第二次世界大战期间，盟军飞行员在欧洲和太平洋上空都目击到了许多不明飞行物，他们称之为“富式战斗机”，并且认为是敌人的装置。1946年间，欧洲北部上空常常出现“幽灵火箭”，那些急于找出解释的人便错误地指责苏联是罪魁祸首。
(3)“迹象计划”
1947年12月30日，美国空军开始对不明飞行物报告进行代号为“迹象计划”的研究。这项研究归位于俄亥俄州代顿地区的空军物资指挥部(即后来的赖特一帕特森空军墓地)领导。普通的目击通常由当地的空军基地处理，“迹象计划”只调查那些被认为是重要的或是非同寻常的目击。
第一宗调查的案件发生在1948年1月7日。肯塔基州国家空军警卫队飞行员小托马斯·曼特尔上尉死于坠机事故。他死前的无线电通讯表明，他曾试图探查某个“巨大的金属物体”。联想到海军当时机密的“空中钓鱼计划”，空军最后判定该“物体”是一个与该计划有关的气球。
两名东线飞行员1948年递交的一份报告更让人头疼。克拉伦斯·奇利斯和约翰·惠德7月24日凌晨2：45在亚拉巴马州上空驾驶DC—3飞机时，看见了一个没有导线的鱼雷状物体飞驰而过。奇利斯报告说，那个物体有两排方形的窗子，里面“闪烁着强光”，而底部则“散发着蓝光”，尾部拖着长达50英尺的火焰。尽管这个不明飞行物只出现了不到10秒钟时间，飞机上的一位乘客也看见了。“迹象计划”的调查人员也得知，佐治亚州罗宾斯空军基地的一名地勤人员一小时前也目睹了同一物体。更奇怪的是，4天前在荷兰海牙地区上空人们也看见了有两排窗子的火箭状飞行物。
这次目击之后，“迹象计划”的调查员分成了几派，不同的派别对于不明飞行物有不同的看法。一派认为这些物体是来自其他世界的航天器，另一派认为它们是苏联的秘密武器，还有其他派别一些人认为它们只是难以辨别的普通物体。在克拉伦斯·奇利斯和约翰·惠特德目击事件中，上述的第一派调查员的意见占了上风。其原因是一份认为不明飞行物证实有来自其他世界的造访的绝密报告，被送到了空军参谋长霍伊特·范登堡将军手中。范登堡将军不同意这一结论，并下令销毁该报告的所有副本。这份文件直到1956年仍没有公开。后来一个退役的空军不明飞行物研究计划官员爱德华·鲁皮特在一本书中讲述了文件背后的故事。尽管其他一些消息来源印证了鲁皮特的说法，但多年以来空军一直否认这份报告曾经存在。
(4)怨离计划
范登堡拒绝“迹象计划”的结论向调查员们传达了明显的信息，于是那些相信有可能存在外星造访者的人，或是主动离开空军或者被另外分配了其他任务。1949年2月11日，“怨离计划”取代了“迹象计划”。此后绝大部分关于不明飞行物的调查都只是去“揭穿真相”——说明目击及其报告反映的事情没有什么特别的，实际上只是视觉扭曲或错误而已。1949年底，该计划的行政主管把所有的文件都封存进了储藏室，而到了1950年夏天，整个计划中只剩下了一名调查员。
(5)“蓝本计划”
1951年9月，“怨离计划”对于发生在新泽西州福特芒茂斯地区的一系列快速移动的不明飞行物的调查很不得力，于是空军高级官员提出重组该计划。1952年，“蓝本计划”取代了“怨离计划”。领导人是在赖特一帕特森空军基地的空中技术情报中心(ATIC)的鲁皮特中尉。鲁皮特坚持说他的手下对于不明飞行物是否存在开始时没有任何成见。当鲁皮特两年后离开该计划的时候，他几乎完全相信外星访问者确实存在。1956年，他根据自己的经历出版了名为《不明飞行物报告》的回忆录，这被认为是不明飞行物研究学说中的最重要著作之一。鲁皮特离开后，研究计划又回到了过去的模式：“揭穿真相”而不是调查。1952年在首都华盛顿上空出现一系列异乎寻常的不明飞行物的雷达探测和肉眼目击事件就是这样。政府情报官员担心苏联可能利用这类事件引发美国国内的恐慌，于是他们成立了一个由5位科学家组成的小组，秘密研究“蓝本计划”所收集的数据，并制定相关的安全战略。
(6)罗伯逊小组
成立后的4天里，5位科学家研究了几个目击报告和两段关天不明飞行物的胶片，然后宣布官方的进一步研究无异于“大量浪费精力”。以组长、中央情报局雇员、物理学家罗伯逊的姓氏命名的这个小组还呼吁开展公众“揭穿真相”的运动，它“旨在降低公众对于‘飞碟’的兴趣”。此外，它敦促当局“监视”那些由普通公民组成的不明飞行物研究团体，“因为它们对于大众的思维具有潜在的巨大影响”，并指出“应该牢记这些团体有可能被利用进行颠覆活动”。
尽管多年来罗伯逊小组及其建议一直是个秘密，但是他们对于不明飞行物研究过程无疑具有巨大的影响。空军几乎立即减少了对“蓝本计划”的拨款和重视，该计划也不再注意目击事件。曾参加“蓝本计划”会议的空军首席科学顾问艾伦·海尼克为此抱怨道：“罗伯逊小组使得不明飞行物从科学上变得不可接受，在将近20年的时间里，我们没有给予这个问题足够的关注，以至于未能获得决定不明飞行物现象本质所需的必要数据。”
(7)空军忽视自己的思想库
1955年出版的《蓝本计划第14号特别报告》，是一个类似的官方掩饰行为。该报告包括了战争纪念研究所的3年研究成果。空军要求作为思想库的战争纪念研究所就不明飞行物提供该研究报告。这项名为“鹳鹤计划”的研究的结论是不明飞行物是异常现象，但确实存在。这可不是空军希望听到的!于是该报告的数据被大量篡改，空军部长唐纳德·夸尔斯借此宣布：“根据这项研究，我们相信从未有像人们广泛描述的飞碟状物体在美国上空飞过。”
由于空军似乎总是拒绝考虑不明飞行物存在的可能性，并日常常编造解释，因此许多人担心这种所谓的“揭穿真相”实际上为的是掩饰真正的担忧。海军陆战队退役少校唐纳德·基候声称，也许空军很清楚外星访问者的真相，但是担心一旦承认势必导致世界范围的恐慌。
“蓝本计划”的不可信性最终招致了新闻界媒体的讥讽和国会议员的批评。1966年4月，海尼克在众议院武装部队委员会作证时敦促成立一个由与政府没有瓜葛的物理学家和社会学家组成的小组，目的为了“实事求是地审查不明飞行物问题，以明确是否确实存在不明飞行物这一重大问题”。
康登委员会：是研究还是掩饰?
此时空军急于将不明飞行物目击问题脱手。于是它要求科罗拉多大学进行独立的科学研究。这个以主持研究的物理学家爱德华·康登的姓氏来命名的康登委员会其实是另一个精心策划的掩饰。康登本人不接受不明飞行物的观点，并且开除所有与他意见相左的调查人员。后来一个被解雇的调查员的著作和一篇《瞧》杂志上的文章都揭露说，该委员会的努力如同此前空军所做的一样贫乏无力，为的是掩人耳目。
康登委员会1966年出版了题为《不明飞行物的科学研究》的报告。果然不出所料，这个报告认为“对不明飞行物作进一步科学研究可能无法证明，这样做将有助于推动科学的发展”。不过报告也承认即使经过深入的研究，足有三分之一的案件也是无法解释的。正如《蓝本计划第14号特别报告》一样，这份报告的结论也不是得自报告中的数据。不管怎样，空军终于得到了结束“蓝本计划”所需的借口。1969年12月17日，“蓝本计划”正式终止。
(8)不明飞行物目击的类型
世界各地均有关于目击不明飞行物的报告，但各国都差不多。通常报告的不明飞行物形状都是碟状或雪茄状的；最近也有报告飞机形状和三角形的不明飞行物。很少一部分目击的只是夜空中的亮点。这些亮点常常被解释为普通现象——金星、流星或是路过的飞机，但是有时这些普通现象是无论如何无法解释某些奇怪的亮光的。
海尼克在1972年出版的《不明飞行物经历》一书中将所有报告分成以下几个大类：夜晚看见的亮光；白天看见的碟子；雷达／肉眼目击；第一类近距离接触(目击证人距离不明飞行物500英尺以内)；第二类近距离接触(不明飞行物对环境造成了实际影响)；第三类近距离接触(目击不明飞行物同时也目击了某种生命形式)。
不明飞行物存在的最佳证据是雷达／肉眼目击和第二类近距离接触。1956年8月13日和14日，在英国皇家空军和美国空军共同使用的两个英国基地发生了一起属于第一类报告的案例。高速飞行的不明物体同时被空中和地面雷达跟踪，地面人员和空中的飞行员也都有目击。1981年1月8日，在法国普罗旺斯地区发生了一起证明不明飞行物着陆的最佳第二类近距离接触案例。一个老人报告说当他在花园里干活时看见了“一艘像两只倒扣着又靠着的碟子的船”着陆。该物体在地面上停留了一会才飞走。
着陆地点处有大型交通工具留下的轨迹和印子。于是法国官方的不明飞行物调查机构的“不明飞行物现象研究小组”开始了详细的调查，把土壤、树叶和植物的取样送往法国最好的植物实验室检验。1983年，“不明飞行物现象研究组”就上述检验发表了长达66页的调查报告，指出送检树叶神秘地失去了30％至50％的叶绿素，其迅速衰减的方式也无法在实验室重演。研究结论是案发地点因受到了“大量的、机械的和加热作用，以及可能某些微量矿物质(磷酸盐和锌)出现了转化和堆积”而发生了改变。这使得科学家们相信“确实有类似目击者描述的物体曾降临别处”。
第三类近距离接触通常是最离奇的不明飞行物故事，也最容易引起公众的共鸣。但对于许多不明飞行物学家而言，它们也是最难以接受的。在大多数情况下，目击证人——不管是单独证人还是群体证人——似乎都是真实可信的，对他们的心理测验也显示他们思维正常。第三类近距离接触包括短暂目击类人生物(几乎所有第三类近距离接触都报告说看见类人生物)和绑架事件，即目击者被强行带入不明飞行物，外星人在他们身上进行各种奇怪的实验。
最离奇的一宗第三类近距离接触案例发生在巴布亚新几内亚的波依阿纳。1959年6月26日和27日夜晚，来自澳大利亚圣公会的传教士吉尔神父同其他30多位目击证人一道看见一个盘旋的不明飞行物里有闪闪发光的类人生物。吉尔认为他们“正忙于从事某种未知的工作”。27日第二次目击时，他和其他人一道向这些生物挥手致意，他们竟然也挥手回礼。
(9)不明飞行物的玩笑和接触
许多人认为不明飞行物报告是恶作剧和玩笑。实际上，绝大部分不明飞行物目击都是诚实的错误判断，开玩笑的情况实在很少。即使空军也发现只有百分之一的报告存在着恶作剧的成分，而他们当中主要是伪造相片，因为相片比较容易伪造。当然，开玩笑的情况确实也有。例如，肯尼思·阿诺德1947年目击“飞碟”后几天华盛顿州塔科马地区的两个人向公众展示了一些熔化的金属。他们声称那是在附近毛里岛上空盘旋的“飞行面包圈”上掉下来的。恰巧在调查这件案件的过程中，两名陆军航空兵军官死于一场坠机事故。于是流言不胫而走，说他们知道得太多因此被谋杀了。然而这两人的故事最终被证明是一个无法收场的玩笑。从20世纪50年代以来，不断有主要来自南加利福尼亚州的形形色色的人物宣称他们同来自金星、火星、土星和其他行星的造访者有过接触。这些“接触者”中的许多人都讲述了宇宙旅行和同外星人或“宇宙兄弟”见面的故事。作为证据，他们同时展示了清楚得出奇的宇宙飞船的特写照片和故意虚化的宇宙兄弟的相片。
最著名的接触者是乔治·亚当斯基。他的历险始于1952年11月20日。据他报告说，当时他在加利福尼亚州沙漠中见到了来自金星的访问者奥松。其他的一些人也声称碰到过，并通过写书和作报告来讲述他们的经历，吸引了众多对不明飞行物中奇异的、不可思议的外星生物相貌极其着迷的追随者。尽管接触者的故事常常被揭穿成为令人难堪的谎言，但是相信他们故事的人却始终坚持自己的信念。
事实上，大部分接触者们都不是恶作剧者，他们中许多人相信哪怕没有身体接触，自己也同外星人进行了心理的或是精神的接触。心理接触者们没有提供见面“证据”的压力，但他们却以某种强烈的、甚至令人震惊的方式表示了他们的信念。例如，格洛丽亚·李在来自木星的朋友的授意下匆匆自杀身亡。另有，伊利诺斯州橡树园的多罗茜·马丁通过自动书写(似乎由外太空力量指挥的不用思考的书写)的方式收到宇宙人萨南达的消息，警告她1954年12月20日会发生可怕的地质灾难。她和她的追随者们向报社发出了警报，辞去了他们的工作，计划在可怕的那天乘太空船逃离。当飞碟最终未能出现时，马丁一伙人让全世界都笑掉了大牙。
(10)关于不明飞行物的理论
到20世纪60年代中期为止，关于不明飞行物有两种主要的解释。一种认为不明飞行物是恶作剧或是错误判定。另一种认为他们是来自另外世界的太空部。持第一种理论的代表人物是哈佛大学天文学家唐纳德·门泽尔；第二种理论的主要支持者是飞机题材作家唐纳德·基侯。两人分别著书和发表文章，宣传他们各自的立场并均赢得了科学界、政府和军方的强有力支持。
到了20世纪末，一些不明飞行物学家开始考虑对不明飞行物事件作新的解释。他们开始相信解开这个谜的关键在于那些最古怪的报告。传统的不明飞行物学家着重于对可信度、记录文件和证据考虑，过去这些报告往往被讥笑或忽视。还有些不明飞行物学家开始认识到，那些接触故事并没有涉及到来自其他行星的活生生的造访者，他们只是出现在证人的想象中。也许接触的经历通常只是栩栩如生的梦；也许外星人绑架案不过是从前“神仙绑架”故事在今天太空时代的翻版。在不明飞行物研究领域，特别是在欧洲，这种认为不明飞行物经历其实是“社会心理”的解释逐渐成为了主流。
(11)坠机和掩饰