近20—30年来，主流生物学家开始接受缺乏中间化石这一事实，这主要和一个新的进化理论的出现有关，这个理论叫“间断平衡”。这个理论是1972由年由美国古生物学家N.埃尔德雷奇(Niles Eldredge )和S.J.古尔德(Stephen Jay Gould)提出后，他们认为生物进化或新物种的出现以跳跃的方式快速形成；新种一旦形成就处于保守或进化停滞状态，直到下一次物种形成。在事件发生之前，表型上都不会有明显变化；所以进化是跳跃与停滞相间。生物进化理论关键要解决一个新物种是如何产生的，不管新物种开始时是几个，还是成千上万个，它们是如何开始的，这正是进化理论要解决的问题。而“间断平衡”根本没谈的这个根本问题。严格说来，“间断平衡”理论并不能算一个进化理论，它只不过说：与其掩饰不如直面，我们不必去找什么过渡型的化石，本来就不应该有什么过渡型的化石，化石就应该是间断的。“间断平衡”是为找不到过渡型的化石提出了一个解释，但它最重要的缺陷是没有一个合理的生物学机制阐述为什么生物会以跳跃与停滞的方式进化？主流的达尔文理论不是说生物应该是以渐进的方式吗？所以“间断平衡”只是在其它所有的想象，如用进废退、自然选择，地理隔离、中性学说等都不能令人满意后，增加了另一个令人充满疑惑的想象。
恩斯特.迈尔是所谓地理隔离理论的创立者，“间断平衡”理论提出后，他看到这个理论能令他的地理隔离理论带来新的机会。他提出大多数新种是从父种地理分区边缘上被隔离的孤立小种群中形成的。但正如我在前一篇文章《迈尔和他的理论》中所说这根本就是个不符合逻辑的想象。
“间断平衡”与传统的进化论区别有三：
①传统学说强调进化是物种在自然选择下的渐进演变过程，在时间（纵向）性状演变（横向）坐标上呈斜线的形式；间断平衡论则认为进化是突变与渐变的结合。强调大多数物种的形成是在地质上可忽略不计的短时间内完成的，这个迅速的过程叫种形成。物种形成后，在选择作用下发生的十分缓慢的变异，叫线系渐变。
②传统进化论认为进化量(即生物种系在一段时间内的性状演变总量）是渐进变异逐渐积累的总和，线系渐变是进化的主流；间断平衡论则认为虽然渐变也可造成变异，并积累形成新种，但其在总变异量中所占份额很小，种形成才是进化的主流。
③间断平衡论强调变异的随机性和地理隔离对种形成的必要性。它认为形成新种的原料是个体突变，突变是无定向的。只要对适应无害(中性)，就可能闯过自然选择这一关而有可能形成新种。它又强调大多数新种是从父种地理分区边缘上被隔离的孤立小种群中形成的，因为在这孤立种群中产生的突变，不致因基因交流而失去特性，其中多数虽被淘汰，少数仍能被选择保留下来而形成新种。