但也因此而引起了一些人的忌恨和诽谤，特别是湖南水州镇总兵樊燮的构陷，险些使左宗棠性命不保，幸得好友胡林翼、郭嵩焘等人的仗义执言，潘祖荫、肃顺等大臣的披沥上陈，才使一场轩然大波得以平息。下属幕僚向骆秉章禀报军务，骆总是问：“季高先生的意见如何啊？”由于得到骆秉章如此倚重，忌恨左宗棠的人就越来越多，诽谤他的议论四起，但他的名声却越来越大了起来。成丰六年（1856），曾国藩攻克武昌，上疏奏朝廷左宗棠训练部队、筹济军饷等功劳，朝廷诏谕授予他兵部郎中听候调遣，不久又加四品卿衔，由于有人在湖广总督官文面前诬陷左宗棠，所传播的一些流言蜚语也被成丰皇帝听到了，于是命左宗棠到武昌对簿公堂，官文是满人，他对曾国藩、胡林翼等汉人，尤其是他们率领的湘军很瞧不起，而自己属下的八旗兵又总打败仗，因此恼羞成怒，想从重惩治左宗棠以让湘军将领丢丑。湖南巡抚骆秉章上疏为左极力辩护；胡林翼、曾国藩也都说左宗棠无罪，极力称赞推荐左宗棠出众才能。后来京官潘祖荫也站出来公开说官文是被别人的表面言辞所迷惑，种种舆论和说情，才使得左宗棠免遭逮问。不久朝廷下旨，命令左以四品京堂身份跟从曾国藩治理军务。曾国藩命他自己招募一支军队，从此左宗棠的才华终于得到了施展的机会。左宗棠召募了五千人马，经过训练号称“楚军”，咸丰十年八月，楚军建成后挥师向东。太平军翼王石达开向四川挺进，朝廷命左部移师征讨四川。但曾国藩、胡林翼因为江西、安徽战事危急，联名上疏请求留下左宗棠。当时曾国藩进兵皖南，驻在祁门，太平军侍王李世贤、忠王李秀成正集数十万人猛攻祁门，当时左宗棠正率领楚军取道江西，转战前进，一路攻克德兴、矜源。左宗棠得到曾国藩命令后马上返师回击，在江西乐平、鄱阳一带与太平军展开激战，太平军最后被左军打败，死亡无数，侍王李世贤也不得不化装才逃走。从此以后，江西、安徽左宗棠所率军威大振。
咸丰十一年，朝廷因功授予左宗棠太常寺卿，并搜升他帮助曾国藩协办江南军务。左宗棠在曾国藩的命令下，率领越军八千人向东援助浙江；此时曾国藩认为左军完全可以胜任节制浙江的事务。左宗棠部将中虽有名将刘典、刘松山、王文瑞、王沐等，但从总体力量看，这几个人所率的几支部队都很单薄，还不能满足浙江全省的作战防守等要求。左宗棠奏请从广西调蒋益进、从湖南调刘培元、魏喻义增援，但此时各处都在太平军等起义军攻击下陷入困境，因而兵马没有调得到。但即便如此，左宗棠以几千人马应付七百余里防地，指挥若定，这不禁令曾国藩非常佩服他的军事才能。曾国藩再次上疏举荐左宗棠，朝廷于是任命其为浙江巡抚。
当时太平军正在奋力攻打浙江，全省地域只剩下湖州、格州没有落到太平军手里。曾国藩与左宗棠商议，为确保浙江，左宗棠亲自指挥部队拼命抵抗，终于击败太平军。同治元年（1862）正月，朝廷下诏催促左宗棠从衢州开始谋划整个浙江的收复，但左宗棠有一套自己的战略，他上疏说：“作战的法则，一定要避开对敌人的长期包围，防守好自己的后路。”
在左宗棠军队的进攻下，太平军在浙江的势力迅速瓦解。但当各支部队争相建议要乘胜收取太平军所占据的杭州时，左宗棠却不为之所动，左宗棠喜欢打攻坚战，认为皖南太平军的气势还很旺盛，要消灭太平军的主力，必须稳扎稳打，先去其枝叶，再折其主干，而不要贪图近功。于是左宗棠率部从金华向严州进军。左宗棠命令刘典带领八千人会同王文瑞部防守徽州，命刘培元、王德榜部队驻守淳安、开化，让蒋益澧率部攻打富阳。左宗棠在此期间弹劾罢免了道府以及失守的将吏十七人，荐举浙江名士吴观礼等人赈济灾荒，招募老百姓垦田，保证军粮丰足供给。四月，朝廷任命左宗棠为浙闽总督兼巡抚事宜，不久左宗棠的部队遭到了军粮供应困难，刘典的部队到达皖南之后，便留在那里屯守。蒋益澧打入富阳，由于富阳太平军的顽强抵抗，军队捉拿失很大。及后，左宗棠患了虍疾，困乏疲惫，富阳很长时间了都未能攻下。在这种情况下，左宗棠集中兵力，从水陆两路大举进攻，终于将富阳攻克，蒋益澧等则长驱直入包围杭州，魏喻义、康国器进攻余杭。
左宗棠认为杭州的太平军倚恃余杭以为犄角，如果不先攻下余杭，收复海宁，则不能切断嘉兴、湖州对杭州的后援接应，因而左宗棠亲自到余杭督战。此时，太平军都城苏京受到曾国荃湘军越来越紧的围攻，洪秀全多次命令李秀成率江浙的太平军解围，同治三年二月，杭州太平军守将陈炳文见形势不妙，约定献城投降。左宗棠担心时间一长会引起变化，于是乘大雨天发起紧急进攻，陈炳文深夜开城门遁逃了。杭州收复后，余杭的太平军将领汪海洋也往东逃跑了。咸丰皇帝得到捷报，下诏给左宗棠加接太子少保衔，赏赐黄马褂。
左宗棠军队进入杭州，申明军纪，招集商贾开门营业，停止征收杭州货物的关税，减征杭州、嘉兴、湖州三分之一的赋税，还大力招揽贤士，左宗棠的种种做法受到广泛称赞，不久大部太平军又聚结湖州，左宗棠马上调遣部队包围他们，使浙江太平军余部又受到沉重损失，三月，江苏太平军攻克常州。在江苏的太平军余部向浙江的徽州、婺源，然后又向江西靠拢。左宗棠把太平军进入江西认为是心腹之患，奏清清廷请曾国藩部杨岳斌督率江西、皖南部队，让刘典当副将围剿。六月，曾国荃攻克太平军都城天京，洪秀全服毒自杀，其子在太平军将士的护卫下突围出去，左宗棠立即率部围击，洪秀全的儿子不久也被俘，在南昌被处以磔刑。七月左宗棠攻克湖州，浙江各地得以全部平定。评论军功，朝廷封左宗棠为一等恪靖伯。
及后残余的太平军流散到徽州、宁国、江西、广东等地，还打入了福建的汀州，福建方面惊慌失措。因而左宗棠奏请蒋益澧护卫巡抚，自己移镇福建并增调王德榜部到福建，同治四年三月，江苏淮军郭松林前来福建会师，太平军不得不放弃漳州，离开大埔。五月，太平军余部李世贤、汪海洋屡次战败后，精锐部队伤亡过半，投诚的有三万人。左宗棠部队地驻漳州、武平，这样一来太平军只好撒到广东的镇平，于是福建也平定下来。
接着左宗棠又下令调康国器、关镇平两支部队进入广东，王开琳的部队进入赣州防守江西，刘典的部队赴湘南防守湖南，留下高连升、黄少春的部队驻军武平；侦伺太平军的进退情况。六月，太平军又大举进攻武平，左宗棠指挥军队奋力击退大平军余部。后来，由于太平军内部发生了内讧，李世贤投靠汪海洋被江所杀，这样太平军内部更加互相猜疑，人心惶惶不安。朝廷下诏让左宗棠统率三省各路部队，趁机迅速合围。十月，左宗棠移师屯驻绩溪。王德榜担心主帅屯兵之处成孤悬之势，主动请命作为中路策应，刘典听说王德榜的部队开赴前线，也带领部队火速前进。刘典部队在路上突然遇上太平军伏击，措手不及，打了个败仗。太平军乘胜追击刘典，但又为王德榜军伏击包围，太平军死伤逾四万，据说太平军主要首领汪海洋也中炮死了，清军士气更为高涨。这时鲍超的部队也赶到了，太平军出战，又被打得大败。左宗棠汇合闽、浙、粤各路人马合围，太平军余部的最后根据地丧失，许多首领也牺牲了。太平军将士战死达一万六千多人。由于这一战功，朝廷下召赐予左宗棠双眼花翎。
二、督师西北镇压义军
左宗棠由于广东太平军已经平息，因而向朝廷上疏建议裁兵减饷，减少困练的费用，又认为海关开禁，不制造装备船舰器械就不能图谋自强，于是在马尾山下创建船厂，举荐起用沈葆桢主持船厂事务。但不久因为朝廷军队征讨西部边陲回族叛乱长时间不能够得胜，皇帝下诏令左宗棠转赴陕西、甘肃督军。十月，左宗棠挑选了自己部下的三千名精兵，向西迸发，令刘典另外再召募三千人，相约在汉口会合，不过行至中途，因为西捻军张宗禹挺进到陕西，又命令刘典先入陕西剿贼。
陕西、甘肃起义的回族民众多达上百万，与西捻军互相配合。左宗棠行军到达武昌时，分析了陕、甘的局势和应对之策，他上奏章说：“臣下认为在东南作战用舟船方便，而在西北作战则应用战马为宜。捻军、回族的马队在平原驰骋，官兵用步军来抵挡他们，取胜的希望并不大。以马力而言，西域产的马不如北域产的马强健，捻军的战马多是北方产的，因此捻军的作战能力比回民更强悍。臣下的部队只有六千人，现打算购买口北的良马演习操练马队，兼造双轮炮车。从襄樊。邓县出紫荆关，直穿商州就可以到陕西。在陕西经营屯田，作长远的打算。所以未进兵陕西，一定先要清除紫荆关外的捻军，然后进兵甘肃，而要进兵甘肃，又一定先要清除陕西的抢军，然后驻兵兰州。如此稳扎、稳打、步步为营，胜利就大有把握，粮饷运输的道路就会畅通无阻，部队行进就会没有遇到障碍。王子部队前进的快慢，就要视形势的发展而随机应变，我请求给我机动的权利，宽限一些时日，使得我能从容地谋划，以求得成功。”左宗棠战略计划受到朝廷的首肯，朝廷支持这一计划。
同治六年春，左宗棠带领一万二千士兵向西出发，他计划用炮车去制服捻军的马队，而以马队去对付捻军的步兵。抢军突然见到炮车，还没有开仗就狂奔而逃。当时陕西巡抚刘蓉已解任，而总督扬岳斌请求还乡的愿望也尤其急切。朝廷下诏让宁夏将军穆图善代理总督，左宗棠以钛差大臣的身份督办军务。兵分三路入关，此时左宗棠又奏请皖南镇总兵刘松山率老湘军九千人援助陕西，并将这些部队都隶属自己指挥。刘松山屡次打败捻军之后，又会合蜀军将领黄鼎、皖军将领郭宝昌，大败捻军于富平。当时抢军进攻三原，然后沿渭水北岸向东进军，回族义军则分出一部分人马向西进攻。左宗棠分析捻军比回军强大，应当先制服捻军。于是下令各路人马沿河安营扎寨，希望短时间内在泾水、洛水之间歼灭捻军。捻军乘官军尚未集结完毕，又折向西渡过泾水和渭水，准备攻打河南、湖南。过了一个多月，清军大举向前进逼。捻军不能再向南前进，便奔赴西北，左宗棠为防止捻军和回军汇合的势头，并且又因为西北荒凉贫瘠，部队行军粮草接济不上，因此紧急扼守耀州，十月，捻军战败撤到宜川，不久汇合回军攻打铜川。留守耀州的清军抵挡不住，刘典、高连升急驰援助，大破围城捻军，左宗棠率各路清军拼命围剿捻军，各支部队将领虽然屡次打败捻军，但始终被回军牵扰，部队前进缓慢；在宜川的捻军大部队更是挥师奋进，进逼延长、绥德，直扑葭州，回军也从延安发兵攻陷绥德。左宗棠由于延长、绥德相继失陷，主动上书请罪，御台商议给予左宗棠革职处分。其时扶风、岐山、凤翔等地回民都纷纷响应捻军从南向北，分散一千多里，回军从西向东，也有一千多里。陕西地方清军有作战能力的不足五万，然而回民义军与清军一旦交战总是赢不了。刘松山等攻克绥德，回军败走米脂，左宗棠一面派刘厚基出兵陕西东北追逐四军，同时下令刘松山等沿黄河西岸挟制捻军，阻击西捻军支援东捻军，然而西捻军取小道翻山到壶口，乘河面结冰偷渡过黄河，威胁了京师，左宗棠奉接朝廷旨令，亲率五千人马赶赴支援，让刘典代替自己统督陕甘官军。
当年十二月，西捻军从垣曲进入河南，不足一月时间又逼近定州，周游散的骑兵进犯保定，北京因此戒严，朝廷下诏严厉斥责督兵大臣，从左宗棠、李鸿章到河南巡抚李鹤年、直隶总督官文，都均被革除职务。左宗棠到保定，刘松山等接连攻破捻军所占据的深县、祁州、饶阳、晋县等地。在这个时候，捻军在方圆数百里间来回奔波，先在直隶后又转战河南、山东，不久又渡运河，越吴桥，进犯天津，李鸿章提议四面包围以抵挡敌人。左宗棠提出相反意见，认为应当一边防守一边主动出击，运河西岸重点固守，东部就一定要有追击剿杀捻军的部队，这样才可以扼制捻军长驱直入的气势，同治皇帝同意左宗棠的建议，因此各地来护防京师的部队大规模集结，左宗棠率军驻扎吴桥，居中调度。捻军由于左宗棠、李鸿章的围剿计划，不得流动征战，只能在陵邑、济阳一带集结，左宗棠趁此机会，立即汇合淮军、豫军接连打败抢军。捻军首领张禹最后跳河自杀，于是西捻平息。由于左宗棠打败捻军的功劳，清廷特命他人朝拜见皇上，对左宗棠大加褒赞，并且询问西部边陲部队还有多久能取胜班师，左宗棠回答要五年，后来果然如左宗棠所预见的那样。