达尔文理论支持者说他们的理论有大量的“科学证据”，美国一些知名的杂志如“国家地理杂志”，“科学美国人”都是美国乃至世界非常著名的科普杂志，它也是达尔文的理论坚定的支持者，它经常发表一些文章告诉读者什么是那所谓的“科学证据”。
有一个理论说地震是因老鼠叫引起的。如果要证明这个理论正确，证据中最起码应该在有1)地震，2）老鼠叫，而且老鼠叫应该发生在地震之前，而不是地震之后。地震和老鼠叫的存在只是可能为证据的必要条件，不是充分条件。就是说即使地震和老鼠叫在一个实例中，此证据也可能不能说明如何问题。如果老鼠总是在叫，而地震只是偶尔发生，这个证据就没有说服力了。如果一个证据只有地震发生或只有老鼠叫，那么论证就无必要进行下去，它没有支持这个理论的必要条件。
即然要分析达尔文理论的“科学证据”是什么，我们一定知道这个理论的含义是什么。我在《达尔文理论和新达尔文理论》一文中已谈到达尔文理论本是关于新物种产生机理的理论，说的是一个新的物种是如何在原有物种的基础上出现的。达尔文认为变异和自然选择是因，新物种生成是果。所以如何一个“科学证据”要证明这个理论正确，其中至少有两点：1）自然选择2）新物种生成。有了这两点后，下一步人们才可以争论自然选择是不是新物种产生的原因。如果这两点只有一点存在，那么根本没有争论必要。这样的例子没有证明这个理论的必要条件；人们甚至不用理解这些例子到底说了什么，从逻辑上就知道它不对。我现在就找一些现代达尔文理论支持者常引用的例子，让读者了解这些例子到底是怎么回事。
1.古生物学（化石地质学）化石是保存在地层中的古代生物的遗体，遗迹或遗物。各类生物的化石，在地层里的出现有一定的顺序。但这只能说明生物不是一同来到世间的，每一个生物都可能有自己的祖先。人们不可能由化石来发现新生物产生的机制，不管新生物的到来是不是和自然选择有关，死去的生物都可能形成化石。即使发现的化石是所谓的“过度化石”，那也不过是说在两种已知的生物中还有另外一种生物，而不能说明这种新发现的化石是如何产生的。在这些例子中，人们只看到了新物种产生或进化的例子，而没有自然选择的影子。这样的例子根本没有支持达尔文理论的必要条件。
2.比较解剖证据比较解剖学用比较各个器官系统的方法，来系统观察、动物间的亲缘关系，进一步去寻找动物的进化规律和方向，是研究动物遗传与进化的重要。比较解剖证据是进化论的三驾马车之一。即比较解剖学、古生物学（化石地质学）、比较胚胎学（发育生物学）。
法国的居维叶（Cuvier）是比较解剖学的奠基人，于1801年出版《比较解剖学教程》，创立动物比较解剖学。他全面系统从事比较解剖学的研究，并确立了器官相互关联和器官的主次隶属性的规律。进化理论中重要的人物，俄国的B.O.科瓦列夫斯基（Ковалевский）解释马的进化就是比较用解剖学应用。
比较解剖学对找出动物间的亲缘关系有帮助，但人们无法从动物间的亲缘关系中找出它们产生的机制。动物间的亲缘关系只能告诉动物进化的途径，而不能动物进化的机制。就像化石，它并不能说明生物进化是由自然选择产生，这样的证据也根本没有支持达尔文理论的必要条件。
3.遗迹器官达尔文在《物种起源》和《人类由来》两部著作中提到了人身上几个“退化的器官”，认为它们是进化过程中的“遗迹”。所谓“遗迹器官”就是指过去某个时候，这些器官是生存所必需的，但随着时间的推移和环境的变化，它们的功能逐步退化或完全消失。
人们常常列举人体中有些器官看来似乎没有用处，例如：盲肠、扁桃腺、副甲状腺、尾椎骨等。进化论者认为这是人类进化的遗迹，这些器官过去是有用的，后来人类渐渐进化，那些器官就因无用而退化萎缩，成为残余的器官。
应该从三方面看这个问题，第一：那些器官是否因无用而退化萎缩？有人有不同意见：
“盲肠(Appendix)控制肠内一部份的植物纤维，并担任大肠组织的抗菌工作；扁桃腺(Tonsils)提供白血球细胞到咽头去消灭对人体有害的细菌；副甲状腺(Parathyroid Glands)负责调节钙和磷酸盐在血浆中的平衡作用；至于曾被人误以为是尾巴退化证据的尾椎骨(Coccyx Bone)，也在人体内辅助肛门括约肌(Sphincter)，帮助大肠排泄。”
第二：有什么证据是说人类的出始时，这些器官不是现在这样？有什么文字流下来这么说的？所以，器官因无用而退化萎缩并不是事实，而是假设或想象。
第三：即使“遗迹器官”是随着时间的推移和环境的变化，功能逐步退化或全消失而形成，那么也未必和达尔文理论中的自然选择有任何关系。由“遗迹器官”而得出自然选择靠的是丰富的想象力，是基于拉马克“用进废退”死亡的理论。
4.同源器官
根据百度百科的定义：“同源器官（homologous organ）指不同生物的某些器官在基本结构、各部分和生物体的相互关系以及胚胎发育的过程彼此相同，但在外形上有时并不相似，功能上也有差别。例如脊椎动物的前肢：鸟的翅膀、蝙蝠的翼手、鲸的胸鳍、狗的前肢以及人的上肢，虽然具有不同的外形，功能也并不尽同，但却有相同的基本结构，内部骨骼都是由肱骨、前臂骨（桡骨、尺骨）、腕骨、掌骨和指骨组成；各部分骨块和动物身体的相对位置相同；在胚胎发育上从相同的胚胎原基以相似的过程发育而来。”
“陆生脊椎动物的肺和鱼鳔也是同源器官。从胚胎发育来看，肺和鳔同出于胚胎期原肠管的突出；从进化上来看，两栖类的肺是从古代总鳍鱼的鳔演变而来。”
同源器官对认识生物可能由进化产生和进化的关系是如何，但看不到自然选择影子。
5.分子生物学研究自20世纪中叶，分子生物学的蓬勃发展，进化研究也进入了分子生物学时代。
并建立了一套利用核酸、蛋白质序列信息的理论和方法。基因组测序对若干生物领域重大问题的研究提供了重要信息，如遗传密码的起源、基因组结构的形成与演化、生物之间的关系。但生物之间关系根本不能说明生物进化是如何产生的。
6.耐药细菌产生耐药细菌的产生被广泛引用作为证据以支持达尔文理论的证据，它有两方面的错误。首先，耐药细菌不能被归类为一个生物物种，他们出现不是两性繁殖的结果。
物种是一个两性生物的概念，在微生物学中不同特点细菌被视为据有不同特点的菌株，不是一个物种。
第二，耐抗生素可由细菌自己的基因突变或带抗生素质粒感染的结果。细菌的基因突变和质粒感染可随时随地的发生，并与有无抗生素无关。细菌和质粒并没有思维能力，不知道富雷明发现了青霉素，也不知道莫可药厂发明了新的抗霉素，这种带抗药的细菌可能很早以前就存在。当没有青霉素时，这些带抗菌与其它菌一样，要通过和其它菌挣营养才能繁殖，因为它们很少，人们无法发现它们。但在应用了青霉素后，其它非耐药菌就会被杀死，而具有抗药性的菌株有大量的营养，很容易繁殖，使其数量大大地增加。
人们对达尔文的争论是新种的产生是否自然选择结果，而在这个抗药菌的例子里，死去的细菌并不是因为食物不足竞争不过而死去，它们是没有发生突变或没被质粒感染而被抗菌素杀死，是环境改变（加了抗菌素）后不适应的结果，和达尔文因自然资源不足产生的“自然选择”无关。
新达尔文主义者引为如此骄傲的这些例子只不过说明抗菌素使一些本来就存在的耐药细菌大大的增加，这个例子有达尔文所说的“自然选择”，但没有新物种生成，这样的证据又怎么能用来支持它的理论？
7.达尔文雀
太平洋赤道海域的加拉帕戈斯群岛上生活着一些地雀，在达尔文的著名旅行之后，这些地雀就被称为“达尔文雀”。美国普林斯顿大学的著名生物学家格兰特夫妇在《科学》杂志上报告说，在特定的生存竞争中，“达尔文雀”在两年内就发生了喙的形态变化。
格兰特夫妇多年在加拉帕戈斯群岛上研究地雀。这个群岛中的大达夫尼岛上生活着中地雀和大地雀，两种地雀都以蒺藜种子为主要食物。在正常的年份，两种雀都能找到足够的食物。但在2003年，这个岛发生了严重的干旱，大片蒺藜死亡，使两种地雀的生存环境恶化。到了2004年，岛上有150只大地雀，235只中地雀，但一年后只剩下13大地雀和83只中地雀。格兰特夫妇发现，存活的中地雀平均喙长由干旱前的11.2毫米变成了10.6毫米，喙内的平均深度也由9.4毫米变成了8.6毫米。他们认为在干旱发生时，喙形较小的地雀能吃到大喙地雀极难叼到很小的仙人掌种子。因此，小喙地雀更容易度过饥荒，格兰特夫妇认为这就是自然选择的证据。
1983年，那一年雨水特别多，格兰特夫妇发现存活的中地雀平均喙长比前一年的又变长了(Grant 1991)。即使所有地雀的都变成了短咀喙，也无助于证明达尔文理论。达尔文理论的关键是自然选择（即生物因食物缺少）的结果产生的新物种。而这个例子不过是说在自然环境的改变下，不同物种的比例改变了，或者是同一物种中不同形态个体比例的改变了，所有物种在环境变化前就已存在，那个是产生的新物种？所以这个例子中只有自然选择但无新物种生成。
8.桦尺蛾的工业黑化
桦尺蛾也被称做“斑点蛾”，分布在英国等一些欧洲国家，它们生长在满苔藓的树干上。桦尺蛾的工业黑化是指的是一种学名叫桦尺蛾的英国蛾子发生了“工业黑化”的现像。在英国革命之前采都的这种蛾，都是浅灰色的翅膀上带的一些斑点，这种颜色的翅膀与树干的很像近。蛾落在带苔藓的树上，不容易被它们的天敌鸟类发现。1830年左右，工业城市曼彻斯特的空气污染越来越严重，树干上的苔藓被煤烟染成黑色的了。其附近的蛾类的深暗色变异增加了，这种现象特称之为工业黑化。最初发生在英国，而后欧洲各地可见。
英国“工业黑化”被达尔文理论的支持者广泛引用，认为是支持他们理论的例子。实际上桦尺蛾对达尔文理论毫无帮助。达尔文理论的关键是自然选择的结果是新物种产生，而在“工业黑化”中，黑色桦尺蛾与英国斑点桦尺蛾在英国“工业黑化”就已经存在，“工业黑化”并没有产生新的物种，只是改变了同种不同颜色桦尺蛾的比例。
历史表明，错误的科学理论或伪科学的，都可以找出很多所谓的科学证据来支持他们。翻翻历史，可以看到马克思主义，纳粹主义，地球中心论，都有很多“科学证据”。
中国人有个寓言，叫疑人偷斧。古时候，有个乡下人丢了斧子，怀疑是邻居的儿子偷了。于是，特别留心观察那孩子的一举一动。没错，肯定是他！那孩子走路的样子，看人的神色，还有说话的表情，越看越像个小偷。不久，这人到山上挖土，找到了那把斧子。原来是他上次砍柴时忘在山上了。下山时，碰到邻居的儿子，他又留心看了看，咦？怪事，怎么神色、举止竟然没有一点小偷的模样了？【说明】这则寓言说明，主观成见，是认识客观真理的障碍。当人以成见去观察世界时，必然歪曲客观事物的原貌。
用科学的语言来解释这个寓言：许多所谓“科学证据”并不是客观事实，往往是人们对某种现象的解释。这种解释能不能成为“科学证据”取决于人们接受什么理论或假设，就是说理论或信仰决定“证据”。寓言中的人认为邻居的儿子偷了斧子(这是他的理论或假设)，也是他的信仰。他很容易找到“证据”，因为邻居的儿子作什么都可能是“证据”。走快了是，走慢了也是，说话声音高了是，低了还是。一个人要是认定自己的理论正确，那么到处可见所谓“科学证据”。
以上是我能想到的一些达尔文理论家们常常引用的例子，还可能有其他的例子，我没有谈到。读者通过这些例子可看出，新达尔文主义的证据都是一些疑人偷斧式的证据。
把本来只是新物种产生或只是自然选择的例子，就硬说新物种是由自然选择产生的。这就相本来只是听到老鼠叫或只是看到地震发生，就据硬说是老鼠叫导致了地震一样令人不能接受。而更令人们难理解的是，一百多年来，这些连逻辑都说不通的“科学证据”竟受了许多所谓的“学术精英”追捧，而且这些“证据”经常发表在世界顶级的学术杂志上。
参考文献
Grant，P.(1991).“Natural Selection and Darwin's Finches.”Scientific American(Oct.)：265“the population，subjected to natural selection，is oscillating back and forth with every shift in climate.”