鄂州“大捷”余响中，于是很快便将此事忘于脑后了。郝经在江南做囚徒，一做就是十六年，一直到伯颜大军渡过长江，大举攻宋，宋朝到了亡国的边缘，才把郝经送还。
贾似道入朝之后，趁宋理宗因立储及迁都等事把吴潜罢相的机会，痛打落水狗，最终把吴潜贬至岭南的循州，并派人下毒毒死了这个政坛对手。同时，贾似道大权在握后，对朝中的丁大全、吴潜党人逐个清算，贬逐一空，领导钓鱼城抗战的王坚，也被贾似道解除兵权，以至于郁闷而死。
贾似道进而又清除了后族外戚势力，完全把持了朝政。真可谓对外御敌无方，对内倾轧有术。其实，贾似道上述政治手腕，也无可厚非，政坛污秽，仔细算算谁也不是什么好人；清除异己，党同伐异，任谁当政都少不了来这套。缺德的是，贾似道与宋理宗卸磨杀驴，大行“打算法”，“打算”一词的含义，参诸宋人文献，其意思为核算、会计。可见，贾似道实行的“打算法”，是在蒙古退军、形势暂时缓解的情况下，对在外诸军进行的一次大范围的财务审计。当然，南宋军队虚报兵员、占用公帑等等事情确实严重，贾似道的“打算法”名义上是严核军队支出费用，其实是想通过在军中搞运动清除异己，即所谓的“挂羊头卖狗肉”。一时之间，曾经得罪过贾似道的赵葵、高达、李曾伯、杜庶、向士璧、曹世雄、史岩之等将领都被指控为有贪污的嫌疑，列为“打算”的对象。赵葵、高达因理宗保驾才免予追究，李曾伯、杜庶、向士璧、曹世雄、史岩之等都遭到拘禁，最终连向士璧这样在潭州与蒙军浴血奋战的人都被斩首。可怜这些抗蒙英雄，没有死在敌人的屠刀之下，却丧命在自己忠心保卫的南宋朝廷手里，一腔热血换得厄运临头。奸臣误国更甚于敌人万马千军。
最糟糕的是，身在泸州的宋将刘整由于与其顶头上司四川制置使俞兴以及吕文德不和，也被诬贪污军款。刘整惶恐愤怒之下，竟以手下十五州之地为资本，裹胁南宋百姓达三十万户之多向蒙古投降。刘整的投降，不仅仅使南宋在蜀地失去一大块战略要地，最重要的是这位高级将领深谙宋军虚实，向元军献水陆并进之策，并在日后的灭宋过程中充当了军师的角色，成为元朝灭南宋的“大功臣”之一。
在打击外将势力的同时，贾似道与理宗大力“弘扬”程朱理学。在全国上下尊儒的风气下，置危亡在即于不顾，士大夫个个正襟危坐，大谈孔孟之道，官僚机构日益庞大，一百余郡的财赋，竟拿来养活两万四千多冗官。更为甚者，南宋末期，理学已经浸透到儿童教育，《三字经》这部童蒙教材即成书于此时。身逢乱世，正当蒙古少年纵马驰骋于草原、弯弓射雕之时，南宋子弟却在背“人之初，性本善”。由此，南宋君臣万事不理，终至丧身亡国。
经济方面，贾似道又大行“买公田”，即按官员品级限定占田限额，两浙、江东、江西等地官户有超过限制的田地，皆从中三抽一，由政府买回，然后当作公田来出租。当然，“买公田”的愿望是良好的，希望“可免和粜，可以饷军，可以住造楮币（停印纸币），可平物价，可安富室，一事行而五利兴”。确实，此法使南宋政府得到一千万亩公田，收租米六百多万石，全部纳于临安的咸淳仓储积。但是，由于各级官员贪污腐败，舞弊弄权，大批小地主破产，农民受剥削情况更加严重。按照现代的经济学理论，就是使当时的南宋陷入了严重的“经济危机”。
于是，南宋国内的社会矛盾更加激化，老百姓怨声载道。特别是在理宗皇帝死后，贾似道发行第十八界会子（交子），称“金银关子”，废止先前十七界会子，命令民众以三比一的比例来折换新币。由于没有足够的现银作储备，滥发钞票，致使物价飞涨，导致了严重的通货膨胀，使得原本繁荣的南宋各种工商业遭受惨重损失，经济濒于崩溃边缘。不仅如此，由于南宋军士待遇极低，腹空身弱，军容不整，战斗力大大地降低了，让这些人去抵拒如狼似虎的蒙军，显然是勉为其难。
1264年，南宋景定五年，宋理宗驾崩，“由其中年嗜欲既多，怠于政事，权移奸臣。经筵性命之讲，徒资虚谈，固无益也”。宋理宗崇理学，天天嘴上仁义道德，私下荒淫无度，朝廷内外也皆是这样言行不一的无耻士大夫，所以，天下之亡，已见征兆。
由于宋理宗本人无子嗣继承帝位，嗣位的赵禥是他的侄子（理宗同母弟赵与芮之子），也就是传说中的“白痴皇帝”宋度宗。宋度宗于1240年（嘉熙四年）4月9日出生，乳名德孙，母黄氏。黄氏名叫定喜，是赵与芮夫人李氏陪嫁而来的侍女，地位十分卑贱，后被赵与芮看中，二人有了夫妻之实。黄氏怀孕的时候，担心由于自己的地位影响孩子的未来，曾服药物堕胎，但没有成功。度宗极有可能是在母腹中受药物影响，发育迟缓，手脚发软，智力也低于正常孩子。史臣记载的很有意思，说这位宋度宗“资识内慧，七岁始言”，也就是说，把一个七岁才会说话的低智儿，说成是内秀的天才。
当时曾流传很多度宗出生时的神话，赵与芮的母亲全氏说夜晚梦到神仙对她道：“帝命汝孙，然非汝家所有。”也就是说，上天虽然给你送来一个孙子，但却不能继承本家香火，言外之意自然是要成为别人的孩子。这显然是骗人的把戏，赵与莒、赵与芮兄弟均为全氏之子，完全不存在这样的问题。赵与芮的夫人钱氏曾梦到日光照亮黄氏居住的屋子，黄氏则说有彩衣神仙抱着一条小龙放到自己怀中，随后怀孕，度宗出生的时候，屋内有红色光芒发出。这些神话大概是度宗被选为皇子以后编造出来的，目的是为了向世人表明度宗继承皇位乃天命所定，这是历代以来，君权神授观念的必然结果。
由于赵禥的先天缺陷，当朝大臣多反对将他立为皇储。理宗为了说服大臣，甚至以完全虚幻的梦境来证明自己的想法是正确的，他说曾梦到神人相告“此（指度宗）十年太平天子也”。理宗此举表明，立储之事遇到了很大的阻力，只好采取这种无奈而带有欺骗性的手段。然而，理宗自己万万没有想到的是，自己说出的话竟然在若干年后成为现实，度宗后来果然做了十年天子，只是天下并不太平，而是兵荒马乱，民不聊生。
宋度宗继位时，虽然已经二十五岁，但孱弱无识，凡事对贾似道言听计从，晋升贾似道为太师，封魏国公。贾似道大权在握，还得便宜卖乖，隔三差五的闹着要退休“乞退”，就在1265年（咸淳元年）度宗皇帝即位不久，便故弄玄虚地上奏请求辞去相位，返回绍兴私邸“撂挑子”；同时，他唆使心腹大将时任京湖制置使的吕文德谎奏蒙军来攻下沱。宋度宗为了挽留这位权相，竟然流着眼泪和鼻涕对贾似道下跪挽留，而贾似道仍装作不为所动、去意已决的样子，真不愧是一位可以逢场作戏的表演天才！
贾似道欲擒故纵的无耻行径，激怒了同知枢密院事江万里，他劝宋度宗道：“自古无此君臣礼，陛下不可拜，似道不可言去。”由于贾似道对自己有拥立之功（吴潜曾反对理宗立度宗为皇储），度宗皇帝对贾似道每朝必答拜，言必称之为“师臣”，满朝文武也很会看脸色，皆呼贾似道为“周公”。