但是就在第二天（7月9日），所有的传播媒体都同时否认了这一消息，并引述军方的报导：“事情的真相是气象观测用的气球失事坠落，并非如传说中的飞碟。”
于是真相就在官方否认下有被封锁的趋势，然而飞碟研究团体并没有中止追踪，研究论文也相当多。而在追踪事件过程也引出了另一项秘密，就是美国政府一直在掩饰飞碟研究真相，并曾经成立特别调查小组“MJ－12。”
“罗兹威尔飞碟坠落事件”的真相如下：
1947年7月2日，大约在晚上10时左右，有一个巨大的不明发光体夹杂着雷样爆炸声飞过罗兹威尔市区。附近一所牧场的主人在第二天清晨，在离牧场约12公里的地方发现了长约1000公尺，宽约100公尺，类似飞机的残骸，附近并有部分牧草烧焦迹象。
当时他并没有太在意这件事。几天后他到附近镇上，在言谈间偶然谈及此事，朋友都劝他去报案，于是在7月7日早上他到可洛娜镇的保安官处办理报案，当地的陆军航空基地第509轰炸大队情报部的马歇尔少校和对敌情报部队立刻处理此事。
飞碟在罗兹威尔附近发生爆炸后并未立即坠落，又飞了将近200公里而坠落在新墨西哥州桑阿古斯汀平原附近。当时有一位目击者巴纳德，在1947年7月2日晚上开车前往新墨西哥州马古塔雷娜的测量作业场时看到了耀眼闪光，随即有飞行物体坠毁。当他上前一看却发现这是和飞机不同的飞行物，直径约8～9公尺的金属碟形物体。
失事的现场还有一些考古研究人员，他们发现坠落的物体上有几位飞行员，但看起来不像是人类，两眼细小，没有毛发，身材很小，穿着紧身衣。过了没多久美国陆军就到达现场处理善后。
事件的目击者在事后都被军方留置，并限制行动，很明显的，美国政府当局企图掩饰事情真相。
美国军方把现场所遗留的飞碟残骸及外星人遗体先运至爱德华斯基地置放，随即经由科罗曼基地运到俄亥俄州莱特·巴达逊基地。而回收的飞碟残骸及外星人遗体则放在该基地的第18号停机库，这就是闻名于飞碟研究界的“第18号停机库之谜”！
1947年的美国罗兹威尔地区飞碟坠毁事件，在失事现场曾有外星人被火烧死的尸体，亦有受伤及生还者。经由当时参与处理事件的当事人，曾公布了两张被烧焦的外星人尸体的照片。其他外星人遗体曾被运至华盛顿大学医学院进行尸体解剖，而在事件过了30年后，一位曾经参与当年尸体解剖的医学博士出面作证，说出了外星人的特征如下所述：
①外星人的身高大约为35～45尺（1～14公尺），但也有5尺（15公尺）的报告。
②依人类标准来看，头部与身体相比异常的大。据报导，美国政府曾解剖过此类外星人。
③眼睛大小依个体而异，但大致都是大而深，眼眶凹入，与人类相比，两眼间隔极大。眼角微向上翘，属于东方人眼型。
④耳朵只是在头部两侧的凹洞，并没有像人类般的耳壳及耳垂。
⑤鼻子部分是在脸部中央的两个鼻孔，鼻子隆起部分并不很明显，几乎无法辨认。
⑥嘴都很小，只有一道“裂痕”，闭上时看起来就像一直线，可能并不具有吃饭及说话的机能。
⑦颈部细小。
⑧完全没有头发，亦有报告指出仅头顶部分有头发。体毛则完全缺乏。
⑨胸部小而薄。
⑩手臂极长可伸展到膝盖以下。
手指头仅四根，没有大拇指，四根手指头中有二根特别长。没有指甲，但是也有某些外星人有指甲，有报告指出手指与手指间有蹼存在。
没有脚趾。
皮肤极厚、呈灰色、菜色或黄褐色，亦有人说是粉红带灰色或是灰色带蓝。（这可能系由于光线照射导致颜色的差异）。
有没有牙齿并不清楚，因当时缺少牙医师的资料。
没有生殖器官。外星人缺乏生殖器可能以无性生殖的方法——例如，以选殖法（cloning）或其他尚未为人类知晓的方法繁殖。
外星人可能以同种模型铸造出来，彼此长得极为相似，生物学上特征几乎完全相同。
没有与脑相关的任何情报。
血液——类似血液的液体是有的，但与人类的血液不同。
营养的摄取：食物及饮料取自何处并不清楚。在所回收的UFO之中并没有发现任何可食用物。营养补充方式及肠道相关数据目前仍旧缺乏。
外观与人类很像。外星人可能没有奇形怪状或与人类外形相差悬殊者存在。
而另外两位曾负责遗体检查工作的军医，亦曾谈到他们所检验的外星人遗体特征如下：
①口腔中没有牙齿及舌头，亦无口腔及消化器官连结的孔道。
②以地球人类观点来看，并没可目视到的生殖器官。
③四肢任何地方没发现有肌肉层。
④灰色的皮肤组织，外表极为光泽，军医们说这种组织之柔滑程度与人类女性的胸部相似。
⑤依他们所见，外星人骨骼比人类还复杂，动作好像不是透过肌肉，而是由支骨带动进行的。
⑥腹腔由肋骨状的构造围绕着，而肋骨一直连续到腰部。
⑦今医生们惊讶的是，右腕的肘部具有金属性的联结器。
⑧两手各有比人类还长的指头，但仅有四根，愈向指尖愈细，成为爪状。并没有相当于人类的拇指。
⑨无法确认出脚趾之存在。
⑩遗体穿着金属材质的服装，但大半已烧毁了。
虽然有毛根存在的证据，但从头开始到身体各部都无生毛的痕迹。
四肢有类似血管的东西，残存有独特、稍呈淡绿色的无色液体，具强硫磺味。
另外，有人推测人类未来长相可能与外星人一样也说不定。
假若我们人类像目前这样，没有受到核战争及大气污染的影响而灭绝，那么经过几百年、几千年——甚至几十万年、几亿年后而能继续生存下去的话，人类的形状到底会变成什么样呢？很可能就是变成以上所描述的外星人一模一样的形状也说不定。
为什么会这样说呢？
下面让我们把外星人的特征再逐项加以研讨：
①身体与头部相比较，身体较小而头部较大——可以推想出未来人类长相可能亦是如此。因为现在我们日常生活中常利用汽车、电车、电梯等，所以小孩子的脚和手腕已经逐渐退化，变得细小、虚弱，力气也逐渐减小。后面将会提到食物的关系，可能使得人类内脏渐趋退化，身体也随之变小。在文明高度发达的地区，使用体力的机会较少，因此身体体积不用大就足够了，并且还很合乎能源利用效率呢！惟一重要的是，头脑不能不发达，所以头盖骨不至于萎缩，若与身体相比较，就感到头部异常的大了，犹如外星人的长相。
②口中没有牙齿、舌头及食道——表示食物，即供给能源的营养物并不经由口腔摄取。这并非不可能的事。怎么说呢？在最近几十年来，我们人类由于饮食生活的改善，人类可以不咬食坚硬的食物亦能生存下去，因此，人类的牙齿开始变弱，下巴开始退化变得细长，小孩子蛀牙的患病率也增加，甚至牙齿脱落，完全没有牙齿的小孩为数亦不少呢！人类对于身体所需的营养成分或维生素，也可完全以药用片剂或口服液予以补充，这种倾向若是再度提升，那么终有一天人类会像太空人一样，只需极少量的片剂就足够供应全天人体所需的能量了。这样一来，内脏（尤其是胃或肠等）也会像盲肠一样退化，说不定腹腔将成为空无一物的状态呢！又由于营养学的进步，仅饮用浓缩的少量液体，透过口中的粘膜即可被吸收，饮食的事情就这么简单地解决了。
③耳朵与鼻子。由外观上看，已退化到无法辨认的程度，只留下洞孔而已——本来耳廓的功用是为了使前方传来的声音能够集中以便利于听觉感应，因此人类才具备发达的耳廓。但最近随身听、助听器等以电学原理将声音放大或特别处理的技术逐渐发达，将来可以不用耳机而直接将声音传至耳孔内或脑部听觉神经中枢，那时候耳廓就不必要了。鼻子的隆起是为了抵抗寒冷的空气及防止空气中的尘灰直接被吸入。但如果在完全具有人工调节的环境下生存的话，那就没有必要具备高耸的鼻子了。现在人类在夏天时有冷气，冬天有暖气，并有空气过滤器及湿度调节器，最近更有能将太阳光线导入地下室的玻璃纤维式装置出现，所以室内可成为完全利用人工调节的环境。这种现象若是再升级，那么将有一天全地球环境亦可以用人工完全调节，以此为依据来推理的话，以下第4项就很容易了解了。
④没有头发及体毛——头发及体毛是原始人类所遗留下来的产物。目前头发还有保护头部及缓和外来冲击的功能，但在完全人工调节的环境下似乎也没存在的必要了（以美容效果观点来说就另当别论）。
⑤手指只有四指——手指头为何只有四指并不很清楚，本来大拇指是握物之用，但现在人类握物的机会已经愈来愈少了。近来工业用机器人可以代替人类双手从事相同动作。如果不用吃饭的话，就不必以手拿筷子。现在写文章使用电脑的越来越多，完全用按键就可书写的时代即将来临。让我们看看最近小孩所玩的游戏，在室内电视机前只要用一根手指按钮就能玩电视游戏或电脑游戏，可说完全代替了以往攀登树木或玩棒球的时代了，也就是说利用电脑制出来的影像代替身体运动来作游戏。这种倾向愈来愈升级的话，最后连公司职员也不用去公司上班，在自己家里把必要的文件输入电脑，利用电子线路传至公司的电脑主机即可。家庭主妇亦可将烧饭、煮菜、洗衣、清扫等工作全以按钮方式自动完成。会说话的微波炉、全自动的洗衣机、自动洗碗机等物品已经大量上市。这样一来，只要一根手指头就够用了，因为只须按钮事情就可解决了。但是将来眼睛却显得比现在重要，因为全面电脑化之后，无论作任何事情都必须用眼睛注视银幕、监视画面。
⑥没有脚趾头——脚趾头是原始人类与猿猴相近的时候，用来攀抓树枝用的。现在人类每天都穿鞋子，脚的小趾头已经退化变小了。依照走路机会愈来愈少的趋势来看，脚趾头的退化是必然趋势。
经由上述外星人可能是我们人类的未来长相。但是必须先声明的是，这可是完完全全的推想。此种退化、进化的现象，是要经过几百万年，不！可能要几亿年的岁月才可达到。所以，在最近的未来，人类变成像外星人一样的大小或牙齿完全退化消失是不可能的。
有人认为，报导中所描述的外星人，可能是比我们人类早数千万年或数亿年出生，然后一直退化成为今天的长相，那么，外星人以前的形状与我们人类应该是极为相近的。这不是一项极为有趣又合理的推理吗？
依据推测，我们所居住的宇宙，大约在150亿～200亿年前诞生的，而地球诞生至今只不过是46亿年而已。这样推算的话，在百亿年以前，其他行星就像地球一样，可能有生命产生，并有进化现象。所以宇宙中存在比人类进步数亿年或数十亿年的高智慧生物是可能的事。
当然，这些推测都只是依据推理的结果，事实上是不是这样，目前还是个谜。
MJ—12的真相
罗兹威尔事件发生之后，美国政府一方面对外封锁并否定任何消息，一方面又成立了一个秘密小组进行飞碟研究。而这个直归美国总统负责的研究小组，称为“MJ－12”。这一机密资料是由一位美国飞碟研究人员吉米·詹得雷所公布的。他曾接获一份不明人士所寄来的机密文件，里面除了附有信件外并有一些底片。而底片的内容正是“MJ—12文件”。此一文件是在1952年11月18日由美国要离任的杜鲁门总统交给新当选的艾森豪威尔总统的。
MJ—12小组是研究有关飞碟和外星人的最高机构，共由12位委员组成，成员如下：
中央情报局（CIA）长官罗思克·希伦卡达，当时被认为最尖端的科学家范内巴·布希博士，国防部长詹姆斯·佛勒斯塔，纳沙·特宜尼格将军，恒特·巴登博克将军，生物学权威迪特利布·布伦克博士，杰罗姆·汉斯卡博士，高级官员新德尼·萨乌滋以及哥顿·克雷伊，特那尔特·梅西尔博士，罗勃特·梦塔吉将军，另外还有罗伊特·巴库纳博士。
这12个委员是由杜鲁门总统直辖。
MJ－12小组规定，如果总统变动，那么将由后任者接管。MJ—12文件事实上是经由杜鲁门总统移交至艾森豪威尔总统时所完成的。由MJ—12文件内容即可明了：
〔MJ—12文件概要〕（此为MJ—12文件内容的中文摘译）预备说明书：MJ—12作战计划
警告：本文件包括美国安全保障上不可缺少的情报，所以严禁饲MJ—12以外人员使用，禁止抄写或影印复制。
给下任总统艾森豪威尔的预备说明书
完成日期：1952年11月18日
说明士官：罗思克·H·希伦卡达（MJ－1）
MJ－12为极机密的调查研究和情报作战计划，由美国总统单独总负责此一作战计划，1947年9月24日，根据杜鲁门总统的秘密指示，设立MJ－12小组掌控实施。
1947年6月24日，有一民航飞行员在华盛顿州的卡斯格特山脉上空飞行时，看到由九架碟状物体组成的编队，飞行速度非常快。尽管这类情况并非第一次被人们目睹，但被传播媒体大张旗鼓地报导却是第一回。之后，目击这类物体的报告有几百件，其中不管是民间或是军队，目击者都是值得信赖的人士。
后来，美国基于国防理由，军队的各个部门开始对飞碟由何处来，目的为何等问题进行调查。军队开始通过对目击者进行采访和派出飞机追踪飞碟等方式，尽力去查明圆盘事件，但都失败。一般民众的反映也认为这是一种近似歇斯底里式的物体。
此后，这些物体几乎都没经正式查明。依据某一牧场主人报告，在罗兹威尔陆军航空某基地（现为奥克佛尔特基地）西北方75里处坠落一架这种物体，从此事态才有进展。
1947年7月，为了进行科学分析，开始秘密回收这一物体，而在此次回收作业中，采用飞机搜寻的侦察部队，发现了像是飞碟在空中爆炸前逃离的4具生物尸体，这些生物长得与人很接近，坠落在离飞碟残骸东边2公里的地方。
4具生物尸体死亡时间大约已经过了一周，因此已经腐烂，加上又被野生动物啄食，明显的受损坏。为了对这些尸体进行特殊的科学调查，军方将他们转至其他地方。
另外，飞碟残骸也分别送往几个地方。凡是参与此事件的民众与军队均宣誓绝对保密。新闻媒体并成功地散布了假情报，让社会人士相信坠落的是气象观测气球。
根据总统直接命令，飞碟残骸已由特瓦尼格将军和布希博士为首的科学家进行分析(1947年9月19日），并已有了结果，推测这种飞碟是短距离飞行用的侦察专用机。此一结论主要是根据机体的大小而推测的，确实的证据仍然不足。