1248年，阿奎那返回了科隆，担任一名讲师，这一年也是他著述和公务生涯的开端。与诸多著名哲学家的共事经历，对阿奎那后来的发展产生了重要影响，将他造就成睿智的学者，并终身研究亚里士多德的哲学方法论。就连他的著作也广泛运用了亚里士多德的哲学范畴和逻辑方法，如其所撰写的最知名著作《神学大全》和《反异教大全》。
◎上帝是完美的
与亚里士多德的哲学相比，托马斯·阿奎那的哲学，虽与其一致，但有一定的独创性，这表现在他为了让亚里士多德的哲学更适应基督教教义而略微做了些改动。他不仅熟知亚里士多德的观点，还对其有深刻的理解。在这一点上，至少在他之前的天主教哲学家都做不到。
托马斯相信神学，并主张君权神授，即君权来自神权，国王的权力是由上帝通过教会授予的，教权高于王权。他认为上帝的存在并非可以不证自明的，但却也不是无法证明的。他认为证明上帝的最好方法，便是先排除那些不可能是上帝的东西，这个方法又常被称为否定神学。
在《神学大全》中，他提出了证明上帝存在的五个证据，这个理论又常被称为“五个证明的方法”：
上帝是简单的，并没有各种组成的部位，例如身体或灵魂或者物质和形式。
上帝是完美的、毫无破绽的。亦即，上帝与其他事物的差异便在于完美无瑕这个特征上。
上帝是无限的，即上帝并没有如其他事物一般有着实体上的、智能上的或情绪上的限制。但这个无限与体积或数量上的无限并不相同。
上帝是永远不变的，上帝的本质和特征是无法改变的。
上帝是一致的，上帝自己并没有多样的特征存在。上帝的一致性本质就如同上帝的存在一般。
在《神学大全》里，托马斯还讨论到了耶稣基督，他首先讲述了《圣经》里亚当和夏娃的故事，并且描述人类原罪的负面结果。他提出耶稣基督化身的目的是恢复人类的本质，协助人类移除他们身上“原罪的污染”。“神圣的智慧认为上帝应该化身为人，以这个单一而相同的化身改变人们并且提供救赎”。
同时，他还批评了当时许多对耶稣基督抱持不同观点的历史神学家。他指出耶稣是真的出自神授的，而不只是一个凡人。一个异教者认为上帝只不过是寄居了耶稣的肉身，托马斯则回复道上帝的完整乃是耶稣的存在所不可或缺的一部分。
不过，托马斯也曾主张耶稣具有一个真正的（理性的）人类灵魂。这个说法使得耶稣有了双重的本质，也使托马斯与阿利乌的理论产生矛盾。他还认为这两个本质是同时存在的，但在同一个人类躯体里却是可以清楚辨别的，这个说法又与摩尼等人的理论产生差异。
简而言之，“基督有一个与我们本质相同的真实躯体、一个真实的理性灵魂，但除此之外还多出了完美的神性”。也因此，耶稣基督是统一的、三位一体的，但也可以是多重的。
在托马斯来看，人类存在的目标是要与上帝结合并且建立永恒的联结。更具体地说，这个目标可以透过“乐福直观”达成，乐福直观代表的是当人了解到上帝的本质，因而获得了完美、无止尽的幸福的境界。
托马斯指出这个最终的目标也与人在世时的作为有关。个人的意志必须被指挥朝向正确的方向，例如慈善、和平以及神圣，他认为这是达成幸福的途径。托马斯以幸福的观念作为他有关道德生活的理论轴心。
托马斯探究的不是事先不能知道结论的问题，相反，在他还没有开始思考之前，他就已经知道结论了，而且这些结论都是天主教在信仰里公之于众的真理。他希望能为这些信仰的某些部分找到一些合理的论证，如果找不到的话，他会向启示求助。然而，众所周知的是，给已经知道的结论寻找论据是诡辩，而非哲学。
◎神学大全（节选）
我如今可以回答，有五种证明可以说明上帝是存在的。
第一个最显而易见的证据，是从运动得来的。这个世界上的事物是运动着的，这是事实而且是被感觉经验证明了的。但凡有运动的事物，一定是被其他事物所推动的，如果不是被其他事物推动的，那么就没有事物能运动，而推动者有运动则是现实的。所说的运动，也就是运动着的某物由可能性到现实性，而一物之所以由运动的可能变为有运动的现实，那是必须有现实运动的某物不可。比如，现实存在的热热的火，它足可以使木头由可能的热成为现实的热，这就是把它推动和改变了……要说明的是，如果没有第一推动者，便没有第二推动者，也就是如果没有手动杖，那就没有杖能动。因此，我们必须有一个不为别物所动的第一主动者，那便是人们所知道的上帝。
第二个证明的方法是从一个有效原因的意义得来的。我们清楚，在一些可感知的事物中，是有相生相继的有效原因的。然而不见得每一事物都有它本身的有效原因，这是不可能的，因为，一物绝不可能先于它自己。同时，这些有效原因之间的连续也不可能为无限性，因为在这些连续中，第一原因是中间因的原因，而中间因又是终极因的原因，不论这中间因是很多个还是只有一个。所以，原因一旦消失，那它的结果必定消失。也就是说，在那些有效原因中假使不存在第一个原因，那也就没有终极因和中间因的存在了。不过，要是这些原因无尽无穷地向上推去，那也便没有所谓的第一原因了，即不能有终极因和中间因的存在。这很明显是不正确的。所以我们也就必须假设第一个有效原因是存在的。
第三种方法是从偶然性和必然性来证明的。世界上有一些事物，是可以存在也可以不存在的，因为它们始终没有规律可循，来去无常，时存时灭，所以可能有，也可能没有。那么，这样的事物，也就不可能永远地存在，至少在某一时间内不可能永远地存在，那可能不存在的事物绝没有存在。因此，如果一切事物都有不存在的时候，那么世界上一定有一段时间什么都没有。但假使这个说法是真的，那今天就什么事物都没有了，因为没有的事物开始就存在，除非有其他事物推动它存在。假使世界上从来不曾有事物存在过，事物就不可能从开始就存在，而现今就成了一个全然虚无的世界了……
第四种证明方法是从事物里发生的程度来考察的，即这些程度必须为或多或少的真、善、尊贵等。我们之所以对所有事物多寡有所比较，仅仅是因为它们对巨大无比者而显现出的参差不齐而已。如某一事物较热，那是因为相对于最高热者来说的。所以世界上必有什么一定是最真、最善、最尊贵的，乃至最伟大无比的存在……
第五种方法是从万能的受支配来证明。我们发现有些事物，比如自然物体，即使它们什么知识都没有，但也一直朝向一个目的。它们貌似总是这样运动，得以完成最大程度的良好，这样的事实显然表明它们达到其目的是因为有意的，而不是因为偶然的。然而凡是无知识的事物都不会向着一个目的去的，除非是依赖于有知识和有理解能力的主人。这好比发射出去的箭，必依赖于弓箭手一样。所以世间必存在一个睿智的主体，让万物趋向它们的目的，这主体便是我们通称的上帝。
异端的反抗
◎教皇制的衰落
哲学、神学、政治和社会的大结合完成于13世纪。这一结合涉及许多因素，首要的因素就是以毕达哥拉斯、亚里士多德、柏拉图和巴门尼德等人为主的希腊纯哲学。第二个因素是伴随着亚历山大征服战争大量涌入的东方信仰。当时，与新柏拉图主义中的希腊因素结合在一起的新事物，是刚刚传过来的观念与实践。结合新的情况，希腊人也发展了一些能够与东方观点结合的新观点。
1204年，信奉天主教的拉丁人征服了拜占庭帝国，并一直统治到了1261年。之后，教皇失去了君士坦丁堡，从此再也没能收复过。法兰西、英格兰等国崛起后，教皇虽然多次击败了神圣罗马帝国，但这并没有给教会带来好处。
在14世纪的大部分时期，教皇在政治上被法兰西国王玩弄于股掌之中。但与富商阶级崛起和俗众知识增多相比，政治上的失意就太微不足道了。因为有学问的俗众使意大利北部那些富有的城市具有了独立自主的精神，他们很容易对抗教皇的权威。而此时的教廷变得更世俗化了，教皇也逐渐丧失了原本是给予他的权力和威望。
14世纪初，教皇波尼法爵八世提出了一个前任所有教皇都未曾提出的要求：天主教徒只要在罗马举行一种仪式，就可以获得大赦。随着这项制度而来的是巨额的财富，当然，这些财富中的绝大部分都进了教廷的腰包。在巨大的利润推动下，原先100年才举行一次的大赦年仪式，先后缩短到每50年和25年就举行一次。一般而言，人们把第一次举行大赦年仪式的1300年视为教廷开始衰落的时间。
1305年，红衣主教选立戛斯坎尼人克雷芒五世做了教皇。克雷芒五世是在里昂接受的加冕礼，之后他并没有去意大利，而是于1309年定居在阿维尼翁，在此后大约七十年时间里，教皇们都住在阿维尼翁。
在教皇克雷芒六世统治时期，发生了一件罗马人民寻求脱离长期住在外地教皇统治的事件。克拉·底·李恩济是这次事件的主要领导人。最终的结果虽然克雷芒六世最终战胜了李恩济，但教皇们发现，只有重新返回罗马，教廷才能有效地保住在天主教会的首要地位。因此，乌尔班五世于1367年回到了罗马，但在临死之前，他还是被意大利复杂的政治局面逼回了阿维尼翁。
后来，果断的格列高利十一世再次重返罗马，并控制了罗马的局势。格列高利十一世死后，在罗马派的支持下，意大利人普里亚诺继任为教皇，称乌尔班六世。但乌尔班六世并没有得到部分红衣主教的承认，为此，反对者又在阿维尼翁选立了另一位教皇，他是亲法兰西的日内瓦人克雷芒七世。
于是，长达40年之久的教会大分裂就此出现了。
为了结束大分裂，1409年，在比萨召开了一次以荒唐、可笑的结局结束的全教会议。在会上，乌尔班六世和克雷芒七世这两位教皇同时被废黜了，罪名是异端和分裂。之后，红衣主教们又选立了教皇约翰二十三世。这个约翰二十三世是个臭名远扬的地痞恶棍，因此，情况看上去比之前更让人绝望了。
在1414年时，新的全教会议在康斯坦茨拉开了帷幕。富有成效的是，这次会议结束了分裂的局面。全教会议于1417年选出了教皇马丁五世，这次没有遭到任何一派的反对。
在这段漫长和混乱的时期，有人以生平事迹和学说证明了这是教廷权威的衰落期，这个人就是威克里夫。
◎财产是罪的结果
威克里夫，是一个在牛津享有盛名的俗世祭司，他生于伦敦附近的一个大庄园里，长大后曾入牛津大学求学，后来担任了该大学巴略勒学院院长，但是时间很短。学识渊博、名噪一时的他，在52岁时获得了牛津大学的神学博士学位。听他讲学的人极多，这在神学教授中是难能可贵的。尽管他不是一位思想进步的哲学家，但一般认为，他是牛津大学最后一位重要的经院哲学家。
在哲学上他反对“唯名论”，提倡“实名论”。与亚里士多德主义者相比，他更像是一个柏拉图主义者。他认为上帝从不恣意发布命令；由于上帝有选择最善的义务，因此现实世界是唯一可能的世界。
威克里夫在五十多岁的时候，还信奉正统教义，但他所信奉的教义却被统治者定为异端——他同情穷人，憎恨富有的世俗僧侣，因此他也成为了异端。他最初抨击教廷的理由，无非是一些政治和道德方面的，与教义无关，后来在被迫之下，他才有了更加广泛的反抗。
1376年，威克里夫在牛津大学作“论公民统治权”的讲义，就此脱离正统教义。当时，他提出，享有统治权与财产权的只有正义，俗界政权有权决定教士是否可以保留财产。之后，他进一步提出，财产是罪的结果，因此僧侣必须放弃财产。除了托钵僧，其他的所有教士都被他的主张激怒了。因此，威克里夫受到了格列高利十一世的谴责，还被押往由主教们组成的法庭接受审判。然而，支持他的英国人勇敢地保护了他，他所在的牛津大学也反对教皇对威克里夫的谴责。
后来，威克里夫在改教活动上进展神速，著作极多。他认为，上帝的代理人是世俗国家的统治者，主教要服从于他们。教会大分裂后，他把教皇定义为敌基督者和叛教者，认为只有《圣经》是教会的法律，全体信徒是教会的中心。为了攻击教会的腐败，他偏离了《圣经》，从1382年开始，他将“武加大拉丁文圣经译本”译成英文，所以，有人说旧约多出于希立伏的尼哥拉之手；新约多由威克里夫执笔。他的文笔生动流畅，对英国文学和灵性上的帮助都有很大的贡献。
他还写了一本书，批评教皇的权柄、神甫的罪恶、拜圣人、卖赎罪票等，并批评“化质论”，即所谓神甫自认有权将圣餐之酒与饼祝福以后，直接化为基督的血与身体。因此触怒了坎特布里大主教，他在伦敦召开会议，将威克里夫所讲的道理定为异端。为此，威克里夫不能继续在牛津讲学，而他所派出的贫穷神甫们也都被逮捕。不过因为有牛津大学和英国众议院的保护与支持，威克里夫并没有因为他的见解与民主活动遭到更多的迫害，至少在1384年去世之前，他都没有被正式判罪。
威克里夫的门徒虽多，但后来都遭到迫害。在英格兰追随他的罗拉德派因为遭到迫害而完全覆灭了，但波希米亚的情况却非常好，他的学说一直流传到了宗教改革时期。
15世纪时，不仅教廷衰落了，政治文化也发生了本质上的异教性质的变化，人们逐渐遗忘了历经数世纪之久的禁欲主义，也不会再对旧的恐怖产生惊慌和恐惧的感觉了，因为新的精神自由已经发展起来了。