苏德战争前，波罗的海舰队拥有2艘战列舰、2艘巡洋舰、2艘驱逐领舰、19艘驱逐舰、48艘鱼雷艇、69艘潜艇、656架飞机、几个岸防兵团和防空部队，其主要兵力驻扎在塔林港和里加港。其海上主要敌人为德国海军和芬兰海军。
利耶帕亚海军基地是重要的潜艇基地和训练中心，海军防空兵学校也在这里。为保护基地安全，苏军成立了波罗的海滨海军区，海上防务由基地舰队负责，陆上防务由第67步兵师负责，师长是杰达耶夫，他同时是波罗的海滨海军区司令。
苏军在利耶帕亚的守城部队有第67师的5300多人、基地司令克文斯基海军上校指挥的海军基地守备队，总兵力为13000人。守城部队在兵力和火力上均处于劣势。
早在1941年6月19日，克文斯基就接到了命令，基地守备队马上转入二级战备。
在更早的1941年5月初，苏军2艘巡洋舰和一些驱逐舰以及1个潜艇支队从利耶帕亚转移到里加港，布雷舰“马尔齐”号转移到塔林港。
6月20日，苏军战列舰“马拉特”号从塔林转移到喀琅施塔得港。巡洋舰“基洛夫”号和1个驱逐舰大队从里加港转移到塔林。波罗的海舰队舰艇众多，但很多战舰继承的是沙俄海军的遗产，这些舰艇破旧不堪，与装备精良的德国海军交手容易吃亏，因此苏联海军才把舰艇转移到安全的地方。
1941年6月21日23时35分，波罗的海舰队司令特里布茨接到海军总司令库兹涅佐夫的命令：“转入一级战备。”凌晨1时35分，苏联海军转入全面战备。
战后，苏联西部的黑海舰队高炮团参谋长谢苗诺夫回忆道：“凌晨1时35分，我舰队转入全面战备。各高炮营营长向所属炮连下达了准备战斗的命令。30分钟后，高炮团做好了战斗准备。3时05分，两个对空情报所几乎同时报告：西方20公里处出现飞机马达声……在当晚高射炮兵是最先向德军开火的。”同样，波罗的海舰队也是这样匆忙参战的。
为了顺利攻下利耶帕亚城，德军统帅部给库特·赫尔措格率领的第291师增派了加强部队：1个机枪营、1个摩托车连、1个轻型自行高炮连、1列装甲列车和3个炮兵营、1个装备280毫米列车重炮的第690列车炮连、1个空军侦察机中队。
1941年6月22日，德军空军向基地发动了15次空袭。为防止德军从海上发动进攻，基地出动了4艘潜艇，扫雷舰“地雷”号布设了206枚水雷。在萨烈马岛的苏海军航空兵轰炸了德军。
同时，波罗的海舰队其他部队立即出动舰艇在重点海区布设水雷，阻止德国海军进入芬兰湾。6月23-30日，波罗的海舰队舰艇6次出动，每次出动20多艘舰艇在芬兰湾布雷，共布设7条水雷线。这一成绩令该舰队感到很难堪，因为1914年沙俄海军波罗的海舰队仅用了4小时30分就完成了任务，尽管当时的布雷规模只有这次的一半。
而且这次的布雷效果远远不如1914年。因为塔林基地库存水雷量有限，从喀琅施塔得运来又很困难，结果在中央阵地布设的水雷规模比战前计划大大缩减，只能对付德军大型舰只。
德军只要出动扫雷舰艇，水面舰艇和潜艇就可进入芬兰湾。在苏军布雷时，因未发现德军已布设的水雷，结果在“阿波尔达”雷区损失了一艘驱逐舰，一艘巡洋舰也受创颇重。
苏军的布雷战果很小，根据德国海军公布的数据，德国海军在苏军的雷区只损失了两艘扫雷艇和1艘猎潜艇。
在伊尔别海峡的布雷行动更令苏军丢脸，苏军原计划于6月26日完成布雷任务，但由于组织不力，未能完成任务。6月27日又进行了第二次布雷，苏军出动了5艘驱逐舰、1艘扫雷舰、3艘猎潜艇，布设了480枚水雷和40具护雷卫。当天，驱逐舰“前哨”号被德军鱼雷艇击伤。但这次布雷行动取得了一些战果，德军公布在那里损失了2艘扫雷艇，4艘扫雷艇受创。
6月27日，德军开始攻入利耶帕亚城。
6月24日，德军占领了利耶帕亚以北的波罗的海沿岸。25日，德军第291步兵师进攻“托马拉”造船厂，苏军马上炸掉了造船厂的舰艇。后来，德军入城后打捞了1艘驱逐舰、5艘潜艇、1艘破冰船，1艘辅助炮艇未能打捞上来。26日，守城各部队弹药快用光了。每门岸炮仅剩十几发炮弹，每门高炮仅剩0.3发。黄昏，守城部队接到撤退命令，但陆上交通已经被德军占领，另外还有一些部队与守军司令部失去了联系。
6月27日，2艘运输船满载守军和平民驶向温茨皮尔斯，顺利抵达目的地。双方在利耶帕亚发生了激烈的巷战，给德军造成了重大伤亡。6月29日，德军完全占领了利耶帕亚，守备司令杰达耶夫于6月25日战死。
另外，拉脱维亚首都里加也遭到德军第1军和第26军的进攻，同样爆发了巷战。从6月27日起，德军攻入里加。7月1日，苏军撤出市区前，重创了负责主攻的德军“拉施”团。
在连续丢失利巴瓦基地和里加基地后，波罗的海舰队冒着德军的猛烈空袭，撤到了塔林。6月29日，5艘苏军鱼雷艇与德国海军交火，结果一艘苏军鱼雷艇被俘虏。
6月22-29日的战斗中，由于利耶帕亚基地失守，海军防空学校损失了一批海军防空专业干部。
另外，战争爆发后，波罗的海舰队陷入了混乱，该舰队最重要的工作是尽快恢复各部的通信联系，拖延敌人，阻止海战的恶化。当时，驻守在塔林的潜艇支队就接到命令：“你们的任务是把潜艇用于中部和北部海区，击沉一切敌舰和敌商船，并报告敌战列舰和巡洋舰的情况……”
6月22-23日，波罗的海舰队出动了12艘潜艇发动了无限制潜艇战。大部分潜艇于7月9-11日返回塔林。另外，有1艘潜艇在梅梅尔附近布设了水雷，1艘潜艇在波美拉尼亚海岸游猎，一艘潜艇进入但泽湾游猎。
6月27日，“M-99”号苏军潜艇离开希乌马岛时被1艘德潜艇击沉。因苏军潜艇部队缺乏训练，损失了2艘潜艇。
波罗的海舰队航空兵也参战了：6月25-30日，他们的空袭目标是芬兰及挪威北部德军的39座机场，舰队航空兵以及北方方面军航空兵先后出动了飞机1000架次，击毁德机130架。德军称击落苏军轰炸机23架。
伊萨科夫（1894-1967年），苏联海军元帅。1917年2月起，伊萨科夫在一艘驱逐舰上服役，军衔为准尉。
1919年7月，他升任“青鹰”号护卫舰第一协长，英国鱼雷艇和航空兵攻击喀琅施塔得时，“青鹰”号参加了海战。
1920年3月，伊萨科夫升任“活动”号驱逐舰舰长，兼任里海区舰队扫雷布雷业务长。在里海，“活动”号驱逐舰参加了对白卫军和英军的作战。6月，他改任“锚”号扫雷舰舰长，指挥该舰在芬兰湾扫雷。
1926年起，他历任黑海海军参谋长助理、作战部部长、副参谋长。1930-1936年，他历任总参作战部副处长、海军学院主任教员和波罗的海舰队参谋长。
1937年1月，他升任波罗的海舰队参谋长。8月，他升任波罗的海舰队司令。
苏德战争开始后，伊萨科夫在列宁格勒保卫战中，负责协调波罗的海舰队、拉多加湖区舰队和楚德湖区舰队与陆军的作战。
1941年10月，波罗的海舰队、黑海舰队和外高加索方面军准备了刻赤半岛登陆战。1942年4月，他担任北高加索方向和北高加索方面军副总司令，兼任军事委员会委员，负责协调黑海舰队与陆军的作战。
1942年8月，他改任外高加索方面军副司令。在高加索战役中，他参与领导黑海舰队和里海区舰队的作战。1942年10月至1945年，他身负重伤赴后方治疗。
1946-1947年，他出任海军总司令部参谋长。1947-1950年，他升任海军副总司令。1950年3月至1956年2月退役。1956年2月至1958年4月，在苏联国防部总部机关担任领导职务。
1958年4月，伊萨科夫出任苏联国防部总监组总监。
战后，他为提高海军战斗力、发展战役战术学贡献了力量。他著有大量学术著作，例如《潜艇作战》（与亚历山德罗夫合著）、《登陆战役》、《1914年日军进攻青岛战役》、《卫国战争年代的苏联海军》、《航海史》等。