自从达尔文发表《物种起源》一书后，生物进化就成了生物学，乃至整个科学中的热点。生物进化不仅仅生物学或科学范围的争论，它触及到宗教，社会，伦理，法律，甚至对两次世界大战都产生了一定的影响。生物进化一词在不同心中的人可能有不同的含义，大概可分为三类：
第一：从生命起源到今天的三十亿年中，不断地有新物种产生，同时也不断有旧物种灭绝；我们所看到的生物，并不是在地球上有生命时就存在。一个比较合理的自然而且科学解释是：每一种生物都可能有其生物的祖先，是由其祖先变化而来。这是生物进化第一种含义。也称宏观进化或大进化.它的证据比较多，主要来自化石，比较胚胎学，比较解剖学的研究。
第二：每一种生物的组成并不是一成不变的，所有生物个体都有自己的特点，如颜色，高度或速度不同。某些特点使它们享有超过他们的朋辈，或他们的朋辈并不具备的生存优势。例如，如果一个新的颜色为飞蛾提供了更好的伪装，那么有这颜色飞蛾容易躲过天敌的捕捉，活得更长，从而产生了更多的后代。经过一定时间，带这种颜色飞蛾的比例就会越来越高。但比例再高，这颜色飞蛾与没变色的飞蛾还是一个生物种，它们之间交配还会产生健康有繁殖能力的子代。这是生物进化第二种含义，也称微观进化，它的证据主要来生物地理学，分子生物学，这是科学事实，基本没什么争论，包括最保守的宗教人士。
第三：一个新物种的产生(宏观进化)是微观进化生物进化的结果，“物种的微观进化随时都在发生，变化可能导致物种形成，这就是新物种的起源”。这就是达尔文关于新种生成自然选择的理论，它是达尔文理论的皇冠或核心。这是生物进化第三种含义。它是讲生物是如何进化的，它的过程和机理是什么。生物进化机理还有用进废退、地理隔离、中性学说，等等。
根据现代新达尔文生物学家的观点，在大进化这个层次，一个新物种的产生至少要花上几万年的时间，尽管这个数字已比达尔文自己所预言的缩短了几千几万倍。可是如果真是这样，那人们是不应在有生之年看到新物种的产生，原因很明显，能活上百岁的人很少，离几万年差的很远。可人们看到大量新生物种，这些物种都在短时间内出现，可以说是一代生成。比如说动植物中大量的多倍体和由两性动物变成孤雌生殖的动物，都是在没有什么自然选择和地理隔离的情况下，新种一代生成；阿氏犬齿非鲫在不到20年时间里已经进化出两种截然不同的种类1；新的物种每年都会被大量发现，有年1.5至2万种。进化论者在网上最主要的战场是“论·起源”(talk.origin)，它有几页列出很多新种生成的实例，但它们没有一例能明确无误第说新种产生是通过自然选择，绝大多数都是多倍体的例子2；正好与达尔文自然选择成种的理论相反。
为了摆脱这种尴尬，新达尔文主义者改变了自己的说法，他们说自然选择是新种生成的主要机制，那些不要自然选择代的一代成种只是少数个例，这种解释就使新达尔文理论成了地地道道的伪科学。一个理论能否成为科学理论，主要是看它有无证伪性，即有无被证明错误的可能。我们可以看看这三种含义的生物进化有无证伪性。
第一种含义的生物进化是可以证伪的。如在五千万年前的地层中发现人的化石，则宏观进化便可证明为错。因这种情况不曾发生，所以它是正确的。第二种含义的生物进化是可以证伪的。比如人在迁徙的过程中，人的某些特点会产生一些适应环境的变化。比如说在纬度越高的地方，人的皮肤颜色越浅，可以多吸收紫外线。如人的皮肤颜色不随环境的变化而变化，那微观进化便可证明为错。
第三种含义的生物进化是不可以证伪的。证伪的方法是：如果能观察到任何一个新种产生是不需微观进化，便可证明为错。或者说观察到大多数新种产生是不需微观进化，便可证明为错。可人类目前能观察到的新种都是不需微观进化而产生一代成种。而达尔文理论通过自然选择产生新种的完全过程至少需要几万年，谁也看不见整个过程，也不可能看见。
生物进化的第三种含义才是达尔文理论的关键，而它又无法证伪。由于一般大众，甚至很多生物学家并不明白生物进化有三种明显的不同的含义。为达尔文理论辩护时，他们往往会以对第一种含义，第二种含义证伪的的例子，来为第三种含义（即达尔文理论）证伪，实际上是“张冠李戴”，“文不对题”。当然，可能有些达尔文支持者心中明白，但他们乐的将错就错；你若不知道我错，我又为什么自己讲出来？
达尔文不是第一个提出生物进化的人，欧洲人在世纪晚期以广泛讨论生物的演变，达尔文的自己的祖父和拉马克都发表过生物进化的专箸。达尔文自己最主要观点是自然选择的新种生成理论。没有它，达尔文对生物进化理论的影响就大打折扣了。
达尔文主义者和教会的保守人士常为过渡型化石争论不休，似乎过渡型化石就可证明达尔文理论自然选择的新种理论正确。这实际上是个误解。人们怀疑有过渡型化石的存在，是觉得在我们已知的生物进化链中，似乎还缺了点什么，在两种以知的生物中，还应该有一种或几种未知的生物存在。鱼类到两栖类的过渡型（总鳍鱼，鱼石螈）、两栖类到爬行类的过渡型（蜥螈）、爬行动物鸟和类之间过渡物种（始祖鸟），并不能告诉我们它是如何产生的。多倍体动植物难道不能产生自己的化石？这些化石不能成为过渡型化石？
科学辩论的一个最重要和基本的原则是明白我们在辩论什么。当我们辩论进化论时，是第一种含义的生物进化呢？还是第二，第三种含义的生物进化？第一和第二种含义的生物进化已为科学界，甚至宗教人士广泛接受，无甚可辩。反进化论者经常说进化不过是一种假说，是一种理论，不是科学事实。他们中很多数人并不否认第一种含义和第二种含义生物进化，他们反驳是指第三种含义生物进化不是科学事实。
它说：
《科学美国人》是美国最著名的科普杂志，它也是新达尔文理论坚定的支持者，“达尔文提出通过自然选择的进化论，当时的科学家为此展开了激烈争论，但依靠古生物学、遗传学、动物学、分子生物学及其它学科中的大量证据，进化论战胜了其它责难，逐渐确立。今天，进化论已经在所有领域取得了胜利当然，公众认识领域除外。”3美国公众不接受它，不正说明即使在科学界新达尔文主义占绝对优势，美国公众不宜被愚弄。
下面不是正文，而是网上的讨论，斜体字是网友的发言，正体是我的回答。
“说人一生不可能见证进化，事实上很多新物种的诞生是非常快的，一般的答案就是有快也有慢”不是我说“人一生不可能见证进化”，而是达尔文理论这样预言的。例如：Coyne Perry 是美国芝加哥大学教授，美国国家科学院院士，当代新达尔文理论重要人物之一。他在一本叫WHY EVOLUTION IS TRUE说到：“我和我的同事Allen Orr 估算，由一个原种到生成两个生殖独立的种，大约要10万到500万年。成种是以冰川速度形成的，那是说，除了个别的例外，我们不指望在人的一生能看到它的全过程。”
而实际上，人们看到大量的很多新物种的诞生，它们基本上都是一代产生，这和达尔文理论这样预言的相反，所以我的答案是：都是快的，没有慢的“假如一种动物突然出现了10种变异，一年内这些变异都可能生存，但是10年以后可能只有3种变异存在。这就是因为竞争关系，生存资源是有限的，这必然导致竞争，竞争导致优势物种繁殖，劣势物种消亡。这是基本逻辑，早就有了，而达尔文主要是证明了这一点。”
很明显，你不知道什么是达尔文理论。达尔文理论的变异是种内变异，而不是一次变异就出现新种。在达尔文看来，新物种要经过上千上万代的自然选择才能出现。而事实上，人们发现的新种都是一代产生，所以达尔文是错的。
染色体数量的改变，或染色体个数的增减。还有其他的改变，如易位，扩增，缺失，等都是一代完成。易位不可能一代易一点。易位后的个体如不能与原种交配生子，或子代有生殖问题，那这个个体就成为一个潜在的新种，如能同突变近亲繁殖，就是新种。
一切多倍体都是通过这条途径。科学的原则是“欧卡姆剃须刀”，越简单越好。我们已知HIV 是导致AIDS 的病因，就没有必要再为AIDS 病找其它的原因。我们如认可多倍体都是通过这条途径成为新种，为什么不假定一切两性新种都是由此途径完成？
举个例子，Drosophila simulans 和D.melanogaster 他们的染色体数目都是一样多的，而且除了及其个别的基因，都是共线性的。但是他们之间的后代要么不育，要么就干脆死翘翘。即使染色体数目都是一样多的，但其它的大突变也可能存在，如易位，扩增，缺失，等等，这些改变就当需要比较高级的染色技术才能发现。而在Dobzhansky—Muller 技术不成熟。即使现在，低于一百万个碱基对改变也不能通过染色体染色技术发现。只有通过全基因组序列分析才能发现。你所说以上两个果蝇如通过全基因组序列分析肯定能发现大突变存在。
你所说的基因频率的变化后产生新种，我以为是不对的。我认为一切新种都是染色体机构的改变，它可以是染色体数目的改变，也可是易位，扩增，缺失，等等。但并不是说染色体解构的改变必然产生新种。染色体数目的增减，易位，扩增，缺失都是一代而成。当染色体解构改变后，原种和新种的配子的染色体会产生联会紊乱，从而导致不育。