即使排斥异己和暴力是每个时代都有的标志之一，人们还是必须尝试从时代精神上去理解对持不同意见者的迫害的最不可理喻之处。整个中世纪的精神是由上帝之国的观念来决定的，国家机构和教会组织一样，有义务维护宗教的权威性。在这种体制内，国家和教会的任务就是负责除掉一切异教徒，因为生活在上帝之国内的人群的幸福必然建立在消灭上帝之国的敌人的基础上。反对异端邪说的战斗被看作是反对威胁人类社会生存的战斗。因此，许多反异端斗士和宗教裁判所的法官们心安理得地行动着，就像我们这个世纪反对那些犯下了种族屠杀和恐怖主义的罪犯一样。由此，教皇格列高利九世(1231—1332年)引进异端裁判所只是当时占统治地位的世界观带来的结果。这个新的组织是一个与教会和国家一样独立活动的权力机关，因此，它能更有效地代表自己的利益。事实上，不再是主教们或地方法院，而是由教皇和国王设置的宗教法庭的法官们成了最高级的裁判，而同时国王、皇帝和教皇也不能免受他们的检查。托莱多大主教巴托罗·德·卡兰萨由于出版了一本书，而成为异端裁判所的猎物，教皇使节于1565年就其事向罗马报告：“由于害怕异端裁判所，没人敢为卡兰萨说好话。即使有人认为他完全无罪，也无人敢为他开脱，因为如果大主教替他说话就意味着与异端裁判所作对。而宗教法庭为了维护自己的权威，也根本不承认自己无理掏押了卡兰萨。最狂热的正义捍卫者的一个原则是，宁愿错判一个无罪的人，也比让宗教裁判所抓住把柄强。”
中世纪中关于对魔鬼恐惧的思想，甚至表现在一位教皇的公开报告中，这篇报告描绘了魔鬼安息日的情景，后来公众的信仰又把它当作巫婆安息日。在教皇格列高利九世用拉丁文所写的关于异端的训谕中说道：“如果(异教)接受了一个新人，一种青蛙——有些人也叫它癞蛤蟆，就出现在他面前。一些异教徒令人恶心地去吻它的屁股，舔这东西的舌头和唾液。这东西时不时地以相应的大小出现，有时像一只鹅或鸭那么大，有时像一只烘炉那么大。如果这个异教的新成员继续向前走，他会遇到一个男人，他脸色惨白得吓人，黑眼睛，形同骨立，似乎身上没有一点儿肉，只是皮包着骨头。新成员吻了这个人，感到他像冰一样冷。在他吻过这个人后，他心里一切关于天主教信仰的记忆都消失了，不留一丝儿痕迹。然后他们坐下来进餐，当吃完饭后再度起身时，一只普通狗大小的黑猫垂着尾巴，从他们背后跳下来。新成员首先吻了一下这只黑猫的屁股，然后是教派首领，接着是所有人按顺序这样做……在谈完话后，所有的灯都灭了，人们开始丑恶的淫乱行为，毫不顾及血缘关系。如果在场的男人比女人多，那么男人们相互发生关系，以满足他们的罪恶的快感。同样地，女人们相互间也把自然的性关系变为不自然的。当这种丧尽天良的事完成以后，灯又重新点亮……一个人从黑暗的角落中走出来，上半身像太阳一样闪闪发光，下半身却黑得像只黑猫。”
这种非理性的相信魔鬼存在的思想很快被系统化、组织化。教皇英诺森四世在1252年5月15日的训谕中，将迫害异教徒当成国家的任务：命令统治者将异教徒和魔术师同等对待并公开唾弃。每一个发现异教徒的人允许占有其财产，异端裁判所法官只需向地方长官出示他的委任状，就可以发出逮捕异教徒的指令。一个法官在他抵达任所后发表的讲话中表明了他的优势地位：“我受教皇之命驻于此地，人们有义务听从于我，根据教皇使节的权威，根据你们神圣的服从义务，我一次、两次、三次地向法庭和大众——无论哪一阶层发出警告，他们必须在六天内，向我报告一位他们知道、或者听说他是、或者被怀疑是异教徒并过着与常人不同的生活的人，……我一半是听说，一半是根据自己的经验了解到，有几个人被老蛇的邪恶的毒所传染，他们就像鼠疫一样，敌视教会；他们也像盘起尾巴的狐狸一样，在主的葡萄园里到处鬼祟地出没，用他们无耻的舌头诽谤上帝。我一旦想到这种毒素已经感染了许多人的心灵，我就厌恶得五脏六腑也要翻倒过来”。
自亚当和夏娃以来
对异教徒的迫害在西班牙达到第一个高峰时，异教裁判所的基本框架已经完全确定下来。人们后来一再碰到的一条基本原则已经明确：“宁可错杀一百，不可放过一个。”告密是宗教审判制度的重要规则之一：教会期待着邻居之间、父母子女之间、夫妻之间相互告发。“令人痛苦的问讯”是对酷刑的称谓，是得到教会承认和合法的手段，用以证实怀疑或强索密告、证词和供状。即使某人死后，仍可以被判为异教徒，其尸体被从坟里挖出来并焚烧——同时，其财产被教会没收，死者的后代们也不得不忍受贫穷。
但是，认为异端裁判所只是西班牙人的发明，也是不确切的。其实西班牙人在是否引进异端裁判所的问题上犹豫了很久。它在阿拉贡出现后，差不多过了整整一个世纪才开始在卡斯提尔发挥作用。西班牙的宗教裁判所最终有了它那非比寻常的严苛和残酷的形式，其根源肯定与西班牙人恢复在伊比利亚半岛的统治，既“收复失地运动”有关，它带有一个可怕的观念，就是要把这统一的国家建成重要的神权政体国家，并消灭移居到伊比利亚半岛的摩尔人和犹太人。
这种延续很久的灭绝异端制度，为西班牙人树立了许多敌人。首先在启蒙时期出现了一个“黑暗的传说故事”，但它在细节上却远离事实。胡安·安托尼奥·罗伦特在他的《西班牙异端裁判所的谴责故事》(1812)、弗里德利希·席勒在他的《堂·卡洛斯》(1787)、陀斯妥也夫斯基在他的《宗教法庭大法官》(1880)、维克多·雨果在他的《托尔克马达》(1882)以及吉赛培·威尔第在他的歌剧《堂·卡洛斯》(1867)中都利用了这一传说，并进一步将它传播下去。甚至弗兰西斯科·戈雅的讽刺性版画也以其为素材。图宗教法官们所用器具。上有宗教裁判所的徽章，
现存托莱多的西班牙犹太人博物馆。
有人曾企图引用“时代的精神”来掩饰(“受害者数目没有10万人，而且比这一数目少得多。”)或否认(“宗教法庭没有使用酷刑”)西班牙历史上这黑暗的一章。他们说，人们不应用今天的尺度来严厉谴责西班牙的异端裁判所，而应该对它们存在的原因作出解释。但宗教裁判所的存在事实、其挖空心思编造出来的由告密和逼供构成的体制却无人能加以否认，只是人们不应忘记，对政见不同的人的控制和迫害并不是基督教或罗马教会的发明，而几乎在所有时代和所有社会中，“异端”都是被排斥，或多或少被残酷地打人冷宫的，当今的时代也不例外。因此，我们应以逝去的宗教裁判所为鉴，防止历史的悲剧重演。
在这个异端裁判所之上还有一个异端裁判所，即在这个西班牙专属的异端裁判所之上还有一个共同的教会的裁判所。宗教法庭的法官们带着助手，四处荡游，以便发现那些神甫们或地方官员们有意无意地保护着的异教徒。法官们到达后，由发布消息的人通知民众，要求大家在教堂里集合，听取布道。没有出席的人就是可疑的。在布道中，宗教法庭时常会直接追根溯源到上帝。声称上帝对亚当和夏娃的处罚，在某种程度上就相当于宗教裁判所对异教徒的判决，因为上帝在没有听取任何证词和辩护人辩护的情况之下，就对亚当和夏娃作出了判决，并将他俩逐出了天国，并给他们穿上兽皮制的遮羞布。布道者还引．用《圣经》中的其它条文，作为宗教裁判所的权威的根据，例如约翰福音书中的“我的羊群的草地”(21，15)一段。布道结束时，要求每个人在往后的日子里都要向宗教法庭报告他所知道的当地的异教徒。谁说出一个异教徒的名字，就会得到免罪符。凡是“对上帝，我们的主，和神圣的天主教信仰表达过异端的、可疑的、错误的、放肆的、不恰当的、有伤风化的或者亵渎的观点的人都必须予以举报。”首先要注意“仍然信奉犹太教或者伊斯兰教、路德教派，或者为它们说好话的人，还有拥有或者阅读过宣扬异端的读者，或其作品已被列入罗马教廷禁书目录中的作者。”凡在15天到30天的“仁慈期限”内，每个异教徒均可以自首并发誓放弃错误的宗教——特别是在他告发了其他异教徒之后，还可以指望得到教会的宽容。
画家伊尔，格雷戈所作《大法官红衣主
教费尔南多·尼诺·德．古瓦拉画像》
(约1600年)，表现了一种严厉的审讯官
形象，穿戴着象征宗教、权力的服饰。这种审理程序很快在居民中引起极度的恐慌。每个人都可以告发任何别的人，予以借此干掉对手，就连信教者也一样。此外，一切被卷进来的人，包括被审判者，都被强迫保守秘密，不允许任何人讲述宗教法庭内有关审理程序的情况。因此，他们就有可能被审判官的帮凶勒索钱物。一旦以密告为据的诉讼开始，被告几乎没有逃脱的可能。监禁期限的长短完全在于法官的兴致。被指控有罪的人完全不知道他的罪行是什么?法官的审判技巧不断地翻新。一本1234年的发给异端裁判所法官的手册建议他们如此发问：“‘如果一个女人怀孕了——你认为，这是上帝所为还是人干的?’如果回答是‘人干的’，那么你就说：‘你是个异教徒，因为人是由上帝创造的。’而回答如果是：‘上帝所为’，那么你可以说：‘你相信上帝与一个女人发生了性关系……那么你是个异教徒。’”
法官与王后的故事
信仰天主教的卡斯提尔女王和阿拉贡斐迪南国王完成了“重新统一运动”，并使西班牙从摩尔人几乎长达800年的统治下解放出来时，对异教徒和教会内部的叛逆者的迫害在西班牙达到了顶峰。在1492年占领格林纳达后，伊萨伯拉想彻底统一和纯洁帝国。她的清洗行动以收复失地、血统和宗教习俗的纯洁为目标；其指导思想就是：“一个民族，一个帝国，一个国君”。
伊萨伯拉的这一政策却也招致了许多抗议之声。例如加迪纳·门多萨、赫尔曼多·塔拉维拉主教以及后来的依纳爵·封·罗耀拉，以及神学家阿列约·维纳戈和多明我会修士多明戈·德·瓦尔泰利都批评这种极端的驱逐和迫害异教徒的政策。然而他们只不过是勇敢的少数派，如果坚持这种信念，就会处于危险之中。因为每个反对者都会被轻易带上法庭——只要一次密告就够了。西班牙的大部分人都支持收复失地的政策，特别是当卡斯提尔和莱昂王国女王伊萨伯拉一世(1474—104年)。
教皇亚历山大六世赐给她的荣誉称号是“天主教徒伊萨伯拉”。驱逐或逮捕某人往往与没收财产联系在一起时：教会，国家和个人一起瓜分那些通常很丰富的“战利品”，因为西班牙的犹太人大部分生活富裕。因此，迫害犹太人的政策便成为宗教、种族意识、野蛮和贪婪的混合物。
而托尔克马达并未考虑到金钱问题。他禁止犯人与子孙们见面，出于宗教和种族原因，禁止犹太人担任公共职务。犹太人还不能从事的职业有法官、医生、税务官和厨师。
“天主教徒”斐迪南，伊萨伯拉的丈夫。
通过他的王国阿拉贡和卡斯提尔王国的联合，
为从摩尔人手中最终重新夺回西班牙奠定了经济和军事基础。年轻的女王伊萨伯拉登基时年方23岁。其本身处于巨大的压力之下，这迫使她要尽快解决摩尔人、犹太人和异端的问题。原因来自与葡萄牙的长期战争、贵族的敌视、征服美洲以及要为这些行动弄到大量的钱财。1451年4月22日，伊萨伯拉生于阿维拉省的马德利加尔-德-拉斯-阿塔斯-托莱斯。尽管她是卡斯提尔国王约那斯一世的女儿，她却根本不是以一位皇位继承人的方式长大的。在她刚三岁时，父亲去世，在她与王位之间，不仅有兄长亨利和阿方索，还有一位虽为私生却得到承认的同父异母的兄弟。亨利是个软弱的统治者，被卡斯提尔的大公们玩弄于股掌之间，最终被他们废掉。阿方索不明不白地丢了性命，据说是被毒死的，而伊萨伯拉的敌人怀疑她是这场谋杀的幕后伊萨伯拉是个精力充沛的人。她的果断肯定是她的前任们软弱的刺激的结果，正是由于这种在卡斯提尔的贵族们面前步步退缩的软弱，使王冠失去了它的权威。恰在这时，伊萨伯拉出现了，在她1474年登基之后，立法、税收和指挥战争的权限重新收归中央。
阿维拉的托马斯修道院内院，它有时是“天主教徒国王的夫妇”的夏季行宫。上有国王夫妇的家族徽记，卡斯提尔王国的为牛轭，阿拉贡的为权杖。
通过与阿拉贡的斐迪南王子的婚姻，她统一了卡斯提尔和阿拉贡，并且用强有力的手腕重新建立了公共秩序。这是极其必要的。在她即位前100年间，西班牙贵族建立了一种强盗骑土制度，人们不再向国王交税，后者因为缺钱而丧失了对贵族的控制权；农民们被其主人任意摆布，卖作奴隶和充当土兵，他们的收成被掠夺。拦路抢劫阻碍了有序的贸易和交通的发展，背叛与剥削代替了荣誉感和忠诚，糊涂的亨利四世甚至不得不把造币和规定币制权下放给地区统治者，以至全国很快出现了150多个铸币厂，它们铸造的劣质货币充斥全国，民众陷入贫困之中。
伊萨伯拉和斐迪南有能力、有决心改变这种状况。伊萨伯拉结婚时，带来的首先是建立一套高效的国家制度和在方方面面都体现统一的西班牙人的民族主义思想；其次是她的智慧、虔诚、强硬与机智以及她的当机立断和毫不推卸责任的作风。