但智顗投奔大苏山，对他成为宗教理论领袖来说，无疑是重要的转折。南北朝时期，佛教也形成了南北两种不同的特点。南朝佛学重视思辩，而北朝佛教重视躬行。佛教的理论发展需要思辩和躬行相统一，需要扭转南义北禅的局面。而北朝禅师慧文、慧思本身也在禅法中吸纳般若学内容。灌顶说慧文的禅法“一依释论（即《大智度论》）”。慧文曾把大品般若开头所说“修习道种智、一切智、一切种智”归为“一心中得”。这种思路影响了慧思，慧思将慧文结合禅法与《般若》经的做法发展为结合禅法与《法华经》。他认为只有以心法为基础才能讨论诸法实相，心法可以分为根本心识和枝条心识二类。六识为枝条心识，是心之相，六识的本体为根本心识，是心之性，亦称如来藏。慧思的这种说法，很可能代表当时一部分习禅者的心识观，也体现了他们根据各人亲身体验来沟通佛法大系的努力。但这种做法也很容易引起保守原有禅法传统的反对。达磨的弟子慧可和慧文的弟子慧思的禅法在北方先后受到排挤，就是因为他们的创造性破坏了原有禅法传统。
智顗来到大苏山，有幸师从了北方富有创造力的禅师之一——慧思，这一方面使他有条件弥补南方和尚禅法实践经验的不足，另一方面也有利于他为条理佛学体系找到一个切实的基点。灌顶描绘智顗拜见慧思后的情形说：
慧思在了解智顗的志向和心得后感叹地说：我跟你就像在数世以前同听佛祖讲《法华经》一样，对于佛法真理的探求的心情是非常相契的。于是他将自己的禅法体会教导给了智顗。智顗根据他的指导，不分白天黑夜，研习《法华经》，切柏代香，柏尽继之以粟，卷帘进月，月没燎之以松。诵至《药王品》，身心豁然入定：遂修禅法。
还照《法华》，经典中的理论无不通达，诸法的实相无不明彻，如高辉之临幽谷，似长风之游太虚。
智顗很快就掌握了慧思的方法。当他把自己的体验向慧思禀告时，慧思更为开演，“大张教网，法目圆备，落景谘详，连环达旦”。慧思又向他展示了一个以心法为基点的佛教诸法体系。智顗内心的兴奋可想而知。他突然觉得缠扰在他心中的许多问题都已迎刃而解，而他以往的心得体会又都得到了恰当的证明。他遂更加用功，不久，就取得了非凡的进步。“问一知十”，“观慧无碍，禅门不壅、宿习开发，焕若华敷”。连他的业师慧思也感叹地说：“这种境界除了你以外不可能有人这么快就能够证得，除了我以外也没有人能够真正认识到你现在进步的程度。你现在已经获得了法华三昧前的方便，纵使有千千万万的经师，来跟你讨论佛法，你也不要担心，你现在能够在说法人中取得第一的地位。”
在大苏山，智顗向慧思学习了大约八年。慧思对他的进步非常满意。其中有很长一段时间，智顗代替慧思向信徒开讲，除了个别义理尚需向慧思请示之外，其它都可以自裁。慧思有时也去听智顗讲经，听了曾经高兴地说：“可谓法付法臣，法王无事者也。”智顗曾经师从的慧旷律师也来听讲，对智顗也非常推重。
大苏山八年苦修对智顗后来创立以《法华》为中心的天台宗学说，起了决定性的影响。
三 金陵传道初试锋芒
公元567年，慧思决定从光州前往湖南，入住南岳。
在临行前，他对智顗说：我很早就有到南岳衡山修禅的愿望，一直担心我的禅法没有人可以继承。现在你已经得到了其中的大概，很符合我的本愿。我打算去南岳，你不必跟随，只要按照我的禅法随缘化物、培养后代就行了。千万不要让我的禅法在你身上就断绝流传。次年（568）慧思带了徒众四十余人前往湖南，入住南岳，在那里继续提倡修禅。在陈地得到大批信徒。陈主也迎他到陈都建业，住栖玄寺，讲《大品般若》。他很感慨当时南地佛学界偏重理论，轻视禅观，于是双开定慧两门，日间谈理，夜间修禅，同时讲说禅波罗蜜。陈主尊他为大禅师。倾动一时。后又还住南岳，继续传授禅法。陈太建九年（577）卒，计在陈传道共十年。
智顗既不得随慧思入住南岳，遂同法喜等二十七人一同东下，到达陈都金陵传弘禅法。当时陈文帝刚死，其子陈伯宗继位，是为陈废帝。其后三年（569），文帝弟陈顼废伯宗自立，是为宣帝。智顗在当时选择了陈的都城作为宣传禅法的首要目标，可能是慧思与他师徒二人精心考虑后的结果。他们师徒所创立的禅法要融汇义理与实践，这不符合北方禅僧的传统。而北周武帝宇文邕于公元560年即位后，表面上“常自晦迹”，不露声色，实则已经酝酿抑制佛教发展的政治气氛。他常常提倡儒学，与佛道二家讨论佛道二教的弊端。相对来说，陈政权此时还保持了相对稳定，同时又有比较普遍的佛教义理素养，很适合融禅理为一体的新禅法的传播。当然选择陈国，智顗或许难免也有一些感情上的纠葛。陈文帝毕竟是削平支助智顗出家的王琳势力的人，他的父亲陈霸先还曾经取代了智顗父亲陈起祖曾经为之奋斗过的梁政权。但智顗一想到萧绎（梁元帝）的龌龊行为，他被杀和梁的灭亡也许是罪有应得，他的父亲陈起祖和故旧王琳只不过是促成佛教最高真理显现出来的法缘，是条件之一。而且陈文帝逼进湘州，还促使他有缘拜见慧思，使他朝佛法真理大大迈进了一步。一想到这些，智顗感情上的纽结就随而解开了。
在公元567—569年的三年（智顗29—31岁）间，智顗与法喜等人的传法工作逐渐取得很大进展。也许是人微言轻，也许是理论过于高超，总之，在他们刚到金陵时，“知音者寡”。但经历了三次事件之后，智顗的名声开始远播。
第一件事是老僧法济问禅悦。法济自矜为南朝禅学栋梁，他问难智顗说：“曾经有一人人定，感知摄山发生动震，并知道僧诠已经谢世，这是何种禅？”智顗回答说：“这是边定不深，邪乘暗人，如果这样修禅，必定没有好结果。”法济听后惊叹地说：“我自己曾经修习得到这种本领，曾向灵耀则公说起，但则公不能解释。说了之后我再也没有这种功能。今天我真是听到了从没有听说过的东西，你不但真正了解法相，而且还能照见人家领悟佛法所达到的地步。”于是他把此事告诉了他的从侄何凯。经何凯的传播，智顗声驰道俗，向他请教的人开始多起来了。
第二件事是与大忍法师在蒋山论道。大忍法师是梁陈两代有名的义学师匠，他一般不与人交接。有次他与智顗在蒋山讨论佛法，两人观慧纵横，大忍涵润经论、左右逢源，智颤随机设对，词锋犀利。听众如醉如痴，慨叹闻所未闻。大忍感叹地说：“智顗的论点并不是从文疏中导出，而是随机应变。看来他确实对佛法有心得，才会使他对佛教的理论问题都能洞知其要害。他的这种做法是符合般若空观的方法原理的。我能在与他的辩论中得到启发，使我老疾而忘疲，真是有幸。”大忍的这番评论又使智顗的声誉进一步提高。不但有人向他请教，还有人想请他主持某些佛教胜地。连仆射徐陵，亦对他毕恭毕敬，“资敬尽节，参不失时序，拜不避泥水，若蒙书疏，则洗手烧香，冠带三礼，屏气开封，对文伏读，句句称诺。”
第三件事是与慧荣、法朗弟子辩佛法于瓦官寺。小庄严寺慧荣对智顗很不服气，与他公开辩论。他提出了许许多多复杂的教义问题，但智顗一一予以回答。慧荣深感智顗思维的敏锐。由于内心紧张，一不小心，手中的羽扇也落到地上。法岁法师当时与慧荣坐在一起，拍着他的背说：“你从来就是佛教理论界的权威，现在却如同降伏的驯鹿，你的羽扇都掉到地上了，我看你用什么东西来遮羞？”慧荣回答说：“我这次是因为轻敌失势，我还不至于窘到像你所说的那个地步。”在与慧荣辩论后不久，兴皇法朗派了他的得意弟子来与智顗讨论佛法。
兴皇法朗长期研究般若空观，是富有成就的佛教专家。
智顗与法朗弟子的讨论达数十天之久。但最后还是智顗获胜。法朗的弟子留在瓦官寺，跟智顗学禅法。
智顗在金陵初试锋芒，证明了他的业师慧思对他的看法是正确的。在辩论中，智颚不完全按照经典文疏，而是根据自己的修禅体会来整理佛教教义，而他所说的观点连那些饱读经典文疏的佛教理论权威都挑不出什么毛病。这充分说明佛教教义的发展不能完全依靠从文字上找根据，还必须有理论家们的自我体验。在驳倒一系列佛教理论权威的过程中，智顗依靠的是他在慧思那里学得的禅智。由于智顗融禅定与义理为一体，他所谈的佛法自然给人们留下了这样的印象：他是一位学行如一的高僧，不是一位空头理论家。人们崇拜他就十分自然了。
公元569年，智顗三十一岁，陈宣帝夺得了帝位，并开始经营夺取淮南的计划。大约在这时，智顗的声望上达宸听，陈宣帝开始注意这位和尚。当娶陈武帝会稽长公主的沈君理请智顗到瓦官寺讲《法华经》时，陈宣帝诏令停一天朝集，让群臣去听智顗讲经。在这次讲经中，听讲的有仆射徐陵、光禄王固、侍中孔奂、尚书毛喜、仆射周弘正，这些人都是朝廷公卿之首。这么多的人去听年轻的智顗讲经，真是气势非凡。
陈宣帝是位有一定抱负的皇帝。但他经营淮南时犯了一个严重错误。为打击北齐，北周也有联陈的愿望。
陈宣帝没有认识到北周利用陈王朝出兵淮南牵制北齐进而吞并北齐的用心，于太建五年（573）开始北伐，于公元575年大败齐兵于吕梁（今江苏徐州市东南50里），尽复淮南失地。因为陈宣帝的主观要求就是划淮而守，北伐并没有继续。而北周武帝却伺机出兵，于公元576年消灭北齐，统一了中原，这时陈宣帝再想争夺徐州、兖州，自然就与北周形成对立，北周与陈的武装冲突已经不可避免。
智顗在公元569—575年陈宣帝的这段难得的升平时期里，兢兢业业地向各类信徒传授禅法。他主要讲《大智度论》和《次第禅门》。但传法活动表面上轰轰烈烈，实际上收效不大。据说起初在瓦官寺只有四十人坐禅，有二十人得法，其后有百余人坐禅，二十人得法，其后有二百人共坐，只有不到十人得法。越到后来，跟随智顗学习的人就越多，但得法的人却更少。智顗也许感到金陵太过繁华，升平之世人们往往感受不到人生意义这一问题的迫切性，使人们不能认识到安定生活中所隐藏的危机。在太建七年（575）陈收复淮南这一表面上的鼎盛时期，智顗决定自行化道，到偏远的天台山“息缘兹岭、啄峰饮涧，展平生之愿”。金陵的皇帝和百官都百般挽留，但智顗还是毅然直指东川。这年智顗38岁。
四 沉潜天台再求精进
太建七年（575）秋九月，智顗来到了天台山。天台山在今浙江省天台县内。当时已有一些禅僧在此修炼。
当智顗同慧辩等二十余人来到天台山时，受到了定光禅师等人的热烈欢迎。
智顗在天台山一住十年，直到陈后主至德三年（585）才离开天台重新回到金陵。
在天台的十年间，智顗先后做了许多事情。首先是他闭关苦练，在禅定上有了更高的境界。天台山上有一峰叫华顶峰，地势非常险峻。智顗一到天台，就离开跟随他的徒众，独自来到峰顶，进行苦修。夜晚，他听到大风将树木拔起的声音，又感觉到惊雷震动了山脉，各种各样的魑魅呈现在眼前，比降魔变文中所绘图画状魔鬼还要可怕。但智顗湛然安心，而逼迫之境也自然散失。他体验了在孤寂的山顶独自一人面对诸法逼迫的感受。但当他克服了心中对于恶法的恐惧时，他死去的父母和同伴又勾起了他对人间温暖的回忆，他感受到人间温情的强烈牵引。但智顗深念实相，体达本无，最后他又彻底超脱了对人世温情的执著。智顗的这一经历使他在苦行中成熟起来。如果说在慧思那里，他学会了如何将自己对于佛法的研究与自我体验结合起来，那么，这时他是用整个身心来面对整个现象世界。他将自己的修行与实际生活融为一体，超越了一切矛盾与对抗。他感受到了从来未有的轻松。据说他在华顶修头陀苦行既竟，回到他在天台所建简陋的伽蓝，“风烟山水，外足忘忧，妙慧深禅，内充愉乐”。
天台山的禅修生活起初是比较艰苦的。由于地势僻远，交通不便，加之收成不好，僧众有的还要外出乞讨。
智顗与慧绰种植苣笋，拾捡橡栗，并没有感到贫困和忧戚。后来陈宣帝知道了这一情况，遂于太建九年（577）下诏说：
智顗禅师，佛法雄杰，时匠所宗，训兼道俗，国之望也。宜割始丰县调，以充众费，蠲两户民，用给薪水。
陈宣帝将始丰县的赋税拨给智顗，又命两户民为智顗提供劳务，从此天台山的禅修才有了比较充实的物质保障。智顗于是在陈郡袁子雄的资助下开始建构禅寺，禅寺于太建十年（578）建成。经左仆射徐陵的启奏，陈宣帝又敕给了“修禅寺”的寺名。
智顗在天台山对于自己二十余年的宗教实践和宗教理论进行了初步总结。可能在天台山修禅寺比较清净的环境里，他口授或撰写了《六妙门》、《修习止观坐禅法要》、《禅波罗蜜次策法门》。
《六妙门》是现在能够见到的智顗的最早的著述。