杨涟等六君子入狱后，拒不认“罪”，遭受酷刑，没几天便个个驼了背、瘸了腿；头发尽落、胡须皆白；衣衫之上浓血如染。分析如此下去早晚会被打死，不如先假意承认以拖延时间，万一哪一天皇上忽然明白过来，岂不是可以重见天日，反戈一击？于是六人一齐认罪。
许显纯立即按照他给各人规定的贪污数目如数“索赔”，限定各人的家属每五日须交纳“赃银”四百两。六人都是清官，自己又身陷囹圄，他们的家人能从哪里筹措到这许多银两？钱不能如期交纳，人就得如期挨打——魏忠贤捉他们来的根本目的不是要钱，而是要命。
六君子之中，杨涟和左光斗最为魏忠贤所恨，杨涟常常一日就要受到械、镣、棍、拶、夹棍五种刑罚，每次受刑之后，都是血肉溃烂，趴在地上如死人一般。每念及自己饱读诗书、满腹经纶、为国家鞠躬尽瘁，到头来却因为得罪了一个太监竟落到如此地步，这位身历三朝的顾命大臣心如刀绞。悲愤之余，他告诫来探监的家人说：“你们日后要好好侍奉老人、像百姓一样安稳度日就行了。再不要读什么书、求什么功名！”这年七月十五，杨涟在诏狱中度过自己五十四岁的生日——这也是他最后一次过生日了。看着互相搀扶着来向自己道贺的同案犯身上的累累伤痕，杨涟忽然明白大家是无法活着出去了。从这一天起，杨涟一面每日猛灌凉水以求速死，一面醮着伤口中不断涌出的鲜血密写肺腑之言以期死后“尸谏”圣上。但是魏忠贤却不愿如此便宜他，命令特务们加紧用刑，杨涟在七月二十四日被折磨而死。
杨涟的千字血书，也被许显纯付之一炬。杨涟死后，许显纯奉命继续追“赃”，抄杨涟一千两银子。杨涟的母亲和妻子因家产被抄栖宿于城墙上的望楼之中，全家靠两个儿子乞讨得来的食物度日。
左光斗这个曾经令贪官恶吏闻风丧胆的忠铮御史在诏狱受刑之时竟然发出婴儿哭叫之声，所受刑罚酷烈！
左光斗有一得意门生名叫史可法。为恩师的安危担心，一心想见恩师一面，就冒着生命危险以重金买通一个狱卒以化装成清洁工混入诏狱。来到左光斗牢房后，史可法与恩师不敢相认，此时的左光斗已是面额焦烂，并且左腿自膝盖以下已筋骨尽脱。尽管惨状如此，左光斗闻听学生来探，还是用手指拨开覆盖在双眼上的烂肉，厉声地对史可法说：“这地方你竟敢来送死！朝中已混乱，你轻视自己性命。如好人死绝，有谁做天下正事？”为防魏党耳目加害爱徒，左光斗竟以死相逼，赶走了史可法。左光斗与杨涟同日被打死。当尸首交还家人时，已是臭不可闻，尸体腐烂。左光斗死后，他的母亲因哭子而死。
魏大中被打得无法进食，每日只喝点凉水维持生命；两条腿在受刑后，不能屈伸；死时也是尸溃甚惨。顾大章挨打后，大腿溃烂，竟有腐肉从中坠落；被送至刑部拟罪，待罪定之后还要送返锦衣狱，他已经受不了非人之刑，自杀身亡。袁化中本来体弱多病，入狱后被折磨的僵卧难起。他与周朝瑞受刑最少，最终难逃惨死在狱中。
许显纯还逐一将刘涟等六君子他们的喉骨剔下，用小盒封存后送至魏忠贤手中做信物，魏忠贤想要报复的人绝不止是前六君子。在六君子被打被杀的同时，他继续“寻仇”；六君子血迹未干，他便对东林党高攀龙、缪昌期、周顺昌、周宗建、黄尊素、李应升、周起元七人，时称“后七君子”发动了第二次进攻。
东林党的元老高攀龙是顾宪成的好友。在“三案”
之中得罪了不少异党分子；熹宗时高攀龙做了御史之后又多次弹劾魏忠贤的狗腿子崔呈秀、魏广微等。他也就得罪了魏忠贤，被列为“****”对象之中。
缪昌期在杨涟等人上疏揭发魏忠贤时，曾为他们出谋划策；高攀龙、魏大忠等人被削职遣返时缪昌期又送故友于郊外，仰天长叹，被魏忠贤得知后，被撤职返乡。
天启初年曾任职吏部主事，周顺昌为人刚直；因见朝廷腐败，不愿为朝进忠，便乞假还乡。魏大中被押往京师路过周顺昌的家乡，周顺昌得知消息后专门在路边迎接魏大中，为之饯行。他还挽留魏大中住三天三夜，并将自己的女儿许配给魏大中的孙子。押解魏大中的小特务实在等的不耐烦了，就喝斥魏大中，赶快上路。周顺昌闻言大怒，嗔目厉责特务，说：“你们有魏阉撑腰，骄横不可一世，你们难道不知世上还有不畏强暴、不怕死亡的大丈夫吗？你们滚回去告诉魏阉，那就是我周顺昌！”接着历数魏忠贤的罪恶，骂不绝口。魏忠贤得到报告后立刻将削职夺籍。
天启元年，熹宗朱由校迫于大臣们的压力一度迁客氏出宫，可是不久又将其召回，这种做法令周宗建很不以为然。愤然上疏，说：“皇上身为天子却出尔反尔，说话如同儿戏；后宫本是宫禁重地，却任由奴婢进进出出，如同寻常百姓之家。这些奴婢一旦被宠坏了，就会恣情骄逸，目无法纪。如果圣上不防微杜渐，日后必然会后患无穷。”周宗建此疏一上，即招来皇上一顿臭骂，可周宗建却不思“悔改”。天启二年（1622年），京城久旱无雨，五月份又下了场冰雹。周宗建借此机会又上奏折，说这场灾害发生的原因就是魏忠贤专权而惹恼了上天；还说魏忠贤目不识丁，皇上却同他交情颇深，被他蒙蔽得不分方向、不辨是非，隐祸将生。看熹宗还是无动于衷，他又于天启三年（1623年）再度上疏，将矛头直接指向魏忠贤，弹劾魏忠贤排挤大臣、矫杀王安、罗织党羽、驱除善类。疏上之后，魏忠贤率党羽一起到熹宗朱由校皇帝面前哭诉冤枉，并威胁熹宗说自己剃光了头发离开皇宫。熹宗朱由校大怒，又重责周宗建。魏忠贤却觉得不解恨，竟想要廷杖宗建！后来经过内阁重臣拼命阻拦未能得逞，最后停了周宗建一年的薪水。周宗建看熹宗实在是无药可救，最后就辞职了。
于天启二年任御史，黄尊素精明能干，看魏忠贤手遮天日，便建议熹宗朱由校皇帝与大臣们面商国事，以求得大家面奏重大事宜。可熹宗稀里糊涂，不听良言。
天启四年京师接连十日天如鼓鸣，黄尊素上书熹宗暗示他身边有小人误国。虽未指名道姓，但魏忠贤做贼心虚，识破了黄尊素的用意。结果黄尊素同周宗建一样，虽免遭廷杖，却被停了一年薪水俸禄。黄尊素直接告诉熹宗朱由校皇帝：“如果将天下大权交予近幸之人，那么主上的威福势必旁落，世界也就不会清明太平了。天下人都痛恨魏忠贤，恨不得吃他的肉，皇上却将他看作左右手，势必激起众怒。魏忠贤已如脱缰之马，再不控制，后果不堪设想！”燝魏忠贤终于“忍无可忍”，将黄尊素削职赶出了京城。
天启二年任的御史，李应升以清廉谨慎闻名，魏忠贤掌东厂之后滥用严刑酷罚，竟专门制作重达三百斤的木枷套在人犯的脖子上取乐，以此法先后折磨死六七十人。李应升闻说此事后义愤填膺，他厉言指责魏忠贤，还草拟魏阉十六条罪状准备设法面圣。李应升的哥哥深知弟弟生性正直，同时也知道魏忠贤专以毒辣手段对付这等正直之人，便竭力劝阻李应升，并偷着将草疏毁掉了。李应升又散布“自由化”言论，说什么“忠贤一日不去，则陛下一日不安”，“忠贤如果不早自引决，他日恶贯满盈，人头难保”，等等。因此魏忠贤对李应升严加惩办，先停了李应升一年薪水后被削职返乡。
魏忠贤虽然将六人贬离了京城，但心病难除，他想一个个杀掉。苏州织造太监李实提供了一个绝好的机会。
李实到苏州任职后见苏州府同知杨姜对自己不理不睬便心生怨恨，此为小人之通病，李实本来非常自卑，又非常骄傲，李实一是贪横肆行，一是对周围人的态度极为敏感走向极端。他上疏诬告杨姜，结果被苏松巡抚周起元训斥；李实气急败坏，干脆不告杨姜，改告周起元。
他上疏魏忠贤，说周起元利用职务之便贪污银两十几万，并每天和东林党人高攀龙等往来讲学。魏忠贤见此疏后大喜，他唆使爪牙李永贞在李实疏中加上周顺昌、周宗建、黄尊素、李应升、缪昌期五人的名字。在天启六年（1626年），大狱又起，逮捕了七人。
高攀龙正与学生在后园池边饮酒吟诗。家人们慌作一团，他却淡然一笑，告诉家人：“我早已料到有今日之难，也早已视死如归。”傍晚时分，他与妻子笑说旧事，一如平常。临寝前他回到自己房中，封好一封书信交给孙子，嘱咐孙子交给将来抓人的官校，然后紧闭门户。等孩子们觉得事有蹊跷赶紧来到他的房中时，只见孤灯未灭，而人已无踪。打开留下的书信，竟是他写给皇上的最后一份奏折，上面写着：“臣虽已被削籍革职，但也是旧日大臣。大臣受辱，就等于国家受辱。臣此时只能遥向京城叩别皇上，然后步屈原之后尘。”原来高攀龙不甘入诏狱受魏忠贤之辱，投池自尽了。
周顺昌入狱后，五天受一次酷刑，旧伤未愈，新伤又生。每遭毒打时，破口大骂魏忠贤。许显纯气的要死，就打掉他口中所有的牙齿，然后问道：“这下子你还能骂魏公公吗？”周顺昌血唾其面，虽言语不清，却仍大骂不已。后来被许显纯用重物活活把周顺昌压死。
周宗建浑身都被许显纯钉上铁钉，在周宗建身上每钉一枚，许显纯都问：“你敢不敢说魏公公‘目不识丁’了？”周宗建不服，又被浇以沸汤，结果皮肤卷烂、赤肉满身，两日之后周宗建被折磨而死。
缪昌期受审时慷慨陈词，不屈不挠，十根手指尽被削落而残死；黄尊素死时肌肉涨烂，头面无法辨识；李应升骨肉断烂，竟让人无法知道究竟是如何死法；周起元因交不出“赃银”十万而饱受榜掠，在狱中毙命身亡。
魏忠贤在致死前六君子、后七君子后，仍不愿放下屠刀。他将“东林党”的外延无限扩大，将所有不愿依附自己的人统称为东林党；同时为了安慰因与东林党结怨而归顺他的诸党党徒为自己卖命，又使人作《三朝政要》，将“三案”翻了个底朝天。魏忠贤以朝廷的名义公布了一个“东林党人榜”，列异己分子及在“三案”
中得势的大臣共三百零九人，榜上有名之人，除前后诸君子外，又有刑部侍郎王之因在梃击案中得罪浙党党徒而被饿死狱中，御史夏之令因弹劾魏党党徒被拷死狱中，中书舍人吴怀贤因拥护杨涟被拷死狱中，后军都督府张汶因酒后指斥魏忠贤被拷死狱中，吏部尚书赵南星维护诸君子、弹劾魏党崔呈秀被遣戍并气死于戍所，杨州知府刘锋因在其所作诗中有“阴霾国事非”句暗指忠贤乱政而被砍头示众！据《明史》记载，在魏忠贤发动的这场浩劫中，冤死诏狱者有数十人、下狱谪戍者数十人、削籍夺官者二百余人，其他因受牵连而遭革职贬黜者不可胜数！朝野上下杀机四伏。
魏忠贤丧心病狂地铲除异己，引起百姓的愤慨。诸多百姓为之遥设虚祭哭魂家中；还有诸多近邻送钱送物，照顾他们的未亡亲人，杨涟的家人乞食度日时，连市场上卖菜的小贩都前去捐资相助。百姓们还曾设法阻挠特务抓人，如东厂特务在缉捕周顺昌时，当地数万百姓群情汹汹，他们堵塞道路，为顺昌喊冤。特务们自恃是奉魏忠贤之命，厉声责骂众人，百姓蜂拥而上，势如山崩。
结果一名特务被当场打死，其余身负重伤、逾墙逃窜。
被激怒的百姓还想断水道、劫漕舟，后来地方官员出面调解，此乱才平静。魏忠贤为钳制众人之口，将厂卫特务遍布民间，监视百姓。民间偶语，稍有触及自己，便将当事者擒拿归案，严刑拷打以至剥皮封舌，所杀无数。
曾有五名挚友在一起饮酒，酒酣时，其中一人开始痛责魏忠贤凶狠毒恶。其余四人急忙劝阻，此人已醉，不仅不听劝，反而对朋友们说：“那魏忠贤厉害，他又怎知我在这里骂他？就是知道了，难道能剥了我的皮？”就在这天夜里，这五人即被擒至魏忠贤面前。魏忠贤指着醉酒诋毁自己的人对他的四位朋友说：“这人说我剥不了他的皮，今天倒要看看，我敢不敢剥他的皮。”令手下用大铁钉将此人的手足钉在门板之上，再用沥青浇遍其体，然后用木棒用力敲打。不一会儿，此人的整个肉身便从皮中脱出，而仍钉在门板上的皮壳却依旧俨若一人。剥完了人皮，魏忠贤竟然还给已吓得魂不附体的四个人每人纹银五两，奖励他们曾阻止朋友说自己的坏话！消息传出，举国上下无论是官是民，人人不能自安，道路以目，谁也不敢对这个魏姓屠夫有半句微词，说半点坏话！
魏忠贤从无赖少年至厂卫头目，但他自己并不以此为足。东林党经几番屠杀之后虽已溃不成党，魏忠贤的目的并不止于此，魏忠贤自有其“雄心壮志”，付出所有努力的目的，就是要建立一个属于他自己的王朝。
熹宗朱由校刚刚登基的时候，魏忠贤就有意每日带着他嬉戏玩耍。魏忠贤自幼善骑善射，他左手执弓、右手持箭都能百发百中，看小皇上对此佩服不已，便鼓励他勤学苦练；魏忠贤又熟谙民间十五六岁孩子的种种游戏杂耍，他将这些东西一一“引进”宫中，让玩心极重的小皇上玩的不亦乐乎、懒听朝政。魏忠贤的努力没有白费——熹宗朱由校耽于玩乐，并有连续数年不见朝臣的现象！