“先生可有破敌之计？”方孝孺建议说：“燕王的兵长时间停留在大名，天气很热再加上下大雨，就是不打仗一定会很疲惫。应该急令辽东的各位将领带兵人山海关攻打永平；真定的各位将领渡过卢沟直捣北平，燕王必然回兵救自己的老家。我们再从后面追击，我想会一战成功。现在，燕王的使者正好在这里，你先给燕王写信稳住他，争取时间。等到我们的计划开始实施，离胜利就不远了。”惠帝一向对老师言听计从，今天一听老师的分析很有道理，就让方孝孺抓紧草拟诏书，派大理寺少卿薛嵒去燕王那里传旨。旨意的大意是：只要燕王罢兵，打仗带来的责任不予追究。又把旨意制成数千份，准备散发到众位将领手中。等薛喦到了燕王的行营，吓得连皇帝的圣旨都没敢拿出来。后来，燕王问他来做什么，他才把圣旨递了上去。燕王一看，根本不予理睬。
公元1402年，燕王的军队在淮北遇到朝廷军队的抵抗，打得十分激烈。五月，吴杰、平安、盛庸发兵骚扰燕王的粮道，燕王派遣武胜上书，请撤销吴杰、盛庸等人的职务，自己就退兵。惠帝一听就动了心，就要答应这件事。方孝孺苦口婆心地劝说道：“一旦把这几个人的职务撤了，兵力就会撤去。撤了以后，再想聚到一起，那时就晚了。燕王这是缓兵之计，千万不要相信他。”
这一次，惠帝下了决心，把武胜杀了，表示要和燕王打到底，决不妥协。
看着燕王久久难以取胜，有些将领也主张暂时撤兵，燕王说：“我们已经没有退路了，只能进，不能退。”不久，燕王军成功地截断官军的粮道，发起突然袭击，惠帝的官军大败。又过了几天，燕兵攻陷沛县，抢到不少财物，又把惠帝运粮的船烧掉。当时河北的军队没有发挥什么作用，而德州的粮道又被燕王断绝。方孝孺看着形势的发展对惠帝不利，深深地感到担忧。他想了多时，想出了一个主意。燕王的大儿子性情仁厚，第二个儿子狡猾，受到燕王宠爱，所以第二个儿子曾经想夺取嫡传的位置。
现在，我们可以离间他们兄弟两个，使他们内乱。想好以后，就给惠帝提了个建议，派锦衣卫张安赍带着皇帝的亲笔信往北平，交给大儿子。没想到，燕王的大儿子接过书信以后，根本就没有打开，就派人送到燕王的军中。于是，离间计宣告破产。
从这件事上面，燕王越发看到了惠帝的心虚，就加大了进攻的力度。第二年五月，燕王的军队势如破竹，攻到了长江北岸。惠帝下诏征四方的军队前来救援。方孝孺说：“现在形势危急，应派人前去讲和，答应可以割地，拖延几天，从东南调集的军队会逐渐地赶过来。燕王的军队不善水战，假如在江上打仗的话，也许我们会取胜。”惠帝派庆成郡主前往燕王军中，代表惠帝谈判，燕王一心一意攻下京城，根本不听这一套，客客气气地送走郡主以后，命军队继续攻城。惠帝见所有的方法都不起作用，就命令众将在江上集结水军，准备迎击燕王的进攻，与燕王作最后的决战。水军将领陈碹看到惠帝一方大势已去，知道抵抗不了多久，就带领战舰投降了燕王，于是燕王的军队不费吹灰之力就渡过了长江。
惠帝看到大势已去，万念俱灰。有人劝他移驾别的地方，以图东山再起。这时候，方孝孺劝说道：“现在，援军正在从四方赶来，或许我们还没有走到最后的关头。陛下身为万乘之尊，如果弃城逃跑，那么将士们更是无心恋战，国家社稷将毁于一旦。即使是援兵不来，陛下当为社稷而死。”惠帝有感于老师的一番话，抱定了必死的决心，坚决与燕王决战到底。
过了几天，守城的大将李景隆开城投降，京城终于被攻破。听到这个消息，惠帝心知一切都完了，就和皇后、宫女们放火把皇宫点着了，****而死。燕王带兵进城，只见皇宫浓烟滚滚、烈焰腾腾。燕王赶快命人把火扑灭，已经有不少人葬身于火海之中。他查问建文帝的下落，有人报告说，大军进城之前，听说惠帝和皇后都跳到大火里烧死了。这时，方孝孺等大臣们早已束手就擒，被关押到监狱中。
燕王朱棣即位，就是明成祖。公元1421年，明成祖迁都北京。从那时候起，北京就成了明朝的京城。
读书种子慷慨赴死
朱棣登基以后，要把“奸党”一一审问。一些名气不大的，作为皇帝就不再过问了。但是，他早就听说方孝孺的大名。在他起兵南下时候，他的军师姚广孝专门嘱咐他：“在南方，有一位名士，名叫方孝孺，向来品行端正，才学盖世。当陛下以武力攻下京城的时候，以他的性格，一定不会降服。请您一定不要杀了他，假如杀了他之后，天下的读书种子就灭绝了。”朱棣说：“我虽然出兵攻打京城，不过为了清除皇帝身边的奸党，就算是当今皇帝拼死抵抗，不幸被杀的话，我也不会把读书人怎么样的。你说的方孝孺既然如此了不起，我一定会给他机会，争取他能为我所用。怎么能杀他呢，请先生放心。”
这一天，朱棣特别嘱咐，对方孝孺这个人一定要尊重，不能伤害了他。现在，我要让他为我起草诏书，这样，天下读书人就更能信服我朝。于是，他手下的差官赶忙到刑部大牢里，把方孝孺接出来，给他换上干净的衣服，让他吃好喝好，恢复一下体力，告诉他皇帝有大事要召见他。
方孝孺被人用轿子抬到金殿台阶之下，又被人搀扶着走进大殿。他满脸的不屑，走到皇帝的对面，也不说话，把头一扬，一副视死如归的样子。朱棣看到方孝孺这副样子，也没有跟他计较，努力稳定了一下情绪，强压怒火，向方孝孺说：“久闻先生大名，今日一见，果然气度不凡。”说着吩咐人搬来一把椅子：“请先生坐下讲话。”方孝孺也不答话，一屁股坐在椅子上。皇帝毕竟是有涵养的，就接着说：“先生才华盖世，我有意让您继续为国效力，不知先生意下如何？”方孝孺说：“我既然已经被擒，就抱定了必死的决心，你不必多费口舌，我是不会答应你任何要求的。”这时朱棣站起身来，走到他的身边，尽量用柔和的语调说：“先生何苦跟自己过不去呢，我只不过想学周公辅佐成王罢了。”朱棣不说这话还可以，一说这话方孝孺就更生气了。他熟读经史，周公辅佐成王的事他一清二楚。传说周武王建立了周朝以后，过了两年就病死了。他的儿子姬诵继承王位，就是周成王。当时，周成王才十三岁，刚建立的周王朝还不太平。于是，武王的弟弟周公旦辅佐成王管理国家大事，历史上通常称为他为周公。周公全心全意辅佐成王，煞费苦心，平定了不少叛乱。周公辅佐成王执政七年，到周成王满二十岁的时候，周公把政权交给成王。今天听朱棣这样说，就怒气冲冲地反唇相讥：“你说你学周公辅成王，如今成王在哪里？”言外之意就是说：不要再胡说了，成王都叫你逼死了，你怎么学周公，真是天大的笑话。朱棣一想，这不怪我呀，于是就对方孝孺说：