什么是海洋生态系统？要了解这个问题，首先得知道什么是生态系统。生态系统是一架活机器，有结构，有功能，它是指在一定的空间内，所有的生物和非生物成分构成了一个互相作用的综合体，这是一个动态的系统。在这个动态系统中有物质的循环，有能量的流动，犹如一架不需要人操纵的自动机器，自然而然地运转。
对于海洋生态系统来说，生物群落如相互联系的动物植物、微生物等是其中的生物成分，而非生物成分即海洋环境，如阳光、空气、海水、无机盐等。海洋环境又可划分为大小不一的范围，小至一个潮塘，一块岩礁，一丛海草；大到一个海湾，甚至整个海洋。
这些生态系统机器虽然大小不一，但都有相似的结构和功能，即有物质的循环，有能量的流动。举一个在海洋中最普通的例子：大鱼吃小鱼，小鱼吃虾，虾吞海瘙，瘙食海藻，海藻从海水中或海底中吸收阳光及无机盐等进行光合作用，制造有机物质，维持着这个弱肉强食的食物链。
但海洋环境中的无机物质又来自何方？这就靠那令人生厌的“分解者”——微生物将大鱼、小鱼、虾、瘙及藻的遗体分解掉，使其回归到周围环境中去。从哪里来到哪里去，这就是生态系统物质循环的一般规律。在这个生态系统中，包括三个成员：无生命的海洋环境（物质和能量），生产者就是海藻等植物；消费者，不管是大鱼、小鱼、虾还是海瘙，它们都不能自己制造有机物质，而只能靠捕食为生；再就是分解者了，主要是微生物，它们是辛勤的“清道夫”，如果没有它们，海洋恐怕用不了多长时间就会被动植物的排泄物或遗体填满了。在这个物质循环链中，缺少哪个环节都不行，它们相互依存，相互制约，相克相生，真是“一荣俱荣，一损俱损”。
现在日益严重的海洋污染已严重威胁到海洋生态系统的平衡，赤潮的频繁发生，“死海”的不断出现就是如山铁证。
物质可以循环，而能量却不能循环。它只能从一个环节流向另一个环节，而且只能是单向的，没有回头路。
在上一环节与下一环节之间，将有大量的能量以热能形式等散失掉，只有约10％的能量从上一级传到下一级。
在海洋生态系统中，这个10％可以升高至22％～25％，但能量的递减是不可避免的，这可用“生态金字塔”来形容。塔基是广大的劳动群众——生产者，如海藻，它从海水中吸收太阳辐射能，将之转化为这个生态系统的能量基础，所以说海洋浮游植物是整个海洋生态系统的基础。事实上陆地生态系统也是如此，但最终驱动整个生物圈生态系统“活机器”运转的动力却来自太阳辐射能，塔基以上都是不劳而获的掠夺者。但它们之间却充满了弱肉强食的战争，位于塔尖的往往是数量极少，形单影只的最高统治者，例如一条大鱼——鲨鱼。
海洋生态系统的物质循环和能量流动都是一个动态的过程，在无外界干扰的情况下，就会达到一个动态平衡状态。因此，过度地开采与捕捞海洋生物，就会导致一个环节生物量的减少，这也必然导致下一个相连环节生物数量的减少。如此环环相扣的食物链上，一个环节的破坏，就会导致整个食物链乃至整个海洋生态系统平衡的破坏，反过来，就会影响捕捞产量。近年来由于鱼虾等水产品的过度捕捞，破坏力超过了生物的繁殖力，使鱼虾等难以大量生存繁殖。这就是今年南海休渔的原因之一。另外，海洋污染是海洋生态系统平衡失调的一夫“罪魁”。海洋遭受污染时，首先受到危害的就是海洋动植物，而最终受损的还是人类自身利益。