但是，隆科多不愧有果敢眼光，隆科多成功了，一跃而成为新朝宠臣。雍正对他极为尊崇，亲口称呼他为“舅舅隆科多”，赞誉为“当代第一超群拔类之希有大臣”。雍正并非隆科多姐姐所生，仅仅有甥舅名份而已，皇帝承认不承认又是一回事。但雍正如此公开称呼隆科多，自然是一种极大的优待。雍正还给隆科多及其儿子加官晋爵。
然而，隆科多选择的新主子雍正是中国历史上最为猜忌多疑的皇帝之一。史家公认，雍正善于耍两面派，性格强硬，心胸狭隘，喜怒不定。在这样的主子下过活，廉洁慎重，自守尚且不易，何况居功自傲的步军统领隆科多？果然，不到两年时间，隆科多与胤禛的蜜月期就到头了。那时，胤禛的皇位已经坐得稳当了。
三、罪状四十一条
胤禛刚登基，对隆科多非常信任，在许多事情上都咨询他的意见，一派君臣和睦相协、同舟共济的景象。但到雍正二年下半年，雍正已经对他有所责难，并开始有步骤地打击隆科多。为什么在短短两年时间内，雍正的态度就转了一个大弯呢？
究其原因，主要在于隆科多居功自傲，擅权结党，已对雍正的皇权产生了不利的影响。比如，自比诸葛亮，奏称“白帝城受命之日，即是死期已至之时”一语，又称康熙死****曾身带匕首以防不测。这虽是在他快倒台的时候说的，但难保在平日不会有此类话语流露。还有，隆科多曾自夸九门提督（步军统领）权力很大，一声令下就可以聚集两万兵马。这些话语多少暴露了隆科多拥立胤禛的真相，自然为雍正所忌讳。实际上，当日畅春园的气氛必然是非常紧张的，步军统领所统辖的兵力也确实约有两万名官兵，而隆科多说他带匕首防身也情有可原。但这些话语后来都成了隆科多的罪状。在罪状中，胤禛认为康熙去世当日隆科多并不在康熙身边，也没有派出近侍之人，隆科多此时重提这些话就是大不敬，就是欺罔，全然没有顾及此前不久他还因为隆科多的拥戴之功而感恩戴德。臣子有功，主上高兴的话可以恩赏，但不允许你自己表功，不然那就是要挟，就是说明主上无能或者无德，这就是大清皇帝雍正的逻辑。
隆科多同年羹尧一样，都对其他官员的任命予以干涉，称“佟选”和“年选”。虽然隆科多是正常的途径，他任吏部尚书，但选官这种事情一向是皇权所为，你一个臣子居然选起官来了，不仅是擅权，而且有结党之罪。
隆科多对雍正的疑忌不是不知，也想自留退路，于雍正二年底主动提出辞去步军统领一职。这一招正中雍正下怀，他早就不想把这个要职留在隆科多手里，而且准备让与隆科多不甚亲密的巩泰来接手这个职位。以准许隆科多辞去步军统领一职为契机，雍正开始公开打击隆科多。
雍正三年五月，俄国沙皇叶卡捷琳娜一世派萨瓦？拉古津斯基伯爵，以枢密官的头衔，为“特遣驻华全权大臣”，就中俄中段边界及两国贸易问题进行谈判，这个使团是经过精心筹划组建的，配有“中国通”的助手，还有一支包括一千三百名步兵、一百名龙骑兵的军队，另有地理学家、教士及其他官员随行。清廷则指定喀尔喀郡王、额附策凌以及险科多为谈判成员。俄国使团从雍正三年九月出发，次年夏天与隆科多等相会于恰克图附近的布尔河。到了北京，雍正派吏部尚书查弼纳、理藩院尚书特古忒和兵部侍郎图理琛等人与沙俄使节谈判。雍正五年，拉克津斯基回到布尔河后，继续与隆科多等人谈判。隆科多坚决要求俄国归还侵占的喀尔喀土地，俄使不答应，最后以发动战争相威胁。而此时，隆科多私藏玉牒缮本之事被揭出，雍正降旨询问，隆科多并未从实具奏。朝廷诸大臣奏请等隆科多谈判完毕再行捕拿议处，但雍正认为勘议边界之事并非他莫属，况且这是最易解决之事，他说：“俄罗斯事最易料理，朕前遣隆科多前去，非以不得不用其人，必须隆科多而使之也，特与效力之路，以赎罪耳，乃其去后所奏事件，不但不改伊之凶心逆心，且并不承认过失，将朕行查之事降匿巧饰，无一诚实之语。”于是在六月将隆科多逮捕回京，雍正五年七月，中俄双方经过三十次谈判，签订了《布连斯奇条约》，划定了中俄在喀尔喀地区的疆界，清朝为避免纠纷，继《尼布楚条约》划定中俄东段边界之后，此次又划定了中俄中段边界，在一段时期内遏制了俄国对华扩张的野心。俄使在条约签订后，急忙向沙皇报喜，认为新划边界非常有利于俄国。
同年十月，雍正命诸王大臣就隆科多一案议处。最终以四十一款大罪公布朝野，本议立即斩决，妻子为奴，财产没收入官，但雍正说：“皇考升遐之日，大臣承旨惟隆科多一人。今因罪诛戮，虽于国法允当，而朕心则不忍”，便在畅春园外空地上造屋三间，将隆科多永远禁锢于此，其赃银数十万两，从家产中追补抵偿。隆科多的妻、子为人奴，夺其长子岳兴阿一等阿达哈哈番世爵，次子玉柱发配黑龙江当差。雍正六年六月，隆科多死于禁所，朝廷赐银一千两治丧，其弟庆福袭一等公爵。隆科多的四十一款大罪中，大不敬之罪五条，欺罔之罪四条，紊乱朝政之罪三条，党奸之罪六条，不法之罪七条，贪婪之罪十六条。其中“交结阿灵阿、揆叙，邀结人心”，是其党奸罪之一。
“私藏玉牒”是隆科多大不敬罪状之一。玉牒是皇家宗谱，秘不示人，只有宗人府衙门有权披阅，而隆科多自辅国公阿布兰处得到玉牒底本，私藏于家，无疑冒犯了朝廷规矩。阿布兰因此也夺爵幽禁，又将康熙御书贴在厢房，“视为玩物，大不敬之罪二”。妄拟诸葛亮，奏称“白帝城受命之日，即死期已至之时”，大不敬之罪三。四十一款罪状中，尤以贪婪之罪条目最多，均为收受金银以及宝石之事。
历相三朝的满族耆宿——马齐传
马齐，富察氏，满洲镶黄旗人。生于顺治九年（1652年），卒于乾隆四年（1739年），享年88岁。在两个多世纪前的中国，达于米寿者实属罕见，而满族贵族上层成员内堪与马齐之寿相埒者，则更为难觅了。自然，中国皇帝中寿命最长的乾隆帝享年89岁，算是一个特例。
马齐生于世宦之家，是顺治朝内大臣哈什屯之孙，康熙朝户部尚书、首议撤藩的著名大臣米思翰的次子。马齐18岁时（康熙八年，1669年），由荫生授为工部员外郎。这种步入仕途的方式，在当时的满族贵族后代中是较为普通的，然而马齐与多数八旗子弟所不同的是，他能够有效地利用这一优势，逐步增长、充分发挥自己的才智，一步步攀上仕宦之巅。
马齐明敏干练，敢于任事，非人云亦云之辈。这是他为官前期的一个突出特点，也是其所以为康熙帝所赏识，并在满汉同僚中具有较大影响力的一个重要原因。
康熙二十六年（1687年）四月，大学士等遵旨奏举外任官内居官甚好者，所举数人内即有时任山西巡抚的马齐。当时，首席满洲大学士明珠把持朝政，“凡内阁票拟，俱由明珠指麾，轻重任意”，大学士余国柱等人“承其风旨，即有舛错，同官莫敢驳正。”如果明珠对马齐印象不佳，大学士等奏举的数人中，则不会有马齐，而马齐荣列其中，表明明珠对他较为重视，抑或有拉拢之意。对于一位外任官员来说，这是一个逢迎巴结朝中权贵，以此作为升迁之机的难得机会。可是，马齐却并没有“领情”。不久，御史陈紫绶弹劾湖广巡抚张汧贪婪不法事，康熙帝命于成龙、马齐等前往查核。张汧乃由明珠所保荐。此前被派去审理该案的钦差大臣色楞额，虽曾当面向康熙帝保证要“尽心研审”，但奏报中“惟恐累及保举张汧之人，竟为庇护。”（1727）该案经马齐等审理，“皆得实，论罪如律。”马齐因此“声名大显，人称他是廉洁奉公，无所畏惧的清官。”该案顺利审结，为康熙帝于二十七年（1688年）二月罢黜权臣明珠，提供了有利条件，它实际上是康熙帝这一重大举措的有机组成部分。马齐以刚直不阿而深受康熙帝的嘉赞，是年三月升为左都御史。这是他仕宦生涯中一个重要的转折点。
康熙二十七年（1688年），马齐参与筹议同俄罗斯定界事宜，奏称中俄边界谈判“所关最巨”，“其档案宜兼书汉字，汉官一体差往。”翌年（1689年）十一月又疏言：“臣办事理藩院，见凡所题所理之事，止用满洲、蒙古文字，并未兼有汉文。今请……兼用汉文注册，庶化服蒙古之功德，昭垂永久。”这两项建议都被康熙帝采纳，随着时间的流逝，其重要意义愈益显现。可见，敢于任事的马齐，并非有勇无谋之人，他颇有见识，且善于思考，而这两方面的较好结合，恰是其优于诸多同僚之处。
马齐于康熙三十八年（1699年）担任大学士，开始步入仕途的高峰。此前，还有两事需要提及。一是康熙二十九年（1690年），任左都御史的马齐与理藩院尚书阿喇尼一起列位议政大臣，这在清朝历史上并无先例；二是三十五年（1696年）康熙帝第一次亲征噶尔丹期间，令马齐与大学士阿兰泰、尚书佛伦等人为首，分三班值宿紫禁城，辅佐代理政务的皇太子允礽。这表明马齐任大学士前，即因才干突出，逐步成为康熙帝的股肱之臣，他在协助康熙帝解决噶尔丹问题时的出色表现，又使之进一步受到信任。
四十七年（1708年）九月康熙帝第一次废黜皇太子允礽，但旋生悔意，拟行复立。可是，他又认为如此出尔反尔大失颜面，故有意透露出这一想法后，采取让众臣于诸皇子中推举的方式，希望众臣能保奏允礽为太子。
是年十一月，康熙帝令全体朝臣推举太子之前，“特谕马齐勿预其事”。然而马齐却没有服从这一旨意。在他与国舅佟国维的暗中倡导下，领侍卫内大臣阿灵阿、鄂伦岱等积极配合，全体朝臣共同保举皇八子允禩为太子，康熙帝的期望完全落空。翌年（1709年）初，马齐等人受到康熙帝的严责。康熙帝说：“此事必舅舅佟国维、大学士马齐以当举允禩，默喻于众，众乃畏惧伊等，依阿立议耳。”马齐被革去大学士，交与允禩“严行管束”，他的三弟马武、四弟李荣保及其族人都受到牵连。
这是马齐的宦海人生中第一次也是惟一一次遭受重大挫折。虽然康熙帝有特谕在先，但马齐却甘冒违旨获罪之险，在这一关系到清朝前途与命运的重大事情上，主动表明自己的态度。他的积极参与，实则体现出对朝廷的忠诚与较强的责任感。因而在此次事件中，他能够与朝中享有很高威望的国舅佟国维一起，成为全体朝臣的核心人物。马齐自四十一年（1702年）十一月后，即任首席满洲大学士，而四十七年一废太子风波中的有关情况则表明，他在满汉大臣中的声望和影响力，的确与此职任相符。这一点在清朝不同时期的首席满洲大学士中并不多见。
上述挫折并没有为马齐的仕宦之途带来过多的负面影响，却使他的心灵产生极大振动。其后，马齐为人处事的另一面，开始更多地显现出来，他的为官风格，也在逐步发生变化。这一切应当说无不与四十七年一废太子风波，有着某种内在联系。
马齐被革职的翌年（1710年）底，重新被启用。五十五年（1716年）五月，康熙帝认为“今满洲大学士内，无能令汉大臣心服者”，故仍以马齐为首席满洲大学士，兼任户部尚书。直至6年后（康熙六十一年）康熙帝去世，马齐的职任始终如此。可见，他依然在满汉大臣中具有很高威信和较大影响力，并依然受到康熙帝的重用。
雍正时期，马齐继续担任大学士（雍正十三年九月休致），为帝所保全。不过，之所以如此，并非是像他在康熙朝那样，因才干出众，敢于任事而受帝青睐，更主要的还是得力于与其上述品行截然不同的某些特点和性格因素。这是马齐其人的另一面。
随着在政治风浪中的历练起伏与仕宦经验的积累丰富，灵活机敏，善于审时度势，行事稳健的风格，在马齐的身上愈益显现，并逐渐占据主导地位。这是他身历三朝却能稳居高位的重要原因之一，也构成其宦海生涯的另一显著特色。
康熙帝去世翌日（康熙六十一年十一月十四日），尚未即位的雍正帝命贝勒允禩、十三阿哥允祥、大学士马齐、尚书隆科多等4人为总理事务大臣。康熙去世后第21天（康熙六十一年十二月初三日），即“三七”之际，其灵柩由乾清宫移至景山寿皇殿。由于在此期间各项丧仪进行顺利，为此，雍正帝特嘉奖贝子允祹及允禩、允祥、隆科多、马齐等人。隆科多、马齐“俱赏给阿达哈哈番（轻车都尉）世职”，并恢复马齐曾被削去的世职，令世袭罔替。雍正帝的谕旨中说，马齐在“此番大事”中“甚是黾勉勤劳。伊之勤劳，非寻常勤劳可比，胜于一切功绩。”表明他对马齐在此阶段的表现十分满意。
不久，马齐奏请纂修圣祖实录，雍正帝随即任命他为圣祖实录监修总裁官（按，监修总裁官后又增加张廷玉及蒋廷锡2人）。如何撰述康熙朝两废太子以及包括雍正帝在内的诸皇子储位之争、雍正帝继位等重大事件，是纂修圣祖实录的难点。马齐膺此重任，可见雍正帝对他抱有一定程度的期待。